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小鼠染色质三维结构重塑研究成果
2020年4月14日,同济大学生命科学与技术学院高绍荣团队与江赐忠团队在《Nature Communications》杂志在线发表了题为“Chromatin architecture reorganization in murine somatic cell nuclear transfer embryos”的研究成果。他们采用了经过优化的少量细胞全基因组染色质构象捕获技术(sisHi-C),对小鼠SCNT胚胎发育过程进行连续采样,并详细描绘了SCNT植入前胚胎染色质高级结构的动态变化过程。 体细胞核移植(SCNT)技术是将已经分化的体细胞移入去核卵母细胞内,使体细胞的染色质发生重编程,继而重启胚胎发育过程并获得完整个体的技术。虽然SCNT是目前为止唯一一种可以使体细胞获得完整全能性的手段,但是由于在重编程过程中出现了各种表观遗传水平修饰的异常,使得SCNT胚胎的发育能力处于较低水平,也极大程度地限制了该项技术的应用前景。高绍荣教授团队长期致力于小鼠SCNT胚胎发育异常原因的探索。2016年通过对早期克隆胚胎进行卵裂球活检,并结合单细胞RNA测序技术首次建立了植入前核移植胚胎发育命运追踪系统,发现了组蛋白去甲基化酶Kdm4b和Kdm5b分别对克隆胚胎2-细胞和4-细胞时期的发育阻滞起到关键作用。两年后,又通过对不同发育命运体细胞克隆胚胎进行全基因组DNA甲基化高通量测序分析,详细地研究了小鼠克隆胚胎着床前发育过程中DNA甲基化修饰的重编程过程,并揭示了异常的DNA再甲基化(DNA re-methylation)是导致克隆胚胎着床后发育异常的关键因素。在哺乳动物中,染色质三维结构对基因的调控起着非常重要的作用。但是,受制于小鼠SCNT胚胎样本取材困难和Hi-C技术对细胞样本起始量高的限制,小鼠SCNT植入前胚胎发育过程中染色质三维结构的动态变化过程尚未被全面研究过。 在本研究中,研究人员收集了核移植后多个时间点的胚胎并利用优化的微量细胞sisHi-C技术对染色质高级结构进行了检测,通过数据分析发现,在体细胞核被注射到去核的卵细胞后,随着典型三维染色质结构的消解,供核体细胞染色质的近距离相互作用优先解开,并迅速由间期转化为类中期状态。在这期间出现了一个非常有趣的现象,当供体细胞在去核卵母细胞中被人工激活1个小时后,基因组经历了从类有丝分裂中期向类第二次减数分裂中期的转变。 图1. SCNT胚胎基因组在短时间内由有丝分裂类中期转变为减数分裂类中期 在SCNT胚胎发育6小时进入类原核期(对应正常受精胚胎PN3时期)后,重新出现了较弱的区室结构和拓扑相关结构域(TADs)信号,这很可能是再次退出中期的结果。随后,TADs信号在一细胞晚期逐渐减弱,直到2细胞早期降到最低值,在2细胞晚期到8细胞卵裂期逐步重新建立,直到囊胚期成熟(图2)。 图2. SCNT胚胎发育各个阶段的TAD强弱变化 随后研究人员将小鼠SCNT与正常受精胚胎发育sisHi-C公共数据集进行比较分析后发现,SCNT胚胎在2细胞期的远距离(>2 Mb)相互作用较正常受精胚胎明显降低。同时,早期(2到8细胞期)受精胚胎与SCNT胚胎的区室结构及TADs也存在着明显的差异。 前期的很多研究表面小鼠SCNT胚胎在合子基因组激活(ZGA)时期有大量的基因未能被正常激活。于是,研究人员想到染色质空间结构的异常是否会导致增强子与启动子之间的相互作用无法成功建立?结果表明,在小鼠正常受精卵的ZGA时期的关键基因Zscan4d的启动子与上游的超级增强子有着强烈的相互作用,而这种互作却无法在SCNT胚胎中被观察到(图3)。这类基因的激活异常很可能就是SCNT胚胎发育能力低下的原因之一。那么,造成染色质高级结构的异常的原因究竟是什么呢?研究人员证实这是由于供体细胞基因组中持续存在的组蛋白H3K9me3修饰无法被正常擦除造成的。通过在SCNT胚胎中过量表达组蛋白去甲基化酶Kdm4d来降低H3K9me3修饰水平, SCNT胚胎的染色质空间构象会趋向正常受精胚胎,且Zscan4d的启动子与超级增强子的互作也得到了部分的修复(图3)。这说明H3K9me3修饰是核移植胚胎中染色质高级结构重编程的重要障碍,也证实了在胚胎基因表达调控过程中组蛋白修饰和染色质高级结构的协同作用。 图3. SE-P互作异常影响ZGA相关基因表达,并能被过量表达Kdm4d部分纠正 综上,这项研究对小鼠SCNT胚胎发育过程中的染色质三维结构重塑进行了系统的研究,这也为今后进一步纠正SCNT胚胎发育过程中的表观遗传屏障提供了新的思路。 图4 本研究的模式图 同济大学生命科学与技术学院博士研究生陈墨、朱乾书和李翀副研究员为本文共同第一作者,高绍荣教授、江赐忠教授和刘晓雨研究员为本文共同通讯作者。该研究得到了科技部、基金委和上海市科委项目的支持。
同济大学 2021-04-11
三维打印用的支撑装置以及三维打印方法
本发明公开了一种三维打印用的支撑装置,包括:机架;支撑单元,由多块支撑板拼接组成,布置在三维打印机的三维成型区域的正下方;升降单元,安装在机架上,用于驱动所述支撑板移动到各个所需的支撑位置支撑所要打印的三维模型;本发明还公开了一种三维打印方法;本发明的装置和方法可以代替原有的打印支撑,节省了材料,提高了打印效率,同时支撑部分由外部机械进行替代,优化了原有的打印机算法结构,可控性好。
浙江大学 2021-04-13
人脸三维视觉检测
成果介绍人脸三维识别,工业产品的三维检测技术创新点及参数自适应,“拟人”;深度学习(神经网络);模糊逻辑和逻辑推理;进全局优化化计算。市场前景人脸识别,工业产品的外观三维检测
东南大学 2021-04-11
超声影像三维重构
本项目旨在充分挖掘数字化超声影像的医学内涵,运用数据处理和超声 图像三维重构技术,深度探索胎儿健康相关指标之间的关联性,采用定量分 析的科学方法在已有标准上进行优化,实现基于超声影像的胎儿健康数字化筛 查的目标。 医学图像三维重建是通过计算机图形学、数字图像处理技术、计算机 可视化以及人机交互等技术,把二维的医学图像序列转换为三维图像在屏幕 上显示出来,并根据需要为用户提供交互处理手段的理论、方法和技术。在 进行医学图像三维重建之前,首先需要对医学影像设备输出的图像数据按照 疾病诊断的需要进行必要的分割。图像分割是将图像中互不相交的区域分离 开来,被分离开来的每一个区域都必须满足特定的区域一致性。进行图像分 割的目的是为了定量定性分析的需要,提取出图像中感兴趣的区域,同时它 也是利用图像进行三维可视化的基础。通过分割技术提取出医学图像序列中 的感兴趣的组织器官或病变体后,就可以通过三维重建技术重建出这些被提 取的组织器官或病变体。重建的图像除外观逼真、富有立体感外,还具有任 意角度旋转、多种剖面显示、透视内部结构功能,可以将医疗影像数据的真实 感官效果展示给诊断人员。市场及经济效益分析: 如今国内外的图像处理技术都比较成熟,对于图像重构的技术也非常的 成熟,但大都是从二维图像进行重构。对于将超声影像结合图像处理,再进 行三维重构的技术在国内的是领先的,二维医学图像已经不能满足人们对测 量精准度、可预见性的需求了,此时用超声图像进行三维重构将面临巨大的市 场。
重庆大学 2021-04-11
三维快速测量系统
本系统可实现快速测量,获取物体三维动态数据,适用于工业有限元分析、动画人物动作捕捉等应用。系统整体性能达到国际先进水平。
东南大学 2021-04-13
三维彩色测量系统
东南大学 2021-04-13
三维量子霍尔效应
超高的迁移率、超低载流子浓度,以及单个费米口袋特性是整个实验成功的关键所在。他们研究了多种高品质的ZrTe5晶体,该材料在2014年被中科院物理所翁红明、戴希和方忠等人预测可能具有非平庸的拓扑性。在低温和小磁场条件下,通过量子振荡输运测量和分析手段,可以重构出一个非常清晰的闭合费米面拓扑结构。这种封闭的三维费米面可以与准二维体系明确分开,在量子极限
南方科技大学 2021-04-14
三维磁场探针台
产品详细介绍三维磁场探针台,采用无磁材料制成,三对类亥姆霍兹线圈正交放置,产生空间三维磁场,线圈采用水冷结构,并且配备有线圈过热保护装置,可以长时间稳定工作。通过软件或者电源前面板控制每一维上的输出电流,可以产生空间任意方向的矢量磁场。探针台配备有可移动样品台,可以实现水平方向二维移动和样品台360度转动,便于样品的安装和测试。探针台具有四个高精度探针臂,同时配有高精度电子显微镜,便于微小样品的观察操作。探针可通过直流或者低频交流信号,用来测试芯片、晶圆片、封装器件等,广泛应用于半导体工业、MEMS 、超导、电子学、铁电子学、物理学、材料学和生物医学等领域。    三维磁场探针台和东方晨景自主研发的高精度双极性电源相匹配,通过真正的双极性电源输出,实现了空间任意方向上的矢量场合成.
北京东方晨景科技有限公司 2021-08-23
三维扫描仪
产品详细介绍  3D CaMega光学三维扫描系统简介   一、技术原理  3D CaMega光学三维扫描系统是将光栅条纹投影到物体表面,由CCD将拍摄到的条纹图像输入到计算机中,然后根据条纹按照曲率变化的形状利用相位法和三角法等精确的计算出物体表面每一点的空间坐标(X、Y、Z),生成三维的可输出色彩信息(R、G、B)的彩色面点云数据,可广泛应用于动画、游戏多媒体制作、虚拟现实模型制作、三维互联网等数字化等领域。   二、3D CaMega光学三维扫描系统的用途: 将真实的人物, 衣服甚至是任何形状的物品转换成高质量的3D模型。协助动画,影视,游戏等虚拟场景中三维模型的快速建立,能与运动捕捉相结合,达到全数字高级仿真效果,显影视、游戏、动漫效果的写实性。模型数据可导出为主流软件支持的格式数据文件,以便在主流的三维软件中进行显示和进一步处理应用。   三、3D CaMega光学三维扫描系统的特点: 1. 测量速度快,照相式扫描,单次扫描时间小于0.2秒,能快速对人体及物体进行数字化; 2. 百万像素级数字转换器,单次采集数据130万点以上,充分采集物体表面细节信息; 3. 三维模型数据自动拼接,无需手工缝合,有数据的后期处理及格式转换功能,模型数据可导出为主流软件支持的格式数据文件,以便在主流的三维软件中进行显示和进一步处理应用; 4. 多机组合扫描,便利快捷,充分避免人体微动产生的模型误差; 5. 可以获得三维彩色点云数据,并输出R、G、B值; 6. 白光LED光源,超长寿命,可连续工作十万小时以上,; 7. 拍物模式和拍人模式自由切换,三维虚拟静态景物捕捉系统,对人体扫描安全,无害; 8. 12V低电压接入,使用更安全;
北京炫魔科技有限公司 2021-08-23
中望三维CAD
中望3D 基于中望自主三维几何建模内核的三维CAD/CAM一体化解决方案 具备强大的混合建模能力、支持各种几何及建模算法,超过30年工业设计验证集“实体建模、曲面造型、装配设计、工程图、钣金、模具设计、车削、2-5轴加工”等功能模块于一体,覆盖产品设计开发全流 三维设计CAD 中望自主三维几何建模内核,强大的兼容性能,高效的混合建模能力,快速实现设计创意 模具设计MOLD 智能、标准的全流程塑胶模具设计,提供从设计到加工的一站式模具设计解决方案 产品加工CAM 基于企业实际加工理念提供高效易用的CAM方案,满足2轴到5轴的加工需求
广州中望龙腾软件股份有限公司 2022-02-28
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