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细菌DNA
硫化
修饰研究新进展
上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室吴更教授与武汉大学王连荣、陈实教授团队合作,揭示了细菌DNA硫化修饰中催化第一步反应的半胱氨酸脱硫酶发生构象变化,使其活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动5.5埃以发起攻击的催化机制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”为题发表在《mBio》杂志上。刘立琼等为第一作者,吴更、王连荣为通讯作者,上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室为第一单位。本文是团队自2018年Nature Communications上发表的细菌采用SBD结构域识别硫化修饰DNA的结构机理及2020年Nature Microbiology上发表的II型DNA硫化修饰系统的SspB、SspE晶体结构的延续和扩展。在细菌的DNA硫化修饰(不管是早先发现的Dnd修饰系统还是新近发现的Ssp修饰系统)途径中,都由一个半胱氨酸脱硫酶催化第一步的反应,即半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸对底物半胱氨酸上的硫原子发起亲核攻击反应,将活化的硫原子转移到半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸上,以进行后续的将硫原子加进DNA的反应。2020年4月初团队在Nature Microbiology上发表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”,从探索海洋弧菌的高频单链磷硫酰化修饰入手,通过比较基因组学和分子遗传学手段,鉴定出以SspABCD为修饰元、SspE为限制元的单链磷硫酰化限制-修饰系统。该系统与之前发现的磷硫酰化(以DndABCDE为修饰元以产生双链DNA磷硫酰化、DndFGH为限制元)的Dnd系统均迥然不同,并首次阐明了细菌磷硫酰化限制-修饰系统赋予宿主抑制噬菌体入侵的能力。同时,通过结构生物学和生物化学手段,解析了SspB蛋白的晶体结构,揭示其两个保守motif的关键残基对其DNA缺刻酶活性非常重要;解析了SspE蛋白的晶体结构,发现其N端结构域有依赖于DNA磷硫酰化修饰的NTP水解酶活性,而其C端结构域有DNA缺刻酶活性,从而阐明了该系统DNA磷硫酰化修饰与限制两部分功能耦合的分子机理。研究还发现SspABCD作为修饰蛋白在宿主基因组DNA上产生磷硫酰化修饰,SspE作为限制元能够感应基因组DNA上的磷硫酰化修饰从而区别宿主自身与外源的遗传物质,并利用其核酸酶活性对入侵噬菌体的DNA进行大范围的缺刻,从而抑制噬菌体DNA的复制。本研究解析了新发现的II型DNA硫化修饰系统中的半胱氨酸脱硫酶SspA(来源于弧菌)与底物半胱氨酸的复合物晶体结构,分辨率为1.8埃。结构揭示SspA通过其天冬酰胺N150和精氨酸R340残基来识别底物半胱氨酸,如果将这两个残基突变则会严重破坏细菌的DNA硫化修饰。在结构中,SspA的活性位点半胱氨酸C314与底物半胱氨酸的距离长达8.9埃,这就产生了一个有趣的问题——SspA是怎么催化脱硫反应的?通过计算机分子动力学模拟,作者发现SspA的活性位点半胱氨酸C314在催化过程中向底物半胱氨酸移动了5.5埃,从而把它们之间的距离缩短到便于发生反应的范围内。本研究通过简正模式分析,发现弧菌的SspA、大肠杆菌的IscS、链霉菌的DndA(这两个都是I型DNA硫化修饰系统的)的活性位点半胱氨酸虽然处在不同的相对位置和不同的二级结构上,但都有着向各自的底物半胱氨酸的运动。本研究进一步通过在上海光源BL19U2生物小角X射线散射(简称SAXS)线站收集的数据,从头搭建了SspA在溶液中结构的分子模型。发现SspA在溶液中的结构与分子动力学模拟后SspA的结构更为接近,它们之间的SAXS数据的χ2偏差只有1.04埃,远低于从SspA的晶体结构推算出的SAXS数据之间的χ2偏差3.70埃。这从实验上证实了前述的计算机分子动力学模拟和简正模式分析的结果。弧菌SspA的活性位点半胱氨酸在催化过程中,活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动了5.5埃的距离(A)分子动力学模拟 (B)简正模式分析 (C)小角X射线散射实验数据与晶体结构经过分子动力学模拟后的结果和晶体结构的比较 本研究通过X射线晶体结构解析、分子动力学模拟、小角X射线散射等多种研究手段的结合,揭示了细菌DNA硫化修饰这一神奇现象中催化关键的第一步半胱氨酸底物脱硫反应的酶的催化机理,解答了半胱氨酸脱硫酶家族是如何克服活性位点半胱氨酸与底物半胱氨酸之间很长的距离这一长期悬而未决的问题,使人们对于细菌DNA硫化修饰的认识和理解又前进了一步。该研究获国家自然科学基金(31872627、31670106)的支持。
上海交通大学
2021-04-11
硫化
氢气体检测管
产品详细介绍 硫化氢气体检测管 比长式气体检测管原理及使用方法原理CO、CO2、H2S、O2、SO2、NH3等检测管的基本测定原理为线性比色法,即被测气体通过检定管与指示胶发生有色反应,形成变色层(变色柱),变色层的长度与被测气体的浓度成正比。2、主要技术参数(见附表)3、附件(每盒)①胶管一段;Φ3×5,长度20cm②小砂轮一片4、贮运条件本品应避光保存于阴凉干燥处,严禁日光照射,保存温度不超过40℃,玻璃制品,小心轻放。5、使用方法各种检定管均可与气体检定管用圆筒型正压式采样器等配套使用。于测定现场用空气冲洗采样器后,取一定体积的现场空气,把检定管两端切开,用短胶管将检定管的下端(浓度标尺有“0”的一端)连接在采样器(检定器)的出气口上,按规定时间匀速通过检定管,然后按检定管变色柱(或变色环)上端指示的数字,直接读取被测气体的百分浓度。 各种气体检测管主要技术参数表
北京华博科技制造有限公司
2021-08-23
一种低
钼
高强度钢及其制备方法
小试阶段/n一种低钼高强度钢的制备方法,其特征在于,对于热轧后的钢板酸洗处理,再采用冷轧机组对酸洗后的钢板按4~6个道次轧制,轧制至0.8~1.2mm,得到冷轧钢板带;将冷轧钢板带在真空加热炉中以20~30℃/s的加热速度加热至570~670℃,保温20~40min,然后以5~10℃/s的冷却速度冷却至200~230℃,随炉冷却至室温;。所述热轧后的钢板的化学成分及其含量是:C为0.18~0.20 wt%,Si为1.20~1.40 wt%,Mn为2.20~2.50 wt%,Mo为0.08~0.12
武汉科技大学
2021-01-12
工业冶炼含
硫化
氢烟气处理技术
上海交通大学
2021-04-13
一种用缓冲溶液从
硫化
氢酸气中脱除
二
氧化碳的方法
(专利号:ZL 201310710005.9) 简介:本发明公开一种用缓冲溶液从硫化氢酸气中脱除二氧化碳的方法,属于脱碳技术领域。本发明方法首先将含有氢氧化钠和碳酸氢钠的缓冲溶液与未脱碳的硫化氢酸气进行混合反应吸收酸气中的二氧化碳和部分硫化氢,得到含碳酸氢钠和硫氢化钠的脱碳富液,然后加热脱碳富液,使脱碳富液中的硫氢化钠发生水解反应,转化成氢氧化钠,水解反应生成的氢氧化钠与脱碳富液中的游离碱和碳酸氢钠反应生成碳酸钠,酸气中的二氧化碳最终生成
安徽工业大学
2021-01-12
一种利用含
二
氧化碳的
硫化
氢酸气制备硫氢化钠的方法
(专利号:ZL 201310697615.X) 简介:本发明公开一种利用含二氧化碳的硫化氢酸气制备硫氢化钠的方法,属于脱碳技术领域。该方法首先将含有氢氧化钠和碳酸氢钠的缓冲溶液与未脱碳的硫化氢酸气进行混合反应吸收酸气中的二氧化碳和部分硫化氢,得到脱碳富液,然后加热脱碳富液,使脱碳富液中的硫氢化钠发生水解反应,转化成氢氧化钠,水解反应生成的氢氧化钠与脱碳富液中的游离碱和碳酸氢钠反应生成碳酸钠;将脱除二氧化碳后的硫化氢酸气进入管式混合反应器,
安徽工业大学
2021-01-12
绿色两级循环
硫化
氢脱除装置
目前脱除硫化氢气体的方法主要分为物理法、化学法和生物法三大类 。近年来,生物脱硫成为硫化氢脱除技术发展新热点,生物脱硫具有反应条件温和、不易产生二次污染等优势,然而与传统的物理化学方法相比,目前的生物脱硫技术还存在着反应速率较慢、效率不高等缺陷。鉴于以上原因,项目组针对现有硫化氢脱除技术的缺陷,将生物脱硫的优势和化学脱硫反应迅速的优势结合起来,开发出了一 种高效的“绿色循环两级硫化氢脱除系统”。
兰州大学
2021-01-12
2600x12600框式平板
硫化
机
框式硫化机是公司的基础产品,可根据用户的不同要求,设计生产各种非标硫化机,结合现在先进的生产制造技术,在上升/下降速度、硫化时间、温度、保温装置及辅助工作台、推拉模等,均做到了优化设计,如:公司为国内军工企业生产的XLB-Q1500*2700*4/30MN多层硫化机,可用于生产航天隔热材料,产品获得了国家发明专利。
青岛祥杰橡胶机械制造有限公司
2021-09-13
具有碲
钼
多层复合薄膜的碲化镉太阳电池
具有碲钼多层复合薄膜的碲化镉太阳电池,属于新能源材料与器件领域。这种太阳电池采用一种碲钼多层复合薄膜作为碲化镉太阳电池的无铜过渡层。一方面,由于过渡层具有碲的析出相,因此在碲化镉退火后,无需采用湿法工艺获得富碲层。如果采用干法工艺,也无需单独沉积一碲层。另一方面,过渡层具有碲化钼的主相,作为p型半导体,与碲化镉价带不连续很小,可起到很好的过渡作用,实现碲化镉与金属电极间的欧姆接触。采用上述结构的太阳电池,避免了化学腐蚀,实现了低电阻接触,可有效提高太阳电池的性能和改善器件的长效稳定性。
四川大学
2016-10-25
—
二
氨基
二
苯醚
一、项目简介本品为白色结晶(粉末),熔点是1860℃,不溶于水,易溶于盐酸。其工艺特点是用毒性低的非质子极性溶剂代替毒性大的硝基苯;与目前工艺相比,反应温度底,反应时间短;收率高。二、市场前景本品是重要的化工原料。可以合成耐热性塑料聚酰亚胺树脂、聚马来酰亚胺树脂、聚酰胺—聚亚胺树脂、聚酯—聚亚胺树脂等。亦可作环氧树脂,纤维素树脂的交联剂。与其它交联剂相比具有交联率高,交联结构稳定;加工安全性大,使用方便,加入聚合物后的有效使用期适中,既不过早,也不过迟;能显著提高聚合物的耐热性,耐油性,耐磨性。随着电气电子设备质量要求的提高,本品的需求量也会越来越大。
河北工业大学
2021-04-13
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