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西安交大科研人员开发微卫星不稳定性检测新方法,助力肿瘤精准检测
微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, 简称MSI)是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型,多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。微卫星不稳定性与肿瘤的发生、发展,治疗方案制定及治疗效果预测相关,更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前,临床上使用的两种微卫星不稳定性检测的金标准方法:MSI-PCR和MSI-IHC,都需要专业技术人员通过实验操作来完成,均费时费力且成本较高。近年来,随着高通量测序(Next Generation Sequencing)的发展,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方法开始显露头角,在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下,极大的缩减了检测时间并减少了检测成本,大幅提高了推广微卫星不稳定性检测的可行性。2014年,西安交大叶凯教授团队率先开发了基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方案——MSIsensor。2017年该检测方案作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的微卫星不稳定性计算方法,通过了美国食品药品监督管理局的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心测试表明,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测与金标准的一致性可达99.4%。然而,微卫星不稳定性检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面,这一份正常对照样本限制了微卫星不稳定性的应用场景,尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况;另一方面,额外的对照样本增加了微卫星不稳定性的检测成本。基于上述原因,在叶凯指导下,叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索,从微卫星不稳定性发生机理出发,通过数学模型抽象,从单个肿瘤样本中提取特征,开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的微卫星不稳定性检测,只需50个微卫星位点的测序数据即可实现微卫星不稳定性的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了微卫星不稳定性的应用范围,减低了微卫星不稳定性检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。 该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(影响因子6.597)上。叶凯的博士生贾鹏为该论文的第一作者,叶凯为通讯作者,西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。论文链接为:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
西安交通大学 2021-04-10
振动样品磁强计 VSM磁性材料磁学参数测试 磁滞曲线测量系统
        VSM(也叫做M-H磁滞曲线测量系统)测量磁性材料的基本磁性能(如磁化曲线,磁滞回线,退磁曲线,升温曲线、升/降温曲线、降温曲线、温度随时间的变化等),得到相应的各种磁学参数(如饱和磁化强度,剩余磁化强度,矫顽力,最大磁能积,居里温度,磁导率(包括初始磁导率)等),可测量粉末、颗粒、片状、块状等磁性材料,VSM可以测量从-196℃到900℃的温度变化的磁性变化。   主要参数: 测量磁矩范围:10-3emu-300emu(灵敏度:5*10-5emu) 相对精度(30emu):优于±1% 重复性(30emu):优于±1% 稳定性(30emu):预热24小时,24小时连续工作优于±1% 温度范围:从-196℃到900℃ 固定磁极间距35mm,极面直径60mm 磁场:由电磁铁提供,从0-3.5T   主要参数: 抗磁,顺磁,铁磁,亚铁磁,反铁磁材料和各向异性材料 颗粒状和连续磁记录材料以及GMR,CMR,交换偏置和旋转阀材料 磁光材料 容易容纳散装材料,粉末,薄膜,单晶和液体     VSM的组成:   型号 DXV-550 电磁铁 √ 稳流电源 √ 振动头,振动架 √ 振动杆,样品室 √ 振动源 √ 锁定放大器 √ 高斯计 √ 探测线圈 √ 电脑 √ 打印机 √ VSM可以单独准备高温和低温设备。     主要设备:   电磁铁 电磁铁应为可调式双共轭或固定间隙的。 45°放置 型号 高低温磁场,磁极间距:35mm(T) 冷水方式 DXV-550 3.4 水冷 DXV-400 3.0 水冷 DXV-380 2.7 水冷 DXV-300 2.4 水冷 DXV-250 2.2 水冷 DXV-220 2.0 水冷 DXV-175 1.6 水冷 DXV-130 1.2 自然冷却 DXV-100 0.8 自然冷却 DXV-60 0.5 自然冷却   稳流源 电源为可调式高稳定度稳压稳流自动转换直流电源,功率为2~30KW 。在稳流状态时,稳流输出电流能在额定范围内连续可调 (一)主要功能   (1)输出功率:额定功率从1-12kw。   (2)保护:缺相保护、过流保护、短路自动保护。   (二)技术指标   (1)电源为稳流输出:电流值可从0-额定值连续可调。   (2)显示方式: 电流表4位半LCD数字显示。   (3)显示精度:±(1%+2个字)   (4)当负载为电磁铁,且输出电流大于最大电流一半时,电源输出的电流稳定度优于5*10-4   (5)工作时间:连续8小时工作(环境温度20±5℃)   (6)输入电压:单相220V/三相380V±10%        (7)输入频率:50Hz   振动系统 包括振动杆、机械振动头支架、样品室及探测线圈   磁测单元 (1)量程分300emu、150emu、80emu、40emu、30emu、15emu、8emu、4emu、3emu、1.5emu、800memu、400memu、300memu、150memu、80memu、40memu、30memu和15memu (2)磁场量程:0.5kOe”、“1kOe”、“2kOe”、“4kOe”、“8kOe”、“16kOe” 和 “32 kOe” 显示在4位半LCD数字表头。.分辩率0.1mT,相对精度优于±1%。 (3)振动源输出频率180Hz,频率稳定度优于10-5,输出功率大于50W。   联想电脑 打印机:hp-1018 高温炉和温度控制设备: 加热功率是100W. 炉子的温度范围是室温到900℃ 通过4位半LED数字控制。分辨率:0.1℃ 低温杜瓦和温度控制装置 样品室的温度与控制范围是 77K-273K 通过4位半LED数字控制,分辨率:0.1K  
厦门盈德兴磁电科技有限公司 2026-04-07
一种用于修正热气流对数字图像相关测量精度影响的方法
本发明公开了一种用于修正热气流对数字图像相关测量精度影响的方法,先对稳定热气流影响前后的圆形标识点阵列进行识别,然后通过3D?DIC算法求解喷有散斑的试件沿x,y,z方向的位移量,并采用热气流的影响造成圆形标识点产生虚位移场的参数矩阵对上述x,y,z方向的位移量进行修正,从而得到更精确的在热气流影响下被测试件表面位移场。本发明测量装置简单,易于实现,便捷有效、成本相对较低,有效减小了热气流对系统成像的影响,能够有效地修正热气流对数字图像相关测量精度的影响。
东南大学 2021-04-11
一种基于距离保持水平集的牛肉图像中背长肌自动分割方法
本发明涉及一种基于距离保持水平集的牛肉图像中背长肌自动分割方法。首先采用摄像机标定法对CCD摄像机进行标定,选取从屠宰场购买的牛胴体眼肌切片作为样本,利用改进的样本块修复模型恢复图像反光区域原有信息。提取眼肌切面区域中的候选区域,从中寻找一个处于背长肌区域的小矩形区域,其外轮廓设为初始轮廓曲线。设定迭代规则自动确定权系数ν的值,自适应控制水平集演化,检测相邻10次的系数函数(f(Ck))值,若这10个值的方差小于某一阈值(定为f(C0)/100),停止迭代,获得牛肉眼肌区域。对图像人工标记前景和背景区域,再对标记后的原始图像进行分水岭变换,最后提取出的眼肌区域即为最终目的眼肌区域。利用本发明可以实现牛肉图像中背长肌的自动分割,从而进行牛肉眼肌特征的提取,实现牛肉质量等级自动评定。
中国农业大学 2021-04-11
一种基于开关非局部全变分的椒盐噪声污染图像滤波方法
本发明公开了一种基于开关非局部全变分的椒盐噪声污染图像滤波方法,包括以下步骤:通过一个二阶段的形态学检测算子对噪声污染图像进行预处理,得到参考图像和噪声标志位。基于噪声标志位,再用改进的非局部全变分方法对参考图像进行滤波,以得到去噪后的图像。本发明可以有效检测图像的噪声分布情况,产生很低的漏检率和误检率。此外,本发明基于参考图像,能精确计算两个图像块之间的相似度,可在有效抑制椒盐噪声的同时很好地保护图像边缘和纹理等细节信息,其提供的峰值信噪比和结构相似度优于现有椒盐噪声滤波方法。
华中科技大学 2021-04-14
一种双通道荧光光学显微成像中基于图像处理的自动对焦方法
本发明公开了一种双通道荧光光学显微成像中基于图像处理的自动对焦方法,包括 S1 获得生物组织样本当前冠状面轮廓,并获得三个对焦窗口位置;S2 对三个对焦窗口进行扫描,并采集第 i 层生物组织样本细胞构筑通道的图像;S3 判断当前层三个对焦窗口的图像采集是否完成,若是,则 i=i+1,并进入 S4,若否,则返回 S2;S4 判断·830·采集层数 i 是否大于预设的阈值,若是,则进入 S5,若否,则返回 S2;
华中科技大学 2021-04-14
一种基于改进二维经验模态分解算法的图像去噪方法
本发明公开了一种基于改进二维经验模态分解算法的图像去噪方法,首先,将待去噪图像经传统BEMD算法进行自适应分解得到各阶IMF后,对各个IMF的概率密度函数与待去噪图像概率密度函数之间的相似性进行测量,其次,根据相似性测量值区分出噪声主导模态函数与信号主导模态函数的边界索引值,然后,使用小波去噪算法对噪声主导模态函数进行降噪处理得到实际的图像噪声,接着,重构出与原图像具有相同信噪比的多幅图像后对其累加求平均、实现将噪声压缩到低阶IMF中,最后,使用BEMD?DT对该平均图像进行去噪处理。通过本发明方法对图像进行去噪,取得效果均好于小波降噪以及传统BEMD等降噪方法的去噪效果。
东南大学 2021-04-11
一种用于等温扩增检测结核分枝杆菌的引物及包含该引物的检测试剂和方法
本发明公开了一种用于等温扩增检测结核分枝杆菌的引物及包含该引物的检测试剂和方法,所述引物包括上游序列和下游序列,其序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示;包含该引物的检测试剂包括上游引物85BPF1、下游引物85BPR1和探针85BPB1(SEQ ID NO:3);利用所述检测试剂等温扩增检测结核分枝杆菌的方法,包括以下步骤:将待检测基因样本与所述检测试剂混合,放置在可收集FAM荧光的仪器中,在35?45℃条件下孵育,检测荧光值,根据有无阳性扩增反应,判断待检测基因样本是否属于结核分枝杆菌的基因。相对于现有技术,本发明通过检测结核杆菌中的基因组,可以特异地检测结核杆菌基因,能够有效区分结核分枝杆菌和非结核分支杆菌,特异性高,反应时间短,温度过程简单。
东南大学 2021-04-11
面向APT检测的攻击链数据建模与分析
主要研究APT 网络攻击全链条的通用表征和威胁模型, 实现攻击的全链条威胁分析;研究跨平台内核数据实时可信 采集方法,探索基于去噪和去冗技术的高效数据解析、基于 语义恢复技术的关键字段填充;研究多源异构内核数据的重 构方法;研究保持全局依赖的数据压缩方法,实现实时、高 效、普适的数据压缩;研究面向APT网络攻击全链条的智能 检测框架,实现对攻击的全链条高效检测;研究APT网络攻 击的演化模式,实现APT网络攻击的可解释溯源分析。
浙江工业大学 2021-05-06
新型新冠肺炎快速检测试剂盒
天津大学生命科学学院黄金海教授和叶升教授团队瞄准临床实践所需,制定了病毒、抗体快速诊断以及生物防治制剂的研发方案。团队迅速制备获得新型冠状病毒高纯度蛋白,并与北京华科泰生物技术股份有限公司联合完成免疫荧光层析试纸条检测病毒抗原灵敏性、交叉性等实验,成功研发出新型冠状病毒抗原荧光免疫层析快速检测试剂盒。与目前临床使用的检测试剂盒相比,新型试剂盒最大的优势是“快”,可在15分钟内检测出是否为新型冠状病毒,极大地缩短了检测时间;同时该试剂盒具有高灵敏度,病毒蛋白检测达到pg级,为病毒感染的早期筛查提供了简便灵敏的手段。实验结果显示,新型试剂盒检测限、灵敏度、线性系数等性能指标均满足对病毒抗原检测的有效性要求。新型试剂盒正在加紧临床验证,在获得相关部门检验审批后有望用于疫情的快速检测和早期诊断,缩短疑似病例的筛查时间,助力新冠病毒疫情的防控。天津大学生命科学学院科研团队正在加紧进行新型冠状病毒早期感染抗体检测、新型生物防治制剂的研发工作,目前进展顺利,有望近期取得可用性成果。
天津大学 2021-04-10
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