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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题 癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一,基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性,对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义,而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析,还面临很多挑战。 肿瘤样本具有其独有的特点,在样本制备和单细胞分离过程中,其细胞应激反应大、坏死细胞多,为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战; 肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题,比如复杂的微环境和高度的异质性,而如何充分考虑这些难点,并从信息学的视角进行深入研究,有待建立全面、自动的分析框架; 肿瘤单细胞数据的分析,对科研人员的编程能力和分析经验要求很高,亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛,提高研究的效率。 2.解决方案 本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括: 1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题,提出了全面、精细的数据质量控制方案; 2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程(数据标准化、降维、聚类、差异表达分析); 3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法; 4)从重要表型(细胞周期、干性)、基因集(已知的和潜在的)两方面深度解析了肿瘤内部的异质性; 5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法; 6)构建了自动化、智能化分析的软件平台,能够自动生成全面、直观的分析报告。 基于本项成果产生的产品、服务或解决方案: 1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer; 2)针对软件使用和分析结果解读的服务; 3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。 3、合作需求 团队要求:合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验,能为本项目的应用与落地提供条件; 资金需求:合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学 2022-08-30
中国科大实现多种空间转录组分析算法的系统性评估
中国科学技术大学生命科学与医学部瞿昆教授课题组通过设计一整套分析流程,系统性评估了16种空间转录组和单细胞转录组数据整合算法在预测基因或细胞类型空间分布方面的性能。
中国科学技术大学 2022-06-02
揭示转录因子Sox2调节体细胞重编程的新机制
揭示了转录因子Sox2同时结合DNA和RNA并协同调控体细胞重编程的新机制,着重强调了在体细胞重编程过程中Sox2与RNA的直接相互作用的功能。通过PAR-CLIP和RNA SELEX确认了Sox2与RNA直接相互作用,进一步的测序分析发现Sox2偏好性结合一个CCCY核心基序和一个CGCG的二级基序。随后,研究人员利用EMSA和RNA免疫沉淀(RNA-immunoprecipitation assay)等手段确定了Sox2的RNA结合结构域(RBM),该结构域具有优先结合富含GC的RNA序列的特征。另外,通过RNA fishing实验和竞争性结合实验等的进一步分析,发现在DNA和RNA共同存在的情况下,Sox2使用其HMG结构域结合同源DNA序列,并同时利用RBM结构域在体外介导三元RNA/Sox2/DNA复合物的形成。除此之外,通过比较Oct4、Klf4、c-Myc (OKM)“鸡尾酒”以及不同Sox2突变体诱导下iPSC生成的效率发现,删除Sox2 的RBM结构域会影响iPSC的生成,并且显著地改变了体细胞重编程过程中的选择性剪接事件。       该研究加深了人们对Sox2蛋白调控多能性重编程机制的理解,进一步阐明了DRBPs对RNA代谢的调控机制。
中山大学 2021-04-13
家蚕转基因彩色些绸
西南大学家蚕基因组研究团在中国工程院院士、世界著名蚕学家向仲怀教授的带领下,2003年率先完成 了家蚕基因组"框架图"和家蚕基因组"精细图谱"绘制工作,奠定了我国在家蚕基因组研究中的世界领先 地位。近年来,该研究团队通过改变家蚕基因,开发出转基因新型有色茧,并与广西蚕业技术推广总站合作 选育新型绿色茧品种,缓出我国首例转基因绿色蚕丝。2009年在重庆合川进一步试验,在重庆市纤维检验所 的合作推进下,由转基因绿色蚕丝纺织出的转基因丝绸成功诞生,是转基因新型有色茧实用蚕品种领域的又 —突破。 转基因绿色丝绸较普通丝绸更有弹性,自然光下,丝绸呈现柔和的淡绿色,散发出天然蚕丝的香味;在 灯光下,丝绸表面随光线明暗呈现不同光泽;而在紫外光下,丝绸发出绚丽的绿色荧光。
西南大学 2021-04-13
基因表达数据分析软件
基因芯片实验产生出大量基因表达数据,为了从这些数据中提取有用的生物学信息,需要对数据进行各种分析处理。本项目提供的基因表达数据分析软件采用了先进的数学模型,充分考虑了实验中各种误差的影响,可以从数据中分析出更为准确的生物学信息,并且具有较快的处理速度,可以满足大规模芯片实验数据分析的需要。技术特点:(1)直接从对GeneChip基因芯片原始实验数据进行处理开始,提供对基因表达数据一系列多层次的分析软件。(2)能够考虑重复实验误差,特别对重复实验数据进
南京航空航天大学 2021-04-14
空间基因解析与传承技术
自然环境的保护事关人居环境的品质,文化特色的彰显事关城市的“灵魂”。因城乡空间发展与自然环境失调、历史文化断裂暴露出的“水泥森林”、“千城一面”等问题,严重影响了我国人居环境的可持续发展。城乡空间的现代化发展与自然环境保护、历史文化传承的共赢是当代城乡规划设计的技术难题。 在城市空间与自然环境、历史文化的互动框架下,发现了城市发展中类比生物学的空间基因现象。空间基因是历史形成的相对稳定、独特的空间组合模式,它们既是城市空间、自然环境和历史文化长期互动的产物,也扮演着形成城市特色标识、
东南大学 2021-04-14
抗病虫转基因水稻培育
用农杆菌双 T-DNA 载体介导的共转化技术,将 AP1 基因或(和)BT 基因与潮霉素抗性选择标记基因共转化入优良的水稻品种中,通过自交分离,在共转化水稻植株的自交后代中筛选获得了无潮霉素抗性选择标记基因的转基因水稻新品系。抗虫鉴定结果表明,转 BT 基因水稻植株对螟虫的抗性与未转化对照相比有明显提高。
扬州大学 2021-04-14
技术需求:基因载体的优化
1、在安全性提高的前提下,基因载体的优化制备; 2、怎样提高载体在生物体内利用度; 3、细胞膜毒性的进一步降低 4、新靶标抗原CAR构建; 5、细胞因子风暴处理
山东翰康生物科技有限公司 2021-09-01
验证基因分离规律玉米标本
宁波华茂文教股份有限公司 2021-08-23
基因表达NMT检测仪
“NMT界乔布斯”许越先生推荐创新平台 中关村NMT产业联盟推介成员单位创新产品 “生物安全,人人有责” 推出背景: 在国际竞争白热化,战争形态多样化的今天,生物安全已成为国家安全的重要组成部分,为积极应对这一挑战,2019年10月,生物安全法草案于首次提请十三届全国人大常委会第十四次会议审议。本次新冠肺炎疫情的爆发,让各界更加意识到,生物安全对于确保国家安全、保障社会稳定、人民群众生命安全和身体健康的重要性。 国家安全就是国家竞争,归根结底又是科技实力的竞争!因此,作为中国的高新技术企业,中关村NMT联盟的会员单位,旭月(北京)科技有限公司利用20多年的技术积累,以NMT:非损伤微测技术为底层核心技术,迅速推出了与国家生物安全相关多种检验,监测仪器设备,以及适用于多个学科及领域的研发平台: 《NMT生物安全创新平台》特制系列产品!   应对挑战: 1)NMT对细胞的分子/离子流速的检测,能够为基因表达的调控机制,提供直接的数据。 2)为基因表达在组织层面上提供了研究手段和数据。 分类及用途: 1)《基因表达NMT检测仪》(型号:NMT-GET-100) 基于底层核心NMT技术,以及成熟的技术解决方案,让科研人员可以马上投入相关科研创新工作。   2)《基因表达NMT检测仪》(型号:NMT-GET-200) 基于底层核心NMT技术,结合自身科研兴趣,以及其它相关技术参数,在我方技术人员协助下形成技术解决方案,让科研人员建立更具独有创新特色的实验平台。   《基因表达NMT检测仪》(型号:NMT-GET-100) 应对挑战: 1)NMT对细胞的分子/离子流速的检测,能够为基因表达的调控机制,提供直接的数据。 2)为基因表达在组织层面上提供了研究手段和数据。 用途: 基于底层核心NMT技术,以及成熟的技术解决方案,让科研人员可以马上投入相关科研创新工作。   参数: 1.基本功能: 1.1针对基因表达检测设计 1.2活体、原位、非损伤检测 1.3可检测指标:H+、K+、Na+、NH4+、Ca2+、Mg2+、Cl-、O2、H2O2 2.性能: 2.1自动化操作 2.2长时间实时和动态监测 2.3无需标记 2.4立体3D流速检测 3.软件: 3.1imFluxes智能软件,可直接检测、输出离子分子的浓度与流速 《基因表达NMT检测仪》(型号:NMT-GET-200) 应对挑战: 1)NMT对细胞的分子/离子流速的检测,能够为基因表达的调控机制,提供直接的数据。 2)为基因表达在组织层面上提供了研究手段和数据。 用途: 基于底层核心NMT技术,结合自身科研兴趣,以及其它相关技术参数,在我方技术人员协助下形成技术解决方案,让科研人员建立更具独有创新特色的实验平台。   参数: 1.基本功能: 1.1针对基因表达检测和相关研发设计 1.2活体、原位、非损伤检测 1.3可检测指标:H+、K+、Na+、NH4+、Ca2+、Mg2+、Cl-、O2、H2O2 1.4可实时监测和记录检测时的环境参数:温度、湿度、大气压、海拔、经纬度 1.5配备新指标拓展功能 2.性能: 2.1自动化操作 2.2长时间实时和动态监测 2.3无需标记 2.4立体3D流速检测 3.软件: 3.1imFluxes智能软件,可直接检测、输出离子分子的浓度与流速,以及检测时的环境参数
旭月(北京)科技有限公司 2021-08-23
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