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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题 癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一,基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性,对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义,而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析,还面临很多挑战。 肿瘤样本具有其独有的特点,在样本制备和单细胞分离过程中,其细胞应激反应大、坏死细胞多,为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战; 肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题,比如复杂的微环境和高度的异质性,而如何充分考虑这些难点,并从信息学的视角进行深入研究,有待建立全面、自动的分析框架; 肿瘤单细胞数据的分析,对科研人员的编程能力和分析经验要求很高,亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛,提高研究的效率。 2.解决方案 本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括: 1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题,提出了全面、精细的数据质量控制方案; 2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程(数据标准化、降维、聚类、差异表达分析); 3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法; 4)从重要表型(细胞周期、干性)、基因集(已知的和潜在的)两方面深度解析了肿瘤内部的异质性; 5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法; 6)构建了自动化、智能化分析的软件平台,能够自动生成全面、直观的分析报告。 基于本项成果产生的产品、服务或解决方案: 1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer; 2)针对软件使用和分析结果解读的服务; 3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。 3、合作需求 团队要求:合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验,能为本项目的应用与落地提供条件; 资金需求:合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学 2022-08-30
乙型肝炎病毒特异性T细胞检测试剂盒
利用已经进行功能验证的、被各种HLA-I类分子提呈的100余种HBV抗原肽,对乙型肝炎患者进行HBV特异性T细胞免疫功能状态的检测,为监测疾病进展、判断预后转归、评价药物疗效、预测复发以及评价疫苗效果等提供全新的实验室指标。目前HBV的诊断和疗效观察主要是乙肝两对半和HBV DNA定量检测。这些指标可以监测病毒复制增殖和体液免疫反应,但不能反映患者在抗病毒感染中起更重要作用的特异性T细胞免疫功能状态。本试剂盒目前在国内外市场上没有同类竞争者。
东南大学 2021-04-13
技术需求:用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别
一、用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别 1.本公司研发一款试剂是用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别的。2.该试剂可检测HLA的A/B/C/DR/DQ位点的,采用PCR-SSP法,检测一人份共计需扩增112孔。引物是预先包埋在96孔板上。3.生产试剂后需要对112孔进行质检,确保每个孔的引物配制无误且能完成有效扩增。所以,质检时需要有已知型别的DNA样本进行试剂验证。4.现在产品质检存在以下问题:1.没有充足的DNA样本来源(仅为小体积血样提取的DNA,一次质检后就用完);2.没有大体积血样或细胞提取高浓度DNA的方法;3.罕见型别DNA样本很难筛选到。 二、研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方 支气管肺泡灌洗液样本中有大量黏液,影响镜检检验。针对此点,拟研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方。同时,将该试剂与一次性无菌标本收集器组合于一体,实现不用打开标本收集器盖子就完成预处理步骤,简化检验流程,降低生物安全风险。 三、研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色体 研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色液。该试剂盒拟申报体外诊断试剂二类注册证,产品开发需要整合微生物、医学检验、材料、化学、机械、软件等多学科的专业科研团队,形成相关关键技术来搭建病原微生物形态学检测平台。
江西业力医疗器械有限公司 2021-11-01
SCIENTZ08-IIIC非接触式超声波细胞粉碎机
产品说明 非接触式超声波粉碎机也叫杯式超声破碎仪,可在密闭容器、无菌、可超微量条件下进行破碎。相比传统的探头超声波细胞粉碎机,该仪器具有一次可同时检测多个样品、实验效率高、无需频繁操作探头、避免样本交叉污染等优势。仪器标配低温恒温装置(可根据客户需要选择不同型号),便于样品在4-10℃环境内工作,使能量分布均匀,超声作用 完全。逐渐成为ChIP(染色质免疫共沉淀)和DNA剪切研究平台不可缺少的标准化工具。
宁波新芝生物科技股份有限公司 2021-12-08
家蚕国重徐汉福教授课题组揭示单细胞分辨率下家蚕丝腺全细胞异质性和基因转录动态图谱
丝蛋白是大自然赋予人类的一种天然可再生蛋白资源,具有优异的力学性能、生物相容性以及生物可降解性等特点,开发利用价值巨大。地球上已知能够产丝的生物超过十万种,其中包括人们熟知的蚕类、蜘蛛、蚂蚁等。
西南大学 2022-07-11
miR-34c在体外诱导骨骼肌细胞分化中的应用
本发明涉及miR-34c在体外诱导骨骼肌细胞分化中的应用。本发明首次发现一种新的促骨骼肌细胞分化因子—miR-34c,通过Western blot和免疫荧光染色技术检测miR-34c对成肌细胞分化的影响,从而确定miR-34c在骨骼肌发育中的作用,对预防和治疗骨骼肌相关疾病具有重要的意义。
中国农业大学 2021-04-11
微生物细胞代谢流在线检测与 计算分析高级发酵罐
本产品和技术依据细胞代谢流在线检测与计算分析原理,配置上除常规的温度、搅拌转 速、消泡、pH、溶解氧浓度 (DO) 等测量控制以外,还增添了发酵液真实体积、高精度补料量 (如基质、前体、油、酸碱物) 测量与控制,高精度通气流量与罐压电信号测量与控制,并与尾 气CO2和O2分析仪或质谱仪连接。可精确得到发酵过程计算机参数优化与放大所必需的包括 各种代谢流特征或工程特征的间接参数,如摄氧率 (OUR) 、二氧化碳释放率 (CER) 、呼吸商 (RQ) 、体积氧传递系数 (KLa) 、比生长速率 (µ) 等。广泛应用于生物制药 (传统生物制药和现 代基因工程制药) 、食品轻工发酵、农业生物 (微生物饲料、微生物农药、微生物肥料和动物 疫苗) 、新兴生物能源和石化环保等行业工业化工程项目的系统设计和全面技术实施。带动了 多个行业技术进步。
华东理工大学 2021-04-11
细胞色素C分子自组装纳米有序复合结构组装体及制备方法
本发明涉及细胞色素C分子自组装纳米有序复合结构组装体及制法,以羟基磷灰石纳米粒子为基本单元,在三维空间组装成纳米γ-氧化铝模板/羟基磷灰石纳米有序复合结构组装体(组装体1),然后与细胞色素C组装,得到细胞色素C/γ-氧化铝模板/羟基磷灰石纳米有序复合结构组装体,其细胞色素C平均表面含量为4.5×10
东北电力大学 2021-04-30
一种适用于循环肿瘤细胞捕获的微流控芯片
癌症从发生到临床发现往往需要10年的时间,癌症治疗的根本途径是早期发现或者对已转移瘤能有效治疗。循环肿瘤细胞(circulatingtumor cells, CTC)是指从原位瘤脱落下来进入到循环系统尤其是血液中的肿瘤细胞。作为液态活检核心靶标的CTC,不仅可用于癌症转移前的早期筛查,而且在临床肿瘤的分期、预后、特异性药物筛选、疗效检测、治疗和复发监测等方面都具有极其重要的临床应用价值。然而由于CTC在血液中数量极其稀少(约1-100个/mL),其高效高准确捕获一直是科学前沿难题和临床应用的关键障碍。 现有的CTC检测方法仍存在较大的局限,包括检测准确度不足、成本高、效率低、时间长以及检测条件苛刻等。本项目提出的新型微流控芯片设计,将基于流线的降速结构和基于过滤的捕获结构有机整合,实现了CTC特异性的汇聚和保留,同时将部分白细胞和红细胞分流到出口。每经过一个这样的降速结构,CTC就被浓缩一次,白细胞和红细胞被分走一部分。更重要的是,每一个单元液流速度均得到了显著下降(变为原来的1/2)。经过多组这样的降速结构,液流流入捕获结构,此时流速已经非常缓慢,利用CTC和其他血细胞的尺寸和形变差异,通过三棱柱阵列能实现CTC的高效捕获。总体来说,本项目所提出的微流控芯片能在很大流速范围内(5-40 mL/h)都实现高捕获效率(高达94.8%)。此外,芯片上捕获到的CTC的纯度也较高(高达4log白细胞去除率)。临床癌症患者患者双盲测试结果详实准确率达到100%。运用本项目中的微流控芯片,将实验室培养的宫颈癌HeLa细胞掺杂到健康血液中,以模拟癌症患者血液,在很大流速范围内(5-40 mL/h)都能实现高捕获效率(高达94.8%)。同时,为了证明此微流控芯片的普适性,测试了四种实验室细胞系,包括乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231,宫颈癌细胞系HeLa和肺癌细胞系NCl-H226,捕获效率均稳定在91.3%以上。此外,也设置了不同的癌细胞密度以模拟实际的癌症患者血液,捕获效率近似为96.2%。随后,将本项目应用于临床,对11例癌症患者血液中的CTC进行检测,检出率高达100%,CTC个数从6-117个/mL不等,平均值31个/mL,中位数25个/mL。这些研究表明本项目中的微流控芯片能实现癌症患者的早期检测。本项目实现对癌症患者血液中的循环肿瘤细胞的单细胞灵敏度和高特异性的的捕获,由于其成本低,方便快速,效率高,对操作条件不敏感等,因而非常适合大规模应用于临床,实现癌症的早期诊断、实时动态监测和阻断转移等效果。
北京大学 2021-04-11
高转移倾向的人乳腺癌细胞系及其建立方法
该项目是在国家自然科学基金《肌球蛋白轻链激酶基因调控在肿瘤细胞转移中作用》和《肌球蛋白轻链激酶在肿瘤转移中的作用及其分子机理研究》项目的资助下完成的。目前,正在应用高转移倾向的人乳腺癌细胞系进行肿瘤转移分子机理的研究。/line肿瘤的侵袭与移转是恶性肿瘤最基本的生物学特性之一,也是肿瘤患者死亡的重要原因。然而,有关转移的确切机制目前尚不十分清楚。因此,肿瘤转移一直是肿瘤学研究的一个热点。建立理想的肿瘤转移动物模型对深入进行肿瘤转移的研究具有重要的意义。SCID鼠为严重联合免疫缺陷(Severecombinedimmunodeficiency,SCID)鼠,几乎完全丧失T和B淋巴细胞免疫功能,缺乏体液和细胞免疫功能。本方法2003年6月27日申请了国家发明专利,申请号:03130264.5,我们应用SCID鼠肿瘤转移动物模型,从乳腺癌细胞系MCF-7筛选到了一株具有高转移倾向的乳腺癌细胞株,命名为LM-MCF-7,为乳腺癌MCF-7细胞的转移亚克隆。/line技术指标和成熟程度:本发明采用含有小牛血清的RPMI1640培养液培养LM-MCF-7细胞,使其能体外长期生长和稳定传代。经实验观察与验证,体外生长的LM-MCF-7具有典型的上皮样形态,接触生长抑制丧失。遗传学研究证实该细胞为异倍体,染色体数目和结构畸变严重,符合恶性肿瘤的遗传学特征。该细胞SCID鼠接种成瘤率为100%,与MCF-7细胞相比成瘤早,转移快,转移脏器范围更广泛。经检测,LM-MCF-7细胞系仍保留瘤组织原有的生物学特性,它的建立可为乳腺癌转移机制的基础研究和临床的干预研究提供理性的配对细胞模型。
南开大学 2021-04-10
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