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西安交大科研人员开发微卫星不稳定性检测新方法,助力肿瘤精准检测
微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, 简称MSI)是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型,多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。微卫星不稳定性与肿瘤的发生、发展,治疗方案制定及治疗效果预测相关,更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前,临床上使用的两种微卫星不稳定性检测的金标准方法:MSI-PCR和MSI-IHC,都需要专业技术人员通过实验操作来完成,均费时费力且成本较高。近年来,随着高通量测序(Next Generation Sequencing)的发展,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方法开始显露头角,在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下,极大的缩减了检测时间并减少了检测成本,大幅提高了推广微卫星不稳定性检测的可行性。2014年,西安交大叶凯教授团队率先开发了基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方案——MSIsensor。2017年该检测方案作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的微卫星不稳定性计算方法,通过了美国食品药品监督管理局的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心测试表明,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测与金标准的一致性可达99.4%。然而,微卫星不稳定性检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面,这一份正常对照样本限制了微卫星不稳定性的应用场景,尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况;另一方面,额外的对照样本增加了微卫星不稳定性的检测成本。基于上述原因,在叶凯指导下,叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索,从微卫星不稳定性发生机理出发,通过数学模型抽象,从单个肿瘤样本中提取特征,开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的微卫星不稳定性检测,只需50个微卫星位点的测序数据即可实现微卫星不稳定性的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了微卫星不稳定性的应用范围,减低了微卫星不稳定性检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。 该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(影响因子6.597)上。叶凯的博士生贾鹏为该论文的第一作者,叶凯为通讯作者,西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。论文链接为:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
西安交通大学 2021-04-10
将高纯度的染料-抗体荧光探针应用于生物组织三维染色成像
开发了一种分子荧光探针IR-E1,它在水溶液中量子产率可以达到0.7%并且在体内可以通过肾脏排泄。虽然该量子产率在相关材料中已经是比较高的,但要达到快速成像并实现更深的穿透深度仍需要更亮的探针材料。  研究了一类新型的高效荧光分子探针的理性设计。荧光分子由电子屏蔽基团(shielding unit)、给体基团(donor)、受体基团(acceptor)组合,形成S-D-A-D-S型分子(图1a)。目标分子IR-FE以3,4-乙烯二氧噻吩(EDOT)为电子给体(D),以烷基链取代芴为电子屏蔽基团(S)。通过理论计算模拟,发现EDOT为电子给体时分子骨架具有更大的扭转角和更加调谐的表面静电电位分布,可有效保护受体基团苯并双噻二唑(BBTD),阻止其与溶剂分子或其它分子发生相互作用(图1b)。同时,烷基链取代芴和分子骨架扭转的共同作用可减弱分子间相互作用而降低聚集荧光淬灭。IR-FE的发射波长在900-1400 nm范围,在甲苯中的量子产率高达31%(图2a),在以聚乙二醇进行水溶性修饰后量子产率可保持在2%(图2b),这是迄今为止报道的在水相中量子产率值最高的水溶性近红外二区有机荧光分子探针。研究发现EDOT是荧光分子在水溶液中保持量子效率的关键因素。
南方科技大学 2021-04-13
一种基于时空联合调制和MZI光波导阵列的成像光谱仪
本实用新型公开了一种基于时空联合调制和MZI光波导阵列的成像光谱仪。采用无狭缝成像系统,包括前置镜以及一层干涉光谱仪芯片或者多层干涉光谱仪芯片相层叠而成的三维芯片,每层干涉光谱仪芯片包括主要由模斑转换器阵列、MZI阵列和探测器阵列依次连接而成的光波导结构,MZI阵列由具有不同干涉臂差的MZI平行排列而成,每个MZI的输入端口在成像像面上接收平行于推扫图像区域上同一排或列的像元信号。本实用新型既简化了光路的复杂程度,又极大减轻了成像光谱仪的重量和体积,具有高集成度和高稳定性,并大大提升了系统的入射光通量,使得成像光谱仪小型化、轻型化。
浙江大学 2021-04-13
中国科学技术大学实现活细胞的高分辨低功耗快速拉曼成像
中国科学技术大学工程科学学院ZacharyJ.Smith教授团队和华中师范大学化学学院高婷娟教授团队在拉曼生物成像研究领域取得新进展,提出了一种基于线扫描拉曼成像系统和偶氮增强拉曼探针相结合的快速生物成像方法,实现了对细胞器动态过程的高分辨率、低功耗的影像。
中国科学技术大学 2022-09-02
一种双通道荧光光学显微成像中基于图像处理的自动对焦方法
本发明公开了一种双通道荧光光学显微成像中基于图像处理的自动对焦方法,包括 S1 获得生物组织样本当前冠状面轮廓,并获得三个对焦窗口位置;S2 对三个对焦窗口进行扫描,并采集第 i 层生物组织样本细胞构筑通道的图像;S3 判断当前层三个对焦窗口的图像采集是否完成,若是,则 i=i+1,并进入 S4,若否,则返回 S2;S4 判断·830·采集层数 i 是否大于预设的阈值,若是,则进入 S5,若否,则返回 S2;
华中科技大学 2021-04-14
中国科学技术大学在植物叶片代谢物质谱成像取得新进展
近日,中国科学技术大学国家同步辐射实验室潘洋教授团队利用自行研发的解吸电喷雾电离/二次光电离(DESI/PI)质谱成像平台(Analytical Chemistry,2019,91, 6616-6623)结合多孔聚四氟乙烯印迹技术,实现对多种植物叶片中代谢物的空间成像。
中国科学技术大学 2022-10-17
国科大博士生导师徐富强在星形胶质细胞活体成像方面取得进展
研究团队在精密测量院研究员徐富强和王杰的带领下,联合磁共振成像与病毒基因改造技术率先提出一种新型基因编码生物磁共振成像技术,逐步实现神经元网络(Neuroimage, 2019; Human Brain Mapping, 2021)和星形胶质细胞(Molecular Psychiatry, 2022)在体水平的无创检测。
中国科学院大学 2022-06-01
2020年“双百计划”典型案例:江南大学“企业家辅导员”校企协同育人项目
2020年“双百计划”典型案例:江南大学“企业家辅导员”校企协同育人项目
中国高等教育博览会 2022-02-11
十一部门:推动企业联合科研院所、高校等组建产学研用协同创新联合体
5月16日,工信部、国家发改委等十一个部门联合印发《关于开展“携手行动” 促进大中小企业融通创新的通知》,《通知》明确,推动大企业、中小企业联合科研院所、高校等组建一批大中小企业融通、产学研用协同的创新联合体,鼓励承接科技重大项目,加强共性技术研发。
工业和信息化部 2022-05-16
白藜芦醇作为嘧霉胺的协同增效剂在防治葡萄灰霉病中的应用
本发明公开了白藜芦醇作为嘧霉胺的协同增效剂在防治葡萄灰霉病中的应用。防治葡萄灰霉病时,采用白藜芦醇和嘧霉胺的甲醇水溶液,其中,白藜芦醇的浓度为5~1000mg/L,嘧霉胺的浓度为0.3~88mg/L;具体表现为抑制葡萄灰霉病菌(Botrytis cinerea)的菌丝生长和/或孢子萌发。本发明采用的白藜芦醇作为一种常见的植物提取物,绿色安全,有益于人体健康,其作为苯氨基嘧啶类杀菌剂嘧霉胺的协同增效剂,极大地降低了嘧霉胺的使用量,且对葡萄灰霉病具有显著防效。
中国农业大学 2021-04-11
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