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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题
癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一，基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性，对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义，而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析，还面临很多挑战。
肿瘤样本具有其独有的特点，在样本制备和单细胞分离过程中，其细胞应激反应大、坏死细胞多，为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战；
肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题，比如复杂的微环境和高度的异质性，而如何充分考虑这些难点，并从信息学的视角进行深入研究，有待建立全面、自动的分析框架；
肿瘤单细胞数据的分析，对科研人员的编程能力和分析经验要求很高，亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛，提高研究的效率。
2.解决方案
本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括：
1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题，提出了全面、精细的数据质量控制方案；
2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程（数据标准化、降维、聚类、差异表达分析）；
3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法；
4)从重要表型（细胞周期、干性）、基因集（已知的和潜在的）两方面深度解析了肿瘤内部的异质性；
5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法；
6)构建了自动化、智能化分析的软件平台，能够自动生成全面、直观的分析报告。
基于本项成果产生的产品、服务或解决方案：
1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer；
2)针对软件使用和分析结果解读的服务；
3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。
3、合作需求
团队要求：合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验，能为本项目的应用与落地提供条件；
资金需求：合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学
2022-08-30
一种室内可见光ＯＡＭ组播通信系统发射端
本发明公开了一种室内可见光ＯＡＭ组播通信系统，其下行链路通过激光器ＬＤ产生调制有组播信息的高斯光束，经二维激光分束器和空间光调制器，将准直的激光变成带有螺旋相位的ＯＡＭ光束。空间光调制器在进行ＯＡＭ螺旋相位调制的同时，通过将光束打旋的方式，扩展每一束光的覆盖面积，同时各光束照射区域重叠，以此弥补单一光束的中心暗斑，实现无盲区传输。针对组播通信系统，本
东南大学
2021-04-14
一种单链片段抗体-多肽融合蛋白及其应用
本发明提供了一种单链片段抗体-多肽融合蛋白及其应用,该蛋白是一种具有结合 Her2受体和携带抗癌siRNA药物双向功能的融合蛋白,可以作为抗癌siRNA的药物 载体。其中,单链片段抗体为Her2-ScFv,多肽为鱼精蛋白片段多肽。该单链片段抗 体-多肽融合蛋白的序列如SEQ ID NO.1所示的序列。本发明构建的Her2单链片段抗 体与鱼精多肽的融合蛋白具有结合Her2受体和携带抗癌siRNA药物的双向功能。本 发明的融合蛋白能把抗癌siRNA药物定向导入目标癌细胞中,开发了非病毒载体工 具,加速RNAi技术应用于临床。
中山大学
2021-02-01
一种单链片段抗体-多肽融合蛋白及其应用
项目成果/简介:本发明提供了一种单链片段抗体-多肽融合蛋白及其应用,该蛋白是一种具有结合 Her2受体和携带抗癌siRNA药物双向功能的融合蛋白,可以作为抗癌siRNA的药物 载体。其中,单链片段抗体为Her2-ScFv,多肽为鱼精蛋白片段多肽。该单链片段抗 体-多肽融合蛋白的序列如SEQ ID NO.1所示的序列。本发明构建的Her2单链片段抗 体与鱼精多肽的融合蛋白具有结合Her2受体和携带抗癌siRNA药物的双向功能。本 发明的融合蛋白能把抗癌siRNA药物定向导入目标癌细胞中,开发了非病毒载体工 具,加速RNAi技术应用于临床。项目阶段:成果已转化
中山大学
2021-04-10
一种TNFSF15可溶性蛋白的纯化方法
本发明涉及一种TNFSF15可溶性蛋白的纯化方法，包括如下步骤：(1).IPTG诱导、(2).菌体裂解、(3).上柱洗脱、(4).除盐分装。本发明纯化方案通过低温诱导的方式，并且以很低的IPTG诱导浓度，降低蛋白在包涵体中的表达，提升可溶性蛋白的含量，并用较为温和的裂解纯化方式，提高蛋白的稳定性和活性。并且操作简便，制作周期短，消耗资源少，方便放大生产。
南开大学
2021-04-10
吴益东教授团队揭示Bt杀虫蛋白“双通道”进攻机制
南京农业大学植物保护学院吴益东教授团队在Bt杀虫机制研究方面取得重要进展，发现了Bt杀虫蛋白对棉铃虫的一种新型“双通道”杀虫机制。 吴益东教授团队的最新研究发现，棉铃虫ABC转运蛋白ABCC2和ABCC3均为Bt受体，用CRISPR基因编辑技术分别敲除这两个基因，不能获得Bt抗性；而同时敲除这两个基因后获得了超过1.5万倍的极高水平抗性。这意味着，同时敲除这两个基因会使Bt毒素对棉铃虫的进攻完全失效。 吴益东解释，ABCC2和ABCC3是一对结构高度相似、功能相互重叠的Bt受体，Bt毒素在寻找受体发起攻势时，相当于获取了深入敌营的“双重通道”。因此，棉铃虫缺失ABCC2和ABCC3中的任何一个受体均不影响Bt的杀虫效果，从而限制了棉铃虫在ABCC2和ABCC3通路上的抗性进化能力。 棉铃虫和Bt毒素的攻防之间，存在着相互适应、协同进化的复杂关系。在Bt毒素对棉铃虫“双通道”杀虫机制的压制下，棉铃虫可以避其锋芒，在Bt毒素进攻薄弱环节进化出新的抗性机制。在吴益东教授团队的前期研究中，发现了棉铃虫为削弱Bt杀虫能力进化出的2种抗性机制：一种是棉铃虫Bt受体HaCad（一种钙粘蛋白）通过基因缺失突变，另一种是四跨膜蛋白TSPAN1通过L31S点突变，在这两种情况下，棉铃虫通过丧失HaCad的受体功能或增强肠道修复能力，使Bt抗性显著增强。 团队的研究还发现，我国棉铃虫田间抗性个体携带的抗性基因在2010年前以HaCad突变为主，2013年后以TSPAN1点突变为主，尚未在田间检测到ABCC2和ABCC3突变，其中原因，可能正是这次的研究所揭示的，是ABCC2和ABCC3这一对功能冗余的受体为Bt毒素的进攻提供了相互并联的“双通道”，因此捆住了棉铃虫利用这一对受体发生变异而逃逸攻击的“手脚”。
南京农业大学
2021-02-01
万建民院士团队揭示稻米蛋白品质形成分子机制
我校万建民院士团队在植物学权威刊物《The Plant Cell》在线出版了题为“GPA5encodes a Rab5a effector required for post-Golgi trafficking of rice storageproteins”的研究成果。 万建民院士团队发现了一个新的谷蛋白后高尔基体分选缺陷突变体gpa5，通过图位克隆的方法证实GPA5编码一个具有磷脂结合能力的植物特有调控因子。在胚乳细胞中，GPA5特异分布在致密囊泡外围。亚细胞定位分析证实GPA5的膜定位依赖于前期鉴定的GPA1/Rab5a和GPA2/VPS9a。生化分析进一步证实GPA5可特异与GPA1/Rab5a的激活态形式互作，表明GPA5可能是GPA1/Rab5a的效应子（effector）。后续的功能研究发现，GPA5可与栓系复合体CORVET和含有VAMP727的膜融合复合体SNARE互作，介导致密囊泡与蛋白贮藏液泡的膜融合，以完成谷蛋白的转运。 万建民院士团队以解析水稻谷蛋白合成、转运和沉积的分子网络途径为目标，长期致力于稻米蛋白品质改良的分子遗传基础研究。本研究是该团队在《植物细胞（The Plant Cell）》和《分子植物（Molecular Plant）》等杂志相继报道GPA1/Rab5a, GPA2/VPS9a,GPA3和GPA4/Got1B调控谷蛋白分选后，在稻米蛋白品质形成的分子机理研究中取得的又一重要进展，进一步丰富了人们对谷蛋白转运分子网络途径的认识，为稻米蛋白品质的改良奠定了理论基础。
南京农业大学
2021-02-01
冷冻电镜技术解析新冠病毒受体ACE2蛋白
西湖大学周强实验室利用冷冻电镜技术成功解析此次新冠病毒的受体——ACE2的全长结构。这是世界上首次解析出ACE2的全长结构。相关研究内容于北京时间2月19日凌晨3点左右在预印版平台bioRxiv上线。这也是西湖大学承担的浙江省新型冠状病毒肺炎防治应急科研攻关任务的重要成果。 新型冠状病毒感染引发的肺炎疫情爆发后，武汉病毒研究所的科学家发现，新型冠状病毒和2003年的SARS病毒一样，也是通过识别ACE2蛋白进入人体细胞的，ACE2是“新冠病毒”侵入人体的关键。研究发现，在SARS病毒和“新冠病毒”侵入人体的过程中，ACE2就像是“门把手”，病毒抓住它，从而打开了进入细胞的大门。 周强实验室针对这个问题进行了攻坚。第一步，他们要获取ACE2蛋白全长蛋白，但作为膜蛋白的ACE2本身很难在体外稳定获得。周强及博士后鄢仁鸿在文献中发现ACE2与肠道内的一个氨基酸转运蛋白B0AT1能够形成复合物。根据他们过去的研究经验，这个复合物极有可能稳定住ACE2。果然，他们通过共表达的方法获得了ACE2与B0AT1优质稳定的复合物，并利用西湖大学的冷冻电镜平台成功解析了其三维结构，分辨率达到2.9埃，对于病毒识别至关重要的胞外结构域分辨率为2.7埃。通过分析ACE2的全长蛋白结构，周强实验室发现ACE2以二聚体形式存在，同时具有开放和关闭两种构象变化，但两种构象均含有与冠状病毒的相互识别界面。一研究发现为进一步解析全长ACE2和新冠病毒的S蛋白复合物的三维结构奠定了基础。
西湖大学
2021-04-10
蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP3及其编码的核酸序列
本发明公开了一种蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP3编码的核酸序列，所分离出的DNA分子包括：编码具有蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP3活性的多肽核苷酸序列，该核苷酸序列与SEQ？ID？NO：1中从核苷酸第767-871位的核苷酸序列有至少70％的同源性；或者该核苷酸序列能在40-55℃条件下与SEQ？ID？NO：1中从核苷酸第767-871位的核苷酸序列杂交。本发明还同时公开了一种蝶蛹金小蜂抗菌蛋白多肽Pp-AP3，其具有SEQ？ID？NO：2所示的氨基酸序列。本发明的蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP3具有抗菌性能。
浙江大学
2021-04-11
蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP5及其编码的核酸序列
本发明公开了一种蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP5编码的核酸序列，所分离出的DNA分子包括：编码具有蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP5活性的多肽核苷酸序列，该核苷酸序列与SEQ？ID？NO：1中从核苷酸第329-454位的核苷酸序列有至少70％的同源性；或者该核苷酸序列能在40-55℃条件下与SEQ？ID？NO：1中从核苷酸第329-454位的核苷酸序列杂交。本发明还同时公开了一种蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP5，其具有SEQ？ID？NO：2所示的氨基酸序列。蝶蛹金小蜂抗菌蛋白Pp-AP5具有抗菌性能。
浙江大学
2021-04-11