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用相关病毒模型筛选抗2019新冠病毒老药
病毒的同源性包括基因组核苷酸序列的同源,也包括蛋白质氨基酸序列的同源。在序列比对方面,穿山甲冠状病毒与新冠病毒在氨基酸序列同源性方面超过90%的相似度。对于药物筛选来说,蛋白质氨基酸序列的同源性越高,意味着病毒生命活动的方式越相近,可以形象地理解为,两个病毒的“行为方式”非常一致。这种“行为方式”与新冠病毒极为相似的病毒,能不能替代新冠病毒用于药物筛选呢?童贻刚敏锐地意识到:如果可以,那么“筛药”工作将在针对新冠病毒的同时,也保障了实验的安全性,筛药工作将走出高安全等级实验室,走进普通P2实验室。
北京化工大学 2021-04-10
人工智能药物筛选、药物设计及毒性预测算法
本成果采用最新的深度学习和分子模拟算法,结合新一代分子特征化方法,开发了多种计算机模型,可用于药物开发中的多个阶段,为药物的快速设计开发提供一个完整的基于人工智能的解决方案。成果:1.药物毒性预测方法:传统的化合物毒性检测技术一般需要使用生化试验、细胞实验、甚至动物模型,这些方法不仅耗费大量时间,而且成本很高。使用计算模型进行有机化合物的毒性预测,所需投入较少,但产出巨大。特别是基于化合物的物理化学和结构特性的计算模型,甚至能够在化合物合成之前就对其进行预测,大大提高了效率,使其越来越受到欢迎。在进行体外和体内试验之前先使用计算机模型对化合物进行大规模的毒性筛选,能够更好地解决候选药物具有毒性的问题。我们建立了一套新的基于多种分子指纹和机器学习算法的化合物毒性预测集成学习算法,运用此集成学习算法建立了新的有机化合物致癌性、致突变性和肝毒性预测模型。我们分别建立了名为CarcinoPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/CarcinoPred-EL/, 致癌性预测)、MutagenPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/MutagenPred-EL/, 致突变性预测)、LiverToxPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/LiverToxPred-EL/, 肝毒性预测)的预测服务器,这些服务器能够为使用者提供更高效更便捷的预测技术服务。自2017年服务器发表起,我们已为国内外药物分子设计研究者提供了5000多次共计超过20多万个化合物的毒性预测服务。在有机化合物毒性预测研究方向,我们主要完成了化合物的细胞毒性、心脏毒性、生殖毒性、血脑屏障透过性、水生生物毒性预测模型,以及糖尿病早期筛查模型的开发,正在进行P450酶阻滞剂性预测模型、基于图神经网络的毒性预测算法研究、基于分子对接的化合物毒性预测研究等。相关研究成果已发表多篇学术论文(Zhang L., et al. Scientific Reports, 2017, 7: 2118. WOS被引次数80,ESI 1%高被引论文;Ai H., et al. Toxicological Sciences, 2018, 165: 100-107;Yin Z., et al. Journal of Applied Toxicology. 2019, 39(10): 1366-1377;Ai H., et al. Ecotoxicology and Environmental Safety. 2019, 179: 71-78;Liu M., et al. Toxicology Letters. 2020, 332: 88-96;Feng H., et al. Toxicology Letters. 2021, 340: 4-14;Li S. et al. Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences. 2021, 13: 25-33.)致癌性预测服务器首页致癌性预测结果页相关综述对本服务器的介绍RF-hERG-Score预测药物引起的hERG相关心脏毒性2.药物设计方法:在计算机上对药物靶点和药物分子的结构和活性建模,计算药物与靶点之间的相互作用关系,从而设计出具有治疗作用的药物。计算机辅助药物设计可以为药物设计各阶段的实验方案提供有意义的指导,减少需要通过实验评估的候选药物的数量,从而加快新药研发速度。我们应用分子对接、分子动力学模拟、自由能计算、机器学习等方法研究流感病毒等重要疾病的计算机辅助药物设计、并开发更有效的计算机辅助药物设计方法。在计算机辅助药物设计研究我们主要完成了流感病毒M2质子通道蛋白抑制剂虚拟筛选方法研究,正在进行先导化合物生成模型研究、基于机器学习的虚拟筛选打分函数算法开发、SARS-CoV-2病毒S蛋白与受体相互作用及药物设计研究。特异性重打分函数显著虚拟筛选性能显著较高筛选出两个候选抑制剂3.药物靶点识别方法:长非编码RNA(lncRNA)是一种长度在200nt至100,000nt之间的非编码RNA,是转录物的主要成分。研究表明lncRNA在许多生物学和病理学过程中起着重要作用。lncRNA起作用的重要途径是与其靶蛋白结合。lncRNA-蛋白质相互作用的实验研究需要大量资源。累积的实验数据使得通过计算方法预测lncRNA-蛋白质相互作用成为可能。我们使用各种数学建模和机器学习方法开发了几种用于预测lncRNA-蛋白质相互作用的新模型。这些模型命名为:RWLPAP(随机游走),LPI-NRLMF(邻域正则化逻辑矩阵分解),IRWNRLPI(集成随机游走和邻域规则化Logistic矩阵分解),LPI-BNPRA(双向网络投影推荐算法),LPI-ETSLP(基于特征值变换的半监督链路预测),HLPI-Ensemble(集成学习)。在交叉验证中,我们的模型获得了较好的预测性能。lncRNA-蛋白质相互作用预测模型的性能比较lncRNA-蛋白质相互作用预测服务器相关软件著作权:
辽宁大学 2021-04-10
人工智能药物筛选、药物设计及毒性预测算法
本成果采用最新的深度学习和分子模拟算法,结合新一代分子特征化方法,开发了多种计算机模型,可用于药物开发中的多个阶段,为药物的快速设计开发提供一个完整的基于人工智能的解决方案。 成果:1.药物毒性预测方法:传统的化合物毒性检测技术一般需要使用生化试验、细胞实验、甚至动物模型,这些方法不仅耗费大量时间,而且成本很高。使用计算模型进行有机化合物的毒性预测,所需投入较少,但产出巨大。特别是基于化合物的物理化学和结构特性的计算模型,甚至能够在化合物合成之前就对其进行预测,大大提高了效率,使其越来越受到欢迎。在进行体外和体内试验之前先使用计算机模型对化合物进行大规模的毒性筛选,能够更好地解决候选药物具有毒性的问题。我们建立了一套新的基于多种分子指纹和机器学习算法的化合物毒性预测集成学习算法,运用此集成学习算法建立了新的有机化合物致癌性、致突变性和肝毒性预测模型。我们分别建立了名为CarcinoPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/CarcinoPred-EL/, 致癌性预测)、MutagenPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/MutagenPred-EL/, 致突变性预测)、LiverToxPred-EL (http://112.126.70.33/toxicity/LiverToxPred-EL/, 肝毒性预测)的预测服务器,这些服务器能够为使用者提供更高效更便捷的预测技术服务。自2017年服务器发表起,我们已为国内外药物分子设计研究者提供了5000多次共计超过20多万个化合物的毒性预测服务。在有机化合物毒性预测研究方向,我们主要完成了化合物的细胞毒性、心脏毒性、生殖毒性、血脑屏障透过性、水生生物毒性预测模型,以及糖尿病早期筛查模型的开发,正在进行P450酶阻滞剂性预测模型、基于图神经网络的毒性预测算法研究、基于分子对接的化合物毒性预测研究等。相关研究成果已发表多篇学术论文(Zhang L., et al. Scientific Reports, 2017, 7: 2118. WOS被引次数80,ESI 1%高被引论文;Ai H., et al. Toxicological Sciences, 2018, 165: 100-107;Yin Z., et al. Journal of Applied Toxicology. 2019, 39(10): 1366-1377;Ai H., et al. Ecotoxicology and Environmental Safety. 2019, 179: 71-78;Liu M., et al. Toxicology Letters. 2020, 332: 88-96;Feng H., et al. Toxicology Letters. 2021, 340: 4-14;Li S. et al. Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences. 2021, 13: 25-33.) 致癌性预测服务器首页 致癌性预测结果页 相关综述对本服务器的介绍 RF-hERG-Score预测药物引起的hERG相关心脏毒性 2.药物设计方法:在计算机上对药物靶点和药物分子的结构和活性建模,计算药物与靶点之间的相互作用关系,从而设计出具有治疗作用的药物。计算机辅助药物设计可以为药物设计各阶段的实验方案提供有意义的指导,减少需要通过实验评估的候选药物的数量,从而加快新药研发速度。我们应用分子对接、分子动力学模拟、自由能计算、机器学习等方法研究流感病毒等重要疾病的计算机辅助药物设计、并开发更有效的计算机辅助药物设计方法。在计算机辅助药物设计研究我们主要完成了流感病毒M2质子通道蛋白抑制剂虚拟筛选方法研究,正在进行先导化合物生成模型研究、基于机器学习的虚拟筛选打分函数算法开发、SARS-CoV-2病毒S蛋白与受体相互作用及药物设计研究。 特异性重打分函数显著虚拟筛选性能显著较高 筛选出两个候选抑制剂 3.药物靶点识别方法:长非编码RNA(lncRNA)是一种长度在200nt至100,000nt之间的非编码RNA,是转录物的主要成分。研究表明lncRNA在许多生物学和病理学过程中起着重要作用。lncRNA起作用的重要途径是与其靶蛋白结合。lncRNA-蛋白质相互作用的实验研究需要大量资源。累积的实验数据使得通过计算方法预测lncRNA-蛋白质相互作用成为可能。我们使用各种数学建模和机器学习方法开发了几种用于预测lncRNA-蛋白质相互作用的新模型。这些模型命名为:RWLPAP(随机游走),LPI-NRLMF(邻域正则化逻辑矩阵分解),IRWNRLPI(集成随机游走和邻域规则化Logistic矩阵分解),LPI-BNPRA(双向网络投影推荐算法),LPI-ETSLP(基于特征值变换的半监督链路预测),HLPI-Ensemble(集成学习)。在交叉验证中,我们的模型获得了较好的预测性能。 lncRNA-蛋白质相互作用预测模型的性能比较 lncRNA-蛋白质相互作用预测服务器相关软件著作权:
辽宁大学 2021-05-10
一种高含油量花生的定向筛选方法
本发明提供了一种高含油量花生的定向筛选方法,本发明利用在培养基中添加羟脯氨酸来筛选高含油量花生,在添加有羟脯氨酸的培养基中,耐脱水能力弱、一般含油量花生的细胞因失水而凋亡;耐脱水能力强、高含油量花生的细胞才能存活,凡是能在该培养基上成活和正常发育的花生细胞,其含油量必定是高的;凡是不能在该培养基上成活和正常发育的花生细胞,其含油量必定是低的;以此技术形成了高含油量花生的定向培育技术。本发明通过定向
青岛农业大学 2021-01-12
抗肿瘤新化合物的合成研究及药效筛选
利用目前已上市靶向抗癌药物索拉非尼(sorafenib)作为先导化合物,在分析其基本化学结构基础上,设计合成一系列结构类似的衍生物。通过系统的药理毒理学研究,对所合成的新化合物进行有目的筛选,从而发现新药,并对其进行系统的研究,目标是研制出具有自主知识产权的靶向抗癌新药。在未来的肿瘤治疗发展中,针对分子靶点的新一代抗肿瘤药物将凭借其特异性与靶向性,在抗癌治疗中将发挥重要作用。尤其是以酪氨酸激酶为靶点进行抗肿瘤药物的研发,具有十分广阔的前景。江苏省药物研究所原名南京药物研究所,始建于1962年7月,2006年12月整体划转南京工业大学,是具有独立法人资格的专门从事新药创新与开发研究的专业科研机构。至今共取得新药证书158份。江苏省药物研究所有限公司学科建设和科研设备齐全,以江苏省药物研究所为依托的“江苏省药物安全性评价中心”、“江苏省动物质量检测站”、“江苏省药物新剂型研究与工程化服务技术中心”是江苏省“三药”示范工程的重点配套设施。我所长期服务于企业,已与江苏省恩华药业股份有限公司、江苏亚邦药业集团股份有限公司、江苏四环生物股份有限公司等多家上市公司结为校企联盟,具有良好的产学研合作基础与传统。
南京工业大学 2021-04-13
治疗养殖鱼类细菌性疾病的药物筛选方法
研发阶段/n(1)采用BHIA培养基从患病鱼体病灶处(或者从肝、脾、肾、腹水)分离病原菌,在初培养的基础,挑取单个菌落进行纯培养并快速鉴定其种类。(2)将分离菌株接种在盛有适宜的培养基的平板中,采用药物纸片检测分离菌株的药物敏感性,确定分离菌株的药物敏感谱。(3)参照日本化学疗法学会的试管法,在药物系列试管中测定抗生素类药物对分离致病菌的抑、杀菌浓度,根据不同种类的抗生素类药物对分离菌株的最小抑菌浓度(MIC)的大小,选择治疗疾病的适宜药物种类和剂量用药。应用前景:适用于全国各地的海、淡水水产养殖区
华中农业大学 2021-01-12
透明白炭黑(又称活性白炭黑)
透明白炭黑具有优良的活性度和吸附率,分散性良好,是上世纪90年代初开发成功的新型白炭黑品种,随着生产制备技术的不断改进和完善,该产品的生产和应用在我国普遍受到商家的喜爱和欢迎。生产方法和工艺流程以净化并稀释的水玻璃溶液同盐酸在中和反应槽中反应,并加入晶种,将产物经过滤,洗涤,喷雾干燥即可得到产品。产品应用前景 透明白炭黑广泛应用于电线电缆,电线套管,橡胶透明底的填料,新闻纸的填料,还用于增稠剂,抗沉淀剂,消光剂,塑料开口剂,液体药物吸附剂,化妆品等生产中,尤以新闻纸业的生产中用量最大,可十分显著地提高低温的印刷速度,机械强度,耐撕裂强度,不透明性,降低纸浆用量,应用前景十分好。
武汉工程大学 2021-04-11
生物活性磷酸钙陶瓷人工骨
物活性磷酸钙陶瓷人工骨是在江苏省高技术研究项目和东南大学国际合作研究项目资助下,与国际行进水平同步的应用研究成果。该人工骨应用模板法成型,组成上与骨的无机物组成接近,结构上与自然骨中松质骨空间网状多孔状结构类似,具有优良的生物相容性和骨传导性。图1为人工骨外观照片和类似于松质骨网状孔隙结构的扫描电镜照片,与天然骨类似的仿生空间网状多孔结构,是本成果与现有合成人工骨产品最显著的区别。用途:骨科、牙科及整形外科(1)各种创伤性骨缺损修复;(2)先天畸形引起的骨缺失或骨缺损治疗,如颚裂、齿槽突裂等;(3)骨结核,骨肿瘤彻底清除病灶后的骨缺损修复;(4)关节融合,椎体植骨融合,矫形植骨;(5)骨折延迟愈合,骨不连等的治疗。性能:孔径300-500m;孔隙率≥70%;抗压强度:>1.5MPa,用于各种骨缺损修复。
东南大学 2021-04-11
臭氧生物活性炭深度处理技术
饮用水过程中预处理和深度处理通常是分别在饮用水常规处理工艺之前和以后,采 用适当地处理方法,将常规处理工艺不能有效去除的污染物或消毒副产物的前体物加以 去除,以提高和保证饮用水质。臭氧活性炭技术是目前饮用水处理中最为有效和经济的 处理工艺之一,臭氧是一种强氧化剂,它对水体中病毒的灭活十分有效,将其作为饮用 水预处理技术,可氧化部分溶解性有机物和有效改善常规处理混凝效果。臭氧生物活性 炭采取先臭氧化后活性炭吸附,在活性炭吸附中又继续氧化,这样可以扬长避短,充分 发挥活性炭吸附和臭氧氧化各自所长,克服各自所短。通过该工艺,臭氧能使难氧化降 解的高分子有机物被氧化成易生物降解的低分子有机物,这不仅为炭柱降解有机物创造 了条件,也减轻了活性炭的吸附负荷。同时,臭氧氧化使水中有充足的溶解氧,反过来 又为好氧微生物的生命活动提供了良好的条件。其中,生物活性炭是利用微生物去吸收 利用被活性炭吸附的污染物,客观上起到了使活性炭再生的作用。通过长期中试和生产 性试验证实:对于微污染黄浦江原水,经处理后水质达到了《城市供水水质标准》(CJ/T 206-2005)要求和即将颁布的《生活饮用水卫生标准》要求。试验结果处理后主要水质 指标氨氮≤0.5mg/L,CODMn≤3.0mg/L,能将 Ames 致突变试验阳性的原水转变为 Ames 致 突变试验阴性的出厂水。
同济大学 2021-04-13
活性粉末混凝土的开发与应用
概述:活性粉末混凝土是由超细活性粉末(复合掺合料)、水泥、优质石英砂、高强钢纤维、外加剂等组成。通过最优化级配设计,经高温热合(蒸汽养护)等特定工艺制备而成的高技术复合材料。与普通和高性能混凝土相比具有超高强度、高韧性、高耐久性、高体积稳定性和环保性等特点。在工程中应用可显著减轻结构自重(可减轻自重1/3),可显著提高结构的整体性能。有以下创新点: ①材料创新:采用国产原材料与工业废渣制备出200MPa级活性粉末混凝土,性能达到国际同类材料的指标,造价仅为其50%左右。 ②工艺创新:解决低水胶比高粘度物料的均匀搅拌问题;解决大型构件与小型薄壁构件的浇注、成型与养护问题,形成了成套工艺技术。 ③形成了较为完善的活性粉末混凝土基础理论,提出了结构设计方法。 ④国内第一家在大型桥梁结构与薄型耐久构件得到应用,采用本成果新材料与设计方法设计的超低高度梁,有效降低了截面高度与自重,并提高了耐久性。 同类技术或成果比较:本项目组研发的200MPa级活性粉末混凝土,国内第一家在实际工程中得到应用;国际上美国、加拿大、韩国等国家也相继在实际工程中应用,目前处于试研制阶段;本项目组的相关研究成果达到国内领先、国际先进水平。 该项目现处于产业化阶段。 应用范围: 本项目可应用于道桥主体及附属结构、建筑结构、市政结构、核工业等,具有广阔的应用前景。
北京交通大学 2021-04-13
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