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西安交大科研人员开发微卫星不稳定性检测新方法,助力肿瘤精准检测
微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, 简称MSI)是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型,多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。微卫星不稳定性与肿瘤的发生、发展,治疗方案制定及治疗效果预测相关,更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前,临床上使用的两种微卫星不稳定性检测的金标准方法:MSI-PCR和MSI-IHC,都需要专业技术人员通过实验操作来完成,均费时费力且成本较高。近年来,随着高通量测序(Next Generation Sequencing)的发展,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方法开始显露头角,在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下,极大的缩减了检测时间并减少了检测成本,大幅提高了推广微卫星不稳定性检测的可行性。2014年,西安交大叶凯教授团队率先开发了基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方案——MSIsensor。2017年该检测方案作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的微卫星不稳定性计算方法,通过了美国食品药品监督管理局的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心测试表明,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测与金标准的一致性可达99.4%。然而,微卫星不稳定性检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面,这一份正常对照样本限制了微卫星不稳定性的应用场景,尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况;另一方面,额外的对照样本增加了微卫星不稳定性的检测成本。基于上述原因,在叶凯指导下,叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索,从微卫星不稳定性发生机理出发,通过数学模型抽象,从单个肿瘤样本中提取特征,开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的微卫星不稳定性检测,只需50个微卫星位点的测序数据即可实现微卫星不稳定性的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了微卫星不稳定性的应用范围,减低了微卫星不稳定性检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。 该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(影响因子6.597)上。叶凯的博士生贾鹏为该论文的第一作者,叶凯为通讯作者,西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。论文链接为:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
西安交通大学 2021-04-10
基于工业机器人的大口径光学元件高效精密磨抛加工关键技术与装备开发
成果简介: 国内外大科学工程研究中如激光聚变,空间光学,天文望远镜等,都对大口径光学元件提出了较大的需求和较高的要求,而国内大口径光学加工制造能力还远落后于美国,欧洲等国家。随着国内对大口径光学元件的需求越来越大,精度越来越高,口径越来越大,孔径也不断增大,适用于大尺寸、非球面、高效、精密的柔性加工技术已成为制约其发展和亟待解决的关键问题。利用智能化自动化技术生产取代传统手工低效率研磨已经成为必然趋势。为适应大口径光学元件的加工,结合现有成熟工业机器人技术条件,先进制造装备及控制实验室开展了多工具柔性磨抛复合加工技术的研究,利用工业机器人模拟手工研磨镜面加工技术,通过在末端关节安装的专门研发磨抛工具头对各型大口径平面及曲面类光学元件进行高效率研磨加工,还能根据光学元件面形检测得出的误差结果,专门开发了自主知识产权的软件能智能化地在光学表面相应的区域自动选择修正工具,并自动通过高效叠代算法得出合适的磨抛材料去除函数,并生成高精度光学表面加工程序,有效地控制加工大口径光学元件过程中产生的各种误差,特别是能有效克服“蹋边问题”,该成套技术不仅能大大提高大口径光学元件的抛光效率和加工精度,另外与采用精密数控机床加工相比还能有效降低企业设备采购与维护成本。 应用领域: 核聚变、空间光学、天文光学望远镜、光学镜头等涉及光学元件制造行业 技术指标: 实现直径1米的大口径光学元件磨抛加工; 直径500mm的平面反射镜有效口径范围面形精度达到PV=0.387λ、rms=0.063λ。
电子科技大学 2017-10-23
开发抗HIV药物关键中间体高效合成方法 相关药物对新冠病毒有初期活性
该研究主要通过铑催化的不对称转移氢化非对映选择性地构筑两种氨基氯代醇2和3(上图),然后经过简单的碱处理过程可得到关键的氨基环氧中间体。与此前一些还原策略相比较,该合成方法极大地提高了合成效率和非对映选择性(转化数TON高达4900,非对映选择性高达99:1)。从这两个关键中间体出发可以合成一系列的抗HIV蛋白酶抑制剂类药物,例如阿扎那韦(Ataz
南方科技大学 2021-04-14
二氧化碳减排与资源化绿色利用的 关键技术开发及应用
CO2是引起地球温室效应的罪魁祸首,极难与普通化合物发生反应,本项目是以CO 2 为原料,通过过程耦合和产品耦合等方法,开发了一系列产品清洁生产新工艺,形成了具有自主知识产权的创新成果:1)借用了环氧化合物生产二元醇过程浪费的活性和能量活化CO 2 ,发明了近临界催化反应、热循环节能和反应吸收耦合过程强化新技术,经碳酸丙(乙)烯酯,合成绿色化工原料碳酸二甲酯并联产二元醇;2)在循环经济和节能减排技术领域首先提出了原子有效利用率和社会资源有效利用率的环境友好的评价理论体系,开发了反应耦合过程特性多尺度模拟与优化及工程放大技术;3)从CO 2资源化绿色利用的角度,通过碳酸二甲酯间接实现CO 2 代替剧毒光气,开发了原光气为原料生产的碳酸酯系列产品等;4)发明了产品耦合、过程耦合、能量耦合与系统集成等多项过程强化关键技术和塔设备单元强化技术。 本项目推广应用12家企业,与国外先进的甲醇氧化羰基化法相比节约投资75%以上,节能90%以上,投资少、成本低。本项目推广应用后,碳酸酯系列产品从进口国变成了出口国。本项目是减排CO 2并实现资源化绿色化利用的节能、可持续发展、低碳技术。项目具有自主知识产权,掌握核心技术,已获授权发明专利6项,被列为国家863计划重点支持项目。 先后荣获:省部级科技进步奖10余项,2010年中国石化行业协会技术发明一等奖,上海市技术发明一等奖。
华东理工大学 2021-04-13
降解对比抑制:开发靶向3-羟基-3-甲基-戊二酰辅酶A还原酶的降解小分子
4月22日,饶燏课题组与武汉大学宋保亮课题组合作在《药物化学杂志》(Journal of Medicinal Chemistry)发表题为“降解对比抑制:开发靶向3-羟基-3-甲基-戊二酰辅酶A还原酶的降解小分子”(Degradation Versus Inhibition: Development of Proteolysis-Targeting Chimeras for Overcoming Statin-Induced Compensatory Upregulation of 3-Hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme A Reductase)的研究论文。HMGCR(3-Hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme A Reductase)是胆固醇( cholesterol)合成途径中的限速酶,并且是经典的治疗血脂异常的药物靶点。它的抑制剂( statin,他汀类化合物)如阿伐他汀(atorvastatin,立普妥®,辉瑞)在临床被用于预防和治疗心血管疾病,并取得了极大的成功。但是有相当一部分人对他汀类药物不耐受,比如会发生骨骼肌损伤等较为严重的副作用,这有可能与服用他汀类药物后体内通过负反馈调节导致HMGCR补偿性表达升高有关。因而在该工作中,研究人员利用蛋白靶向降解嵌合体(Proteolysis-Targeting Chimera, PROTAC)的技术,对HMGCR在进行降解而起到抑制胆固醇合成作用的同时可以避免HMGCR的高表达,从而有望降低副作用。 图1.抑制剂与PROTAC对HMGCR的影响 在该工作中,研究人员首先筛选出SRD15细胞系作为细胞测试的基础,然后基于HMGCR的配体阿伐他汀和E3链接酶CRBN的配体泊马渡胺进行了一系列的构效关系研究,发现化合物P22A作为PROTAC具有较好地降解活性(DC50~100 nM)。相比之下,抑制剂阿伐他汀对HMGCR引起了明显的上调作用(图1)。 图2.抑制剂和PROTAC对LDLR和胆固醇的影响 接下来,研究人员通过一系列的生化和细胞生物学实验证实了PROTAC通过泛素-蛋白酶体系统发挥作用的机制;通过蛋白组学的研究发现抑制剂和PROTAC引起的组学应答也有很大不同。抑制剂和PROTAC对胆固醇合成抑制和通过SREBP通路引起的低密度脂蛋白受体(LDLR)表达水平上调的能力相当(图2)。 HMGCR是位于内质网上的八次跨膜蛋白, PROTAC对此类蛋白的降解能力往往有限,该工作首次证明利用PROTAC技术对内质网蛋白进行降解的可行性。另外,靶蛋白上调的现象还出现在很多其它的抑制剂中,该工作展示了面对此种情况时是PROTAC一个很好的应用场景。 宋保亮课题组博士生李美欣和饶燏组博士后杨毅庆为本工作共同第一作者,饶燏和宋保亮课题组罗婕为共同通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金、清华-北大生命联合中心以及中国博士后基金的大力支持。 原文链接: https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.0c00339
清华大学 2021-04-11
植物甾醇生物转化制造雄甾烯酮等 甾体医药中间体
本项目已成功开发多种植物甾醇生物转化制造多种甾药中间体的高效基因工程菌,分别以 雄甾-4-烯-3,17-二酮 (AD) 、雄甾-1,4-二烯-3,17-二酮 (ADD) 和9羟-雄甾烯酮 (9OHAD) 为主要目 标物,9羟-雄甾烯酮可用于制造肾上腺皮质激素,目前国内还尚未开发成功。
华东理工大学 2021-04-11
5 万吨/年混合戊烷同分异构体精细分离技术及装备
成果的背景及主要用途: 由天津大学设计开发,主要用于混合戊烷中正戊烷、异戊烷和环戊烷的分离, 并兼作混合碳四中正丁烷和异丁烷以及混合己烷中正己烷的分离。产品用途广泛, 可作为可发性聚苯乙烯及聚氨酯泡沫体系的发泡剂,用于无氟冰箱、冰柜、冷库 及管线的保温等领域;可作线性低密度聚乙烯催化剂的载溶剂,脱沥青的工业溶 剂、分子筛脱蜡的萃取剂等;也可作为化工原料,如异戊烷脱氢制异戊烯、异戊 二烯,戊烷混合物经氯化、精馏、催化水解,可生产粗戊醇,经多级分离蒸馏后得到 1-戊醇,同时正戊烷氧化生产苯酐和顺酐的研究也取得一定进展。 技术原理与工艺流程简介: 装置首次采用四塔可拆分流程,还可兼作混合碳四中正丁烷和异丁烷以及混 合己烷中正己烷的分离装置,有利于压缩建设投资。改变传统装置先分离出混合 戊烷中纯品正戊烷、异戊烷和环戊烷,再将前两者按比例混合生产发泡剂的做法, 直接产出发泡剂、正戊烷或者异戊烷以及环戊烷产品。通过消除过度分离和事后 11天津大学科技成果选编 再混合的不合理操作以及对换热网络进行优化创新,不仅较同类装置能降低 30% 左右的能耗,还提高了装置柔性和适应性(适应多种比例发泡剂生产要求和多重 工况)以及企业对市场变化的应对能力。本技术通过自主创新开拓了分离领域新 的精细分离方法。设计采用天津大学新型规整填料及塔内件技术(包括专利技术 和专有技术如导向梯形浮阀、金属折峰式波纹填料 ZUPAC、大直径丝网填料塔 填料盘增强技术、通透式填料支撑结构、端效应减小装置、变孔径流预分布管技 术、新型单级导板式液体分布器、槽盘式集油箱、双列叶片进料分布器等)。产 品质量高于同类产品,满足了混合戊烷同分异构体精细分离的需要,各项技术指 标均达到或超过了设计要求。 技术水平及专利与获奖情况: 本技术为国内领先技术,目前有两项技术专利。 <一种混合戊烷同分异构体精细分离的双效精馏方法及其系统> CN101602641 <一种对分离了双烯烃的碳五抽余原料进行深加工的方法> CN101823931A 应用前景分析及效益预测: 成果已在国内部分地区推广,并将向全国其它部分地区乃至国外进行更广泛 的推广。 应用领域:本成果可应用于精细化工产品生产领域。 技术转化条件(包括:原料、设备、厂房面积的要求及投资规模) 本成果已经处在产业化稳定应用阶段,已经转让企业 1 家。 合作方式及条件:与企业合作。 
天津大学 2021-04-11
基于离散元的单向增强复合材料代表性体元的生成方法
本发明公开了一种基于离散元的单向增强复合材料代表性体元的生成方法,属于复合材料仿真以及数值模拟技术领域。该方法包括以下步骤:给定RVE的几何尺寸、纤维体积分数和纤维半径,其中纤维横截面为圆形,生成过程中将纤维视为基本的离散元,RVE剩余部分视为基体,即可生成满足参数的代表性体元;生成纤维的过程是随机的,生成的纤维在空间上是周期性分布的,即纤维在代表性体元的上边界和下边界、左边界和右边界的分布规律完全一致,所生成的代表性体元不依赖纤维的预先分布和排列,能够得到纤维体积分数很大的代表性体元。
东南大学 2021-04-11
冻融环境下软岩体细观损伤力学特性及水热迁移机理
本研究成果是西安科技大学岩土工程杨更社科研团队在连续 2 个国家自然科学基金资助下取得的成果积累。是岩土工程学科和工程地质、基础力学学科的交叉融合。主要特点是针对冻融环境条件下软岩体,研究软岩体的冻融损伤力学特性及损伤破坏机理,冻融损伤的水热迁移及水、热耦合模型与力学分析,对岩体损伤力学理论研究和岩体工程实际应用具有重要的意义。成果获陕西省科学技术进步二等奖,出版学术专著 2 部,发表学术论文 45 篇,其中 EI 收录 20 余篇。
西安科技大学 2021-04-11
关于冷冻电镜解析的人源蛋白酶体组装的变构选择机制
蛋白酶体是细胞用来调控特定蛋白质的浓度和清除错误折叠蛋白质的主要机制,是细胞中最普遍的不可或缺的大型 蛋白复合机器之一,也是迄今为止发现的最大的蛋白降解机器。 蛋白酶体全酶是由盖子 (Lid)和基座(Base)亚复 合体组成的调控颗粒RP(Regulatory Particle)所激活。基座亚复合体在组装过程中最重要的一个步骤是异质六 聚AAA-ATPase环的组装。这个过程至少需要被PAAF1, p28/gankyrin, p27/PSMD9和S5b这四种调控颗粒(RP)组 装伴侣蛋白分子所引导。天然的自由态19S调控复合体的构象存在大量的亚稳定态,并表现出大幅度的局部构象涨 落,使冷冻电子显微镜技术成为解析其结构的唯一手段。利用 冷冻电镜解析人源蛋白酶体全酶的基础上(见PNAS 2016, 113: 12991-12996),利用他们自主开发的基于统计 流行算法的高性能计算软件ROME(见PLoS ONE 2017, 12:e0182130)与优化的冷冻电镜处理方法对p28-RP复合 体细微动态构象进行深度分类,共解析出了1个4.5-? p28绑定的调控颗粒(RP)非AAA的亚复合体,3个近7-? p28 绑定的完整RP结构,1个亚纳米精度下的非p28绑定的完整RP结构以及7个亚纳米精度下的由Rpn1-p28-AAA组成的p28 绑定RP的亚复合体的动态构象。观察到自由态RP调控颗粒中p28-绑定的AAA环并没有组成的闭 环孔状通道,而是自发地在Rpt2-Rpt6和Rpt3-Rpt4界面上形成多个由“开”到“关”的拓扑变构。
北京大学 2021-04-11
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