本发明提供了动物源食品致病菌鉴定及其耐药和毒力基因检测复合芯片。本发明提供了用于鉴定动物源食品致病菌、致病菌耐药基因和/或致病菌毒力基因的探针，由序列1‑序列171所示的单链DNA分子组成。本发明实验结果表明：本发明的动物源食品中致病菌鉴定及其耐药和毒力基因检测复合芯片，能够有效的达到同时鉴定细菌及其毒力和耐药基因的综合目的。

本发明涉及一组用于同时检测腐烂病菌、黄化病植原体和丛簇病菌的三种病原的核酸、试剂盒和检测方法，其中，用于多重PCR同时检测三种病原的核酸包括腐烂病菌、黄化病植原体和丛簇病菌的上、下游引物；用于荧光定量PCR同时检测三种病原的核酸还包括有各病原对应的探针。本发明还建立了一种比较高效、灵敏的，可同时检测腐烂病菌、黄化病植原体和丛簇病菌这三种病原的检测方法。该方法能有效提高检测的灵敏度，避免假阴性结果的

本发明涉及辣椒疫霉病菌(Phytophthora capsici)中的几丁质合酶。其氨基酸序列为与如SEQ ID No.4所示的氨基酸序列在相似性在90％以上，优选在95％以上，更优选在98％以上且具有与如SEQ ID No.4所示的氨基酸序列相同功能的氨基酸序列。所述辣椒疫霉病菌的几丁质合酶的活性水平能够调节活性孢子囊和活性游动孢子的产量从而影响辣椒疫霉病菌的致病力或寄主的发病程度。

项目阶段:在研

本发明提供了鉴定和定量低频体细胞突变的方法，特别涉及鉴定转座子基因组定位、方向和拷贝数的方法。本发明利用不同转座子家族的特异位点，通过构建文库灵敏、特异地富集转座子插入序列；利用高通量测序和生物信息学分析，准确地鉴定样本中转座子的基因组定位、方向、拷贝数和类型。使用本发明的方法能够经济地、精准地鉴定生殖系和体细胞转座子插入事件。此外，本方法可应用于检测任何序列已知区域内的低频遗传变异。在临床诊断应用方面，本方法在检测由转座子插入导致的遗传疾病上有重大潜力，并在理解体细胞嵌合突变的产生及其潜在致病性有重要意义。

本成果总体达到同类研究的国际先进水平，在兽医微生物菌毒种资源规范性描述方 面处于国际领先水平，在兽医微生物菌毒种资源的筛选和创新性应用等方面处于国际先 进水平。本成果于2009年获得成果鉴定证书，获得2010年度山东省科技进步奖二等奖。 本成果分离鉴定了具有平台资源号的280株细菌。其中，大肠杆菌80株，金黄色葡 萄球菌30株，猪链球菌50株，鸡伤寒沙门氏菌103株，特殊菌株17株。分离鉴定了186株 病毒，其中NDV 60株，猪繁殖与呼吸综合征病毒50株，犬瘟热病毒3株，猪传染性胃肠 炎病毒10株，猪流感病毒3株，禽流感病毒20株，鸡传染性支气管炎病毒20株，鸡传染 性法氏囊病毒20株。对分离、收集和整理以前所保藏的菌毒种等方式获得的33种3444株 菌毒种进行标准化整理整合，完成了相应菌毒种种资源数据信息（包括个性信息和共性 信息）的采集、录入、上报，完成280幅图像信息采集、整理、上报，完成101株菌（毒） 种资源16SrRNA或病毒资源部分核酸序列的测定、上报。并向国家兽医微生物菌种保藏 管理中心国家兽医微生物标准菌种保藏库上交了1621株菌（毒）种，实现了兽医微生物 菌毒种资源的信息及实物共享。起草了“布鲁氏杆菌菌种资源描述规范”和“牛结核杆 菌资源检测技术规程”，验证完善了“结核杆菌菌种资源检测技术规程及试点应用”等 9个兽医微生物资源检测技术规程。制定了“犬瘟热诊断技术”的国家标准。对分离的 部分菌毒株进行生物学特性研究，为相关单位的科学研究提供了优良菌毒种。

中国科大陈宇星教授、周丛照教授和孙林峰教授课题组合作阐明了金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）胞壁酸（WTA）翻转酶TarGH转运WTA的机制和TarGH特异性抑制剂Targocil的抑制机制。该研究成果在线发表在微生物领域专业杂志mBio上。耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是主要的临床致病菌之一，其引发的感染难以治愈甚至可能致死。由于近年来抗生素滥用，出现了对所有的β-内酰胺类药物都具有抗性的MRSA菌株。研究表明S. aureus细胞壁主要成分WTA是引起耐药性的关键因素之一。在革兰氏阳性菌中，WTA是一类共价连接在肽聚糖上的阴离子多聚物。WTA在细菌分裂、生物膜形成、宿主定殖以及细菌感染等过程中起着重要作用。因此，WTA合成路径中的关键酶是新型抗菌药物的重要靶点。在S. aureus中，WTA合成前体是N-乙酰葡糖胺修饰的多聚核糖醇长链，其通过共价键连接在锚定在细胞膜上的脂质载体Und-PP上。该Und-PP连接的多聚核糖醇长链前体先在细胞内完成合成，最后通过ABC转运蛋白TarGH翻转出细胞膜。作为最具潜力的抗生素靶标之一，TarGH及其抑制剂得到广泛研究。先导化合物小分子Targocil是近期被鉴定出来特异性抑制TarGH效率较高的抑制剂，但是其抑制的分子机制并不清楚。为阐明TarGH转运WTA的机理以及Targocil的抑制机制，作者用冷冻电镜方法，解析了金黄色葡萄球菌WTA翻转酶TarGH的同源蛋白，来自Alicyclobacillus herbarius菌的TarGH结构。其同源性为50%。TarGH结构总体分辨率为3.9 Å，其核心结构区域分辨率达到3.6Å。由于未结合ATP，TarGH结构处于开口朝向细胞内的构象状态。基于结构，作者计算出了底物转运通道，通过对组成通道的氨基酸残基性质分析并结合生理实验，阐明了底物特异性识别机制。通过结构比对作者提出TarGH及其同源蛋白利用“曲柄连杆”原理来实现底物转运的分子机制。具有类似结构特点的ABC转运蛋白都可以利用这一机制通过相对微小的总体构象变化转运较大的底物。作者进一步通过生化实验和计算机模拟确定了Targocil结合TarGH的精确位点，并阐明了其抑制TarGH转运胞壁酸的分子机制。

该研究以稻曲病菌富含半胱氨酸蛋白SCRE6为研究对象，证实了SCRE6是稻曲病菌中发挥重要毒性功能的效应蛋白；通过生化实验揭示了SCRE6是一个以水稻免疫负调控因子OsMPK6（Mitogen-Activated Protein Kinase 6）为靶标的酪氨酸蛋白磷酸酶。

  植物内生菌（endophyte）是指能定殖在健康植物组织内，并与植物建立了和谐联合关系的一类微生物。植物内生菌的研究已逐步成为生命科学领域一个新的研究热点，受到国内外植物学家和微生物学家的关注。研究已经证实，内生菌在植物体内不仅积极地生存着，而且还能产生多种生物学作用，如固氮、促进植物生长和对病虫害的防治等作用。人们注意到植物-内生菌这种和谐共生，互利共栖的生命形式，可能是未来生态型农业发展的一条重要思路。所以，在“资源节约型，环境友好型”产业已逐渐成为国内外公认主流发展方向的今天，开展植物内生菌的研究不仅对植物微生物学科的研究对农业可持续发展也有重要的实践意义。选择有研究和应用价值的模式植物和内生菌种是进行内生菌研究的先决条件，从农村地区一些重要作物（包括主要蔬菜）中分离多种内生菌是本项研究的首要工作。随着这些大量植物内生菌资源的分离，植物内生菌研究就可以进一步深入。本人目前已得到一批有重要植物促生作用的细菌及其培养技术，可以转化为工业化生产。