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细菌DNA硫化修饰研究新进展
上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室吴更教授与武汉大学王连荣、陈实教授团队合作,揭示了细菌DNA硫化修饰中催化第一步反应的半胱氨酸脱硫酶发生构象变化,使其活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动5.5埃以发起攻击的催化机制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”为题发表在《mBio》杂志上。刘立琼等为第一作者,吴更、王连荣为通讯作者,上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室为第一单位。本文是团队自2018年Nature Communications上发表的细菌采用SBD结构域识别硫化修饰DNA的结构机理及2020年Nature Microbiology上发表的II型DNA硫化修饰系统的SspB、SspE晶体结构的延续和扩展。在细菌的DNA硫化修饰(不管是早先发现的Dnd修饰系统还是新近发现的Ssp修饰系统)途径中,都由一个半胱氨酸脱硫酶催化第一步的反应,即半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸对底物半胱氨酸上的硫原子发起亲核攻击反应,将活化的硫原子转移到半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸上,以进行后续的将硫原子加进DNA的反应。2020年4月初团队在Nature Microbiology上发表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”,从探索海洋弧菌的高频单链磷硫酰化修饰入手,通过比较基因组学和分子遗传学手段,鉴定出以SspABCD为修饰元、SspE为限制元的单链磷硫酰化限制-修饰系统。该系统与之前发现的磷硫酰化(以DndABCDE为修饰元以产生双链DNA磷硫酰化、DndFGH为限制元)的Dnd系统均迥然不同,并首次阐明了细菌磷硫酰化限制-修饰系统赋予宿主抑制噬菌体入侵的能力。同时,通过结构生物学和生物化学手段,解析了SspB蛋白的晶体结构,揭示其两个保守motif的关键残基对其DNA缺刻酶活性非常重要;解析了SspE蛋白的晶体结构,发现其N端结构域有依赖于DNA磷硫酰化修饰的NTP水解酶活性,而其C端结构域有DNA缺刻酶活性,从而阐明了该系统DNA磷硫酰化修饰与限制两部分功能耦合的分子机理。研究还发现SspABCD作为修饰蛋白在宿主基因组DNA上产生磷硫酰化修饰,SspE作为限制元能够感应基因组DNA上的磷硫酰化修饰从而区别宿主自身与外源的遗传物质,并利用其核酸酶活性对入侵噬菌体的DNA进行大范围的缺刻,从而抑制噬菌体DNA的复制。本研究解析了新发现的II型DNA硫化修饰系统中的半胱氨酸脱硫酶SspA(来源于弧菌)与底物半胱氨酸的复合物晶体结构,分辨率为1.8埃。结构揭示SspA通过其天冬酰胺N150和精氨酸R340残基来识别底物半胱氨酸,如果将这两个残基突变则会严重破坏细菌的DNA硫化修饰。在结构中,SspA的活性位点半胱氨酸C314与底物半胱氨酸的距离长达8.9埃,这就产生了一个有趣的问题——SspA是怎么催化脱硫反应的?通过计算机分子动力学模拟,作者发现SspA的活性位点半胱氨酸C314在催化过程中向底物半胱氨酸移动了5.5埃,从而把它们之间的距离缩短到便于发生反应的范围内。本研究通过简正模式分析,发现弧菌的SspA、大肠杆菌的IscS、链霉菌的DndA(这两个都是I型DNA硫化修饰系统的)的活性位点半胱氨酸虽然处在不同的相对位置和不同的二级结构上,但都有着向各自的底物半胱氨酸的运动。本研究进一步通过在上海光源BL19U2生物小角X射线散射(简称SAXS)线站收集的数据,从头搭建了SspA在溶液中结构的分子模型。发现SspA在溶液中的结构与分子动力学模拟后SspA的结构更为接近,它们之间的SAXS数据的χ2偏差只有1.04埃,远低于从SspA的晶体结构推算出的SAXS数据之间的χ2偏差3.70埃。这从实验上证实了前述的计算机分子动力学模拟和简正模式分析的结果。弧菌SspA的活性位点半胱氨酸在催化过程中,活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动了5.5埃的距离(A)分子动力学模拟  (B)简正模式分析  (C)小角X射线散射实验数据与晶体结构经过分子动力学模拟后的结果和晶体结构的比较  本研究通过X射线晶体结构解析、分子动力学模拟、小角X射线散射等多种研究手段的结合,揭示了细菌DNA硫化修饰这一神奇现象中催化关键的第一步半胱氨酸底物脱硫反应的酶的催化机理,解答了半胱氨酸脱硫酶家族是如何克服活性位点半胱氨酸与底物半胱氨酸之间很长的距离这一长期悬而未决的问题,使人们对于细菌DNA硫化修饰的认识和理解又前进了一步。该研究获国家自然科学基金(31872627、31670106)的支持。​​​​
上海交通大学 2021-04-11
硫化氢气体检测管
产品详细介绍 硫化氢气体检测管 比长式气体检测管原理及使用方法原理CO、CO2、H2S、O2、SO2、NH3等检测管的基本测定原理为线性比色法,即被测气体通过检定管与指示胶发生有色反应,形成变色层(变色柱),变色层的长度与被测气体的浓度成正比。2、主要技术参数(见附表)3、附件(每盒)①胶管一段;Φ3×5,长度20cm②小砂轮一片4、贮运条件本品应避光保存于阴凉干燥处,严禁日光照射,保存温度不超过40℃,玻璃制品,小心轻放。5、使用方法各种检定管均可与气体检定管用圆筒型正压式采样器等配套使用。于测定现场用空气冲洗采样器后,取一定体积的现场空气,把检定管两端切开,用短胶管将检定管的下端(浓度标尺有“0”的一端)连接在采样器(检定器)的出气口上,按规定时间匀速通过检定管,然后按检定管变色柱(或变色环)上端指示的数字,直接读取被测气体的百分浓度。  各种气体检测管主要技术参数表
北京华博科技制造有限公司 2021-08-23
介孔TiO2负载纳米铁催化剂的制备方法
本发明提供一种介孔TiO2负载纳米铁催化剂的制备方法,该方法包括以下步骤:钛酸丁酯水解缓冲液的配制;介孔TiO2催化剂的制备;介孔TiO2负载纳米铁催化剂的制备,即得介孔TiO2负载纳米铁催化剂,在无氧条件下密封保存。本发明的效果是使用该方法能够有效延缓钛酸丁酯的快速水解-缩聚反应,简化制备工艺。有利于纳米铁粒子在介孔TiO2催化剂孔道内生成,效有效解决纳米铁粒子在介孔TiO2催化剂表面堆积团聚问题,使的纳米铁晶粒细化均匀,有效的缓解了纳米铁颗粒的团聚效应,提高了其在空气中的稳定性和抗氧化性,提高该催化剂的光催化效率,使得太阳光利用率得到显著提高。从而有效提高该催化剂处理高浓度染料废水的能力。
天津城建大学 2021-04-11
一种硫化铜与二氧化钛纳米管复合材料的制备方法
专利申请时,成果处于研发阶段,技术处于国内空白。
西南交通大学 2016-06-28
聚丙烯酸酯微球及其应用
中国发明专利ZL2023104389499:采用高内相乳液模板法制备20-100微米的聚丙烯酸酯实心或多孔微球,可应用于吸附剂、药物香精载体或粉末涂料;制备简便、绿色环保且产率较高,基本无排放。
厦门大学 2025-02-07
钢球冲击测试仪,落球冲击试验机
产品详细介绍钢球冲击测试仪,落球冲击试验机简介: 感谢您对硒铁“钢球冲击测试仪,落球冲击试验机”的关注,您的关注是我们前行的动力!欲了解落球冲击试验机的更详细资料请致电“硒铁仪器”. 落球冲击试验机用于塑胶、透明包装、PVC、陶瓷、压克力、玻璃纤维等材料的抗冲击试验。 落球冲击试验机主要技术参数:  钢球重量: 112g 198g 225g 357g 533g 1042g 2280g选择或指定 跌落高度: 20~2000mm 跌落高度标尺: 最小指示1cm 机台尺寸: W400 x D450 x H2200mm 机台重量: 50kg 电    源:  220V,5A http://www.szxitie.com http://www.xitie17.com
深圳硒铁试验仪器有限公司 2021-08-23
一种Au纳米粒子修饰的TiO2纳米线光催化剂的制备方
本发明公开了一种Au纳米粒子修饰的TiO2纳米线光催化剂的制备方法,步骤如下:将钛片分别通过乙醇清洗和酸洗去除表面的油污和氧化层,表面打磨直到均匀光滑,通过阳极氧化法对其进行氧化处理,采用阶梯升压的方法,阳极氧化处理,氧化处理后在空气中煅烧;采用吸附-光还原的方法对TiO2纳米线进行Au纳米粒子修饰,把TiO2纳米线浸入到氯金酸溶液中,搅拌状态下进行紫外灯光照,处理后用去离子水冲洗,烘干。本发明在模拟日光照射下具有较高的光催化活性,提高了对可见光的利用,且制备方法简单,反应便于控制;作为固定化的光催化剂,便于从水中分离,避免产生新的污染,去除水体中有机污染物具有良好的稳定性和可重复利用性。
青岛农业大学 2021-04-13
一种核壳中空结构MoO3@mSiO2微球的制备方法及应用
(专利号:ZL 201310397776.7) 简介:本发明公开了一种制备MoO3@mSiO2微球的方法,属于纳米材料制备技术领域。该制备方法利用十六烷基三甲基磷钼酸铵为核,采用溶胶凝胶法包覆一层SiO2,然后煅烧得到核壳中空结构的MoO3@mSiO2微球。该MoO3@mSiO2微球分散性好,粒径200~900nm,具有核壳中空结构,核是MoO3,壳是多孔SiO2。该微球对催化乙酸和丁醇合成乙酸丁酯的酯化反应具有很好的催化效果,其在反应温
安徽工业大学 2021-01-12
一种核壳中空结构WO3@mSiO2微球及其制备方法和应用
(专利号:ZL 201310428729.4) 简介:本发明公开了一种制备WO3@mSiO2微球及其制备方法和应用,属于纳米材料制备技术领域。该制备方法利用十六烷基三甲基磷钨酸铵为核,采用溶胶凝胶法包覆一层SiO2,然后煅烧得到核壳中空结构的WO3@mSiO2微球。该WO3@mSiO2微球分散性好,粒径500~600nm,具有核壳中空结构,核是WO3,壳是多孔SiO2。该微球对以油酸和甲醇为原料合成油酸甲酯(生物柴油)的酯化反应具有很好的
安徽工业大学 2021-01-12
植物响应重金属胁迫时伴随着内源H2S含量的变化
内源H 2 S参与植物对重金属胁迫的抵御,植物响应重金属胁迫时伴随着内源H 2 S含量的变化。但是关于胁迫对内源H 2 S的诱导机制仍然知之甚少。翟继先课题组该项研究发现Cr6+胁迫增加CaM2的基因表达以及蛋白丰度,进而Ca 2+ /CaM2信号与bZIP转录因子TGA3互作,并增强TGA3与H 2 S产生酶编码基因LCD启动子中含“TGACG”的顺式作用元件结合,从而上调LCD的转录,促进内源H 2 S产生,诱导拟南芥适应并抵御Cr 6+ 胁迫。本研究首次发现钙信号对LCD基因的转录调控机制,并揭示了重金属胁迫诱导内源H 2 S产生的信号通路,对气体信号分子的研究具有指导意义。此外,该项研究还为遗传改造以培育高产安全的作物品种提供了新思路,为最大程度地降低耕地重金属污染造成的农业经济损失提供新的科学依据。
南方科技大学 2021-04-13
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