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西安交大科研人员开发微卫星不稳定性检测新方法,助力肿瘤精准检测
微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, 简称MSI)是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型,多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。微卫星不稳定性与肿瘤的发生、发展,治疗方案制定及治疗效果预测相关,更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前,临床上使用的两种微卫星不稳定性检测的金标准方法:MSI-PCR和MSI-IHC,都需要专业技术人员通过实验操作来完成,均费时费力且成本较高。近年来,随着高通量测序(Next Generation Sequencing)的发展,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方法开始显露头角,在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下,极大的缩减了检测时间并减少了检测成本,大幅提高了推广微卫星不稳定性检测的可行性。2014年,西安交大叶凯教授团队率先开发了基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方案——MSIsensor。2017年该检测方案作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的微卫星不稳定性计算方法,通过了美国食品药品监督管理局的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心测试表明,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测与金标准的一致性可达99.4%。然而,微卫星不稳定性检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面,这一份正常对照样本限制了微卫星不稳定性的应用场景,尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况;另一方面,额外的对照样本增加了微卫星不稳定性的检测成本。基于上述原因,在叶凯指导下,叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索,从微卫星不稳定性发生机理出发,通过数学模型抽象,从单个肿瘤样本中提取特征,开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的微卫星不稳定性检测,只需50个微卫星位点的测序数据即可实现微卫星不稳定性的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了微卫星不稳定性的应用范围,减低了微卫星不稳定性检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。 该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(影响因子6.597)上。叶凯的博士生贾鹏为该论文的第一作者,叶凯为通讯作者,西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。论文链接为:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
西安交通大学 2021-04-10
兰州大学科研团队在祁连山未来气候变化预估研究方面取得新进展
兰州大学资源环境学院,西部教育部重点实验室勾晓华教授团队利用“协调区域气候降尺度试验”CORDEX-CORE框架中使用的德国区域气候模式REMO在三个不同CMIP5全球气候模式驱动下生成的25km分辨率的模拟数据集,基于观测资料对区域气候模式在历史时期1971—2000年的模拟性能进行评估的基础上,预估了祁连山地区2011—2100年在RCP2.6和RCP8.5情景下年平均和季节气温和降水的变化。
兰州大学 2022-06-15
【新闻动态】重庆大学四项成果获2019高校科研优秀成果奖(科学技术)
重庆大学共有4项获奖项目。其中牵头3项,包含科技进步一等奖1项,自然科学二等奖1项,科技进步二等奖1项。同时我校作为参研单位获科技进步二等奖1项。
重庆大学 2019-12-25
怀进鹏:推动高校和企业“双向奔赴”,促进高校科研成果高水平创造、高效率转化
必须深入实施科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略,统筹推进教育科技人才体制机制一体改革,健全新型举国体制,提升国家创新体系整体效能。”为了深入学习领会党的二十届三中全会精神,人民日报记者采访了教育部党组书记、部长怀进鹏。
人民日报 2024-08-08
智启高校教育 共创数据未来,高校大数据科研实训平台即将在62届高博会重磅发布
由新能源汽车国家大数据联盟主办的“智启高校教育 共创数据未来,高校大数据科研实训平台产品发布会”将于11月15日下午在高博会期间隆重举行。诚邀您莅临参会!
中国高等教育博览会 2024-11-05
固支梁T型结间接加热式微波信号检测仪器
本发明的固支梁T型结间接加热式微波信号检测仪器由传感器、模数转换、MCS51单片机和液晶显示四大模块组成,传感器由六端口固支梁耦合器,通道选择开关,微波频率检测器,微波相位检测器级联构成;六端口固支梁耦合器的第一端口到第三端口、第四端口以及第一端口到第五端口、第六端口的功率耦合度相同,待测信号经第一端口输入,由第二端口输出到第一间接加热式微波功率传感器,由第四端口和第六端口输出到微波相位检测器;由第三端口和第五端口输出到通道选择开关;通道选择开关的第七端口和第八端口分别接间接加热式微波功率传感器,通
东南大学 2021-04-14
高分子材料表面刮擦性能测试仪器和技术
成果以最新ASTM/ISO高分子刮擦测试标准为基础,掌握全套核心技术,通过集成观测手段,形成了一套加载(位移、荷载、速度等)灵活可控、即时在线获取数据(深度、形貌、温度变化、破坏过程等)的高分子材料刮擦仪器和技术。该技术打破了欧美日对该类仪器的垄断地位,开创性地提升高分子刮擦实验的科学性,系统开展高分子材料表面刮擦性能测试、研究,揭示高分子材料表面刮擦破坏规律,为高分子材料表面耐刮擦性能的提高提供技术手段。
西南交通大学 2016-06-27
光散射法颗粒两相流在线测量仪器研发
上海理工大学 2021-01-12
固支梁T型结直接加热式微波信号检测仪器
本发明的固支梁T型结直接加热式微波信号检测仪器由传感器、模数转换、MCS51单片机和液晶显示四大模块组成,传感器由六端口固支梁耦合器,通道选择开关,微波频率检测器,微波相位检测器,直接加热式微波功率传感器级联构成;六端口固支梁耦合器的第一端口到第三端口、第四端口以及第一端口到第五端口、第六端口的功率耦合度相同,信号经第一端口输入,并由第二端口输出直接加热式微波功率传感器,由第四端口和第六端口输出微波相位检测器,由第三端口和第五端口输出通道选择开关;通道选择开关的第七端口和第八端口接直接加热式微波功率
东南大学 2021-04-14
高中通用技术实验室配套仪器模型(技术与设计1、2)
南京师范大学课程资源研究所 通用技术实验室建设方案(技术与设计1、2) 序号 名称 技术参数与规格要求 单位 数量 01 图书资料 电工、木工、机械工人切削、钳工工艺、五金手册、机械制图国家标准各1册。 套 1 02 二维、三维设计软件 具备完善的二维绘图和三维建模与表现能力。兼顾了Autocad、3dsmax用户的操作习惯。不仅是一个设计工具,而且还是一个演示媒体;它以视觉形式反映设计者的思想。 套 1 03 AutoCAD教育版 讲授Auto CAD的实例应用,实例的制作操作步骤清晰易懂。可进行二维和二维设计,可以预设比例,按照比例绘图可以直接编辑修改线的长度,有标注尺寸功能,可输出位图和矢量图,网络版。 套 1 04 视听资料 配合教材教学内容的(经典结构、技术试验、技术探究、技术奥秘、技术在各领域应用等)挂图、课件、视频及图书资料。 套 1 05 三视图投影演示仪 活动式三维正交结构,可标注投影图;可直观显示三维投影体系,帮助完成三视图的教学。用于《技术与设计1》第六章第二节 “常见的技术图样” 中关于正投影与三视图的教学辅助教具,也可用于《 技术与设计2 》第一单元第二节“稳定结构的探析”的辅助教具。 套 1 06 多功能控制平台(与结构承重测试仪配套使用) 1.显示器:128×64点阵式液晶显示屏 2.输入:八路模拟量输入(其中7路可设置为电压
南京师范大学课程资源研究所 2021-08-23
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