本发明涉及用于海洋细菌的培养装置。其包括培养箱、用于模拟水流流动的搅拌装置、用于去除杂质的过滤箱和用于控制培养箱内温度的控制装置，所述搅拌装置设置于培养箱顶部，所述过滤箱与培养箱相连通，所述控制装置设置于培养箱内侧壁上。通过搅拌装置模拟海洋细菌生存的真实水流环境，通过过滤箱对水草、藻类和部分纤维提前进行过滤，且将部分固体海洋杂质沉淀，通过析出装置使得重金属按种类不同排列在沉淀管内壁不同位置上，并通

农业生产中化肥和农药的大量使用及其在生态系统中的累积严重威胁着环境和人类健康，植物根际促生菌(Plant growth promoting rhizobacteria，PGPR)可以在植物根际范围生存和繁殖，通过多种作用机制拮抗其他微生物菌群（包括植物病原菌）、促进植物生长，因此PGPR作为生防菌在保护作物、促进生长和改善土壤健康等方面起着至关重要的作用，在农业领域的应用潜力逐渐凸显。

近日，我校物质科学与信息技术研究院葛宏华教授团队和兰州大学何永兴教授课题组在细菌代谢协同调控机制研究领域取得新进展，发现了荧光假单胞菌TetR家族的转录调节因子PhlH可以响应假单胞菌和植物信号分子协同调控产生多种次级代谢产物。

本项目在国家973计划项目等课题资助下，围绕针刺胃肠调节效应及其中枢机制，以功能性消化不良（Functional Dyspepsia，FD）为研究对象，在客观评价针刺治疗FD临床疗效的基础上，采用多模态神经影像技术探讨针刺治疗FD的中枢机制；并从针刺得气、穴位配伍、机体状态和针刺疗程四个方面探讨针刺效应的影响因素及中枢机制，以期为证实针刺治疗FD的有效性和胃经穴位胃肠调节效应的相对特异性，客观阐释针刺治疗FD的科学内涵提供高质量的研究证据，为指导针灸临床选穴治疗，提高临床疗效提供参考。 经过12年的研究，项目取得了如下创新性成果：①通过多中心、大样本的随机对照试验证实了针刺治疗FD的有效性，明确了其治疗优势，肯定了经穴效应特异性的客观存在；②在采用多模态神经影像学研究明确FD患者的中枢病理变化特征的基础上，从多个层次阐释了针刺治疗FD的中枢机制；③从针刺得气、穴位配伍、针刺疗程、机体状态等角度发现了针刺治疗FD中枢整合的靶向性、网络性和动态性特征。 项目的实施取得了显著的社会效益。项目共发表研究论文52篇，其中SCI 收录论文34篇，总引用次数540次，国际针灸和胃肠领域研究同行在《BMJ》、《Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology》、《Brain》等期刊上对项目研究给予了正面的评价，扩大了中国针灸研究的国际影响。项目的研究成果对于提高针灸临床疗效，提升针灸机理研究水平，推动针刺神经影像交叉学科的形成，开阔学生视野、促进教学相长均具有积极的作用。项目培养了一支高水平创新团队，成为了国际上针刺胃肠调节效应神经影像研究领域最重要的研究力量。

本发明涉及用于海洋细菌的培养取样装置。其包括培养箱、用于模拟水流流动的搅拌装置、取样装置和用于控制培养箱内温度的控制装置，所述搅拌装置设置于培养箱顶部，所述控制装置设置于培养箱内侧壁上，所述培养箱底部形成有支座，所述取样装置螺纹连接于培养箱底部。通过搅拌装置模拟海洋细菌生存的真实水流环境，通过取样装置对培养箱内的含有海洋细菌的水样进行取样，在取样过程中，通过取样装置有效的避免了海洋细菌粘附在器具的外侧壁上，造成一定的污染；通过控制装置控制培养箱内的温度，满足细菌培养时对温度的要求。

本发明公开了一种鉴别革兰氏阳性细菌和阴性细菌的指示材料，这种指示材料为万古霉素和聚乙二醇修饰的金纳米粒子，能够通过目视比色法快速鉴定革兰氏阳性细菌和阴性细菌。本发明的革兰氏阳性细菌和阴性细菌的指示材料无毒、稳定、制备方法简便，鉴定细菌快速、无须使用显微镜放大设备，克服了传统染色鉴定法时间长的不足，有利于细菌引起的疾病的快速诊断。本发明还公开了这种鉴定革兰氏阳性细菌和阴性细菌的指示材料的制备方法和目视比色鉴别革兰氏阳性细菌和阴性细菌的应用，将在生物医学检验、菌属鉴别、食品安全、环境监测等方面具有良好的应用前景。

已有样品/n本发明提供了一种趋磁细菌及利用其制备磁性磁小体的方法。从淡水中分离出一种能产生磁性磁小体的趋磁螺菌Magnetospirillumsp.ME-1。该菌株为大小2.62~4.83x0.44~0.62μm的趋磁螺菌，含有由10~31个磁小体颗粒组成的磁小体链，磁小体成分为四氧化三铁（Fe3O4），形态为立方八面体或立方体，大小为26-40nm。该菌株发酵性能优良，所产生的磁小体具有极大的产业化推广前景

上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室吴更教授与武汉大学王连荣、陈实教授团队合作，揭示了细菌DNA硫化修饰中催化第一步反应的半胱氨酸脱硫酶发生构象变化，使其活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动5.5埃以发起攻击的催化机制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”为题发表在《mBio》杂志上。刘立琼等为第一作者，吴更、王连荣为通讯作者，上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室为第一单位。本文是团队自2018年Nature Communications上发表的细菌采用SBD结构域识别硫化修饰DNA的结构机理及2020年Nature Microbiology上发表的II型DNA硫化修饰系统的SspB、SspE晶体结构的延续和扩展。 在细菌的DNA硫化修饰（不管是早先发现的Dnd修饰系统还是新近发现的Ssp修饰系统）途径中，都由一个半胱氨酸脱硫酶催化第一步的反应，即半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸对底物半胱氨酸上的硫原子发起亲核攻击反应，将活化的硫原子转移到半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸上，以进行后续的将硫原子加进DNA的反应。2020年4月初团队在Nature Microbiology上发表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”，从探索海洋弧菌的高频单链磷硫酰化修饰入手，通过比较基因组学和分子遗传学手段，鉴定出以SspABCD为修饰元、SspE为限制元的单链磷硫酰化限制-修饰系统。该系统与之前发现的磷硫酰化（以DndABCDE为修饰元以产生双链DNA磷硫酰化、DndFGH为限制元）的Dnd系统均迥然不同，并首次阐明了细菌磷硫酰化限制-修饰系统赋予宿主抑制噬菌体入侵的能力。同时，通过结构生物学和生物化学手段，解析了SspB蛋白的晶体结构，揭示其两个保守motif的关键残基对其DNA缺刻酶活性非常重要；解析了SspE蛋白的晶体结构，发现其N端结构域有依赖于DNA磷硫酰化修饰的NTP水解酶活性，而其C端结构域有DNA缺刻酶活性，从而阐明了该系统DNA磷硫酰化修饰与限制两部分功能耦合的分子机理。研究还发现SspABCD作为修饰蛋白在宿主基因组DNA上产生磷硫酰化修饰，SspE作为限制元能够感应基因组DNA上的磷硫酰化修饰从而区别宿主自身与外源的遗传物质，并利用其核酸酶活性对入侵噬菌体的DNA进行大范围的缺刻，从而抑制噬菌体DNA的复制。 本研究解析了新发现的II型DNA硫化修饰系统中的半胱氨酸脱硫酶SspA（来源于弧菌）与底物半胱氨酸的复合物晶体结构，分辨率为1.8埃。结构揭示SspA通过其天冬酰胺N150和精氨酸R340残基来识别底物半胱氨酸，如果将这两个残基突变则会严重破坏细菌的DNA硫化修饰。在结构中，SspA的活性位点半胱氨酸C314与底物半胱氨酸的距离长达8.9埃，这就产生了一个有趣的问题——SspA是怎么催化脱硫反应的？通过计算机分子动力学模拟，作者发现SspA的活性位点半胱氨酸C314在催化过程中向底物半胱氨酸移动了5.5埃，从而把它们之间的距离缩短到便于发生反应的范围内。本研究通过简正模式分析，发现弧菌的SspA、大肠杆菌的IscS、链霉菌的DndA（这两个都是I型DNA硫化修饰系统的）的活性位点半胱氨酸虽然处在不同的相对位置和不同的二级结构上，但都有着向各自的底物半胱氨酸的运动。 本研究进一步通过在上海光源BL19U2生物小角X射线散射（简称SAXS）线站收集的数据，从头搭建了SspA在溶液中结构的分子模型。发现SspA在溶液中的结构与分子动力学模拟后SspA的结构更为接近，它们之间的SAXS数据的χ2偏差只有1.04埃，远低于从SspA的晶体结构推算出的SAXS数据之间的χ2偏差3.70埃。这从实验上证实了前述的计算机分子动力学模拟和简正模式分析的结果。 弧菌SspA的活性位点半胱氨酸在催化过程中，活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动了5.5埃的距离 （A）分子动力学模拟  （B）简正模式分析   （C）小角X射线散射实验数据与晶体结构经过分子动力学模拟后的结果和晶体结构的比较   本研究通过X射线晶体结构解析、分子动力学模拟、小角X射线散射等多种研究手段的结合，揭示了细菌DNA硫化修饰这一神奇现象中催化关键的第一步半胱氨酸底物脱硫反应的酶的催化机理，解答了半胱氨酸脱硫酶家族是如何克服活性位点半胱氨酸与底物半胱氨酸之间很长的距离这一长期悬而未决的问题，使人们对于细菌DNA硫化修饰的认识和理解又前进了一步。该研究获国家自然科学基金（31872627、31670106）的支持。​​​​

嗜酸性细菌，如氧化亚铁硫杆菌、脱氮硫杆菌、排硫硫杆菌、嗜酸硫杆菌等需要在酸度较强的环境下生长，通常具有很强的耐酸性，试验表明，采用一些常规的包埋固定方法，如琼脂包埋法、海藻酸钙包埋法、聚丙烯酰胺包埋法、卡拉胶包埋法、明胶戊二醛包埋法等，细菌的生物活性并不是很高，限制了这类细菌在固定化中的应用。 

苏云金芽孢杆菌（Bt）15A3菌株是南开大学在国家 “九五”重点攻关项目和津市科技攻关计划项目的资助下获得的、含有9种以上高效杀虫蛋白基因优势组合的野生菌株，属国内外尚未开发的苏云金芽孢杆菌科默尔亚种，具有自主知识产权。该菌株发酵性能极佳，采用25吨通用型发酵罐进行生产，发酵液效价在6000国际单位以上，不需浓缩工艺制备即超过国家一级品的毒力，发酵水平居国内领先、国际先进水平。试生产的悬浮剂、可湿性粉剂和高含量原粉的性能指标均超过国家农业部发布的苏云金芽孢杆菌制剂标准。同时还开发出适用