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评估基因编辑工具酶的新方法以及高保真的新基因编辑酶
CRISPR/Cas9 (clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR-associated proteins)是目前最常用的基因编辑工具酶,在科研领域被广泛应用,而在临床方面的应用因为其脱靶活性一度停滞不前。它通过guide RNA(gRNA)与靶向DNA序列的配对,从而将Cas9锚定在靶向基因并诱导产生DNA双链断裂(DSB)。在基因编辑诱发的DSB的修复过程中,一定几率会产生基因突变或者外源DNA片段的插入,从而达到基因编辑的目的。在实际应用过程中,一个好的基因编辑酶Cas9需要同时满足高效切割靶位点、低脱靶活性和低染色体异常三个特点。目前在这三个方面,有一部分基于PCR的方法用于估算基因编辑效率,但其结果可靠性有待提高;有一些基于高通量测序的方法可以在体内或者体外检测基因编辑酶的脱靶活性;尚无系统的可定量的测量基因组异常结构的方法。本项目开发了一种新的方法,可以用来同时定量检测Cas9编辑效率和脱靶活性以及编辑引起的染色体异常结构,即primer-extension-mediated sequencing(PEM-seq)。这是对基因编辑和DNA损伤修复等领域都有巨大促进作用的新技术。与此同时,该项目包括了该团队利用PEM-seq筛选出的一个相比于现有Cas9变体具有更低脱靶活性且与野生型Cas9切割效率相当的Cas9变体further enhanced Cas9 (FeCas9)。
北京大学 2021-02-01
非编码RNA的染色质结合机制研究
哺乳动物基因组的广泛转录产生了大量的非编码RNA,相比于细胞质定位的蛋白编码mRNA,这些非编码RNA如长链非编码RNA(lncRNA)、启动子和增强子关联的不稳定转录本(uaRNA、eRNA)等更倾向于结合染色质参与调控染色质结构、转录和RNA加工等过程。尽管零星报导少数RNA核滞留的现象,但为何大部分lncRNA会滞留于染色质上行使调控功能,仍是个不解之谜。上世纪80年代初,Joan Steitz通过系统性红斑狼疮患者血液抗体分离提取 U1,U2, U4, U5和U6小核糖核蛋白粒子(又称为 snRNP),揭示了它们参与RNA剪接的经典功能。近年来施一公团队系统报导了真核生物剪切体的原子结构和生化功能。然而,一直让人困惑的是,细胞内U1 snRNP的数量为什么比其它剪接相关snRNP高 2-5倍。虽然Gideon Dreyfuss和Phil Sharp等团队曾揭示U1 snRNP调控转录终止和方向的非经典功能,U1 snRNP在细胞中的丰富存在仍然是一个让人困惑的问题。为了探究lncRNA的染色质结合机制,研究者首先建立和运用一套新颖的mutREL-seq方法来高精度筛选调控RNA定位的关键序列,意外发现了U1 snRNP识别位点参与调控候选RNA的染色质滞留。相比于蛋白编码基因,lncRNA转录本含有更多的U1识别位点(同时也是潜在的5’剪接供体位点),而其基因组区域具有更少的3’剪接受体位点。并且U1 snRNP更高水平地结合在lncRNA上。随后,研究者分别使用antisense morpholino oligos(AMO)和auxin-induced degron(AID)诱导蛋白降解系统,来抑制U1 snRNA和核心蛋白组分SNRNP70的功能。研究者发现小鼠胚胎干细胞中近一半的lncRNA受U1 snRNP调控。另外,与转录调控元件关联的不稳定非编码转录本如uaRNA、eRNA等,它们的染色质结合在U1 snRNP抑制后也显著下降。研究者进一步证明了U1 snRNP直接调控成熟lncRNA与染色质的结合,而不是通过影响RNA合成、加工或降解过程的动态变化所产生的间接影响。机制上,研究者鉴定了U1 snRNP在染色质上的互作蛋白,发现U1 snRNP结合特定磷酸化状态的RNA转录聚合酶II(Pol II)。转录抑制明显降低了U1 snRNP及其所调控的非编码RNA与染色质的结合,表明U1 snRNP通过与磷酸化的Pol II互作来介导其互作RNA与染色质的结合。最后,研究者通过以lncRNA Malat1为例,进一步验证了U1 snRNP对其染色质结合的调控作用。去除SNRNP70后,绝大部分Malat1 “核斑”定位信号消失,并弥散在核质及细胞质中。同时,Malat1在活跃表达基因染色质区域的结合信号显著下降,表明U1 snRNP不仅可以将Malat1滞留在染色质上,同时也参与调控后者在染色质上的移动及其与靶基因的结合。综上,研究者提出如下模型(图1):5’和3’剪接位点在lncRNA上的不对称分布,致使U1 snRNP持续结合在lncRNA转录本上,而不能通过RNA剪接过程释放,从而介导了lncRNA的染色质滞留。磷酸化Pol II进一步介导了lncRNA-U1 snRNP复合体在染色质上的移动(mobilization)。对于大多数低丰度、不稳定的lncRNA,它们只能靶向结合邻近的染色质区域(顺式cis作用);而对于少数稳定和高丰度的lncRNA,如Malat1,U1 snRNP促进了其迁移和结合更多的靶基因区域(反式trans作用)。图1. U1 snRNP介导非编码RNA染色质结合的模式图。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2105-3
清华大学 2021-04-10
计算资源可伸缩的视频编码传输优化技术
本技术成果是主要针对视频编码新标准HEVC或H264优化技术集合,其中包括一个已授权的专利和若 干正在申请的专利
中山大学 2021-04-10
可遗传编码的组蛋白光交联标签
组蛋白的翻译后修饰对于表观遗传调控及多种生物学过程具有重要意义。一系列新的赖氨酸化学修饰(如巴豆酰化、琥珀酰化等)展示出组蛋白修饰前所未有的多样性及动态变化特征。可遗传编码的光交联探针已经成为研究活细胞内蛋白-蛋白相互作用的重要工具,成功地将该技术拓展到组蛋白的化学修饰研究中,开发了可遗传编码的组蛋白光亲和标签,将会极大地推动组蛋白化学修饰的识别机制和功能研究。该技术的设计包括两个部分:a)一套带有翻译后修饰的赖氨酸遗传编码系统,可以在特定位点插入带修饰的赖氨酸。此外,在赖氨酸的主链上还带有光交联基团,可在UV光下与修饰相关的蛋白发生共价交联,可以用于研究该修饰特定的效应蛋白。b)一套带有保护基团的赖氨酸遗传编码系统,保护基团可以在大肠杆菌自身的还原性环境中发生脱除,将带有光交联基团的赖氨酸定点插入到组蛋白当中,用于证实交联到的效应蛋白的特异性。该团队以巴豆酰化修饰为代表,发展了该技术对应的赖氨酸巴豆酰化修饰的光交联探针(K*cr)和带有保护基团的光交联探针(PNBK*)两个探针,将这两种探针分别引入到组蛋白H3的56位和79位,并通过光交联基团捕捉到了H3上79位巴豆酰化的去乙酰化酶Sirt3。
北京大学 2021-04-11
一种 APD 阵列地址编码主动输出电路
本发明公开了一种 2<sup>m</sup>×2<sup>k</sup>APD 阵列地 址编码主动输出电路,属于 APD 阵列领域;现有的无扫描输出只能实 现单点像素地址的输出;本发明提供的主动输出电路,通过地址控制 电路控制地址编码电路的输出开关,经地址输出电路输出对应的像元 块首地址,通过后续处理电路得到四个单元地址,无需复杂的时序控 制电路,效率高,速度快。
华中科技大学 2021-04-14
一种面向视频编码的背景建模方法
本发明公开了一种面向视频编码的背景建模方法,通过在图像块的基础上选择性地进行局部背景建 模、局部背景更新、局部多重背景保持,以克服现有以帧为单位的背景建模方法中存在的背景更新的最 佳时机难以确定、特定情况下背景建模困难、对周期性背景建模效率低下等问题,从而降低背景建模的 开销,提高背景模型的预测质量,最终提高视频编码的总体压缩效率。
武汉大学 2021-04-14
H264/WMV9视频编码器
产品详细介绍产品型号及参数产品分为独立式和机架式两类,其中独立式音视频编码器广泛适用于个人用户或企业单点使用,可同时支持1路D1或2路CIF视频输入;而机架式音视频编码器则广泛适用于各类企事业单位多点或密集型使用,产品分为1U和5U两种,单个机架式编码器最多可同时支持8路D1或16路CIF视频输入。产品图如下: 性能参数● 采用专用媒体处理DSP芯片,可实现多路D1/CIF实时WMV9/H264视频编码算法,多路WMA9/H264和优化的ADPCM/MP3/WMA音频编码算法。● 多路标准PAL或NTSC制模拟视频输入,多路标准模拟音频输入,音频/视频同步采样。● RTC实时时钟,为视频/音频采集、编码提供标准时基。● 嵌入式TCP/IP协议栈,10/100M自适应网口,可直接接入网络。● 内置强大的OSD功能。● 内置嵌入式Web服务器。● 输出流采用标准的HTTP流协议。特性特色● 算法代码针对DSP芯片资源、板载资源作大规模手工优化,目前的版本具有码率低、图像精美、CPU负荷低的特点。● 整机功耗小、发热低。● 硬件平台经各方多种环境测试,证明稳定可靠,适合24×7不间断长期工作。产品技术参数视频参数 视频输入电性能 共2/4、8/16路CVBS模拟视频信号输入 电压幅度(VPP):0~1V 信噪比(SNR)≥46db 特性阻抗(RL):75±3.75Ω 传输时延:最佳120ms 图像制式:支持PAL制式 传输有效率:≥99.3% 视频通道带宽:≥4MHz 灰度等级:≥10级 图像分辨率:≥400线(D1模式下) 接口方式:BNC阴性 视频压缩方式:WMV9/H.264 图像传输码率:32kbps~4000kbps 图像传输帧率:25±3帧/秒音频参数 音频输入:8/32路单声道声音输入 音频量化支持:8~48K采样率,16比特量化 音频压缩方式:WMA9或优化ADPCM音频压缩算法/MP3 音频码率:32k~128kbps 偏置电压:≥-3.3V且≤3.3V网络 接口标准:10baseT Ethernet 100baseTX Fast Ethernet /网络通道 连接口:RJ-45功率 设备功耗:8~16/32~64W工作环境 温度范围 0±3℃~55±2℃ 恒定湿度 ≤90℃ 大气压力 86~106KPa 电源电压 187V~242V 电源频率 50±1Hz
南京市感动科技有限公司 2021-08-23
猪多肋基因育种新技术
哺乳动物的胸椎数决定肋骨数,肋骨数是养猪生产中的重要经济性状。除猪和羊外,几乎所有哺乳动物的脊椎数都是固定的,目前主流的杜洛克、长白、大白猪种的肋骨数变异明显,通常是14-16根,每增加一根肋骨,100Kg商品猪体长增加200px,产肉量增加1%以上。因此,肋骨数的选育改良具有重大的经济价值。 项目组在猪7号染色体上鉴别到影响效应大1根肋骨的基因关键变异位点,由此创建了新型的种猪肋骨数增加基因育种新技术,申请并获得国家发明专利一项,代表性论文发表于国际知名在线学术期刊PLoS one(2013,8:e20534)。
江西农业大学 2021-05-05
谷子SiASR4基因及应用
本发明提供了谷子SiASR4基因及其应用,属于植物基因工程技术领域。本发明首次克隆得到与植物逆境胁迫相关的SiASR4基因,其核苷酸序列如SEQ ID No.1所示,将所述基因转化到植物中可提高植物抗逆性。本发明还提供了用于PCR扩增及检测SiASR4基因的特异引物对,其核苷酸序列如SEQ ID No.2‑3所示;用于实时荧光定量PCR检测SiASR4基因的特异性引物对,其核苷酸序列如SEQ ID No.4‑5所示。本发明的SiASR4基因可用于植物抗逆新品种的培育,具有广阔的应用前景。
中国农业大学 2021-04-11
核酸基因药物的体内递送载体
项目简介 基因治疗可用于包括癌症、艾滋病、心血管病、传染性疾病等在内的各种获得性和遗传性疾病。近几年来核酸及基因药物得到快速发展,已有多个核酸药物经FDA批准应用于临床治疗。基因治疗相对其它治疗方法有着若干优势,但在实际应用过程中也面临着一些挑战。其中,基因输送载体对于基因治疗来说是十分关键。目前开发基因输送载体的策略主要分为病毒和非病毒介导的输送系统。病毒载体具有非常高的输送效率并且可以保证基因的长期表达,因此是目前临床上应用最多的载体。但病毒载体在临床使用过程中也暴露出了许多缺陷,这些缺陷大大限制了病毒载体的应用。为了克服病毒载体的诸多不足,近些年来非病毒载体得到了迅速发展。这其中就包括研究最广泛的非病毒载体聚乙烯亚胺。PEI是最好的体外转染试剂之一并且已经被一些研究工作者当成聚合物类基因转染试剂的“金标准”。 PEI的转染效率和细胞毒性主要受其分子量、支化程度、表面电势和粒径的影响。随着分子量的升高,支链PEI转染效率升高;然而,细胞毒性也同时升高。为了消除或降低与PEI有关的细胞毒性,目前已经发展出了多种不同的策略。这些策略主要包括使用直链高分子量PEI,用多糖、亲水性聚合物(如PEG)、二硫键连接臂、脂质基团等取代或连接高分子量和低分子量的支链PEI市场上销售的PEI分子量范围非常广泛,从1000 Da以下到1.6 × 103 kDa都有。 维生素E是一种脂溶性化合物,它包括生育酚和生育三烯酚,其中α-生育酚是自然界中分布最广泛、含量最丰富并且活性最高的维生素E形式。维生素E的生物功能除了最熟知的抗氧化功能之外,还涉及酶活性的调节、基因表达调控以及神经生物学功能等。通过消化道吸收进入血浆的维生素E经受体介导进入肝细胞,进入肝细胞的维生素E又在维生素E结合蛋白的运输下进入肝外组织。维生素E本身的疏水性质、丰富的生物调节功能以及其受体介导的肝细胞摄取方式都预示着用它来修饰PEI有助于实现基因的器官靶向的递送。 因此,我们开发了维生素E修饰的聚乙烯亚胺衍生物及其合成方法和应用。维生素E的修饰有利于基因质粒的包载、递送和释放,其毒性随着PEI上的维生素E饰数目的增加而降低,维生素E的修饰能够大大增加pDNA质粒的细胞摄取后基因编码蛋白的表达。动物体内实验表明PEI衍生物可成功将pDNA质粒输送到小鼠的肝脏和肺脏中,该复合物(PEI/pDNA)能进入肝脏和肺脏细胞并进一步释放质粒DNA和基因表达。本成果具有聚乙烯亚胺衍生物作为基因输送载体具有毒性低、转染效率高和基因药物已释放等优点。项目团队 项目团队包括北京大学药学院汤新景教授,以及课题博士后和研究生组成。汤新景教授为天然药物及仿生药物国家实验室PI,国家自然科学基金委优青、教育部青年长江学者和新世纪人才。应用范围 该项目可用于核酸基因药物的包载和递送材料,实验研究中的基因递送试剂盒等。项目阶段 目前该项目处于临床前研究(动物研究阶段)。知识产权 已申请专利(201610802130.6),北京大学为唯一专利权人。合作方式 技术转让、技术许可、技术入股、共同开发等。
北京大学 2021-04-11
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