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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题
癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一，基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性，对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义，而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析，还面临很多挑战。
肿瘤样本具有其独有的特点，在样本制备和单细胞分离过程中，其细胞应激反应大、坏死细胞多，为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战；
肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题，比如复杂的微环境和高度的异质性，而如何充分考虑这些难点，并从信息学的视角进行深入研究，有待建立全面、自动的分析框架；
肿瘤单细胞数据的分析，对科研人员的编程能力和分析经验要求很高，亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛，提高研究的效率。
2.解决方案
本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括：
1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题，提出了全面、精细的数据质量控制方案；
2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程（数据标准化、降维、聚类、差异表达分析）；
3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法；
4)从重要表型（细胞周期、干性）、基因集（已知的和潜在的）两方面深度解析了肿瘤内部的异质性；
5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法；
6)构建了自动化、智能化分析的软件平台，能够自动生成全面、直观的分析报告。
基于本项成果产生的产品、服务或解决方案：
1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer；
2)针对软件使用和分析结果解读的服务；
3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。
3、合作需求
团队要求：合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验，能为本项目的应用与落地提供条件；
资金需求：合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学
2022-08-30
技术需求：用于检测人类白细胞表面抗原（HLA）基因型别
一、用于检测人类白细胞表面抗原（HLA）基因型别
1.本公司研发一款试剂是用于检测人类白细胞表面抗原（HLA）基因型别的。2.该试剂可检测HLA的A/B/C/DR/DQ位点的，采用PCR-SSP法，检测一人份共计需扩增112孔。引物是预先包埋在96孔板上。3.生产试剂后需要对112孔进行质检，确保每个孔的引物配制无误且能完成有效扩增。所以，质检时需要有已知型别的DNA样本进行试剂验证。4.现在产品质检存在以下问题：1.没有充足的DNA样本来源（仅为小体积血样提取的DNA，一次质检后就用完）；2.没有大体积血样或细胞提取高浓度DNA的方法；3.罕见型别DNA样本很难筛选到。
二、研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方
支气管肺泡灌洗液样本中有大量黏液，影响镜检检验。针对此点，拟研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方。同时，将该试剂与一次性无菌标本收集器组合于一体，实现不用打开标本收集器盖子就完成预处理步骤，简化检验流程，降低生物安全风险。
三、研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色体
研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色液。该试剂盒拟申报体外诊断试剂二类注册证，产品开发需要整合微生物、医学检验、材料、化学、机械、软件等多学科的专业科研团队，形成相关关键技术来搭建病原微生物形态学检测平台。
江西业力医疗器械有限公司
2021-11-01
SCIENTZ08-IIIC非接触式超声波细胞粉碎机
产品说明
非接触式超声波粉碎机也叫杯式超声破碎仪，可在密闭容器、无菌、可超微量条件下进行破碎。相比传统的探头超声波细胞粉碎机，该仪器具有一次可同时检测多个样品、实验效率高、无需频繁操作探头、避免样本交叉污染等优势。仪器标配低温恒温装置（可根据客户需要选择不同型号），便于样品在4-10℃环境内工作，使能量分布均匀，超声作用 完全。逐渐成为ChIP(染色质免疫共沉淀)和DNA剪切研究平台不可缺少的标准化工具。
宁波新芝生物科技股份有限公司
2021-12-08
家蚕国重徐汉福教授课题组揭示单细胞分辨率下家蚕丝腺全细胞异质性和基因转录动态图谱
丝蛋白是大自然赋予人类的一种天然可再生蛋白资源，具有优异的力学性能、生物相容性以及生物可降解性等特点，开发利用价值巨大。地球上已知能够产丝的生物超过十万种，其中包括人们熟知的蚕类、蜘蛛、蚂蚁等。
西南大学
2022-07-11
一种许氏平鮋免疫增强蛋白HMGB1基因及编码蛋白和应用
本发明涉及分子生物学领域，具体的说是一种许氏平鮋免疫增强蛋白(HMGB1)编码基因及其重组蛋白制备和应用。HMGB?1为序列表SEQ?ID?No.1中的氨基酸序列所示，该蛋白的编码基因为序列表SEQ?ID?No.2中的碱基序列所示。其制备方法：以鳗弧菌刺激的许氏平鮋头肾cDNA为模板，PCR扩增HMGB1编码基因，构建质粒pHMGB1；将pHMGB1转化大肠杆菌BL21Transetta(DE3)，对转化子进行诱导表达后，提取和纯化蛋白，即得重组HMGB1蛋白。所述重组HMGB1蛋白可结合双链DNA，并可显著提高许氏平鮋头肾巨噬细胞的免疫活性，提高其对鳗弧菌的杀菌功能和许氏平鮋对鳗弧菌的抵抗能力。该重组HMGB1蛋白可作为免疫增强剂应用于鱼类鳗弧菌病害的防治。
青岛农业大学
2021-04-13
一种基于免疫遗传算法的模块化多电平变换器的调制方法
本发明涉及一种基于免疫遗传算法的模块化多电平变换器的调制方法，对模块化多电平变换器的优化控 制方面的问题进行研究，优化目标为模块化多电平变换器的输出电流波形最优，本发明结合模块化多电平变 换器的结构特点和输出特性，采用各相上桥臂投入子模块的数目表示工作状态，对模块化多电平的工作状态 进行优化，通过编码操作，注入疫苗，亲和度计算，浓度计算，免疫选择，交叉操作，变异操作，倒位操作， 经过多次迭代收敛后得到优化后的模块化多电平变换器的输出电压阶梯波。
武汉大学
2021-04-14
HDS 在预测胃癌患者的预后、指导术后辅助化疗和预测免疫治疗疗效中的应用
胃癌是常见的消化道恶性肿瘤。据2020年全球癌症统计，胃癌的发病率和死亡率已分别居恶性肿瘤的第5位和第4位，给社会造成了巨大的经济负担。目前胃癌的治疗包括外科手术结合放疗、化疗或靶向药物治疗。虽然患者的预后在逐渐改善，但结果仍不尽如人意。因此，深入探讨影响胃癌治疗和预后的因素，制定新的临床治疗策略是改善胃癌患者预后的首要任务。近年来，研究人员对肿瘤与TME之间的关系有了更深入的了解。研究发现，肿瘤细胞可以通过过度表达PD-L1蛋白和分泌白细胞介素抑制剂来诱导免疫逃逸。此外，肿瘤相关的成纤维细胞包围肿瘤细胞，抑制免疫细胞浸润和药物渗透，导致治疗失败。研究发现，TME细胞的富集水平可以用来评估胃癌的预后。因此，分析TME的异质性，对于确定TME的定量指标，指导胃癌的治疗策略和预后评估，可能是提高疗效和预后的关键。
组蛋白脱乙酰酶(HDACs)是一类共18种类型(HDCA1-11、SIRT1-7)的蛋白酶，研究表明，HDAC通过可逆地调节组蛋白和非组蛋白的乙酰化状态，在TME的发展中起着关键作用。此外，研究发现，HDAC6参与了免疫系统中几个关键因子的上调。然而，不同类型的HDAC在调节TME细胞浸润水平方面存在异质性，单个分子或一类分子靶向抑制剂很难精确控制TME的变化。因此，迫切需要系统分析HDACs的表达谱和相应的TME特征，为胃癌的临床治疗策略和预后评估提供理论依据。
本发明提供了利用多组学方法研究HDACs在胃癌中的作用。分析了胃癌细胞系/患者的RNA-SEQ数据，并研究了HDAC表达与TME中免疫细胞浸润的关系。通过本发明的研究确定了胃癌准确预后的新靶点，有助于开发有效的治疗策略。本发明筛选获得与胃癌预后相关的103个基因，基于PCA方法构建了HDS评分，分析结果证明：高HDS组比低HDS组胃癌患者有更长的生存时间；高HDS的胃癌患者更适合使用免疫治疗；II期低HDS胃癌患者比高HDS胃癌患者从术后化疗中获益更多。
本发明的HDS评价体系为预测胃癌预后、选择术后辅助化疗方案和免疫治疗方案提供了一种新的方法，在临床上具有良好的应用前景。
北京大学
2023-05-22
用于检测卡巴氧和喹赛多代谢产物的单克隆抗体及酶联免疫技术
中试阶段/n该技术研制了一种能识别多种卡巴氧和喹赛多代谢产物的特异性单克隆抗体和一种用于检测卡巴氧和喹赛多代谢产物的酶联免疫方法及试剂盒。与现有技术相比，该成果制备的单克隆抗体可以同时识别脱二氧卡巴氧、脱二氧喹赛多和 N4-脱一氧喹赛多，而且具有较高的灵敏度和特异性。建立的 ELISA 技术和试剂盒能同时检测卡巴氧和喹赛多代谢产物在肉类食物中的残留，具有检测效率和灵敏度高，精密度和准确度好等优点。现已发展了多种用于检测该类药物残留技术，在这些残留分析技术中，由于其所需仪器昂贵、操作复杂
华中农业大学
2021-01-12
对新冠病毒和受体相互作用位点的准确定位研
2020年2月18日，清华大学生命学院王新泉课题组和医学院张林琦课题组紧密合作，利用X射线衍射技术，解析了新型冠状病毒（2019-nCoV）表面刺突糖蛋白受体结合区（receptor-binding domain, RBD）与人受体ACE2蛋白复合物的晶体结构，准确定位出新冠病毒RBD和受体ACE2的相互作用位点，阐明了新冠病毒刺突糖蛋白介导细胞侵染的结构基础及分子机制，从而为治疗性抗体药物开发以及疫苗的设计奠定了坚实的基础。这一重要研究成果已于北京时间2月21日凌晨在BioRxiv发表。王新泉和张林琦课题组随即瞄准新冠病毒上RBD如何特异性结合ACE2这一关键科学问题，利用昆虫细胞体系表达和纯化了新冠病毒 RBD和人ACE2胞外结构域，成功生长出新冠病毒 RBD-ACE2复合物的晶体（晶体生长条件：100 mM MES, pH 6.5, 10% PEG5000mme, 12% 1-propanol），利用上海光源BL17U线站收集了分辨率为2.45埃的衍射数据，并成功解析其三维空间结构。
北京大学
2021-04-10
新冠肺炎病毒传播在建筑中的影响和控制的解决方案
成果介绍在当前疫情防控和部分企业复工在即的形势下，对停留时间长、室内人员密度大、感染风险高的住宅、办公楼和医院三类建筑使用中的疫情防控尤为重要。该成果基于三种建筑类型的使用特点、室内人员活动特征、空调系统的设计、设备运行的管理优化措施等角度，对新型冠状病毒传播的预防与控制进行了研究分析并提出建议措施，助力疫情防控，并以期能够对后续同类型建筑的规划设计提供参考，分别从三种建筑提出相应设计建议。技术创新点及参数1、住宅建筑厨房排烟道应严格排查连接处的密封性，在楼宇中存在隔离肺炎患者时应远离天台；空调系统分体式可正常使用，有隔离肺炎患者要防止冷凝水滴入他户；电梯高危，减少碰触，无人时确保开门通风；楼梯间不触摸扶手，每层开窗通风换气。2、办公建筑办公建筑内空调系统的合理使用；全空气空调系统及其使用策略；风机盘管加新风系统及其使用策略；多联机及分体式空调与其使用策略；办公建筑的应急管理措施建议；办公人员的自我防护建议。3、医院建筑医院手术室；传染病专用门诊科室；专用隔离区域；普通科室及其他区域等基于新型肺炎疫情对医院空调系统设计及运行管理方面的建议。新建医院建筑空调系统设计建议，既有医院建筑空调系统在疫情期间运行建议。此次新型冠状病毒的大面积传播扩散，面对疫情防控的种种挑战，容纳着各类人员的建筑无疑是这场防疫战役中的重要一环。建筑作为人类活动的主要场所，应当具有在紧急情况下对集体安全、生存能力与健康提供支持的能力。未来的建筑设计将在建筑换气、排气、防臭、防霉、热舒适、洁污分离、干湿分离、抗菌灭菌等问题作出细微设计和健康性优化，未来建筑必将以人类健康为核心走向健康建筑。
东南大学
2021-04-11