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西安交大科研人员开发微卫星不稳定性检测新方法,助力肿瘤精准检测
微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, 简称MSI)是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型,多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。微卫星不稳定性与肿瘤的发生、发展,治疗方案制定及治疗效果预测相关,更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前,临床上使用的两种微卫星不稳定性检测的金标准方法:MSI-PCR和MSI-IHC,都需要专业技术人员通过实验操作来完成,均费时费力且成本较高。近年来,随着高通量测序(Next Generation Sequencing)的发展,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方法开始显露头角,在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下,极大的缩减了检测时间并减少了检测成本,大幅提高了推广微卫星不稳定性检测的可行性。2014年,西安交大叶凯教授团队率先开发了基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方案——MSIsensor。2017年该检测方案作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的微卫星不稳定性计算方法,通过了美国食品药品监督管理局的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心测试表明,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测与金标准的一致性可达99.4%。然而,微卫星不稳定性检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面,这一份正常对照样本限制了微卫星不稳定性的应用场景,尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况;另一方面,额外的对照样本增加了微卫星不稳定性的检测成本。基于上述原因,在叶凯指导下,叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索,从微卫星不稳定性发生机理出发,通过数学模型抽象,从单个肿瘤样本中提取特征,开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的微卫星不稳定性检测,只需50个微卫星位点的测序数据即可实现微卫星不稳定性的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了微卫星不稳定性的应用范围,减低了微卫星不稳定性检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。 该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(影响因子6.597)上。叶凯的博士生贾鹏为该论文的第一作者,叶凯为通讯作者,西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。论文链接为:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
西安交通大学 2021-04-10
一种用于等温扩增检测结核分枝杆菌的引物及包含该引物的检测试剂和方法
本发明公开了一种用于等温扩增检测结核分枝杆菌的引物及包含该引物的检测试剂和方法,所述引物包括上游序列和下游序列,其序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示;包含该引物的检测试剂包括上游引物85BPF1、下游引物85BPR1和探针85BPB1(SEQ ID NO:3);利用所述检测试剂等温扩增检测结核分枝杆菌的方法,包括以下步骤:将待检测基因样本与所述检测试剂混合,放置在可收集FAM荧光的仪器中,在35?45℃条件下孵育,检测荧光值,根据有无阳性扩增反应,判断待检测基因样本是否属于结核分枝杆菌的基因。相对于现有技术,本发明通过检测结核杆菌中的基因组,可以特异地检测结核杆菌基因,能够有效区分结核分枝杆菌和非结核分支杆菌,特异性高,反应时间短,温度过程简单。
东南大学 2021-04-11
全三维电磁粒子模拟软件CHIPIC3D研制
全三维粒子模拟软件CHIPIC是国家*63计划*03主题支持项目“***粒子模拟软件研发”的主要研究内容,其研究目的是在坚实理论基础指导下,深入开展强波粒相互作用理论及HPM和HPMM相关理论研究,建立强流相对论互作用的理论体系,为高功率微波器件理论研究提供一款实用的粒子模拟软件。 因为粒子模拟软件在军事领域有重大应用价值,国外的一些先进粒子模拟软件对我国是禁运的(如美国的MAGIC),从而一些内部技术对我国也是封闭的。本软件是完全依靠国内的自身条件研制完成的,是具有完全知识产权的软件。由本软件运算的准确性(与国外软件比较验证)可以证明本成果使用的技术线路是完全可与国外软件媲美的。 该项目完成了三维电磁粒子模拟理论与算法、软件设计、软件测试等研究内容,突破了高效并行计算、大尺度结构建模、三维PIC/MCC混合算法等关键技术,设计了友好的图形化输入界面及多窗口输出界面,形成了功能完整的CHIPIC3D模拟软件。并最终应用于对高功率微波源、真空电子学太赫兹源、脉冲功率真空器件等进行三维粒子模拟。 该项目主要技术指标如下:1.CHIPIC3D全三维电磁粒子模拟软件在直角及圆柱坐标系下实现了三维FDTD及粒子算法,能对各种对称、非对称结构的高功率微波源及太赫兹波源器件进行三维粒子模拟,模拟结果与实验吻合。2.采用基于消息交换与共享内存相结合的并行计算方法,使加速比达到30以上;3.采用分段建模并行计算的方法,能对30米以上大尺度精细结构进行三维粒子建模及模拟;4.将蒙特卡洛及Vaughan模型算法应用于三维粒子模拟软件,使其能模拟介质表面二次电子倍增、气体放电及介质表面击穿等复杂物理问题;5.采取面向对象的方法,能提供友好的图形化的输入界面及多窗口输出界面。 目前该软件已在中国工程物理研究院流体物理研究所、中国工程物理研究院应用电子学研究所、北京应用物理与计算数学研究所、国营第七七二厂、四川大学电子信息学院、西南交通大学等单位应用。从军事应用角度来看,该软件将缩短我国高功率微波源的研究周期,从而加快我国军队相关武器装备的研究进程;从经济效益角度来看,该软件避免了大量的重复加工及重复试验,节约了大量的人力物力,从而为用户单位带来巨大的经济效益。
电子科技大学 2021-04-10
通信与信息工程学院数学计算仿真软件服务招标公告
南京邮电大学通信与信息工程学院数学计算仿真软件项目的潜在投标人应在“江苏政府采购网”、“南京邮电大学”上免费下载招标文件,并于2020年10月21日10点30分(北京时间)前递交投标文件。
南京邮电大学 2020-09-29
基于证据驱动的水机设备 状态预警系统软件介绍
1、实现水电机组运行状态远程在线监测 2、实现设备状态预警软件系统一体化集成 3、实现基于证据驱动的设备状态预警
东南大学 2021-04-11
全三维电磁粒子模拟软件CHIPIC3D研制
该项目主要技术指标如下:1.CHIPIC3D全三维电磁粒子模拟软件在直角及圆柱坐标系下实现了三维FDTD及粒子算法,能对各种对称、非对称结构的高功率微波源及太赫兹波源器件进行三维粒子模拟,模拟结果与实验吻合。2.采用基于消息交换与共享内存相结合的并行计算方法,使加速比达到30以上;3.采用分段建模并行计算的方法,能对30米以上大尺度精细结构进行三维粒子建模及模拟;4.将蒙特卡洛及Vaughan模型算法应用于三维粒子模拟软件,使其能模拟介质表面二次电子倍增、气体放电及介质表面击穿等复杂物理问题;5.采取面向对象的方法,能提供友好的图形化的输入界面及多窗口输出界面。
电子科技大学 2021-04-10
隧道及地下工程建设风险管理软件(TRM1.0)
针对隧道及地下工程施工开发一套工程施工风险管理系统,通过对工程施工期间的 风险辨识与评估,定量进行分析计算,制定系统的风险决策和跟踪方案,可实现对工程 风险进行有效的管理与控制,保障盾构隧道工程施工顺利进行。 
同济大学 2021-04-13
智能化嵌入式软件随机故障分析再现与诊断技术
针对特定的故障现象(尤其是随机故障、间歇性故障等),通过综合贝叶斯网络、FMEA、FTA等多种故障分析方法、融合多元故障相关信息(故障现象、故障案例、专家经验、故障模型等),进行系统深入的故障分析、找出可能的故障原因;利用智能化的方法(如遗传算法、群智能算法等),结合强度和异常等测试理念,自动生成满足多目标(如各种覆盖率、故障现象的匹配度等)的测试用例,借助自主构建的通用嵌入式软件仿真测试环境,实现故障的快速再现和基于贝叶斯的动态故障定位。 通过智能化的嵌入式软件随机故障分析再现与诊断,可以在故障分析、故障再现、故障定位等方面,利用智能化方法进行系统性、启发式的故障诊断研究,形成一系列的智能故障诊断分析工具包、进而形成嵌入式软件故障诊断分析专家系统,可有效提高故障诊断与定位分析的效率。
北京航空航天大学 2021-04-13
基于模式识别的软件缺陷定性/定量预测模型构建技术
软件所含缺陷的风险或数目是合理安排软件测试资源,提高软件测试效率,衡量软件设计及开发质量的关键信息,应用模式识别技术对软件所含缺陷进行有效预测将对我国航空工业软件测试工作从被动测试到主动测试的转变起到积极的作用。对软件所含缺陷进行风险或定量预测,其根本技术在于利用以往软件缺陷数据,构建软件内在信息和软件缺陷信息之间的映射关系函数。 软件缺陷数据具有如下特点:软件度量信息冗余;软件缺陷数据分布及其不平衡;软件缺陷数据易含有不准确数据(如不准确的缺陷量)对于模型构建来说就是噪声数据;软件缺陷数据维度高,复杂度高等。该技术的广泛使用,将对我国航空工业中的软件测试工作,从传统的被动测试向主动测试,合理安排有限的测试资源,提高测试效率,从而提高软件质量起到重要作用。
北京航空航天大学 2021-04-13
动态交互网络环境下网构软件主体系统信任协商构建方法
本专利提出一种动态交互网络环境下网构软件主体系统信任协商构建方法,软件主体根据自己的信任信息建立信任关系,避免了使用证书交换导致信任协商变得复杂繁琐;不需要合作的主体每次交互都重新建立信任关系,软件主体之间不断的信息交互使每个软件主体逐步拥有全局的信任信息。每个软件主体都拥有自己的信任信息,即信任度与合作度,需要合作的两个主体根据合作的方向选择对应的信任度和合作度(契合度)建立信任关系;信任关系建立的成功与否需要与参考值比较,该参考值是按照系统中主体拥有平均信任信息时契合度的计算值;当契合度大于该参考值时建立信任关系,该方法避免了使用证书所带来的麻烦,使得信任关系的建立变得更加简单和清晰。
东南大学 2021-04-13
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