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近红外二区荧光探针
研究了分子给体单元调控对荧光性能的影响。由于染料发射波长越长越有利于增加穿透深度,于是增加了一个连接S单元的噻吩作为第二给体(D2)。噻吩的引入可以增加分子的共轭长度从而使荧光波长红移,但导致QY下降。进一步对连接受体A的第一给体单元(D1)进行结构调控,首次以辛烷噻吩作为D1。相对应的染料IR-FTAP在水溶液中QY高达5.3%,明显优于其它给体单元。 通过分子动力学模型与密度泛函理论的计算,发现憎水性的辛烷噻吩相较于其它D1单元可以有效减少共轭骨架中心与水分子的作用。计算结果也进一步证明了水中的QY与骨架中心与水分子的相互作用紧密联系。 还在IR-FE分子的基础上引入一条PEG链并在其他三条侧链引入羧基得到分子IR-FEPC。IR-FEPC可以高效的与重组人绒毛膜促性腺激素共价连接。斯坦福大学戴宏杰课题组等成功将这一探针应用于卵巢三个阶段的促黄体生成激素受体的特异成像
南方科技大学 2021-04-13
用于癌症转移检测的光学探针
目前,癌症的转移已经成为大多数癌症病人死亡的主要原因。然而,对癌症转移的准确诊断依旧是一项具有挑战性的工作。光学成像技术因其廉价、无损以及便于实时观测等优势,已经成为癌症诊断的一项重要工具。但迄今为止,用于癌症诊断的光学探针还很缺乏,难以满足准确诊断癌症转移的需求。因此,开发用于癌症转移诊断的新型光学探针有着重要的意义。 我校制备了一种可以准确检测体内癌症转移的纳米光学探针。这一纳米探针是由生物相容性的聚己内酯-聚乙烯吡咯烷酮嵌段共聚物和磷光发射的铱配合物大分子共组装而成的纳米胶束。
南京大学 2021-04-14
DNA快速提取与分离试剂盒
产品种类:营养体细胞DNA单独提取试剂盒、营养体细胞及芽胞DNA共同提取试剂盒、营养体细胞及芽胞DNA分别提取试剂盒三个系列。 产品用途:人及动物体粪便中细菌及芽胞DNA的提取与分离。 产品特点:不需要使用有毒的苯酚等试剂、快速,简捷,整个细菌样品操作过程可在1个小时内完成、结果稳定,产量高。OD260/OD280典型的比值达1.7~1.9,长度可达50kb~150kb,可直接用于PCR,Southern-blot,文库构建和各种酶切反应。共同开发单位:江苏师范大学江苏省药用植物生物技术重点实验室、无锡灵特生物技术有限公司。
江苏师范大学 2021-04-11
利用DNA存储还原数据信息的方法
1. 痛点问题 随着信息化时代的发展,生活中的一切都在数字化,对信息存储的要求也越来越高。据IBM统计,人类每天创造的数据已达到2.5百亿亿byte,大约相当于5亿部高清电影的下载。互联网数据中心(IDC)的研究显示,到2020年数据总量(包括结构化数据和非结构化数据)的年复合增长率达将达到42%,2010~2020十年间,世界上数据总量从1 ZB增长到50 ZB,共增长50倍。 面对巨大的数据量,传统存储介质的存储能力以及材料的消耗与信息存储需求间将会面临严重不平衡状态。人类工厂生产的可存储设备总存储容量与数据产生总量间差距越来越大,到2020年几乎达到两倍的差距。根据目前硅基存储的发展趋势推测,可用于信息存储的硅储量将在2040年被完全耗尽。因此,寻找硅基存储的替代物,开发高效稳定低成本的新型存储介质,实现低成本,高效稳定且长期的数据存储是目前信息时代社会发展亟待解决的关键问题之一。 2. 解决方案 DNA在近年来被认为是一种未来具有巨大应用前景的数字存储介质。首先,相比较于传统存储介质,在数据保存寿命和存储密度上都有着极大的优势。在自然界中,DNA长久以来作为是承载生物体遗传信息的主要物质,地球发现的最早古生物蓝细菌,DNA作为其遗传物质已经存在了几十亿年,且在极端条件下仍然可以保存。在存储密度方面,DNA数字存储理论上可以达到455 EB/克 (4.55 × 1011GB/克),大约 1018  bytes 或107 GB每mm3, 比传统存储介质提高了5-6个数量级。其次,在数据维护与备份成本方面,DNA数字存储所需要的占地,资源,能源均远远小于传统存储介质。
清华大学 2021-09-23
细菌DNA硫化修饰研究新进展
上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室吴更教授与武汉大学王连荣、陈实教授团队合作,揭示了细菌DNA硫化修饰中催化第一步反应的半胱氨酸脱硫酶发生构象变化,使其活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动5.5埃以发起攻击的催化机制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”为题发表在《mBio》杂志上。刘立琼等为第一作者,吴更、王连荣为通讯作者,上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室为第一单位。本文是团队自2018年Nature Communications上发表的细菌采用SBD结构域识别硫化修饰DNA的结构机理及2020年Nature Microbiology上发表的II型DNA硫化修饰系统的SspB、SspE晶体结构的延续和扩展。 在细菌的DNA硫化修饰(不管是早先发现的Dnd修饰系统还是新近发现的Ssp修饰系统)途径中,都由一个半胱氨酸脱硫酶催化第一步的反应,即半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸对底物半胱氨酸上的硫原子发起亲核攻击反应,将活化的硫原子转移到半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸上,以进行后续的将硫原子加进DNA的反应。2020年4月初团队在Nature Microbiology上发表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”,从探索海洋弧菌的高频单链磷硫酰化修饰入手,通过比较基因组学和分子遗传学手段,鉴定出以SspABCD为修饰元、SspE为限制元的单链磷硫酰化限制-修饰系统。该系统与之前发现的磷硫酰化(以DndABCDE为修饰元以产生双链DNA磷硫酰化、DndFGH为限制元)的Dnd系统均迥然不同,并首次阐明了细菌磷硫酰化限制-修饰系统赋予宿主抑制噬菌体入侵的能力。同时,通过结构生物学和生物化学手段,解析了SspB蛋白的晶体结构,揭示其两个保守motif的关键残基对其DNA缺刻酶活性非常重要;解析了SspE蛋白的晶体结构,发现其N端结构域有依赖于DNA磷硫酰化修饰的NTP水解酶活性,而其C端结构域有DNA缺刻酶活性,从而阐明了该系统DNA磷硫酰化修饰与限制两部分功能耦合的分子机理。研究还发现SspABCD作为修饰蛋白在宿主基因组DNA上产生磷硫酰化修饰,SspE作为限制元能够感应基因组DNA上的磷硫酰化修饰从而区别宿主自身与外源的遗传物质,并利用其核酸酶活性对入侵噬菌体的DNA进行大范围的缺刻,从而抑制噬菌体DNA的复制。 本研究解析了新发现的II型DNA硫化修饰系统中的半胱氨酸脱硫酶SspA(来源于弧菌)与底物半胱氨酸的复合物晶体结构,分辨率为1.8埃。结构揭示SspA通过其天冬酰胺N150和精氨酸R340残基来识别底物半胱氨酸,如果将这两个残基突变则会严重破坏细菌的DNA硫化修饰。在结构中,SspA的活性位点半胱氨酸C314与底物半胱氨酸的距离长达8.9埃,这就产生了一个有趣的问题——SspA是怎么催化脱硫反应的?通过计算机分子动力学模拟,作者发现SspA的活性位点半胱氨酸C314在催化过程中向底物半胱氨酸移动了5.5埃,从而把它们之间的距离缩短到便于发生反应的范围内。本研究通过简正模式分析,发现弧菌的SspA、大肠杆菌的IscS、链霉菌的DndA(这两个都是I型DNA硫化修饰系统的)的活性位点半胱氨酸虽然处在不同的相对位置和不同的二级结构上,但都有着向各自的底物半胱氨酸的运动。 本研究进一步通过在上海光源BL19U2生物小角X射线散射(简称SAXS)线站收集的数据,从头搭建了SspA在溶液中结构的分子模型。发现SspA在溶液中的结构与分子动力学模拟后SspA的结构更为接近,它们之间的SAXS数据的χ2偏差只有1.04埃,远低于从SspA的晶体结构推算出的SAXS数据之间的χ2偏差3.70埃。这从实验上证实了前述的计算机分子动力学模拟和简正模式分析的结果。 弧菌SspA的活性位点半胱氨酸在催化过程中,活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动了5.5埃的距离 (A)分子动力学模拟  (B)简正模式分析   (C)小角X射线散射实验数据与晶体结构经过分子动力学模拟后的结果和晶体结构的比较   本研究通过X射线晶体结构解析、分子动力学模拟、小角X射线散射等多种研究手段的结合,揭示了细菌DNA硫化修饰这一神奇现象中催化关键的第一步半胱氨酸底物脱硫反应的酶的催化机理,解答了半胱氨酸脱硫酶家族是如何克服活性位点半胱氨酸与底物半胱氨酸之间很长的距离这一长期悬而未决的问题,使人们对于细菌DNA硫化修饰的认识和理解又前进了一步。该研究获国家自然科学基金(31872627、31670106)的支持。​​​​
上海交通大学 2021-04-11
DNA和RAN在细胞中的分布
宁波华茂文教股份有限公司 2021-08-23
XM-843DNA结构及复制模型
XM-843 DNA结构及复制模型   XM-843DNA结构及复制模型显示DNA的结构及复制。 尺寸:放大,20.5×20.5×11cm 材质:PVC材料
上海欣曼科教设备有限公司 2021-08-23
探针台 高低温真空磁场型探针台 高精度半导体测试实验台
产品概述: 锦正茂高低温真空磁场探针台是具备提供高低温、真空以及磁场环境的高精度实验台,它的诸多设计都是专用的。因此,高低温磁场探针台的配置主要是根据用户的需求进行选配及设计。例如,要求的磁场值,均匀区大小、均匀度大小、样品台的尺寸等,均于磁力线在一定区域内产生的磁通密度相关联;位移台还可与磁流体密封搭配,实现水平方向二维移动和样品台360度转动;除此之外,该探针台和我司自主研发的高精度双极性恒流电源搭配使用户,可以磁场的高稳定性。因此,该类型的探针台主要依据客户的使用情况进行设计优化。 您也可以在淘宝网首页搜索“锦正茂科技”,就能看到我们的企业店铺,联系更加方便快速! 锦正茂高低温真空磁场探针台探针台配备4个(可选6个或8个)拥有高精度位移的探针臂,同时配有高精度电子显微镜,便于微小样品的观察操作。探针可通过直流或者低频交流信号,用来测试芯片、晶圆片、封装器件等,广泛应用于半导体工业、MEMS 、超导、电子学、铁电子学、物理学、材料学和生物医学等领域。 您也可以在淘宝网首页搜索“锦正茂科技”,就能看到我们的企业店铺,联系更加方便快速! 应用范围: 磁特性测试、微波特性测试、直流、RF特性测试,微电子机械系统,超导电性测试,纳米电路的光电属性,量子点和线,高低温真空环境下的芯片测试,材料测试,霍尔测试,电磁输运特性等。 您也可以在淘宝网首页搜索“锦正茂科技”,就能看到我们的企业店铺,联系更加方便快速! 可选附件: þ 各类DC探针、高频探针、主动式探针、电缆线 þ CCD或C-MOS视频成像装置 þ Chuck运动装置 þ 电磁铁系统/超导磁铁系统 þ 1Mpa正压系统升级 þ 超高温升级选件 þ 超高真空升级选件 þ 各类探针夹具 þ 屏蔽箱 þ 防振桌 þ 转接头 þ 静音真空泵 您也可以在淘宝网首页搜索“锦正茂科技”,就能看到我们的企业店铺,联系更加方便快速!
北京锦正茂科技有限公司 2022-01-22
一种新的探针制备方法
01. 成果简介 荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)是一种以荧光标记取代同位素标记而形成的新的原位杂交方法。其通过杂交探针序列及其荧光,能提供标记位点在细胞核内的空间位置信息,与基于染色质构象捕获(Chromatin Conformation Capture,3C)等各种生物技术(如4C,5C,HiC,ChIA-PET等)互补,成为研究染色质结构不可或缺的重要技术之一。 传统的荧光原位杂交技术一般以含有目标物种来源的一段完整基因组片段作为模板,通过生物酶的作用进行片段化,之后进行荧光标记做出杂交探针,再固定细胞中,通过碱基互补配对原理对特定的基因组片段进行荧光标记并成像,获得具体的核内空间信息。但是,传统的原位杂交技术受限于模板本身的特性,具有准备时间长、所需模板量大、基因分辨率低、克隆中含有重复片段、需要加入物种特异的Cot-1DNA等缺点。尤其是其分辨率低的特点(分辨率在百kb的数量级),让它在应用中受到了很大的限制。 本项成果提供了一种新的针对目标核酸靶标探针的制备方法(见图1),该方法比传统的FISH技术的分辨率提高了1-2个数量级(见图2),可应用于传统荧光原位杂交因分辨率不够而不能探测、或者被错误探测的地方。该成果的具体步骤(见图1)包括:(1)获取感兴趣的靶DNA序列;(2)使用转座酶将靶DNA序列进行片段化的同时,在片段化的DNA序列两端加上接头序列;和(3)利用所述接头序列,获取所述片段化的DNA序列,以产生探针。本项成果的技术优势在于:快速高效、模板需求量低、基因组分辨率高、且不需要Cot-1DNA。 图1 探针制备方法的具体步骤。 02.应用前景 本项成果是一种快速高效、模板需求量低、基因组分辨率高、且不需要Cot-1DNA的荧光原位杂交方法,可作为现有的传统荧光原位杂交技术的可选替代方案。尤其是该方法的分辨率高,比传统的FISH技术的分辨率高1-2个数量级(见图2),因此可应用于传统荧光原位杂交因分辨率不够而不能探测、或者被错误探测的很多地方。 例如,在基因组的三维结构中,TAD(拓扑结构域)是结构和功能的基本单元。TAD内部和TAD之间的增强子和启动子发生的错误的相互作用,是一些癌症发生的根本原因。而传统的FISH技术因为分辨率的限制,探测不到这些错误的相互作用。因此本项成果在临床有着广泛的应用,可以用于癌症及一些其它疾病的极早期检测。 图2  相比于传统的BAC FISH(图上方绿条,长度为152kb),仅用1.170 kb(红条)长的TN5探针,就可以得到要标记的基因组位点的图像。 图中细胞核(蓝色)中,红色和绿色的点相互重叠,说明Tn5 FISH可以用传统的BAC FISH进行验证。黄色箭头表示用Tn5 FISH(红色通道,左上角插入图)或BAC- FISH(绿色通道,左下角插入图)进行成像。图中比例尺为5μm。03. 知识产权 本项成果已申请1项国内发明专利,目前正在申请国际专利。04. 团队介绍 本项目团队负责人为清华大学教授、博士生导师,国家首批千人。团队的主要研究方向涉及:生物信息学和基因组三维结构新方法的开发,利用细胞超分辨率成像、分子成像和生物信息学的方法进行基因组三维结构和系统生物学的研究选。团队负责人曾多次主持或参与美国NIH的R01科研项目、中国国家自然科学基金及科技部的科研项目,已发表高水平学术论文200余篇。05. 合作方式 专利许可、合作开发。06. 联系方式 邮箱:zhangxinrui@tsinghua.edu.cn
清华大学 2021-04-13
高频复合超声扫描探针显微镜
本项目在国家重大科学仪器专项项目支持下,经过4年产学研用相结合技术攻关,成功研制了能表征样品形貌与内部纳米级结构的新型扫描探针显微镜,并实现了产业化。 研制了高稳定度激光器、高灵敏度光学检测器、高Q值扫描探针等核心关键部件,突破了基于ARM+DSP的自适应随机共振微弱信号检测方法、基于脉冲发送皮层模型多频超声图像融合方法以及基于非下采样剪切波变换的局部方差融合方法等核心关键技术,建立了RBG 彩色图像融合模型,成功研制了能表征样品形貌与内部纳米级结构的新型扫描探针显微镜。同时,通过在航天、医学、生物材料、电子器件等领域的实际使用,进一步改进与完善,提高了仪器的可靠性、有效性和实用性。 图1 成果展示 【技术优势】 在内部超声图像分辨率、最大可检测样品厚度等指标方面达到了国际领先水平。 【技术指标】 与国内外同类仪器比较,总体技术指标到达了国际先进水平,部分指标达到了国际领先水平。经过具有国家仪器检测资质的第三方测试结果,各项技术指标见下表: 【资质荣誉】 2021年湖北省科技进步二等奖。
华中科技大学 2023-07-19
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