产品种类：营养体细胞DNA单独提取试剂盒、营养体细胞及芽胞DNA共同提取试剂盒、营养体细胞及芽胞DNA分别提取试剂盒三个系列。 产品用途：人及动物体粪便中细菌及芽胞DNA的提取与分离。 产品特点：不需要使用有毒的苯酚等试剂、快速，简捷，整个细菌样品操作过程可在1个小时内完成、结果稳定，产量高。OD260/OD280典型的比值达1.7～1.9，长度可达50kb～150kb，可直接用于PCR，Southern-blot，文库构建和各种酶切反应。共同开发单位：江苏师范大学江苏省药用植物生物技术重点实验室、无锡灵特生物技术有限公司。

本技术方法提取的DNA质量 高，产率达0.4ug DNA/g湿土，适 合进一步纯化以构建宏基因组文 库。

本发明公开了属于农业生物技术领域的玉米单粒胚乳DNA的提取方法。本发明先将种子浸泡，然后切去部分胚乳，再加入浸提缓冲液，在55℃水浴后将胚乳研磨；向胚乳中加入CTAB抽提液进行抽提，再加入蛋白酶K和醋酸钠，最后加入饱和酚和氯仿/异戊醇，离心；向上清液中加入异丙醇，离心，用70％乙醇冲洗沉淀，干燥，加入TE中溶解。本发明方法不破坏种子本身的生活力，切除部分胚乳后仍可育苗移栽，利于进行大规模分子标记辅助选择；其次，本发明方法提取的DNA浓度高、纯度高；此外，本发明方法可在室内对育种后代进行分子标记辅助选择，工作效率高，节约人力、物力和财力；最后，本发明被切割种子被感染发霉的概率低，育苗成功率高。

本发明提供的一种鱼肠道微生物宏基因组总DNA的提取方法及试剂盒，其包括：(1)鱼样品取样及鱼体表微生物固定处理；(2)肠道微生物的获取及菌体的收集；(3)细胞的包埋与裂解；(4)DNA的提取；(5)DNA保存。试剂盒主要成分：溶液A：为Tris、EDTA的混合溶液；B为Tris、EDTA、NaCl、PVP、异硫氰酸胍、Triton?X100、PMSF、β?巯基乙醇的混合溶液；C为Tris、EDTA、NaCl和DTT的混合溶液；溶液D为蛋白酶K、溶菌酶、Tris、NaCl、SDS的混合溶液；E为Tris饱和酚和氯仿混合液；F为异丙醇；G为乙醇水溶液。本发明得到的DNA片段纯度高，宿主及宿主体表微生物DNA含量少。

小试阶段/n该项目开发了一种丙型肝炎病毒的DNA疫苗及其制备方法，属于分子生物学和感染免疫领域。本发明的DNA疫苗是HCV-E2的第2个N-糖基化位点产生突变，即N423RT突变为D423RT。在E2基因两端引入CpG序列，并将突变的片段构建到真核表达载体上即得到能产生E2突变体的DNA疫苗。本发明方法简便，成本低，克服了糖基化蛋白质在表达上的困难，制备的DNA疫苗可诱导产生比野生型HCV-E2更强的特异性细胞免疫和中和性抗体，特异性的杀伤性CD8+T活性增强，并能够引起较强的IFN-γ、IL4释放

在 S.pombe 中发现的一个全新pre-RC组分Sap1，它是pre-RC的装配过程中不可或缺的一个蛋白: 与ORC一样，Sap1在细胞生长周期中与DNA复制源结合，通过一系列的功能研究及X射线晶体学与NMR联合的结构功能研究表明，Sap1与通过其九个AT-钩状基序结合不对称AT富序列的ORC不同，Sap1优先结合5’-（A / T）nC / G（A / T）9-10G / C（A / T）n-3’，对于DNA起始复制源有一定的序列倾向性。 通过进一步的功能研究证明Sap1和ORC存在相互作用，ORC在招募Cdc18至DNA复制源时需要Sap1来完成pre-RC组装，充分表明Sap1是直接参与pre-RC组装的复制起始因子，本研究论文表明在S.pombe的DNA复制过程中，首先需要Sap1与ORC共同结合到DNA复制源上从而开启DNA的起始复制过程。进一步的研究表明在人类的DNA复制过程中同样存在Sap1功能类似的蛋白质元件，相关工作正在进行中。

上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室吴更教授与武汉大学王连荣、陈实教授团队合作，揭示了细菌DNA硫化修饰中催化第一步反应的半胱氨酸脱硫酶发生构象变化，使其活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动5.5埃以发起攻击的催化机制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”为题发表在《mBio》杂志上。刘立琼等为第一作者，吴更、王连荣为通讯作者，上海交通大学生命科学技术学院、微生物代谢国家重点实验室为第一单位。本文是团队自2018年Nature Communications上发表的细菌采用SBD结构域识别硫化修饰DNA的结构机理及2020年Nature Microbiology上发表的II型DNA硫化修饰系统的SspB、SspE晶体结构的延续和扩展。在细菌的DNA硫化修饰（不管是早先发现的Dnd修饰系统还是新近发现的Ssp修饰系统）途径中，都由一个半胱氨酸脱硫酶催化第一步的反应，即半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸对底物半胱氨酸上的硫原子发起亲核攻击反应，将活化的硫原子转移到半胱氨酸脱硫酶的活性位点半胱氨酸上，以进行后续的将硫原子加进DNA的反应。2020年4月初团队在Nature Microbiology上发表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”，从探索海洋弧菌的高频单链磷硫酰化修饰入手，通过比较基因组学和分子遗传学手段，鉴定出以SspABCD为修饰元、SspE为限制元的单链磷硫酰化限制-修饰系统。该系统与之前发现的磷硫酰化（以DndABCDE为修饰元以产生双链DNA磷硫酰化、DndFGH为限制元）的Dnd系统均迥然不同，并首次阐明了细菌磷硫酰化限制-修饰系统赋予宿主抑制噬菌体入侵的能力。同时，通过结构生物学和生物化学手段，解析了SspB蛋白的晶体结构，揭示其两个保守motif的关键残基对其DNA缺刻酶活性非常重要；解析了SspE蛋白的晶体结构，发现其N端结构域有依赖于DNA磷硫酰化修饰的NTP水解酶活性，而其C端结构域有DNA缺刻酶活性，从而阐明了该系统DNA磷硫酰化修饰与限制两部分功能耦合的分子机理。研究还发现SspABCD作为修饰蛋白在宿主基因组DNA上产生磷硫酰化修饰，SspE作为限制元能够感应基因组DNA上的磷硫酰化修饰从而区别宿主自身与外源的遗传物质，并利用其核酸酶活性对入侵噬菌体的DNA进行大范围的缺刻，从而抑制噬菌体DNA的复制。本研究解析了新发现的II型DNA硫化修饰系统中的半胱氨酸脱硫酶SspA（来源于弧菌）与底物半胱氨酸的复合物晶体结构，分辨率为1.8埃。结构揭示SspA通过其天冬酰胺N150和精氨酸R340残基来识别底物半胱氨酸，如果将这两个残基突变则会严重破坏细菌的DNA硫化修饰。在结构中，SspA的活性位点半胱氨酸C314与底物半胱氨酸的距离长达8.9埃，这就产生了一个有趣的问题——SspA是怎么催化脱硫反应的？通过计算机分子动力学模拟，作者发现SspA的活性位点半胱氨酸C314在催化过程中向底物半胱氨酸移动了5.5埃，从而把它们之间的距离缩短到便于发生反应的范围内。本研究通过简正模式分析，发现弧菌的SspA、大肠杆菌的IscS、链霉菌的DndA（这两个都是I型DNA硫化修饰系统的）的活性位点半胱氨酸虽然处在不同的相对位置和不同的二级结构上，但都有着向各自的底物半胱氨酸的运动。本研究进一步通过在上海光源BL19U2生物小角X射线散射（简称SAXS）线站收集的数据，从头搭建了SspA在溶液中结构的分子模型。发现SspA在溶液中的结构与分子动力学模拟后SspA的结构更为接近，它们之间的SAXS数据的χ2偏差只有1.04埃，远低于从SspA的晶体结构推算出的SAXS数据之间的χ2偏差3.70埃。这从实验上证实了前述的计算机分子动力学模拟和简正模式分析的结果。弧菌SspA的活性位点半胱氨酸在催化过程中，活性位点半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移动了5.5埃的距离（A）分子动力学模拟  （B）简正模式分析  （C）小角X射线散射实验数据与晶体结构经过分子动力学模拟后的结果和晶体结构的比较  本研究通过X射线晶体结构解析、分子动力学模拟、小角X射线散射等多种研究手段的结合，揭示了细菌DNA硫化修饰这一神奇现象中催化关键的第一步半胱氨酸底物脱硫反应的酶的催化机理，解答了半胱氨酸脱硫酶家族是如何克服活性位点半胱氨酸与底物半胱氨酸之间很长的距离这一长期悬而未决的问题，使人们对于细菌DNA硫化修饰的认识和理解又前进了一步。该研究获国家自然科学基金（31872627、31670106）的支持。​​​​

1. 痛点问题 随着信息化时代的发展，生活中的一切都在数字化，对信息存储的要求也越来越高。据IBM统计，人类每天创造的数据已达到2.5百亿亿byte，大约相当于5亿部高清电影的下载。互联网数据中心（IDC）的研究显示，到2020年数据总量（包括结构化数据和非结构化数据）的年复合增长率达将达到42%，2010~2020十年间，世界上数据总量从1 ZB增长到50 ZB，共增长50倍。 面对巨大的数据量，传统存储介质的存储能力以及材料的消耗与信息存储需求间将会面临严重不平衡状态。人类工厂生产的可存储设备总存储容量与数据产生总量间差距越来越大，到2020年几乎达到两倍的差距。根据目前硅基存储的发展趋势推测，可用于信息存储的硅储量将在2040年被完全耗尽。因此，寻找硅基存储的替代物，开发高效稳定低成本的新型存储介质，实现低成本，高效稳定且长期的数据存储是目前信息时代社会发展亟待解决的关键问题之一。 2. 解决方案 DNA在近年来被认为是一种未来具有巨大应用前景的数字存储介质。首先，相比较于传统存储介质，在数据保存寿命和存储密度上都有着极大的优势。在自然界中，DNA长久以来作为是承载生物体遗传信息的主要物质，地球发现的最早古生物蓝细菌，DNA作为其遗传物质已经存在了几十亿年，且在极端条件下仍然可以保存。在存储密度方面，DNA数字存储理论上可以达到455 EB/克 （4.55 × 1011GB/克），大约 1018  bytes 或107 GB每mm3， 比传统存储介质提高了5-6个数量级。其次，在数据维护与备份成本方面，DNA数字存储所需要的占地，资源，能源均远远小于传统存储介质。

中试阶段/n研究基于深度学习的视频DNA技术，进行海量视频近似拷贝搜索，面向千万视频库的快速搜索技术，实现查重、检索、敏感内容过滤等。该项目广泛应用于视频网站、新闻媒体、网络资源、云数据中心、国家监管部门、版权监管部门等对媒体内容的查重、检索与过滤等，具有较好的市场前景。