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非编码RNA的染色质结合机制研究
哺乳动物基因组的广泛转录产生了大量的非编码RNA,相比于细胞质定位的蛋白编码mRNA,这些非编码RNA如长链非编码RNA(lncRNA)、启动子和增强子关联的不稳定转录本(uaRNA、eRNA)等更倾向于结合染色质参与调控染色质结构、转录和RNA加工等过程。尽管零星报导少数RNA核滞留的现象,但为何大部分lncRNA会滞留于染色质上行使调控功能,仍是个不解之谜。上世纪80年代初,Joan Steitz通过系统性红斑狼疮患者血液抗体分离提取 U1,U2, U4, U5和U6小核糖核蛋白粒子(又称为 snRNP),揭示了它们参与RNA剪接的经典功能。近年来施一公团队系统报导了真核生物剪切体的原子结构和生化功能。然而,一直让人困惑的是,细胞内U1 snRNP的数量为什么比其它剪接相关snRNP高 2-5倍。虽然Gideon Dreyfuss和Phil Sharp等团队曾揭示U1 snRNP调控转录终止和方向的非经典功能,U1 snRNP在细胞中的丰富存在仍然是一个让人困惑的问题。为了探究lncRNA的染色质结合机制,研究者首先建立和运用一套新颖的mutREL-seq方法来高精度筛选调控RNA定位的关键序列,意外发现了U1 snRNP识别位点参与调控候选RNA的染色质滞留。相比于蛋白编码基因,lncRNA转录本含有更多的U1识别位点(同时也是潜在的5’剪接供体位点),而其基因组区域具有更少的3’剪接受体位点。并且U1 snRNP更高水平地结合在lncRNA上。随后,研究者分别使用antisense morpholino oligos(AMO)和auxin-induced degron(AID)诱导蛋白降解系统,来抑制U1 snRNA和核心蛋白组分SNRNP70的功能。研究者发现小鼠胚胎干细胞中近一半的lncRNA受U1 snRNP调控。另外,与转录调控元件关联的不稳定非编码转录本如uaRNA、eRNA等,它们的染色质结合在U1 snRNP抑制后也显著下降。研究者进一步证明了U1 snRNP直接调控成熟lncRNA与染色质的结合,而不是通过影响RNA合成、加工或降解过程的动态变化所产生的间接影响。机制上,研究者鉴定了U1 snRNP在染色质上的互作蛋白,发现U1 snRNP结合特定磷酸化状态的RNA转录聚合酶II(Pol II)。转录抑制明显降低了U1 snRNP及其所调控的非编码RNA与染色质的结合,表明U1 snRNP通过与磷酸化的Pol II互作来介导其互作RNA与染色质的结合。最后,研究者通过以lncRNA Malat1为例,进一步验证了U1 snRNP对其染色质结合的调控作用。去除SNRNP70后,绝大部分Malat1 “核斑”定位信号消失,并弥散在核质及细胞质中。同时,Malat1在活跃表达基因染色质区域的结合信号显著下降,表明U1 snRNP不仅可以将Malat1滞留在染色质上,同时也参与调控后者在染色质上的移动及其与靶基因的结合。综上,研究者提出如下模型(图1):5’和3’剪接位点在lncRNA上的不对称分布,致使U1 snRNP持续结合在lncRNA转录本上,而不能通过RNA剪接过程释放,从而介导了lncRNA的染色质滞留。磷酸化Pol II进一步介导了lncRNA-U1 snRNP复合体在染色质上的移动(mobilization)。对于大多数低丰度、不稳定的lncRNA,它们只能靶向结合邻近的染色质区域(顺式cis作用);而对于少数稳定和高丰度的lncRNA,如Malat1,U1 snRNP促进了其迁移和结合更多的靶基因区域(反式trans作用)。图1. U1 snRNP介导非编码RNA染色质结合的模式图。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2105-3
清华大学 2021-04-10
N端RNA结合域的晶体结构研究
2020年3月8日,中山大学第五医院在bioRxiv上上传了一篇题为Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA binding domain reveal spotential unique drug targeting sites的研究,确定了SARS-CoV-2核糖蛋白N-端RNA结合域的晶体结构。虽然整体结构与其他冠状病毒核N端RNA结合域相似,但它们之间的表面静电电位特征却不同。与轻度病毒类型HCoV-OC43 等效域的进一步比较显示,β-螺旋核心旁边具有独特的潜在RNA 结合槽。结合体外数据,结果提供了SARS-CoV-2N端RNA结合域的几种原子分辨率特征,指导了针对SARS-CoV-2的新型抗病毒剂的设计。
中山大学 2021-04-10
一步法病毒RNA提取试剂
福州大学生物科学与工程学院林峻博士在第一代“新型冠状病毒检测试剂盒”的基础上,进一步研发出“一步法病毒RNA提取试剂”。
福州大学 2021-04-10
揭示环状RNA新功能—circRNA调控蛋白翻译过程
环状RNA(circular RNA, circRNA)circMYBL2通过招募RNA结合蛋白PTBP1调控癌基因FLT3 mRNA的翻译效率,从而促进了FLT3-ITD突变型白血的发生发展。该项研究成果首次报道新型非编码RNA circRNA以RNA-蛋白复合体形式发挥对翻译进程的正调控作用,揭示了环状RNA的新功能。  FLT3-ITD是在FLT3基因中间的一段串联重复序列突变,该突变可导致Y591等位点的自磷酸化,进而激发下游通路的过度激活,促进疾病进程。目前普遍认为FLT3-ITD突变型白血病预后极差且容易复发,因此,寻找新的 FLT3-ITD 白血病的药物靶点具有重要意义。该团队以FLT3-ITD突变型白血病为研究模型,深入研究circRNA潜在作用机制及其对该类白血病疾病进程的调控作用。研究发现,环状RNA circMYBL2在FLT3-ITD阳性白血病中高表达并特异性影响FLT3-ITD阳性白血病细胞的增殖、凋亡等一系列细胞功能,却对FLT3-ITD阴性白血病细胞无显著影响。 进一步研究显示,circMYBL2调控该疾病关键癌基因FLT3的蛋白翻译过程;揭示了circMYBL2与RNA结合蛋白PTBP1形成复合体促进了FLT3蛋白的翻译效率(如上图)。该工作报道了circRNA调控翻译的新功能。
中山大学 2021-04-13
无机-有机杂化体系递送小干扰RNA研究
总结了过去20年来siRNA药物在癌症治疗领域中的发展进程、企业和市场分布状况;分析和总结了功能性无机-有机杂体系在siRNA递送进展中的优势;总结了杂化纳米材料构建的基本策略,以优化siRNA递送。同时,他们还分析探讨了该领域的发展趋势。相关研究成果以“Engineering functional inorganic–organic hybrid systems: advances in siRNA therapeutics”为题发表在Chem. Soc. Rev.上(Chem. Soc. Rev., 2018, 47, 1969-1995),并入选该期的封面(Chem. Soc. Rev., 2018, 47, 1903-1903)。综述第一作者沈建良博士于2014年毕业于我校化学学院,目前受聘于中科院温州生物材料与工程研究所及温州医科大学眼视光学和视觉科学国家重点实验室担任课题组长,课题组主要从事智能多功能化纳米制剂在肿瘤中的诊疗应用。
中山大学 2021-04-13
具有抑制革登等RNA病毒复制作用的寡肽
北京工业大学 2021-04-14
Dexinmag 表磁分布测量系统 多级磁环检测设备空间磁场分布测量仪
  DX-2012R系列表面磁场分布测量仪是结合多极磁环生产厂家和电机企业用户的实际需求,精心设计测试台体并精确控制电机运转而自主研制的表磁分布测量仪器。   随着人民生活水平的不断提高和科学技术的不断进步,人们不仅对环形磁材料磁场检测分析有需求,对于多种形状的材料甚至是空间磁场的检验也提出更多的要求和指标。在现有的经济和技术的推动下,我公司应市场要求研发了第四代表磁测量产品——DX-2012RD空间磁场分布测量仪。本设备能够精确的测试空间磁场分布,并且提供XY坐标、P极坐标、3D磁场分布和相对基波进行谐波分析等测试手段,针对现国内外市场对磁产品的多项指标,满足永磁磁体、永磁电机定子或转子、直流磁场线圈、电磁铁等品质的检验。   本设备可配多种测试工装(如三维测试探头、旋转平台或载物平台),高同心度设计和探头回位的高精度水平,是该设备品质的保证;产品综合性能达到国际先进水平。目前公司商业化产品的扫描空间800mm*800mm*800mm。 DX-2012RD表磁分布自动测量装置硬件特点 ● 三轴电动控制移动平台,铝合金材料加工,外形尺寸可定制;  ● 步进电机驱动回位精度可达±0.01mm,步进分辨率可达0.01mm; ● 台湾三爪卡盘,同心度优于0.05mm , ● 旋转角度分辨率:0.01°,回位不确定度:±0.005°; ● 测试速度30-60秒/周(锁定); ● 数据采集分0.2k/0.4k/1k/2k/4k/10k/20kGs七档自动量程; ● 准确度1.0%,重复性0.3%; ● 分辨率对应各档满量程1.0%(400Gs以下,0.1Gs有效); ● 配一标准磁场,磁场1000Gs±5Gs,定标精度0.5%,用于磁场校对。   DX-2012RD表磁分布自动测量装置软件特点 ● 基于WindowsXP/WIN7的软件包,扫描检测磁化体的场强; ● 软件能控制3个线性运动和一个旋转运动; ● 操作人员选择要扫描的区域和步进; ● 开机系统具有自我机械调零功能; ● 可自动移动到设定测试点功能并按设定测试步进方式进行连续测试; ● 测试完成,可自动回位到停机点,方便样品的更换。 ● 其他:配套软件DX-2012MDT磁场分布测量软件。   满足功能 ● 各极磁场峰值最大值、最小值和平均值自动测量功能; ● 各极磁极宽度最大值、最小值和平均值自动测量功能; ● 各磁极面积和半高宽测量自动测量功能; ● 旋转磁场零点自动寻找功能; ● 自动输出极坐标图功能; ● 自动输出对应基波谐波分析功能; ● 对同一样品,组合测试点三维磁场分布显示功能; ● 各极角度,峰值,面积列表储存功能; ● 对应磁场B与X/Y/Z长度的磁场分布图; ● 对应磁场B与平面的磁场分布图。 ● 可直接通过E-mail发送彩色的测试报告,非常快捷; ● 可将测试数据输出到EXCEL中,便于对测试结果进行分析。   标准配置与可选配置   DX-2012RD标准配置 DX-2012RD组件 说明 测试平台 包含探头电控调节机构、XYZ电动调节系统、光学电动旋转平台和精密三爪卡盘。 磁场扫描测试主机 包含自动量程高斯计和步进电机驱动控制中心。 配置软件 DX-2012RMT多极分布测试软件和DX-2012MDT平面空间磁场扫描软件。 标准磁场 提供第三方检验报告(100mT)。 其他配置 联想品牌计算机、HP激光打印机一套; 说明:以上标准配置仅作参考,实际产品清单以签订合同为准。   DX-2012RD可选配置 可选配件 说明 纵向霍尔探头 量程范围: 0.2k/0.4k/1k/2k/4k/10k/20kGs七档自动量程 精      度: 对应各档满量程0.5% 准  确 度: 对应各档满量程1.0% 横向霍尔探头 量程范围: 0.2k/0.4k/1k/2k/4k/10k/20kGs七档自动量程 精      度: 对应各档满量程0.5% 准  确 度: 对应各档满量程1.0% 三维霍尔探头 根据客户要求定制 零高斯腔 磁场屏蔽0.001mT;   DX-2012RD行程及测量范围(标准配置) 步进电机驱动轴技术参数 参数 X轴 Y轴 Z轴 位移距离 200mm 200mm 150mm 步进分辨率 0.01mm 0.01mm 0.01mm 回位不确定度 ±0.01mm ±0.01mm ±0.01mm 最大速度 20mm/sec 20mm/sec 20mm/sec   探头技术参数 移动轴 X Y Z 行程(mm) 200 200 150 分辨率(mm)   0.01mm 0.01mm 0.01mm 回位精度(mm)  ±0.01mm ±0.01mm ±0.01mm   DX-2012RD仪器参数(标准配置) 步进电机驱动器性能参数 供电电源  12V ~40VDC 容    量  0.1KVA 输出电流  峰值2.6A/相(Max) 驱动方式  空间矢量双极恒流驱动 励磁方式 十六种细分模式可选 绝缘电阻 常温常压下>100MΩ 绝缘强度 常温常压下0.5KV,1Min   精密电动旋转平台性能参数 台面直径 100mm 传动比 7.500694 分辨率(8细分) 0.00125° 重复定位精度 <0.005° 最大速度 25°/s 步进电机 2相 最大静转矩 40Ncm 最大中心负载 50kg   测试原理 DX-2012R系列表面磁场分布测量仪的测量原理结构框图以DX-2012RD为例,如图所示:        DX-2012RD空间磁场分布测量仪主要由工控电脑(测量软件)、运动控制系统和数据采集系统组成,首先通过工控电脑发送测试命令,控制运动控制系统完成设定的运动轨迹,同时同步控制数据采集系统工作,数据采集系统通过霍尔传感器采集X、Y、Z方向的数据,然后将数据传送给工控电脑进行数据处理,最后得到三维磁场分布图。   DX-2012RA多极磁环表磁分布测量仪的测量原理结构框图与DX-2012RD相比,没有X、Y、Z三轴控制系统,也不配置三维高斯计,使用的是一维的测试探头。   DX-2012RB龙门式表磁分布测量仪的测量原理结构框图与DX-2012RD相比,基本相同,只是不配置三维高斯计,使用的是一维的测试探头。   DX-2012RC机柜式表磁分布测量仪的测量原理结构框图与DX-2012RD相比,也基本相同,只是不配置三维高斯计,使用的是一维的测试探头。
厦门盈德兴磁电科技有限公司 2026-04-07
揭示环状RNA circHIPH3调控肺癌自噬新机制
环状RNA在肿瘤治疗研究中的作用正在日益显现。近期,在多种肿瘤的HIPK3基因中存在的环状RNA(circHIPK3)被发现在肿瘤生长中起到重要作用,但其在肺癌中的作用尚未被阐明。此次的研究成果显示,沉默circHIPK3可以显著抑制肺癌细胞增殖、侵袭和转移,并导致细胞出现自噬。 在机制层面,本研究揭示出circHIPK3在STK11突变细胞系(A549和H838)中通过调控MIR12
南方科技大学 2021-04-14
我国科学家构建单细胞环形RNA分析技术及表达图谱
环形RNA(circRNA)是一类在真核细胞中广泛存在的内源性非编码RNA分子。单细胞全长转录组测序技术的发展,可以对单个细胞中环形RNA进行捕获测定,但效率较低,仅可部分揭示单细胞分辨率下环形RNA的表达模式。因此,单细胞水平的环形RNA表达及功能研究已成为该领域重点关注的问题。
科技部生物中心 2022-07-07
蛋白-蛋白及 RNA-蛋白质相互作用成像新技术
已有样品/n本发明涉及蛋白-蛋白及RNA-蛋白质相互作用成像领域,基于激发波长在600nm以上的红色荧光蛋白mNeptune荧光片段互补技术,建立了位于活体成像“光学窗口”的双分子和三分子荧光互补系统。其中双分子荧光互补系统可以用于活细胞及活体内蛋白-蛋白相互作用成像,三分子荧光互补系统可以用于活细胞及活体内RNA-蛋白质之间的相互作用成像。该成果为首次建立活体内RNA-蛋白质相互作用荧光成像技术,该技术也将有助于开发活细胞及活体内药物评价体系和药物筛选平台。
中国科学院大学 2021-01-12
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