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我国特有鸟类褐马鸡濒危的遗传学机制
物种逐步衰退以至走向濒危是环境和物种进化历史共同作用的结果。人类活动、栖息地破碎化和遗传多样性丧失是导致物种濒危的主要因素。目前,保护基因组学(Conservation Genomics)已成为探讨物种濒危机制的一种新手段,并在制定濒危物种的保护规划方面具有重要作用。 褐马鸡在历史上曾分布广且数量多,但后来种群持续下降,目前仅在河北、北京、山西和陕西的局部山地分布,形成了东部(河北、北京的太行山)、中部(山西吕梁山)、西部(陕西黄龙山)三个彼此隔离的地理种群。北京师范大学张正旺教授团队联合哈佛大学、中山大学、中国环境科学研究院、台湾师范大学等单位的研究人员,首次揭示了我国特有鸟类褐马鸡(Crossoptilon mantchuricum)濒危的遗传学机制。 在长期野外生态学研究的基础上,采用高通量测序技术对褐马鸡三个地理种群的40只个体及其近缘物种蓝马鸡的11只个体进行了种群基因组分析(图-2)。发现褐马鸡遗传多样性比朱鹮、白尾海雕等濒危物种更低的(图-3a);各地理种群之间存在明显的遗传差异,彼此之间几乎不存在基因流。三个地理种群均存在较为严重的近交,积累了较多的有害突变。褐马鸡的有效种群大小在大约三万七千年前开始持续下降,并在近代明显加速,而与此同时我国汉族人口快速增多,表明褐马鸡的种群下降可能与人类活动的持续增加有密切关系(图-3b)。基于此提出人类活动干扰和栖息地破碎化是导致褐马鸡遗传多样性丧失的主要原因,呼吁应进一步减少保护区内的人类活动以促进其野生种群的复壮。另一方面,作者建议采用基因组学技术来挑选出含有较少有害突变的个体进行褐马鸡种群间的基因交流,在其历史分布区开展再引入工作,以逐步恢复褐马鸡的遗传多样性和种群大小。
北京师范大学 2021-02-01
我国特有鸟类褐马鸡濒危的遗传学机制
物种逐步衰退以至走向濒危是环境和物种进化历史共同作用的结果。人类活动、栖息地破碎化和遗传多样性丧失是导致物种濒危的主要因素。目前,保护基因组学(Conservation Genomics)已成为探讨物种濒危机制的一种新手段,并在制定濒危物种的保护规划方面具有重要作用。 褐马鸡在历史上曾分布广且数量多,但后来种群持续下降,目前仅在河北、北京、山西和陕西的局部山地分布,形成了东部(河北、北京的太行山)、中部(山西吕梁山)、西部(陕西黄龙山)三个彼此隔离的地理种群。北京师范大学张正旺教授团队联合哈佛大学、中山大学、中国环境科学研究院、台湾师范大学等单位的研究人员,首次揭示了我国特有鸟类褐马鸡(Crossoptilon mantchuricum)濒危的遗传学机制。 在长期野外生态学研究的基础上,采用高通量测序技术对褐马鸡三个地理种群的40只个体及其近缘物种蓝马鸡的11只个体进行了种群基因组分析(图-2)。发现褐马鸡遗传多样性比朱鹮、白尾海雕等濒危物种更低的(图-3a);各地理种群之间存在明显的遗传差异,彼此之间几乎不存在基因流。三个地理种群均存在较为严重的近交,积累了较多的有害突变。褐马鸡的有效种群大小在大约三万七千年前开始持续下降,并在近代明显加速,而与此同时我国汉族人口快速增多,表明褐马鸡的种群下降可能与人类活动的持续增加有密切关系(图-3b)。基于此提出人类活动干扰和栖息地破碎化是导致褐马鸡遗传多样性丧失的主要原因,呼吁应进一步减少保护区内的人类活动以促进其野生种群的复壮。另一方面,作者建议采用基因组学技术来挑选出含有较少有害突变的个体进行褐马鸡种群间的基因交流,在其历史分布区开展再引入工作,以逐步恢复褐马鸡的遗传多样性和种群大小。
北京师范大学 2021-04-10
一种基于遗传算法的矩形检测方法
本发明的涉及一种对图像中矩形进行检测的方法。本发明旨在 寻找图像中矩形的最佳四个顶点集合,首先对图像进行边缘检测,获 得由图像中所有边缘点组成的集合即边缘空间,然后用四个边缘点表 示一个矩形个体,简称为个体,通过计算四个边缘点之间连线的存在 性和夹角接近直角的程度来计算个体的适应度,选择适用度高的个体 进行交叉和变异操作来产生新一代的个体。通过多次选择、交叉和变 异操作最终找到组成矩形四个顶点的最佳集合。该方法基于遗
华中科技大学 2021-04-14
实时多人无标记三维运动捕捉技术
动作捕捉技术(motion capture)在影视、体育、安防等领域具有广泛应用。传统的动作捕捉分为两大类,光学动捕系统通过在采集环境部署多个红外摄像头,再在人员的动捕服上放置光学标记球来求解出采集者的姿态信息,从而实现对人体运动的捕捉与动画映射;惯性动捕系统通过惯性测量单元(IMU)来采集肢体的运动信息,采集设备相对更轻便,但采集精度不如光学动捕系统。光学动捕系统包括Motion Analysis,Vicon,Optitrack等,惯性动捕系统有Xsens,诺亦腾等。 然而,无论是光学动捕还是惯性动捕都需要动作人穿上特定的设备,不可避免地会影响到人体运动的真实性和动捕的使用范围。同时,相应的专业动捕设备往往价格不菲,很多有需求的小型工作室也会望而却步。因此,学术界和工业界都在极力研究“无标记运动捕捉”技术,即不需要任何穿戴设备,仅由相机观测和算法分析,就实现对多人体运动的实时准确捕捉。这种技术有着更加广泛的应用场景,例如无人售货超市、VR/AR游戏、远程全息通讯、数字人创建、虚拟主播、人机交互、全天候医疗监护等。 近几年,随着深度学习技术的广泛普及,无标记动捕领域也诞生了许多革命性技术,例如实时2D多人体关键点检测技术OpenPose等。然而,多目标实时3D运动捕捉仍然是一个极具挑战性的问题,主要挑战因素包括:如何实现实时计算,如何进行高效的多视角关联,如何解决紧密交互带来的观测失真等。举个例子,当两个人拥抱在一起的时候,当前大多数检测或重建算法都会失效。而理论上,多视角的观测信号能够在一定算法设计下互相补充,尽可能解决单视角运动重建的歧义性。如何充分利用多视角的视频信号,实现复杂、紧密交互场景下的多人体运动捕捉是当前无标记运动捕捉领域的核心问题之一。 该项目研究工作提出的多视角人体运动捕捉系统包括相机采集模块,2D姿态检测模块,4D关联图求解模块,三维骨架求解模块及渲染模块。其主要算法贡献在于提出并实现了4D Association算法。 当前的多视角运动捕捉系统大多采用的是序贯地匹配策略,首先对每个视角进行独立的人体检测和连接(例如,OpenPose检测关键点和关键点相互连接的概率,从而对人体进行连接;Mask-RCNN、AlphaPose和HRNet都需要先检测每个人的BoundingBox,然后对每个人进行独立的人体检测),然后对人体进行多视角关联和姿态求解,最后进行时域跟踪。这种常规方法的缺陷在于,当单个视角检测失败以后,后续的算法难以对失败的检测结果进行修正,从而将错误的检测传递到下一个步骤,影响跟踪效果,对于紧密交互(例如前文提到的两人拥抱)的情形,单视角的往往很难给出令人满意的检测结果,因此基于序贯式的算法一般会失效。 相较而言,该研究工作的创新性在于充分利用单图连接(2D)、多视角连接(1D)、和时域连接(1D)之间的相互约束从而进行全局优化,用多视角信息和时域信息来避免单视角连接的歧义性,同时也通过单视角连接结果来优化多视角的匹配,从而使得关联结果更趋向于全局最优。具体地,该研究工作提出了一种4D Graph的图结构,将上一帧的三维人体关键点(在初始帧或者人进入动捕范围的时候可以缺失,不影响算法的运行)和当前每一视角的2D关键点建模在同一个图结构中,用单图连接、多视角连接、时域连接的概率作为边的权值,将人体多视角关联的问题看成提取有效边的过程。为了快速地求解这个问题,进一步提出了一种基于完全子图的近似求解算法,高效地完成了从4D图结构中提出正确的人体连接。 最终,该研究工作实现了紧密交互下人体的三维姿态重建,并展示了实时系统效果。其算法在多个数据集上均表现出了良好的视觉效果,在Shelf数据集上也取得了当前最好的数值结果。
清华大学 2021-02-01
与猪生长速度相关分子标记克隆及应用
研发阶段/n可用于猪生长速度的遗传改良,在猪的遗传改良中生长速度性状一直是改良的重点,提高生长速度可缩短生长周期,节省饲养成本,但这个性状的测定也必须等到猪长到上市体重,因此测定工作需要花费成本,用专利6,7和8可以进行早期选择,节约测定成本,缩短世代间隔,提高生长速度。
华中农业大学 2021-01-12
实时多人无标记三维运动捕捉技术
项目成果/简介:动作捕捉技术(motion capture)在影视、体育、安防等领域具有广泛应用。传统的动作捕捉分为两大类,光学动捕系统通过在采集环境部署多个红外摄像头,再在人员的动捕服上放置光学标记球来求解出采集者的姿态信息,从而实现对人体运动的捕捉与动画映射;惯性动捕系统通过惯性测量单元(IMU)来采集肢体的运动信息,采集设备相对更轻便,但采集精度不如光学动捕系统。光学动捕系统包括Motion An
清华大学 2021-01-12
一种花生果针标记装置
本实用新型公开了一种花生果针标记装置,包括入土花生果针夹扣、手柄和弹簧,所述入土花生果针夹扣侧面固定有手柄,所述弹簧安装在2个手柄之间。该花生果针标记装置以软的海绵层形成的夹扣作为夹住入土的果针,海绵层可以防止夹扣将花生果针损害,通过入土花生果针标签牌的作用,能够很好地进行标识,同时本次试验结束后,可取下标记装置,摘掉标签牌(4),在下次使用时只需更换新的标签牌(4)即可,标记装置主体可重复使用,
青岛农业大学 2021-01-12
报道驱动肿瘤发生的表观遗传调控新机制
癌基因cMyc是一个重要的转录因子,调控约15%的人类基因表达,在肿瘤细胞的增殖、凋亡以及代谢重编程等方面发挥重要作用。然而,目前尚不清楚,cMyc是否通过转录以外的机制,来广泛地调控基因的表达以及肿瘤的发生发展。中国科学技术大学的张华凤课题组、高平课题组联合军事医学科学院段小涛课题组的研究发现,cMyc能够促使琥珀酸脱氢复合酶(SDH complex)中的重要亚基SDHA乙酰化以及SDH复合酶失活,导致底物琥珀酸(succinate)的积累,进而上调组蛋白H3K4的三甲基化(H3K4Me3)水平以及基因的表达。该研究成果在线发表于Nature Metabolism期刊上。机制方面,发现cMyc通过泛素连接酶SKP2促进线粒体中SIRT3的蛋白降解,从而导致SDHA的乙酰化上升。通过质谱进一步鉴定出SDHA受调控的乙酰化位点K335,小鼠实验显示SDHA的K335位点乙酰化在cMyc诱导肿瘤过程中起重要作用。进一步分析临床病人弥散性大B细胞瘤(DLBCL)样本发现,高表达cMyc的DLBCLs中,SIRT3发挥着抑癌因子的功能,而K335位乙酰化的SDHA发挥着促进肿瘤的作用。这一发现揭示了cMyc驱动的肿瘤发生过程中SDHA乙酰化修饰发挥的重要病理学作用。SDHA被认为是抑癌蛋白,它的失活突变体与多种肿瘤,例如副神经结瘤、乳腺癌、肾癌等,有一定程度的联系。这项研究表明,至少在弥散性大B细胞淋巴瘤中,SDHA通过乙酰化失活而极大地促进了cMyc异常表达的肿瘤的进展。因此,靶向SDHA的乙酰化将可能为此类肿瘤的临床治疗提供潜在的策略和手段。论文链接:https://www.nature.com/articles/s42255-020-0179-8详细阅读:http://news.ustc.edu.cn/2020/0317/c15884a414798/page.htm
中国科学技术大学 2021-04-10
表观遗传学相关的科研服务平台和新药研发
已有样品/n该项目瞄准肿瘤精准医疗技术发展中的关键问题,以肿瘤精准诊断和治疗为目标,围绕表观遗传组学在肿瘤预防、诊断和治疗中的研究和应用,开发表观遗传科学研究和表观药物高通量筛选开发的相关产品和服务平台,研发创新性表观靶点药物,为肿瘤精准医疗提供研究和诊疗的平台和药物。目前市场上大部分基因测序公司无法完成上游的ChIP 实验,项目具有很强的优势。较早的开发了ChIP 级别抗体库,在战略上具有领先优势。开
武汉大学 2021-01-12
大数据挖掘在植物表观遗传组学中的应用
近年随着测序技术的不断完善,生物领域积累了大量基因组、转录组、表观组学数据。怎样有效利用这些数据挖掘生物学新知识,是研究工作者在大数据时代面临的挑战。该研究以DNA甲基化测序数据入手,探索了大数据挖掘揭示生物学新知识的研究之路。翟继先课题组重新分析了公共数据库中来自不同实验室的约500余组Col-0型拟南芥DNA甲基化数据:通过比较单个突变体和多个野生型,鉴定了每个突变体中高置信度的DNA甲基化差异区域,进而分析了不同突变体间DNA甲基化差异区域的重合度,揭示控制DNA甲基化相关基因之间的联系。
南方科技大学 2021-04-13
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