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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题 癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一,基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性,对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义,而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析,还面临很多挑战。 肿瘤样本具有其独有的特点,在样本制备和单细胞分离过程中,其细胞应激反应大、坏死细胞多,为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战; 肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题,比如复杂的微环境和高度的异质性,而如何充分考虑这些难点,并从信息学的视角进行深入研究,有待建立全面、自动的分析框架; 肿瘤单细胞数据的分析,对科研人员的编程能力和分析经验要求很高,亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛,提高研究的效率。 2.解决方案 本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括: 1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题,提出了全面、精细的数据质量控制方案; 2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程(数据标准化、降维、聚类、差异表达分析); 3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法; 4)从重要表型(细胞周期、干性)、基因集(已知的和潜在的)两方面深度解析了肿瘤内部的异质性; 5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法; 6)构建了自动化、智能化分析的软件平台,能够自动生成全面、直观的分析报告。 基于本项成果产生的产品、服务或解决方案: 1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer; 2)针对软件使用和分析结果解读的服务; 3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。 3、合作需求 团队要求:合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验,能为本项目的应用与落地提供条件; 资金需求:合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学 2022-08-30
Cell | BIOPIC 张泽民课题组合作通过大规模整合生物信息分析揭示泛癌种自然杀伤细胞异质性
2023年8月21日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)张泽民课题组联合中国科学技术大学彭慧课题组,在国际期刊Cell上发表了题为A Pan-Cancer Single Cell Panorama of Human Natural Killer Cells的研究论文。该研究以生物信息学数据整合为支撑,通过收集大规模单细胞转录组测序数据,系统刻画了自然杀伤(NK)细胞在不同癌症类型和组织之间的异质性,发现了肿瘤微环境(TME)特异富集、杀伤功能异常的NK细胞亚类,揭示了NK细胞与微环境中其他组分的潜在调控关系。
北京大学 2023-08-22
一种适用于循环肿瘤细胞捕获的微流控芯片
癌症从发生到临床发现往往需要10年的时间,癌症治疗的根本途径是早期发现或者对已转移瘤能有效治疗。循环肿瘤细胞(circulatingtumor cells, CTC)是指从原位瘤脱落下来进入到循环系统尤其是血液中的肿瘤细胞。作为液态活检核心靶标的CTC,不仅可用于癌症转移前的早期筛查,而且在临床肿瘤的分期、预后、特异性药物筛选、疗效检测、治疗和复发监测等方面都具有极其重要的临床应用价值。然而由于CTC在血液中数量极其稀少(约1-100个/mL),其高效高准确捕获一直是科学前沿难题和临床应用的关键障碍。 现有的CTC检测方法仍存在较大的局限,包括检测准确度不足、成本高、效率低、时间长以及检测条件苛刻等。本项目提出的新型微流控芯片设计,将基于流线的降速结构和基于过滤的捕获结构有机整合,实现了CTC特异性的汇聚和保留,同时将部分白细胞和红细胞分流到出口。每经过一个这样的降速结构,CTC就被浓缩一次,白细胞和红细胞被分走一部分。更重要的是,每一个单元液流速度均得到了显著下降(变为原来的1/2)。经过多组这样的降速结构,液流流入捕获结构,此时流速已经非常缓慢,利用CTC和其他血细胞的尺寸和形变差异,通过三棱柱阵列能实现CTC的高效捕获。总体来说,本项目所提出的微流控芯片能在很大流速范围内(5-40 mL/h)都实现高捕获效率(高达94.8%)。此外,芯片上捕获到的CTC的纯度也较高(高达4log白细胞去除率)。临床癌症患者患者双盲测试结果详实准确率达到100%。运用本项目中的微流控芯片,将实验室培养的宫颈癌HeLa细胞掺杂到健康血液中,以模拟癌症患者血液,在很大流速范围内(5-40 mL/h)都能实现高捕获效率(高达94.8%)。同时,为了证明此微流控芯片的普适性,测试了四种实验室细胞系,包括乳腺癌细胞系MCF-7和MDA-MB-231,宫颈癌细胞系HeLa和肺癌细胞系NCl-H226,捕获效率均稳定在91.3%以上。此外,也设置了不同的癌细胞密度以模拟实际的癌症患者血液,捕获效率近似为96.2%。随后,将本项目应用于临床,对11例癌症患者血液中的CTC进行检测,检出率高达100%,CTC个数从6-117个/mL不等,平均值31个/mL,中位数25个/mL。这些研究表明本项目中的微流控芯片能实现癌症患者的早期检测。本项目实现对癌症患者血液中的循环肿瘤细胞的单细胞灵敏度和高特异性的的捕获,由于其成本低,方便快速,效率高,对操作条件不敏感等,因而非常适合大规模应用于临床,实现癌症的早期诊断、实时动态监测和阻断转移等效果。
北京大学 2021-04-11
一种适用于循环肿瘤细胞捕获的微流控芯片
癌症从发生到临床发现往往需要10年的时间,癌症治疗的根本途径是早期发现或者对已转移瘤能有效治疗。循环肿瘤细胞(circulatingtumor cells, CTC)是指从原位瘤脱落下来进入到循环系统尤其是血液中的肿瘤细胞。作为液态活检核心靶标的CTC,不仅可用于癌症转移前的早期筛查,而且在临床肿瘤的分期、预后、特异性药物筛选、疗效检测、治疗和复发监测等方面都具有极其重要的临床应用价值。然而由于CTC在血液中数量极其稀少(约1-100个/mL),其高效高准确捕获一直是科学前沿难题和临床应用的关键障碍。 现有的CTC检测方法仍存在较大的局限,包括检测准确度不足、成本高、效率低、时间长以及检测条件苛刻等。本项目提出的新型微流控芯片设计,将基于流线的降速结构和基于过滤的捕获结构有机整合,实现了CTC特异性的汇聚和保留,同时将部分白细胞和红细胞分流到出口。每经过一个这样的降速结构,CTC就被浓缩一次,白细胞和红细胞被分走一部分。更重要的是,每一个单元液流速度均得到了显著下降(变为原来的1/2)。经过多组这样的降速结构,液流流入捕获结构,此时流速已经非常缓慢,利用CTC和其他血细胞的尺寸和形变差异,通过三棱柱阵列能实现CTC的高效捕获。总体来说,本项目所提出的微流控芯片能在很大流速范围内(5-40 mL/h)都实现高捕获效率(高达94.8%)。此外,芯片上捕获到的CTC的纯度也较高(高达4log白细胞去除率)。临床癌症患者患者双盲测试结果详实准确率达到100%。
北京大学 2021-02-01
T恤
成果描述:1.本外观设计产品的名称:T恤。2.本外观设计产品的用途:本外观设计产品用于供人穿在身体上,用来保护身体,具有装饰作用。3.本外观设计产品的设计要点:该T恤的形状、图案、色彩及其结合。4.最能表明本外观设计设计要点的图片或照片:主视图。5.请求保护的外观设计包含色彩。市场前景分析:1.本外观设计产品的名称:T恤。2.本外观设计产品的用途:本外观设计产品用于供人穿在身体上,用来保护身体,具有装饰作用。3.本外观设计产品的设计要点:该T恤的形状、图案、色彩及其结合。4.最能表明本外观设计设计要点的图片或照片:主视图。5.请求保护的外观设计包含色彩。与同类成果相比的优势分析:国内领先
成都大学 2021-04-10
口感番茄“优梦T106”
特征特性:优梦T106为粉果型口感番茄品种,早熟,高温下长势好,连续坐果能力强,果实完全成熟后不易裂果;单果重80g左右,可溶性固形物含量8%左右,果肩绿色,果胶黄绿色,肉脆、酸甜、有香味;抗番茄黄化曲叶病毒病、灰叶斑、镰刀菌冠状根腐病、烟草花叶病毒、根结线虫等。 生产试种:2023,2024年在辽宁盘锦、山东寿光、山西大同、浙江湖州进行了生产试种,表现良好。 优梦T106
北京大学现代农业研究院 2024-12-13
宫颈细胞保存液
1、几乎 100%保存细胞的形态结构和数量。2、能有效分解粘液、红细胞。3、含有梯度处理成分,将有效细胞与标本中黏液、碎片、血细胞等分层,使有效细胞沉积到细胞保存液瓶底部。4、制片后剩余样本仍有足够的细胞,可进一步直接做 HPV、DNA、衣原体、淋病及免组化测试。5、标本瓶既可存放标本,也可作为离心管使用,标本瓶底锥形内胆,便于收集细胞。
孝感奥华医疗科技有限公司 2025-01-21
一种用于捕获循环肿瘤细胞的微流道结构及其制备方法
本发明公开了一种用于捕获循环肿瘤细胞的微流道结构及其制 造方法,该方法包括:(1)在单晶硅片表面匀胶、光刻得到光刻胶掩膜;(2)基于光刻胶掩膜,使用感应耦合等离子体反应刻蚀技术 ICP 在单晶硅片上刻蚀出微米级别的凹槽及槽内均匀分布的硅微米柱阵 列;(3)在微米柱表面制备纳米线阵列;(4)对凹槽进行封装。按 照本发明,可以获得一种用于循环肿瘤细胞检测的微纳复合微流道结 构,这种检测结构具有灵敏度高、效率高等特点。 
华中科技大学 2021-04-11
一种用于捕获循环肿瘤细胞的微流道结构及其制备方法
本发明公开了一种用于捕获循环肿瘤细胞的微流道结构及其制造方法,该方法包括:(1)在单晶硅片表面匀胶、光刻得到光刻胶掩膜;(2)基于光刻胶掩膜,使用感应耦合等离子体反应刻蚀技术 ICP在单晶硅片上刻蚀出微米级别的凹槽及槽内均匀分布的硅微米柱阵列;(3)在微米柱表面制备纳米线阵列;(4)对凹槽进行封装。按照本发明,可以获得一种用于循环肿瘤细胞检测的微纳复合微流道结构,这种检测结构具有灵敏度高、效率高等特点。
华中科技大学 2021-04-14
具有肿瘤细胞 G1 期阻滞作用的化合物及其制备和应用
本发明通过对黄柄曲霉固体发酵和对其发酵产物的甲醇提取物进行分离纯化,得到 18 个细胞松弛素类新化合物,通过抗肿瘤活性评价,发现化合物 1 黄柄曲霉菌素 A 对白血病细胞 HL-60,人肝癌细胞SMMC7721,人肺癌细胞 A-549,人乳腺癌细胞 MCF-7,人结肠癌细胞 SW480 有一定的抑制作用。本发明人采用 4 株癌细胞(人早幼粒白血病细胞 HL-60、急性早幼粒白血病细胞株 NB4、结肠癌细胞株 RKO、人结直肠癌细胞 HCT116)和两株正常细胞(肾上皮细胞 293T 和结肠上皮细胞
华中科技大学 2021-04-14
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