本发明公开了一种利用真菌处理高盐废水的方法,包括:使用棉线载体或相关载体制备固定化真菌;设置菌电耦合装置;在高盐度灭菌液体培养基中接种真菌,并通过直流电源施加不同的电压;在碳源调控下利用真菌对高盐废水进行处理;利用电刺激协同真菌处理实际高盐废水。本发明具有显著的环境友好性和经济性,这种创新的处理方案与现有技术相比不仅减少了有毒物质的生成,还降低了后续处理所需化学药剂的使用。根据本发明,具有成本低、操作简便、不需要额外投入化学药品、减少对环境的危害的特点。