本发明公开了一种与湖羊睾丸重量主效QTL有关的SNP分子标记及其应用,属于遗传育种和分子生物学领域。该SNP分子标记位于绵羊11号染色体第54289512位碱基,该位点处出现C和T两种等位基因的多态性。该SNP位点的不同基因型与湖羊睾丸重量显著相关,其中CC基因型个体的睾丸重量显著高于TC和TT基因型(P<0.01)。将所述SNP分子标记应用于高繁殖力种公羊的早期选育,对提高羊群生产能力和增加养殖效益具有重要意义。