本发明公开了一种玛纳斯海洋芽孢杆菌E40208a1及其应用。该菌株次级代谢产物发酵液对马铃薯Y病毒(Potato virus Y, PVY)引起的病毒病害具有显著拮抗作用,且材料来源广泛,成本低,对环境安全。