本发明公开了一种具有除草作用的短梗霉素及其制备方法,利用出芽短梗霉菌PA-2制备孢子悬浮液,接种于种子培养基中进行活化,转入到发酵罐中进行发酵;从温度、装液量、培养时间和转速4个方面对培养条件进行优化;取发酵液,弃去菌体,利用大孔树脂进行振荡吸附、清洗。洗脱后减压干燥,直至分离纯化获得短梗霉素。本发明的短梗霉素具有较强的耐热性,耐受pH值广泛,对蛋白酶不敏感,该化合物抑制种子萌发时期α-淀粉酶活性和乙酰乳酸酶活性,进而抑制杂草种子的萌发和生长,达到除草的目的。