一种基于多聚单核苷酸多态性的猪10K和50K液相芯片及其应用

高通量SNP基因型检测是基因组选择的前提，当前以高通量SNP固相芯片为主，但该技术主要掌控在美国公司手中，是我国分子育种的卡脖子技术。本成果利用靶向捕获测序技术和多聚单核苷酸多态性技术，在之前开发的猪50K液相芯片（专利号：ZL202110359470.7）基础上，结合课题组猪重要性状遗传解析成果，开发了效率更高的多聚单核苷酸多态性50K（专利号：ZL202310552851.6）和10K液相芯片（专利号：ZL202310707878.8），在不增加成本的前提下，可以提供更多的SNP标记，基因组选择准确性提升3～5个百分点。两款芯片相结合，可实现‘前低后高，前多后少’的高低密度SNP芯片基因组育种，降低基因组育种成本1/2～2/3（中国畜牧杂志，2022），推动我国生猪基因组育种。

猪50K和10K液相芯片分别包含52000和9400个靶位点，覆盖猪所有染色体， SNP和个体检出率为0.997和0.998，可用于猪的基因定位、群体结构分析、亲子鉴定及品种纯度分析和分子育种等。

本发明与基于illumina平台和Affymetrix平台开发的芯片（通常称之为固相芯片）相比，本成果除了保留检测准确性高的优点和价格较低之外，它还有以下几个优势：

（1）标记位点增删方便，可以随时补充新的位点；

（2）样品检测灵活，少量样本即可检测，无样本量限制；

（3）SNP芯片密度可以灵活调整，适合多种场景应用；

（4）利用多聚核苷酸技术，可以在成本不变前提下，50K液相芯片标记数可提高至10万个。结合单倍型分析，可以进一步提高基因组选择准确性；

（5）10K液相芯片目前固相芯片尚无该产品类型，本发明利用了液相芯片技术优势，主要用于基因组选择，可极大降低育种成本。