本发明公开了一种快速检测水稻种子纯度和真伪的鉴定方法,该方法包括下列步骤:首先是供试材料DNA的提取;其次是利用专利中的SCAR标记对提取的DNA进行PCR扩增检测;第三是是扩增DNA片段的比较分析。该套标记的发明用于水稻种子纯度和真伪鉴定,不仅具有环境的稳定性、品种间变异的可识别性、最小的品种内变异及实验结果的可靠性等基本特点,在应用上还具有快速、简便、低成本的优点,适合于构建植物品种的特异性指纹图谱、大样品的种子纯度快速分析、假冒伪劣品种的检测鉴定、分子标记辅助育种、基因克隆等方面的应用。