本发明提供一种识别微丝菌用荧光探针的制备方法,该方法先采用卤代长碳链化合物对咔唑吡啶苯乙烯类菁染料的4-甲基吡啶部分进行修饰,而后再与3-甲酰基-N-乙基咔唑反应合成具有长疏水链的荧光探针。本发明效果为,该探针制备过程中将咔唑吡啶苯乙烯类菁染料的制备和修饰同步化,制备方法简单,制得的荧光探针背景干扰小,荧光强度高,荧光性质稳定。利用微丝菌具有疏水表面这一特性,本申请中所制备的具有长疏水链的荧光探针可与其结合,从而达到荧光识别微丝菌的目的。