本发明提供了一种基于凹点匹配的玉米穗部粘连籽粒分割方法及系统,该方法在玉米穗部的籽粒分割图存在粘连籽粒时,获取粘连籽粒的轮廓最小凸闭包,获取粘连籽粒的轮廓最小凸闭包的匹配凹区以及对应的分割凹点对,以及根据分割凹点对粘连籽粒进行分割。该系统包括粘连籽粒的轮廓最小凸闭包获取单元、匹配凹区及分割凹点对获取单元及粘连籽粒分割单元。本发明能够可以快速、准确分割玉米果穗穗部粘连籽粒,为玉米品种的考察研究提供了准确且可靠的基础。