本发明公开了一种与玉米雄性核不育相关的基因MS33及其在杂交育种中的应用。本发明提供了一种与玉米雄性核不育相关的MS33蛋白,是如下(a)或(b):(a)由序列表中序列1所示的氨基酸序列组成的蛋白质;(b)将序列1的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加,且与植物雄性育性相关的由序列1衍生的蛋白质。MS33基因突变导致玉米完全雄性不育,性状彻底,不受环境影响。该基因具有在玉米杂交种子生产上的应用潜力。