本发明实施例提供一种估计基因组育种值的方法及装置,该方法包括:根据矩阵M‑1的子块数和预设的MPI进程数n,确定MPI进程MPIi读取的根据表型数据文件的记录条数、矩阵A‑1中的个体数和所述MPI进程数n,确定MPI进程MPIi读取的系数矩阵Wi和根据MPI进程MPIi的系数矩阵Wi和确定待估计的基因组育种值。本发明实施例可以实现计算机资源与运算速度的最优化,节约运算时间,提高工作效率。