本发明公开了一种迭代空间模糊聚类的大脑磁共振图像超体素生成方法,包括以下步骤:首先,由于人类大脑具有相同的拓扑结构,从基于群体的大脑MRI模板获得一组种子模板;其次,为了排除部分容积效应的影响,提出了一种迭代空间模糊聚类算法,将体素分配给每个种子生成超体素。本发明能较好地应用于大脑磁共振图像,生成有效的大脑磁共振图像超体素。