本发明公开了一种菲律宾刺参硫酸软骨素多糖,其结构式如下:主链为硫酸软骨素E结构,同时带有硫酸岩藻糖构成的支链,该支链通过糖苷键连接在主链的β-D-葡萄糖醛酸上,且硫酸基的取代方式为75%3,4-O-SO4,20%2,4-O-SO4以及5%4-O-SO4。本发明还同时公开了上述菲律宾刺参硫酸软骨素多糖的提取方法。该多糖具有抗凝血或者抗血栓的作用。