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关于蛋白质机器动力学的研究
泛素-蛋白酶体体系(Ubiquitin-Proteasome System,简称UPS)是细胞内最重要的蛋白质降解通路,对维持生物体内蛋白质的浓度平衡,以及对调控蛋白、错误折叠或受到损伤的蛋白的快速降解起着至关重要的作用,参与了细胞周期、基因表达调控等多种细胞进程,由UPS失常引发的蛋白质新陈代谢异常与众多人类重大疾病直接相关。2004年,Aaron Ciechanover, Irwin Rose和Avram Hershko三位科学家被授予了诺贝尔化学奖,以表彰他们对该降解通路的发现。UPS中蛋白酶体是细胞中最基本的、最重要的不可或缺的、最为复杂的大型全酶超分子复合机器之一,人源蛋白酶体全酶包含至少33种不同的亚基,总原子质量约为2.5MDa。美国FDA批准的多种治疗癌症的药物分子即以蛋白酶体为直接靶标。近年来,随着冷冻电镜技术的发展和应用,人们对这一大分子机器的结构和功能研究得以不断深入。2016年,毛有东课题组与合作者报道了人源蛋白酶体基态的3.6Å冷冻电镜结构及其他三个亚纳米分辨构象,并首次发现一个亚稳态构象的核心颗粒(Core Particle,简称CP)底物转运通道处于开放状态(见PNAS 2016, 113: 12991-12996)。2018年4月,该课题组又报道了6个ATPγS结合状态下的26S动态结构,包括三个CP开放态对应的亚稳简并态近原子分辨(4~5Å)结构(见Nature Communications 2018, 9: 1360)。尽管这些工作揭示了蛋白酶体的基本架构和内在运动行为,但由于缺乏蛋白酶体与底物之间的相互作用,人们对于蛋白酶体如何实现底物降解的原子水平工作机制仍一无所知。此外,尽管冷冻电镜技术近年来广泛应用于分析具有动态特征的蛋白复合体结构和平衡态构象,但对其中间态结构和非平衡构象分析的分辨率水平往往局限在4~6埃或更低,离真正的全原子水平动力学分析还有相当一段距离。 为了真正实现原子水平的蛋白酶体底物降解动态过程的冷冻电镜三维重建和动力学表征,毛有东课题组攻克了两大技术难题。其一,如何在蛋白酶体完成底物降解之前抓到它的所有可能的中间态构象?课题组发展了一种新颖的核酸置换法,利用ATPγS降低AAA-ATPase激酶水解活性的特点,在底物降解中间过程,通过将ATP快速置换成ATPγS,结合快速冷冻的优势,从而扑捉到蛋白酶体在底物降解过程的中间态。其二,如何在从冷冻电镜数据中分析出更多构象的同时,还把分辨率做到3埃甚至更好?课题组通过多年持续努力,发展了多种基于人工智能和机器学习的冷冻电镜图像聚类的新型算法,并针对蛋白酶体的动力学特征,设计了一套极其有效的整合了多种算法的多构象分类流程。通过这两套技术方案的完美结合,课题组成功解析了人源蛋白酶体在降解底物过程中的七种不同的、但差别甚微的、高分辨原子水平的天然态构象(Native states),完整展示了蛋白酶体从泛素结合到去泛素化,再到底物转运的动态过程。与同期在Science上发表的与底物结合的酵母蛋白酶体的4.2-4.7埃冷冻电镜结构(Science doi: 10.1126/science.aav0725,来自加州伯克利分校和Scripps研究所)相比,该Nature论文不仅总构象数量多一倍,全部构象分辨率还高1-2埃。由于Science论文采用了抑制Rpn11去泛素活性的策略,其非天然态结构中底物并不能真正自由转运,所推测的机理仅限于底物转运这一步,对于其他三大Nature论文所回答重要问题均无法给出答案。这体现了该Nature论文不仅在实验方法的原创性上和数据分析水平和质量上,更在科学发现和问题探究的深度和广度上大幅超越了来自Science的竞争性论文。图一 七个利用冷冻电镜解析的精细原子结构完整揭示了从泛素识别、去泛素化反应、转运启动和持续降解的核心功能动态过程。 作为整个蛋白酶体的动力来源与运转核心,AAA-ATPase激酶分子马达展现出了三种不同的核苷酸水解协作模式,6个ATPase亚基协调工作,交替与底物发生相互作用。在去泛素化过程(EB态)中,处于对立位置的两个ATPase亚基Rpt2与Rpt4水解ATP,而Rpt5与Rpt6则释放ADP,ATPase内的底物转运通道被打开,使得底物可以进入轴心通道;与此同时,去泛素化酶Rpn11亚基与泛素及底物发生相互作用,执行其作为去泛素化酶的功能;在转运起始过程(EC态)中,相邻的两个ATPase亚基Rpt1与Rpt5会同时水解ATP,调控颗粒(Regulatory Particle,简称RP)发生大规模转动并释放泛素;在底物去折叠与转运过程(ED态)中,三个相邻的ATPase亚基会分别同步进行ATP的结合、ADP的释放与ATP的水解,这一过程会单向传递下去,将ATP水解释放的化学能转换为机械能,使得相应的ATPase亚基发生刚体转动,推动底物的去折叠和单向输运,同时CP的转运通道入口打开,底物被送入通道中进行降解。这些研究结果为几十年来对蛋白酶体功能的研究提供了宝贵的第一手原子结构和动力学信息,对于理解生物体内蛋白质的降解过程和一系列负责物质输运的ATPase马达分子的一般工作原理具有极为重要的科学意义。
北京大学 2021-04-11
基于AI 机器学习的影像组学模型研究
2019年12月以来,由SARS-CoV-2病毒感染导致的新型冠状病毒疾病(COVID-19)在全球开始蔓延。报道显示,SARS-CoV-2感染患者的中位住院时间为10天,而武汉患者在发病10天后症状有可能加重。因此,住院时间是COVID-19临床预后的重要指标之一。 目前,CT影像学已成为COVID-19肺炎的诊断和监测工具,主要表现为磨玻璃影、实变及混合密度影。然而,现阶段的影像学研究主要集中于对病灶的定性和半定量描述,缺乏对病灶的全定量分析。因此,基于前期提出的CT定量监测COVID-19肺炎病程,团队假设在CT病灶背后的高通量影像特征“隐藏”了患者预后转归的“秘密”。 本研究纳入了兰州、安康、丽水、镇江、临夏5家新冠肺炎定点医院,自2020年1月23日到2月8日期间住院患者的临床资料和首次CT资料,所有患者经RT-PCR证实SARS-CoV-2病毒感染。至2月20日,研究共纳入31例治愈出院的患者(排除14例未出院患者和7例首次CT检查无肺炎表现患者),并将10天作为住院时长的二分类阈值。基于有限的样本量,团队将4个中心作为训练队列,另外一个中心作为验证队列。通过自动分割肺叶和半自动分割病灶,31名患者中累计分割出72个病灶。在对病灶图像预处理后,提取影像组学特征并筛选。为了研究影像组学特征的稳定性,团队使用了Logistics回归模型和随机森林模型对筛选的特征分别进行建模和验证。​结果发现,6个筛选出的二阶特征在两种不同分类器中均表现出良好的预测价值。在外部测试队列中,Logistics回归模型的AUC为0·97(95%CI 0·83-1·0), 敏感性 1·0, 特异性0·89;随机森林模型的AUC为0·92 (95%CI 0·67-1·0),敏感性 0·75, 特异性1·0。随后,研究又纳入了2月20日-28日新出院的6名患者,利用已建立的影像组学模型可以正确预测所有6名患者的住院时间。 
东南大学 2021-04-10
自动化机器学习算法研究与系统实现
研究目的和意义机器学习和人工智能已成为当今最热门的技术之一。2017年,国务院印发了《新一代人工智能发展规划》,正式将人工智能作为国家重要发展战略之一。人工智能已经成为信息技术时代的又一波浪潮。在这波浪潮的推动下,互联网行业、金融行业、传统制造业、政务民生、公安警务等各行各业都在积极向人工智能领域转型升级,利用人工智能先进技术提升智能分析和辅助决策能力,
南京大学 2021-04-14
全自动根茎类蔬菜上料对半切机器
所有的净菜加工厂商仍采用人工来完成这一环节的加工,可谓是费时费力,为生产经营者带去了较大的人工成本开销,并且手工对半切也存在效率不高,规格尺寸不均等诸多问题。 一、项目进展 创意计划阶段 二、负责人及成员 姓名 学院/所学专业 入学/毕业时间 学号 高炜凯 机器人产业学院 2020.10/2024.6 20484116 杭海斌 机器人产业学院 2020.10/2024.6 20481112 杜陈琳 机器人产业学院 2020.10/2024.6 20446102 裴育 机器人产业学院 2020.10/2024.6 20496329 三、指导教师 姓名 学院/所学专业 职务/职称 研究方向 陈炳伟 机器人产业学院/机械设计及其自动化 教研室主任/高级工程师 智能制造 闫东旭 机器人产业学院/电气自动化 讲师 离散元法、机械优化设计 四、项目简介 随着我国经济的发展,人民的物质生活水平不断提高,人们的饮食习惯逐步向方便快捷、营养化的方向发展,在蔬菜的加工方面出现了净菜半成品菜,受到广大人民群众的欢迎。而发展食品工业的基础便是食品机械,不断地研制各种类型的食品机械才可能促进食品工业的发展和满足不断提高的人民物质的需求。 现如今,用于蔬菜清洁、削皮和切片等功能的机器已经屡见不鲜,几乎各类规模的净菜加工厂都在使用此类机械来完成对菜品的加工,但在各个生产环节中仍存在着一个不容忽视的需求,即所有需要切片的根茎类蔬菜在使用机器切片之前都需要将其对半切开,而这一环节至今尚未被食品机械生产厂商所洞察并重视,市面上尚无能够满足这一环节要求的机械,所有的净菜加工厂商仍采用人工来完成这一环节的加工,可谓是费时费力,为生产经营者带去了较大的人工成本开销,并且手工对半切也存在效率不高,规格尺寸不均等诸多问题。
常州大学 2023-03-13
技术需求:流水线式的机器较为复杂
公司现在都是由人工进行数控车床及加工中心的操作,每人可以操作两台或三台机床,公司自2019年起就着力考察能够合作的企业或学校,致力打造由机器人替代人的数控车床及加工中心的操作,但多方寻找,还未有能够针对我公司的高端装备产品的机器人,我公司的产品,品种多,需要较频繁的更换要加工的工件,所以较其他企业的流水线式的机器较为复杂。
山东易斯特工程工具有限公司 2021-08-30
各种果蔬、天然植物保健功能饮料开发
成果描述:功能饮料作为保健食品的一种剂型,兼具了饮料的可口性和保健性,在发达国家已经十分普及。很多果蔬和天然植物原料本身含有丰富的功能原料,如桑椹、石榴含有丰富的多糖,多酚原料,对抗氧化,美容,调节人体肠胃等功能具有辅助疗效。我们利用先进的提取工艺和萃取技术和科学的组方,将普通的果蔬和植物原料开发成具有一定保健功能的保健饮料,满足现代人群日益增加的对健康的要求,具有很好的市场前景。市场前景分析:转让技术,已经成功转让桑椹、石榴、苦荞、玫瑰、天山雪菊等几项天然植物功能饮料。保健食品市场。与同类成果相比的优势分析:符合中国卫生部关于保健食品的原料要求,产品的卫生指标、理化指标、功效成分指标和安全性指标等均符合卫生部关于保健食品的相关要求。
四川大学 2021-04-10
新型磁功能材料特性与应用研究
一、 项目简介新型磁功能材料目前主要有超磁致伸缩材料、磁性液体材料、硅钢材料、电磁流变液、压电和铁电材料等,这些材料都具有优异的性能和广泛的应用前景,为电工及相关行业的发展起到巨大的推动作用。在磁功能材料性能测试方面,测试了硅钢单片及叠片直流偏磁下的磁化特性和磁致伸缩特性,测试了磁性液体的磁化特性、磁粘特性和表面张力等。在磁功能材料数学建模和求解方面,从材料的应用特性着手,以超磁致伸缩材料、磁性液体、硅钢材料和电磁流变液为例,考虑机械效应、温度效应、电场效应、磁场效应等因素,利用能量变分原理建立电-磁-机械耦合模型,编制材料应用特性模型与分析软件。在磁功能材料应用方面,研究了超磁致伸缩力传感器、加速度传感器,研究了磁性液体加速度传感器、倾斜角传感器、微压差传感器等,研究了磁性液体在物体比重测试技术和减振技术中的应用。二、 技术指标(包括鉴定、知识产权专利、获奖等情况)在国内外学术期刊和国际会议上发表相关论文100余篇,被三大检索收录70余篇。参加相关科研项目16项,其中国家自然科学基金2项,省部级项目11项,技术开发项目1项。授权发明专利2项。三、 高清成果图片3-4张
河北工业大学 2021-04-11
高性能纤维纸基功能材料制备技术
本技术适用于芳纶纤维、高强高模聚乙烯纤维、碳纤维、聚醚醚酮纤维、聚酰亚胺纤维等高性能化学纤维,采用湿法造纸技术,制备绝缘纸、摩擦材料等纸基功能材料和蜂窝纸等高强度结构材料等。解决了高性能纤维纸基功能材料生产中的纤维改性、分散、湿法成形和高温热压等关键技术。可提供高性能纤维纸基材料湿法连续生产线成套技术,为相关行业提供高性能纤维纸基功能材料和结构材料及其复合材料等高新技术材料产品。
江南大学 2021-05-11
系列功能糖的开发和应用研究
D-塔格糖生产技术 本项目是在吸收国外先进技术的基础上研究成功的,拥有自主知识产权,并建立了适合于规模化生产D-塔格糖的生产、分离和精制等方法。产品质量达到国外同类产品的水平,可替代进口,具有明显的经济效益和社会效益。高效合理利用乳糖,并将之转化为功能性食品甜味剂D-塔格糖。本项目技术具有生产工艺先进、操作方便、无污染、投资少,建设周期短、及成本低等优点。 Levan果聚糖的生物制备工业化生产技术 由于levan果聚糖在植物中含量很低,天然提取及分离成本很高,不适宜工业化大生产。而酶法合成较为简单,是目前大量合成levan果聚糖唯一有效的方法。本项目技术以蔗糖为原料,利用生物酶法合成制备果聚糖,具有生产工艺先进、操作方便、无污染、投资少,建设周期短、能源消耗低及成本低等优点。 低聚半乳糖的工业化生产技术 本项目提供一种利用β-D-半乳糖苷酶与高浓度乳糖溶液反应得到高转化率的低聚半乳糖的新技术。所得低聚半乳糖产品安全可靠,是一种很有市场潜力的功能性甜味剂。本项目技术以乳糖为原料,利用酶法合成制备低聚半乳糖,具有生产工艺先进、操作方便、无污染、投资少,建设周期短、能源消耗低及成本低等优点。3项目成熟度 低聚乳果糖的工业化生产技术 本项目技术是以乳糖和蔗糖混合体系为底物,利用酶法生物技术合成低聚乳果糖。低聚乳果糖作为食品功能因因子可用于食品、饮料等相关领域。本项目技术具有生产工艺先进、操作方便、无污染、投资少,建设周期短、能源消耗低及成本低等优点。目前已经利用本项目成果建成年产150吨聚酰亚胺纤维绝缘纸生产线,生产聚酰亚胺纤维绝缘纸。   一种产β-D-半乳糖苷酶的菌株及用该酶生产低聚半乳糖的方法
江南大学 2021-05-11
带有平衡调节功能的智能自行车
本实用新型公开了机械工程领域的带有平衡调节功能的智能自行车,以解决现有两轮驱动中平衡性调节的问题,这种平衡自行车包括驱动轮和导向轮,驱动轮与导向轮之间连接有车架,所述驱动轮包括带有电机驱动单元的轮毂;车架包括横向的放置平台和竖向的容纳槽,容纳槽外部固定有电源,容纳槽位于驱动轮和导向轮之间,容纳槽内沿水平中轴线分为上层和下层,所述下层内置有控制自行车平衡的飞轮装置,上层内置有中央信息处理单元;本技术方案中采用自平衡的飞轮装置,提高了自行车的稳定性,避免了侧翻现象的发生。
曲阜师范大学 2021-05-07
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