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基于新一代测序的生物信息云平台及其在科研和医疗健康领域的应用
1 项目简介本项目建立的生物云平台,以基于 Web 的方式提供服务,用户可以轻松快速获取服务,国内外普遍缺乏成熟的技术,标准和平台。我们首次把独具特色的机器学习模型预测算法与最新的高通量测序方法( non-polyA RNA-seq) 相结合。我们的研究对象为长链非编码 RNA( non-PolyA),目前国际上还很少有人通过高通量测序技术对疾病的 lncRNA 进行全面预测分析和功能分类。随着测序速度不断提高,测序成本不断降低,本项目将来可以发展为面向人民大众的个性化医疗服务的平台。 图 1 生物医学信息云平台的产业化方向 http://www.incrna.org图 2 生物医学信息云平台的应用程序一览 http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn/serve 本项目使用的核心技术“基于整合性生物信息云计算和新一代测序技术( incRNA) 的非编码基因组疾病(如癌症)检测技术平台”已经通过软件查新认证( 20121022044750914)。正在准备申请国家版权局软件著作权登记证书。2 效益分析( 1)随着新一代高通量测序技术的发展,生物信息数据爆炸式增长,数据解读成为生物医学研究和临床应用的巨大问题,我们团队依托清华大学生命学院鲁志实验室在生物信息学,尤其是在 lncRNA 领域的技术专长开发的云计算平台将为广大科研工作和和临床用户提供可靠的数据分析云服务,提高他们的科研效率,为科学的发展做出贡献。 ( 2)我们团队通过与中国人民解放军总医院,上海肝胆医院等十多家临床单位的合作,将为鉴定癌症的早期诊断和药物治疗提供新的靶点,这不仅会增强中国基础临床科学的发展,通过临床应用还会为病患者带来癌症早期诊断、健康管理等个性化医疗服务,这将具有广泛的社会效益。 ( 3)通过我们打造高通量测序数据分析云计算平台和开展以癌症早期检测为主要内容的个性化医疗服务,将为中国培养一批高水平的生物信息数据分析人才,这将增强中国在生物信息学方面的实力。
清华大学 2021-04-13
发展化学生物学新方法揭示衣康酸抗炎新机制
小分子代谢物和蛋白的相互作用在各种生物学过程中都发挥着至关重要的作用,发展 化学蛋白质组学技术 系统分析蛋白-代谢物相互作用网络可以促进对其生物学意义的理解。衣康酸是近年来在巨噬细胞中发现的一类具有显著抗炎活性的代谢小分子 ,   但其抗炎机制尚不明确 。由于衣康酸具有一个α,β不饱和羧酸的结构,理论上它可以通过迈克尔加成反应共价修饰到蛋白质的半胱氨酸残基上。 此前,两个课题组 合作发现,用于非天然糖代谢标记的全乙酰 化叠氮糖 探针,在细胞中可以通过 无酶催化形式标记蛋白质组中大量的半胱氨酸位点 (Qin W., et al. Angew. Chem. Int. Ed. 2018.) 。 基于该反应,两个课题组在本工作中合作 开发了 新一代 特异性 半胱氨酸标记 糖 探针1-OH-Az ,并结合定量化学蛋白质组学技 术, 成功 地在 巨噬细胞蛋白质组中 鉴定到 260个衣康酸修饰的半胱氨酸位点 。作者进一步分析 发现糖酵解中的三个关键酶ALODA,GAPDH和LDHA 都 可以被衣康 酸修饰,其中 最 上游的ALDOA 蛋白中两个半胱氨酸( Cys73和Cys339 ) 上 在被脂多糖刺激的巨噬细胞中发生了 内源的衣康酸修饰。 生化 和细胞 实验表明 衣康酸可以 通过修饰这两个半胱氨酸残基 显著地抑制ALDOA的催化活性, 进而 抑制巨噬细胞 内 的糖酵解通路, 从而 发挥抗炎活性。
北京大学 2021-04-11
山东大学生殖医学团队人类胚胎研究获重大突破
9月8日,山东大学生殖医学研究中心陈子江院士、赵涵教授团队联手清华大学颉伟教授团队,发现了人类早期胚胎翻译调控新机制,以长文(article)形式在Science发表题为“Translatome and transcriptome co-profiling reveals a role of TPRXs in human zygotic genome activation”的文章。
山东大学 2022-10-12
“小镇做题家”沦为“985废物”——底层文化资本视角下精英大学生的困境研究
当前,“小镇做题家”与“985废物”日益成为热点,需要更多关注其关联性问题。
中南财经政法大学 2022-08-01
关于公示中国国际大学生创新大赛(2024)拟获奖项目名单的通知
关于公示中国国际大学生创新大赛(2024)拟获奖项目名单的通知
云上高博会 2025-01-02
教育部关于公布中国国际大学生创新大赛(2024)获奖名单的通知
经专家评审、项目公示、大赛监委会核查,共产生获奖项目4640个。
教育部 2025-04-10
一种文本分类方法与设备
本发明涉及计算机技术领域,提供一种文本分类方法与设备,所述方法包括:S1,利用基于关键词库扩充的特征选择规则,确定各目标文本的特征词集合;S2,利用基于特征词类内均匀度和特征词类间区分度的权重计算公式,计算所述特征词集合中各特征词的权重;S3,利用最大权重融合算法,对同一目标文本的特征词在不同文本类别中的权重进行权重融合运算,构建目标文本特征向量;S4,基于所述目标文本特征向量,利用多标记分类模型对所述目标文本进行分类。本发明提供的一种文本分类方法与设备,能够有效提高文本信息表达的准确性、提高模型构建的效率,确保准确高效地对文本信息进行多标记分类。
中国农业大学 2021-04-11
减振复合板阻尼性能测试设备
减振复合板是指在金属板材 (简称基板) 中间或者两侧添加阻尼层复合而成的板材。即两 边为金属板,中间为阻尼层。减振复合板的外观、加工性能等与金属基板类似,以其优良的减 振性能被广泛应用于数控机床、发动机、高速铁路机车、飞机等高技术工业领域。 由于减振复合板的金属基板和阻尼材料都需根据使用要求定制,因此,可以根据需要来开 发各种性能的减振复合板。但目前缺少相应设备来评价减振复合板的阻尼性能,从而影响了产 品的推广应用。本项目针对这一需求,开发了减振复合板阻尼性能测试设备。 设备开发所依据的标准: GB-T 16406:声学材料阻尼性能的弯曲共振测试方法; ASTM E756:Standard Test Method for Measuring Vibration-Damping Properties of Materials。 基本原理: 测试系统的仪器由激励、检测和采集三部分组成,测试系统框图如图1所示。首先利用信 号发生器驱动激振器对试样施加简谐激励力,由检测传感器测试试样的振动信号,经放大后接 入数采系统分析记录并显示。 保持恒定的激励力,连续改变频率,测出试样的速度弯曲共振曲线。对采集信号进行频响 分析,最后从其频响图得到各阶共振频率以及共振峰宽度,计算出损耗因子等参数。当测试过 程在控温箱中完成时,则可确定温度对材料阻尼特性的影响。
华东理工大学 2021-04-11
液晶屏微米级金球缺陷检测设备
1、主要功能和应用领域: 本设备可满足液晶屏/触摸屏制造行业对导电金球在COG绑定后的在线质量全检需求,即对导电金球的深浅、个数和偏位进行准确高效的自动检测,以满足液晶行业日益上升的金球质检标准和产能要求。金球内核为聚合物材料,外壳为金或镍,直径3~5微米。ACF热压后金球有的被压扁,有的被压开口,并充当LCD和驱动芯片之间的导电通道,如金球压合不好会造成导电不良,使得液晶屏发生批量缺线等故障。 2、特色及先进性: 1)金球深浅判断。导电金球的压合轻重程度没有量化指标,主要依靠人眼目视的感受,需要从图像上提取物理特征参数,以反映金球被压迫从过轻到合适再到过重变化,对应无变形-变形良好-变形过多(压碎)的过程。 2)偏位测量情况多样。当BUMP比金手指尺寸大的时候,完全对准的情况下看不到金手指,和刚好错开一个金手指的情况一样。需保证调机良好情况下的3微米精度,对于偏位较大的情况则需要采用额外的算法来判断。 3)检查标准设置繁多。设计并实现了一个智能分组的工具,在采集了所有视场的图像后,将建标的时候识别出来的BUMP(多为白色)尺寸分组,尺寸相近的在一组,则通过点击智能分组工具,然后就把尺寸、面积和比例相似的分在一起,简化操作。 4)屏幕放置精度和尺寸精度高。系统的检测流程需要根据被测屏幕的放置位置精度和尺寸精度来确定,若屏幕在自动对边后相同特征不同片子产生的位置差异远大于线宽线距,则需要添加自动寻找定位点,然后将其作为位置起点再进行自动检测。 8、 技术指标:金球直径:3微米;分辨率:0.7微米;放大倍数:10;图片大小:4000*100000,4亿像素;采集时间:2秒 ;计算时间:0.8秒 ;ITO引脚:200~500个;单个引脚金球个数:10~50个;整机检测效率:一代机5 s,二代机3.5 s 4、关键问题和实施效果 目前传统液晶屏和触摸屏生产线上,对于ACF热压后的金球压合质量均采用人工抽检的方式,借助显微镜进行人工检测,8-10片抽检一片。该设备可以实现产品的全检,一台设备相当于8-10个人,对于提高产能提升产品质量具有非常重大的意义。该设备采用线阵相机配合精密运动平台实现0.7微米分辨率的图像采集,其光学采集部分如下图所示。
电子科技大学 2021-04-10
液晶屏微米级金球缺陷检测设备
本设备可满足液晶屏/触摸屏制造行业对导电金球在COG绑定后的在线质量全检需求,即对导电金球的深浅、个数和偏位进行准确高效的自动检测,以满足液晶行业日益上升的金球质检标准和产能要求。金球内核为聚合物材料,外壳为金或镍,直径3~5微米。ACF热压后金球有的被压扁,有的被压开口,并充当LCD和驱动芯片之间的导电通道,如金球压合不好会造成导电不良,使得液晶屏发生批量缺线等故障。
电子科技大学 2021-04-10
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