一种新的录组测序快速建库方法
基于SHERRY方法的转录组测序建库流程如图1所示,样本可以来自裂解的单细胞或bulk RNA;RNA分子经过oligo-dT 引物的反转录后,RNA/DNA杂合链可直接被Tn5转座酶打断(图中灰色的波浪线及直线分别代表RNA及DNA分子);在Tagmentation之后,转座酶会在杂合链两端加上adaptor接头,进行之后的建库PCR扩增。 基于100pg的RNA起始量,SHERRY表现出了高的read匹配率,同时可检测出近9000个基因,其中72%的基因可在三个重复样本中检测出,可重复性较好。与目前普遍应用于单细胞转录组测序的Smart-seq2技术相比,SHERRY与其建库质量不相上下,并且具较低的GC bias。此外,SHERRY整个流程仅需要5个步骤,且可在一个管子中完成,整个时间仅约4小时,其中手工操作时间不到半小时。相比之下,Smart-seq2整个耗时约为SHERRY二倍的时间,且需要一些前处理等操作;此外,包含十个步骤的NEBNext方法则需要更加多的实验室操作和时间成本。值得一提的是,在成本方面,SHERRY方法仅为其他两种方法的五分之一,将大大节省实验成本。
北京大学
2021-04-10