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冷冻电镜技术解析新冠病毒受体ACE2蛋白
西湖大学周强实验室利用冷冻电镜技术成功解析此次新冠病毒的受体——ACE2的全长结构。这是世界上首次解析出ACE2的全长结构。相关研究内容于北京时间2月19日凌晨3点左右在预印版平台bioRxiv上线。这也是西湖大学承担的浙江省新型冠状病毒肺炎防治应急科研攻关任务的重要成果。 新型冠状病毒感染引发的肺炎疫情爆发后,武汉病毒研究所的科学家发现,新型冠状病毒和2003年的SARS病毒一样,也是通过识别ACE2蛋白进入人体细胞的,ACE2是“新冠病毒”侵入人体的关键。研究发现,在SARS病毒和“新冠病毒”侵入人体的过程中,ACE2就像是“门把手”,病毒抓住它,从而打开了进入细胞的大门。 周强实验室针对这个问题进行了攻坚。第一步,他们要获取ACE2蛋白全长蛋白,但作为膜蛋白的ACE2本身很难在体外稳定获得。周强及博士后鄢仁鸿在文献中发现ACE2与肠道内的一个氨基酸转运蛋白B0AT1能够形成复合物。根据他们过去的研究经验,这个复合物极有可能稳定住ACE2。果然,他们通过共表达的方法获得了ACE2与B0AT1优质稳定的复合物,并利用西湖大学的冷冻电镜平台成功解析了其三维结构,分辨率达到2.9埃,对于病毒识别至关重要的胞外结构域分辨率为2.7埃。通过分析ACE2的全长蛋白结构,周强实验室发现ACE2以二聚体形式存在,同时具有开放和关闭两种构象变化,但两种构象均含有与冠状病毒的相互识别界面。一研究发现为进一步解析全长ACE2和新冠病毒的S蛋白复合物的三维结构奠定了基础。
西湖大学 2021-04-10
将据此开发新冠病毒及变异株疫苗!
日前,北京大学生命科学学院魏文胜课题组在Cell杂志上在线发表题为“Circular RNA Vaccines against SARS-CoV-2 and Emerging Variants”的研究论文。魏文胜团队首先建立了体外高效制备高纯度环状RNA的技术平台,针对新型冠状病毒及其变异株,设计了编码新冠病毒刺突蛋白(Spike)受体结构域(RBD)的环状RNA疫苗。该项研究中制备的针对新冠病毒德尔塔变异株的环状RNA疫苗(circRNARBD-Delta)对多种新冠病毒变异株具有广谱保护力。
北京大学生命科学学院 2022-04-27
新冠病毒会对神经系统造成重大伤害的研究
2020年2月25日,华中科技大学胡波等团队在预印版平台medRxiv 发表未经同行评审的题为”Neurological Manifestations of Hospitalized Patients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective case series study“的研究成果。 该研究从2020年1月16日至2020年2月19日收集数据,214名住院患者,实验室确诊为冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染,诊断出严重的急性呼吸道综合症。在研究的214位患者中,有88位(41.1%)为重度患者,有126位(58.9%)为非重度患者。 该研究发现,与非严重的COVID-19患者相比,严重的患者通常具有神经系统症状,表现为急性脑血管疾病,意识障碍和骨骼肌症状。因此,对于COVID19患者,除了呼吸系统症状外,医生还应密切注意任何神经系统表现。
华中科技大学 2021-04-10
新冠病毒、流行病学、生物学特征的研究
2020年2月3日,复旦大学张永振团队在Nature 在线发表题为“A new coronavirus associated with human respiratory disease in China”的研究论文,该研究报告了一名在海鲜市场上工作的患者,该患者于2019年12月26日入住武汉市中心医院,患有严重的呼吸系统综合症,包括发烧,头晕和咳嗽。支气管肺泡灌洗液样品的基因组RNA测序,鉴定了一种新型的RNA冠状病毒,在此称为为WH-Human-1冠状病毒(也是后面称为的2019-CoV)。 
复旦大学 2021-04-10
基于深度学习的新冠病毒的早期检测筛查模型系统
西安电子科技大学计算机科学与技术学院智能软件与系统新技术研究所副教授张亮团队依托上海瑞金医院、西安交通大学第二附属医院等的新冠肺炎疑似、确诊患者肺部CT影像,通过综合分析新冠肺炎患者的肺部CT影像特点(磨玻璃、体积大小、位置等特征),张亮团队加快技术攻关,设计开发了基于深度学习的新型冠状病毒的早期检测筛查模型系统。
西安电子科技大学 2021-04-10
“急物帮”疫情系统
湖南大学设计艺术学院数据智能与服务协同实验室(DISCO Lab)发起并联合湖南大学嵌入式与网络计算湖南省重点实验室、国防科技大学高性能计算国家重点实验室、中山大学大数据与计算智能研究所等科研单位师生,历时十天,从无到有、响应关切,快速开发上线了“急物帮”疫情公益微信小程序,助力社区居民应急生活物资供需和网格化管理。 解决的主要困难:为民众提供物资供应信息,助力防疫工作;搜集物价线索,信息透明公开;线上线下结合,实体虚拟融合。基本功能:结合地理位置收集物资信息,构建周边物资数据库;搜索周边物资信息,规划购买行程;发布物资求助信息,从线上社区中获得反馈。 
湖南大学 2021-04-10
郧阳疫情大数据系统
“喂!何老师,郧阳的疫情不断发展。您能否帮忙研发软件为政府科学决策提供支持?”1月28日,农历大年初四,中国石油大学(华东)海洋与空间信息学院青年教师何亚文的手机突然叫了起来。 对这个求助电话何亚文并不陌生,打来电话的是湖北省十堰市郧阳区扶贫办负责人,目前是疫情防控指挥部成员。2017年初以来,何亚文一直通过扶贫办为当地精准扶贫工作提供大数据支持。 从这一刻起,远在山东青岛的何亚文科研团队投入了一场远程监控郧阳新冠肺炎疫情的战斗,以大数据为当地战“疫”提供强有力的智力支撑。 疫情就是命令,两天研发出“郧阳疫情”APP 郧阳,位于湖北省十堰市,辖区64万人,占地3863平方公里,下辖16个镇、5个乡、1个林场和1个经济开发区的地区。2月初以来,这里也成为全国抗击新型冠状病毒肺炎疫情的主要战场之一。 “疫情就是命令,防控就是责任。”何亚文清楚地记得两天前习近平总书记在中共中央政治局常务委员会会议上的讲话。彼时,新型冠状病毒肺炎疫情已从武汉蔓延开来,湖北省各市州均成为重灾区。 放下电话,何亚文火速召集团队,讨论研发方案,开始了网络协动、远程办公。几位研发核心成员过年回农村老家,没有电脑,只能满村跑去借。研究人员的这种拼劲让邻居们很是赞叹,得知他们是在研究抗击新冠肺炎的“高科技产品”时,更是由衷敬佩,热心提供了“包吃包住”的一条龙服务。 团队核心成员胡嘉良,家里孩子刚刚6个多月,只有妻子两个人带孩子。胡嘉良每天都坚守到凌晨,直至郧阳的数据发过来,处理完才能休息,一天24小时几乎是连轴转。 仅用两天的时间,何亚文团队便完成疫情数据收集、数据分析、建立了疫情数据库,完成了“郧阳疫情”APP的开发和“郧阳疫情专题地图”的制作。 地图与APP实时联动实现精准管理,14日以来无新增 早在2017年,何亚文和他的团队就开始了大数据扶贫的探索,并先后研制了面向建档立卡贫困户管理的“扶贫通”平台、面向驻村工作队员的“四双帮扶”APP平台以及面向政府领导决策指挥的“精准扶贫大数据监管平台”,为郧阳的精准扶贫工作提供了成熟的技术支持与服务。 “这一次抗击疫情,我们这些平台和数据再次彰显了其力量。” 何亚文介绍,基于前期精准扶贫工作对全区人口的普查数据和全区高精度地图数据,“郧阳疫情”APP和“郧阳疫情专题地图”得以快速研发和制作,并实现了实时联动,对全区疫情数据动态变化进行监控、展示与分析。 “我们从网上看到的疫情地图一般是省、市、区(县)一级,而‘郧阳实时疫情专题地图’则到了乡镇、村、户一级。”谈及地图和APP的创新点,何亚文认为这次研发的软件其首要显著特征就是建立在大数据基础上的到村、到户精准显示,二是APP和地图实时联动,从多尺度时空动态地图上看,确诊病例、新增病例等信息以及其多日的动态变化过程。 2月1日的统计,郧阳自武汉返乡人员就多达7000多人,其中发热人员近100人,形式非常严峻。郧阳当地各级政府正是借助何亚文研发的APP和地图进行疫情研判、指挥调度,做到科学防治、精准施策,很好地实现了以社区(村)为单元的返乡人数、武汉返乡人数、发热人数、确诊病例的核查与管理,有效控制了疫情的输入、传播和蔓延,实现了疫情登记全覆盖、疫情监测全过程、疫情管理数字化、疫情研判科学化。 自2月14日以来,全区已多日无新增确诊病例。 “战疫+扶贫”,本底大数据要为脱贫攻坚再发力 三年前,何亚文和他的团队联合中国科学院地理科学与资源研究所专家团队,赴郧阳进行精准扶贫工作的综合诊断服务。其间,团队围绕“三率一度”等指标开展入户调研,走遍了郧阳的所有乡镇的重点贫困村、重点贫困户,与郧阳各级政府及百姓建立了深厚的情谊。 “通过对各类数据的综合分析,我们不仅可以确立疫中、疫后的处置方案,还可以明确疫情对各项扶贫工作,甚至对每一个贫困家庭的影响。”在何亚文看来,这次突发的疫情监控软件开发,既是战“疫”,更是为后期扶贫发力进行大练兵。 在几年的精准扶贫工作中,何亚文团队建立了一整套效果显著的面向村一级的管理机制,特别是收集了庞大的本底数据。何亚文记得习近平总书记在中央全面深化改革委员会第十二次会议的讲话:要鼓励运用大数据、人工智能、云计算等数字技术,在疫情监测分析、病毒溯源、防控救治、资源调配等方面更好地发挥支撑作用。同时也要健全公共卫生服务体系,加强农村、社区等基层防控能力建设。 据了解,疫情APP还被应用在山东省临沂市扶贫和疫情防控工作中,基于临沂市前期的扶贫工作,疫情APP的部分功能主要实现了全市涉农企业的复产复工情况的监控与调度。该工作得到了扶贫办及农业农村局主要领导的肯定和认可。 “未来,我们将研判疫情对精准扶贫工作的影响,便于当地采取进一步的帮扶措施,保障脱贫攻坚工作的顺利完成。”何亚文对未来的科技扶贫有了更新的期待,“我相信,有了这些机制和数据的支撑,大数据管理将不止在疫情防控方面,在乡村振兴、乡村治理等方面也必能取得很好的效果。”
中国石油大学(华东) 2021-04-11
单人份化学发光新冠病毒抗体检测试剂盒
深圳大学、深圳市第三人民医院等共同研制的单人份化学发光新冠病毒抗体检测试剂盒,日前在深圳市第三人民医院成功测试。该试剂盒采用血清或血浆作为检测样本类型,可降低医护人员被感染风险,22分钟即可得到检验结果。 本次研发试剂盒采用血清或血浆作为检测样本类型,血液样本采集便捷。一般血液样本含毒量低或者不含病毒,可以降低医护人员被感染风险。同时,该试剂盒省去样本在实验室检验时的复杂处理程序,操作简单,也能缓解当前巨大的临床诊疗压力。
湖南大学 2021-04-10
单人份化学发光新冠病毒抗体检测试剂盒
目前新冠病毒疑似病例的核酸检测使用的样本采集多为上呼吸道样本(咽拭子为主),采集过程对于医护人员暴露风险极大。本次研发的化学发光新型冠状病毒IgM和IgG抗体检测试剂盒采用血清或血浆作为检测样本类型,血液样本采集便捷,一般血液样本含毒量低或者不含病毒,可以大大降低医护人员被感染风险。同时省去样本在实验室检验时的复杂处理程序,22分钟即可得到检验结果,操作简单,能保护医护人员安全同时也能极大缓解当前巨大的临床诊疗压力。深大医学部副主任陈心春强调,此次研发的检测试剂盒是检测病人对于感染病毒免疫反应产生的抗体,不是检测病毒本身(比如病毒核酸)。该试剂盒已在深圳市第三人民医院(国家感染性疾病临床研究中心)完成了30例新冠病毒肺炎患者血液样本的检测,初步临床试验结果显示:发热7-14天病人血清/血浆样本IgM临床符合率96.6%(29/30),IgG临床符合率96.6%(29/30)。研究人员着手收集更多的临床样本进行大规模验证,相关试剂盒正在申请绿色通道,申报CFDA证书。
深圳大学 2021-04-10
一批潜在新冠病毒棘突蛋白抑制剂的研究
南方科技大学生物系副教授王冠宇研究团队、医学院教授张健研究团队联合深圳大学总医院李海鹰研究团队初步筛选出一批新型冠状病毒棘突蛋白(spike glycoprotein)潜在抑制剂,相关成果发布在预印版平台Research Square。   研究表明,新冠病毒利用其包膜上的棘突蛋白识别人类细胞膜受体蛋白ACE2,从而侵染人类细胞,引发严重的呼吸道感染症状。阻止病毒棘突蛋白与人类受体蛋白ACE2相互作用是研发有关药物、抗体和疫苗的重要方向。 新冠病毒棘突蛋白抑制剂筛选策略 联合研究团队为加快有关抑制剂的发现,采用“老药新用(Drug repurposing)”的策略,以公开的RBD-ACE2复合物晶体结构为靶点,通过同源建模(Homology Modeling)、计算机辅助药物设计(Computer-aided drug design, CADD)和虚拟筛选(Virtual screening)等计算生物学方法,筛选了近15000个小分子化合物。这些化合物包含Drugbank化合物库中所有的FDA批准药物,以及TCMSP化合物库中的天然活性产物。研究团队将这些化合物与病毒棘突蛋白受体结合结构域进行分子对接,发现一批结合非常紧密的化合物,如Digitoxin,Nilotinib,Lemborexant,Raltegravir,Bisindigotin和 Evodiamine等。  Digitoxin与棘突蛋白结合模式图 Bisindigotin与棘突蛋白结合模式图 
南方科技大学 2021-04-10
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