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关于蛋白质机器动力学的研究
泛素-蛋白酶体体系(Ubiquitin-Proteasome System,简称UPS)是细胞内最重要的蛋白质降解通路,对维持生物体内蛋白质的浓度平衡,以及对调控蛋白、错误折叠或受到损伤的蛋白的快速降解起着至关重要的作用,参与了细胞周期、基因表达调控等多种细胞进程,由UPS失常引发的蛋白质新陈代谢异常与众多人类重大疾病直接相关。2004年,Aaron Ciechanover, Irwin Rose和Avram Hershko三位科学家被授予了诺贝尔化学奖,以表彰他们对该降解通路的发现。UPS中蛋白酶体是细胞中最基本的、最重要的不可或缺的、最为复杂的大型全酶超分子复合机器之一,人源蛋白酶体全酶包含至少33种不同的亚基,总原子质量约为2.5MDa。美国FDA批准的多种治疗癌症的药物分子即以蛋白酶体为直接靶标。近年来,随着冷冻电镜技术的发展和应用,人们对这一大分子机器的结构和功能研究得以不断深入。2016年,毛有东课题组与合作者报道了人源蛋白酶体基态的3.6Å冷冻电镜结构及其他三个亚纳米分辨构象,并首次发现一个亚稳态构象的核心颗粒(Core Particle,简称CP)底物转运通道处于开放状态(见PNAS 2016, 113: 12991-12996)。2018年4月,该课题组又报道了6个ATPγS结合状态下的26S动态结构,包括三个CP开放态对应的亚稳简并态近原子分辨(4~5Å)结构(见Nature Communications 2018, 9: 1360)。尽管这些工作揭示了蛋白酶体的基本架构和内在运动行为,但由于缺乏蛋白酶体与底物之间的相互作用,人们对于蛋白酶体如何实现底物降解的原子水平工作机制仍一无所知。此外,尽管冷冻电镜技术近年来广泛应用于分析具有动态特征的蛋白复合体结构和平衡态构象,但对其中间态结构和非平衡构象分析的分辨率水平往往局限在4~6埃或更低,离真正的全原子水平动力学分析还有相当一段距离。 为了真正实现原子水平的蛋白酶体底物降解动态过程的冷冻电镜三维重建和动力学表征,毛有东课题组攻克了两大技术难题。其一,如何在蛋白酶体完成底物降解之前抓到它的所有可能的中间态构象?课题组发展了一种新颖的核酸置换法,利用ATPγS降低AAA-ATPase激酶水解活性的特点,在底物降解中间过程,通过将ATP快速置换成ATPγS,结合快速冷冻的优势,从而扑捉到蛋白酶体在底物降解过程的中间态。其二,如何在从冷冻电镜数据中分析出更多构象的同时,还把分辨率做到3埃甚至更好?课题组通过多年持续努力,发展了多种基于人工智能和机器学习的冷冻电镜图像聚类的新型算法,并针对蛋白酶体的动力学特征,设计了一套极其有效的整合了多种算法的多构象分类流程。通过这两套技术方案的完美结合,课题组成功解析了人源蛋白酶体在降解底物过程中的七种不同的、但差别甚微的、高分辨原子水平的天然态构象(Native states),完整展示了蛋白酶体从泛素结合到去泛素化,再到底物转运的动态过程。与同期在Science上发表的与底物结合的酵母蛋白酶体的4.2-4.7埃冷冻电镜结构(Science doi: 10.1126/science.aav0725,来自加州伯克利分校和Scripps研究所)相比,该Nature论文不仅总构象数量多一倍,全部构象分辨率还高1-2埃。由于Science论文采用了抑制Rpn11去泛素活性的策略,其非天然态结构中底物并不能真正自由转运,所推测的机理仅限于底物转运这一步,对于其他三大Nature论文所回答重要问题均无法给出答案。这体现了该Nature论文不仅在实验方法的原创性上和数据分析水平和质量上,更在科学发现和问题探究的深度和广度上大幅超越了来自Science的竞争性论文。图一 七个利用冷冻电镜解析的精细原子结构完整揭示了从泛素识别、去泛素化反应、转运启动和持续降解的核心功能动态过程。 作为整个蛋白酶体的动力来源与运转核心,AAA-ATPase激酶分子马达展现出了三种不同的核苷酸水解协作模式,6个ATPase亚基协调工作,交替与底物发生相互作用。在去泛素化过程(EB态)中,处于对立位置的两个ATPase亚基Rpt2与Rpt4水解ATP,而Rpt5与Rpt6则释放ADP,ATPase内的底物转运通道被打开,使得底物可以进入轴心通道;与此同时,去泛素化酶Rpn11亚基与泛素及底物发生相互作用,执行其作为去泛素化酶的功能;在转运起始过程(EC态)中,相邻的两个ATPase亚基Rpt1与Rpt5会同时水解ATP,调控颗粒(Regulatory Particle,简称RP)发生大规模转动并释放泛素;在底物去折叠与转运过程(ED态)中,三个相邻的ATPase亚基会分别同步进行ATP的结合、ADP的释放与ATP的水解,这一过程会单向传递下去,将ATP水解释放的化学能转换为机械能,使得相应的ATPase亚基发生刚体转动,推动底物的去折叠和单向输运,同时CP的转运通道入口打开,底物被送入通道中进行降解。这些研究结果为几十年来对蛋白酶体功能的研究提供了宝贵的第一手原子结构和动力学信息,对于理解生物体内蛋白质的降解过程和一系列负责物质输运的ATPase马达分子的一般工作原理具有极为重要的科学意义。
北京大学 2021-04-11
基于AI 机器学习的影像组学模型研究
2019年12月以来,由SARS-CoV-2病毒感染导致的新型冠状病毒疾病(COVID-19)在全球开始蔓延。报道显示,SARS-CoV-2感染患者的中位住院时间为10天,而武汉患者在发病10天后症状有可能加重。因此,住院时间是COVID-19临床预后的重要指标之一。 目前,CT影像学已成为COVID-19肺炎的诊断和监测工具,主要表现为磨玻璃影、实变及混合密度影。然而,现阶段的影像学研究主要集中于对病灶的定性和半定量描述,缺乏对病灶的全定量分析。因此,基于前期提出的CT定量监测COVID-19肺炎病程,团队假设在CT病灶背后的高通量影像特征“隐藏”了患者预后转归的“秘密”。 本研究纳入了兰州、安康、丽水、镇江、临夏5家新冠肺炎定点医院,自2020年1月23日到2月8日期间住院患者的临床资料和首次CT资料,所有患者经RT-PCR证实SARS-CoV-2病毒感染。至2月20日,研究共纳入31例治愈出院的患者(排除14例未出院患者和7例首次CT检查无肺炎表现患者),并将10天作为住院时长的二分类阈值。基于有限的样本量,团队将4个中心作为训练队列,另外一个中心作为验证队列。通过自动分割肺叶和半自动分割病灶,31名患者中累计分割出72个病灶。在对病灶图像预处理后,提取影像组学特征并筛选。为了研究影像组学特征的稳定性,团队使用了Logistics回归模型和随机森林模型对筛选的特征分别进行建模和验证。​结果发现,6个筛选出的二阶特征在两种不同分类器中均表现出良好的预测价值。在外部测试队列中,Logistics回归模型的AUC为0·97(95%CI 0·83-1·0), 敏感性 1·0, 特异性0·89;随机森林模型的AUC为0·92 (95%CI 0·67-1·0),敏感性 0·75, 特异性1·0。随后,研究又纳入了2月20日-28日新出院的6名患者,利用已建立的影像组学模型可以正确预测所有6名患者的住院时间。 
东南大学 2021-04-10
自动化机器学习算法研究与系统实现
研究目的和意义机器学习和人工智能已成为当今最热门的技术之一。2017年,国务院印发了《新一代人工智能发展规划》,正式将人工智能作为国家重要发展战略之一。人工智能已经成为信息技术时代的又一波浪潮。在这波浪潮的推动下,互联网行业、金融行业、传统制造业、政务民生、公安警务等各行各业都在积极向人工智能领域转型升级,利用人工智能先进技术提升智能分析和辅助决策能力,
南京大学 2021-04-14
全自动根茎类蔬菜上料对半切机器
所有的净菜加工厂商仍采用人工来完成这一环节的加工,可谓是费时费力,为生产经营者带去了较大的人工成本开销,并且手工对半切也存在效率不高,规格尺寸不均等诸多问题。 一、项目进展 创意计划阶段 二、负责人及成员 姓名 学院/所学专业 入学/毕业时间 学号 高炜凯 机器人产业学院 2020.10/2024.6 20484116 杭海斌 机器人产业学院 2020.10/2024.6 20481112 杜陈琳 机器人产业学院 2020.10/2024.6 20446102 裴育 机器人产业学院 2020.10/2024.6 20496329 三、指导教师 姓名 学院/所学专业 职务/职称 研究方向 陈炳伟 机器人产业学院/机械设计及其自动化 教研室主任/高级工程师 智能制造 闫东旭 机器人产业学院/电气自动化 讲师 离散元法、机械优化设计 四、项目简介 随着我国经济的发展,人民的物质生活水平不断提高,人们的饮食习惯逐步向方便快捷、营养化的方向发展,在蔬菜的加工方面出现了净菜半成品菜,受到广大人民群众的欢迎。而发展食品工业的基础便是食品机械,不断地研制各种类型的食品机械才可能促进食品工业的发展和满足不断提高的人民物质的需求。 现如今,用于蔬菜清洁、削皮和切片等功能的机器已经屡见不鲜,几乎各类规模的净菜加工厂都在使用此类机械来完成对菜品的加工,但在各个生产环节中仍存在着一个不容忽视的需求,即所有需要切片的根茎类蔬菜在使用机器切片之前都需要将其对半切开,而这一环节至今尚未被食品机械生产厂商所洞察并重视,市面上尚无能够满足这一环节要求的机械,所有的净菜加工厂商仍采用人工来完成这一环节的加工,可谓是费时费力,为生产经营者带去了较大的人工成本开销,并且手工对半切也存在效率不高,规格尺寸不均等诸多问题。
常州大学 2023-03-13
技术需求:1、中高端数控车床的设计、研究; 2、数控机床的发展方向; 3、机床装配关键工艺; 4、中高端数控机床专利技术
1、中高端数控车床的设计、研究;2、数控机床的发展方向;3、机床装配关键工艺;4、中高端数控机床专利技术
山东临沂金星机床有限公司 2021-08-24
科技部关于印发《“十四五”国家高新技术产业开发区发展规划》的通知
为贯彻落实《中华人民共和国国民经济和社会发展第十四个五年规划和2035年远景目标纲要》和《国务院关于促进国家高新技术产业开发区高质量发展的若干意见》,推动高新区高质量发展,科技部编制了《“十四五”国家高新技术产业开发区发展规划》。现印发给你们,请结合实际,认真贯彻实施。
科技部 2022-11-09
《国家科学技术奖异议处理办法》发布
本办法自发布之日起施行,2020年公布的《国家科学技术奖异议处理办法》同时废止。
国家科学技术奖励工作办公室 2025-09-25
北京维意真空技术应用有限责任公司
北京维意真空技术应用有限责任公司,原名北京科立方真空技术应用有限公司,创立于2013年6月,主体经营分为真空配件销售、真空设备定制、浅蓝纳米科技三个部分,是北京从事真空产品设计、制造、销售、维修、保养于一体的性的公司,公司拥有一支、产品技术工程师和维修技术工程师,具有丰富的行业经验。        公司于2016年初至2017年末,陆续投入大量研发资金,针对等离子增强化学气象沉积设备、原子层沉积设备和高低温真空探针台设备,以及附属配件进行了系统、深入的研发、改进工作。竭尽所能满足高校、研究所的教学、科研使用,同时减少相关进口设备的市场占有率,并力争创造外汇,打出中国创造的名牌!        我们的客户遍布国内各高校和研究院所、部分军工单位和电力试验所、各级的材料、物理、化学、纳米等研究领域的实验室,期待您就是我们的下一位客户、朋友!        您的满意微笑是我们一直努力追求的经营目标!        维意真空,为您服务,唯你成就是我们的宣传口号!        技术创新、服务诚信是我们一直遵循的经营理念!        我们热诚欢迎国内外先进的仪器制造商及科学工作者与我们联系开展各层面的合作,打造成的真空系统产品、等离子体增强化学气相沉积设备、原子层沉积设备和高低温真空探针台设备供应商。
北京维意真空技术应用有限责任公司 2025-04-25
深圳市斯科信息技术有限公司
       深圳市斯科信息技术有限公司(斯科信息/Cykeo),成立2018年,总部坐落于深圳市光明新区云智科技园,占地2500㎡、集办公与演示展厅于一体。 在深圳*2、东莞以及合肥一共拥有2.5万平的生产基地。      斯科信息是射频识别(RFID)软硬件提供商、RFID行业场景式解决方案商、高新技术企业、深圳专精特新企业、深圳创新技术先进企业、深圳科技研发骨干企业、知识产权优势企业、行业软件技术企业、IOTE金奖蝉联者。      长期专注于RFID技术、生物识别技术、动态进化AI算法等核心技术产品的研发,嵌入式系统设计及工业设计全流程,为全球客户提供高可靠性产品,赋能各行业客户构建精益化运营体系,通过智能化终端集群实现流程提效、成本优化,实现企业智能信息化发展。 斯科信息主要产品有:rfid智能柜、rfid智能工具柜、rfid工具柜、rfid智能工具车、rfid工具车、rfid工具箱、rfid智能货架,rfid通道门,智能称重柜,智能货架,rfid电子标签、rfid读写设备、rfid写标设备等。主要解决方案包括:rfid智能工具管理系统、rfid智能仓储管理系统、rfid智慧门店管理系统、rfid防伪防窜货管理系统等。 斯科信息的rfid工具管理系统采用rfid技术,把贴有rfid标签的工具放入特殊定制并加装rfid读写器的工具车、工具柜或工具房中,实现工具的科学自动管理。可以大幅提高工具管理的准确性和高效性,实现了企业对工具的信息化管理及航空业fod的精细化控制。目前该系统已成功在多个机场正式上线!因工作繁忙,可能会看不到留言,有意者可咨询联系电话:19925314483(微信同号)
深圳市斯科信息技术有限公司 2025-09-22
112人获奖!2021和2022年度何梁何利基金科学与技术奖揭晓(全名单)
2021和2022年度何梁何利基金科学与技术奖共授予112名杰出科技工作者。何梁何利基金最高奖项——何梁何利基金科学与技术成就奖,授予中国工程物理研究院胡思得院士和中国交通建设集团有限公司林鸣院士。
何梁何利基金 2023-02-20
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