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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题 癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一,基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性,对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义,而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析,还面临很多挑战。 肿瘤样本具有其独有的特点,在样本制备和单细胞分离过程中,其细胞应激反应大、坏死细胞多,为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战; 肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题,比如复杂的微环境和高度的异质性,而如何充分考虑这些难点,并从信息学的视角进行深入研究,有待建立全面、自动的分析框架; 肿瘤单细胞数据的分析,对科研人员的编程能力和分析经验要求很高,亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛,提高研究的效率。 2.解决方案 本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括: 1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题,提出了全面、精细的数据质量控制方案; 2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程(数据标准化、降维、聚类、差异表达分析); 3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法; 4)从重要表型(细胞周期、干性)、基因集(已知的和潜在的)两方面深度解析了肿瘤内部的异质性; 5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法; 6)构建了自动化、智能化分析的软件平台,能够自动生成全面、直观的分析报告。 基于本项成果产生的产品、服务或解决方案: 1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer; 2)针对软件使用和分析结果解读的服务; 3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。 3、合作需求 团队要求:合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验,能为本项目的应用与落地提供条件; 资金需求:合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学 2022-08-30
乙型肝炎病毒特异性T细胞检测试剂盒
利用已经进行功能验证的、被各种HLA-I类分子提呈的100余种HBV抗原肽,对乙型肝炎患者进行HBV特异性T细胞免疫功能状态的检测,为监测疾病进展、判断预后转归、评价药物疗效、预测复发以及评价疫苗效果等提供全新的实验室指标。目前HBV的诊断和疗效观察主要是乙肝两对半和HBV DNA定量检测。这些指标可以监测病毒复制增殖和体液免疫反应,但不能反映患者在抗病毒感染中起更重要作用的特异性T细胞免疫功能状态。本试剂盒目前在国内外市场上没有同类竞争者。
东南大学 2021-04-13
技术需求:用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别
一、用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别 1.本公司研发一款试剂是用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别的。2.该试剂可检测HLA的A/B/C/DR/DQ位点的,采用PCR-SSP法,检测一人份共计需扩增112孔。引物是预先包埋在96孔板上。3.生产试剂后需要对112孔进行质检,确保每个孔的引物配制无误且能完成有效扩增。所以,质检时需要有已知型别的DNA样本进行试剂验证。4.现在产品质检存在以下问题:1.没有充足的DNA样本来源(仅为小体积血样提取的DNA,一次质检后就用完);2.没有大体积血样或细胞提取高浓度DNA的方法;3.罕见型别DNA样本很难筛选到。 二、研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方 支气管肺泡灌洗液样本中有大量黏液,影响镜检检验。针对此点,拟研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方。同时,将该试剂与一次性无菌标本收集器组合于一体,实现不用打开标本收集器盖子就完成预处理步骤,简化检验流程,降低生物安全风险。 三、研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色体 研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色液。该试剂盒拟申报体外诊断试剂二类注册证,产品开发需要整合微生物、医学检验、材料、化学、机械、软件等多学科的专业科研团队,形成相关关键技术来搭建病原微生物形态学检测平台。
江西业力医疗器械有限公司 2021-11-01
27位点单泛素分子降低树突状细胞免疫功能的方法
27位点单泛素分子降低树突状细胞免疫功能的方法,涉及基因工程技术领域。27位点单泛素分子是只保留27位赖氨酸的泛素分子,从小鼠骨髓中分离得到树突状细胞,用27位点单泛素分子预处理骨髓来源树突状细胞,再进行体外过继免疫,最后进行酶联免疫斑点实验和流式细胞术实验。实验证明,处理后的树突状细胞抗原提呈能力明显降低,其抗原特异性CTL诱生能力也降低;27位点单泛素分子可降低树突状细胞转输受体内淋巴细胞产生IFN‑γ、穿孔素、颗粒酶B的能力。27位点单泛素分子抑制转输受体脾细胞产生穿孔素和颗粒酶B由溶酶体途径实现。
厦门大学 2021-01-12
SCIENTZ08-IIIC非接触式超声波细胞粉碎机
产品说明 非接触式超声波粉碎机也叫杯式超声破碎仪,可在密闭容器、无菌、可超微量条件下进行破碎。相比传统的探头超声波细胞粉碎机,该仪器具有一次可同时检测多个样品、实验效率高、无需频繁操作探头、避免样本交叉污染等优势。仪器标配低温恒温装置(可根据客户需要选择不同型号),便于样品在4-10℃环境内工作,使能量分布均匀,超声作用 完全。逐渐成为ChIP(染色质免疫共沉淀)和DNA剪切研究平台不可缺少的标准化工具。
宁波新芝生物科技股份有限公司 2021-12-08
生物复合床技术及其在生活污水、工业中水及饮用水预处理中的应用
1. 项目概述常用的水处理技术有物理吸附法、化学氧化法和生物氧化法三类。其中以生物膜方式进行的生物处理过程能有效去除原水中可生物降解有机物、氨氮和铁锰等污染物,使出水更安全可靠,在当前的水处理工程中得到了最为广泛的应用,然而该方法主要适用于CODcr为100乃至200以上的“高”污染水,而对CODcr处于100以下的低营养度废水处理效率低下,故并不适用于低浓度生活污水、工业中水和富营养化地表饮用水的处理。综合利用生物膜,物理过滤和化学反应、沉积等过程处理污染水源的人工湿地净化技术作为一种经济有效、运行稳定的新型生态工程,近年来已成为备受关注的焦点。但该项技术占地大,处理时间长,对水质变化的适应性差,季节性差异显著,且生物量后续处理困难,极易形成滞后累积污染,无法大规模高效率应用于水质的处理。本项目针对为150以下的低浓度废水或富营养化地表水,将固定床生物膜处理、人工湿地生物预处理和微氧水处理技术引入富营养化饮用水源预处理过程,充分发挥其物理吸附、生物膜处理和植物效应的多级复合处理功能,结合多单元连续操作方式提高系统处理效率和可操作性,开发具有良好的水质适应性、耐候性,低能耗且无二次污染的高效生物复合床净化技术。项目成果形成自主的知识产权。具有广阔的工程应用前景。2. 技术优势(1)基于多孔介质填料固定床的生物膜强化水处理体系;(2)基于小风量曝气的高效微氧水处理系统;(3)单元化和模块化的生物复合床系统。以富营养化水源地的劣V类水(CODcr为50至100)为例,采用新型生物复合床技术,综合采用物理吸附与截留、微生物降解、植物吸附与吸收等手段,其出水可稳定保持在Ⅲ类乃至更优水平。
南京工业大学 2021-04-13
家蚕国重徐汉福教授课题组揭示单细胞分辨率下家蚕丝腺全细胞异质性和基因转录动态图谱
丝蛋白是大自然赋予人类的一种天然可再生蛋白资源,具有优异的力学性能、生物相容性以及生物可降解性等特点,开发利用价值巨大。地球上已知能够产丝的生物超过十万种,其中包括人们熟知的蚕类、蜘蛛、蚂蚁等。
西南大学 2022-07-11
一种酪蛋白凝胶颗粒乳化剂及其制备方法和用途
本发明公开了一种酪蛋白凝胶颗粒乳化剂及其制备方法和用途。本发明中的酪蛋白凝胶颗粒乳化剂是通过向含有酪蛋白或酪蛋白酸盐的溶液中添加京尼平进行交联制得的,交联条件为在体系pH值为6~10.5、温度为10~50℃的条件下交联10~60h。所得交联的蛋白凝胶颗粒表面含有大量的毛刷层结构,能够迅速地吸附到油水界面,可增加油水界面的机械强度,具有更高的乳化效果和乳化稳定性,同时交联的酪蛋白凝胶颗粒可在油水界面完整地存在,不会发生解离,具有较高的界面活性,空间位阻较大,能有效地防止液滴之间的聚集和聚并,可长期稳定水包油型乳状液类食品。
中国农业大学 2021-04-11
生长因子类蛋白植物油体生物反应器研制
随着新功能基因的分离,克隆以及各种农作物高效表达技术平台的逐步建立,植物反应器的研究越来越深入.本实验利用拟南芥(Arabidopsis thaliana)油体系统表达植物油体蛋白-角质细胞生长因子-2(Keratinocyte growth factor-2,KGF-2).首先人工合成植物密码子偏好性的KGF-2基因,并通过PCR技术克隆了拟南芥油体蛋白Oleosin基因,构建由种子特异性启动子驱动的,含有油体蛋白和KGF-2融合基因的植物油体特异表达载体;通过农杆菌介导法转化野生型拟南芥,采用Basta筛选之后,获得26株转基因拟南芥.
吉林农业大学 2021-05-04
脲酶阴性,无豆腥味,可直接食用的大豆分离蛋白生产方法
本发明在大豆分离蛋白生产过程,增加了在加碱溶出蛋白浸出液后,蛋白浓度<3%的条件下,通过灭酶装置,高温(130°-145℃),瞬时(2-15秒),增加高温灭酶工艺环节后,所产大豆分离蛋白脲酶反应阴性,无豆腥味,可直接食用,对人体无害.本发明所产的新型分离蛋白,用于面制品或肉制品添加,均可保证取得产品无豆腥味的良好效果.
长春大学 2021-04-30
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