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一种新的录组测序快速建库方法
基于SHERRY方法的转录组测序建库流程如图1所示,样本可以来自裂解的单细胞或bulk RNA;RNA分子经过oligo-dT 引物的反转录后,RNA/DNA杂合链可直接被Tn5转座酶打断(图中灰色的波浪线及直线分别代表RNA及DNA分子);在Tagmentation之后,转座酶会在杂合链两端加上adaptor接头,进行之后的建库PCR扩增。 基于100pg的RNA起始量,SHERRY表现出了高的read匹配率,同时可检测出近9000个基因,其中72%的基因可在三个重复样本中检测出,可重复性较好。与目前普遍应用于单细胞转录组测序的Smart-seq2技术相比,SHERRY与其建库质量不相上下,并且具较低的GC bias。此外,SHERRY整个流程仅需要5个步骤,且可在一个管子中完成,整个时间仅约4小时,其中手工操作时间不到半小时。相比之下,Smart-seq2整个耗时约为SHERRY二倍的时间,且需要一些前处理等操作;此外,包含十个步骤的NEBNext方法则需要更加多的实验室操作和时间成本。值得一提的是,在成本方面,SHERRY方法仅为其他两种方法的五分之一,将大大节省实验成本。
北京大学 2021-04-10
同济大学等学者取得DNA测序技术的重要突破
研究发明了灵敏性好、特异性强和分辨率高的DNA脱氧尿嘧啶(dU)检测技术,第一次用酶法在单碱基分辨率水平上精准检测DNA中的dU,实现了DNA中dU碱基检测技术的根本性突破。
同济大学 2022-01-20
分布式小型光伏电站系统设计仿真实训
本仿真实训要求学员根据常见60KW以下小型分布式光伏电站项目需求书要求,到现场进行测量、采集项目所需数据,然后回到办公室使用设计软件进行项目设计,并且做出系统分析结果、施工图以及施工材料清单。 1.1. 场景设计 虚拟场景包括办公设计场景,楼顶建筑场景; 场景模型主要包括:办公室建筑模型、办公家具、办公设备、长度测量工具、方向测量工具、楼顶建筑模型等 设计软件模拟包括:阴影阵列分析软件、CAD制图软件、倾角分析软件、系统分析模拟软件 1.2. 互动设计 在办公室里使用电脑了解项目需求书,根据提供的信息收集项目所在位置的地理与环境信息 到现场使用长度与方向测量工具测量设计所需数据 回办公室使用各种专业设计软件对该项目进行系统设计。
广东顺德宙思信息科技有限公司 2025-06-02
无需抗体的酶辅助化学标记N6-甲基腺嘌呤(m6A)测序技术
随着首个RNA修饰N6-甲基腺嘌呤(m6A)的去修饰酶FTO的发现,RNA表观遗传学/表观转录组学开始兴起并成为表观遗传学新的研究热点。m6A作为首个被发现的可逆RNA修饰,广泛存在于mRNA,依赖修饰酶、去修饰酶和结合蛋白发挥调控功能。已发现m6A具有调控mRNA剪接、出核、稳定性和蛋白翻译等功能,可以参与发育、配子发生、细胞重编程、生物节律、疾病等多种生理和病理过程的功能调控。为了更好地研究m6A生物功能和临床病理研究,开发m6A高通量测序技术一直是研究的热点。 现有m6A测序技术主要依赖于m6A抗体富集技术,包括低分辨率的m6A-seq/MeRIP-seq和联用iCLIP或PAR-CLIP技术的高分辨率m6A测序技术miCLIP 或PA-m6A-seq。抗体存在对特定RNA序列或结构的潜在非特异性结合,为了解决抗体方法的种种问题,研究者们做出了各种尝试,近期开发了两类无需抗体的m6A测序技术,一类为利用对特定甲基化序列(m6ACA)敏感的RNA核酸内切酶MazF辅助的测序方法(m6A-REF-seq or MAZTER-seq),此类方法只能检测16~25%的m6A位点;另一种是在细胞内表达融合m6A-binding domain(YTH)与胞嘧啶脱氨酶(APOBEC1)的融合蛋白实现的m6A测序(DART-seq),但该方法依赖于细胞转染效率且受限于体外样品的使用。 贾桂芳课题组一直致力于开发和利用核酸化学生物学技术研究RNA化学修饰在动植物中的生物功能研究。在本课题中,贾桂芳课题组巧妙地利用m6A的去甲基酶FTO蛋白作为催化剂,将mRNA上化学惰性的m6A转化为高反应活性的中间态产物N6-羟甲基腺嘌呤(hm6A),然后利用二硫苏糖醇(DTT)的巯基与hm6A发生亚胺1,2加成反应,将不稳定的hm6A转化为更稳定的巯基加成产物dm6A。dm6A上的自由巯基可以与甲烷硫代磺酸(methanethiosulfonate,MTSEA)快速反应,实现在mRNA上m6A的位置标记生物素Biotin,最终可被链霉亲和素珠捕获,从而富集含有m6A修饰的RNA片段供后续高通量测序使用。
北京大学 2021-04-11
分布式小型光伏电站系统施工建设仿真实训
分布式小型光伏电站系统施工建设仿真实训让学员以现场施工工程师的身份根据提供的项目说明书、施工图纸和材料到现场进行小型电站的模拟施工,提高学员的实践能力和动手能力。 1.1. 场景设计 虚拟场景主要由厂户楼顶施工场景组成; 场景模型主要包括:厂户建筑模型、支架基础桩、支架前后立柱、横梁、侧梁、接地扁钢、晶硅光伏组件、边压块、中间压块、接线盒、连接线、直流汇流箱、进线、出线、熔断器盒、断路器、避雷器、逆变器、PVC保护线管、五金螺丝螺母、安全帽、施工工具等 1.2. 互动设计 在施工场景看懂图纸,检查施工物料 根据提示到指定位置使用工具把支架、光伏组件、汇流箱、逆变器一一安装起来 进行组件阵列间串联和并联接线 进行防雷焊接 施工完成后进行投切并网操作 场景植入VR太阳模块,精准计算该项目所在位置的太阳位置,太阳高度角和方位角,在虚拟场景中全时仿真太阳产生的阴影。
广东顺德宙思信息科技有限公司 2025-06-02
单细胞基因组学高通量测序技术体系的建立及其生物医学应用
发展了国际领先的完整的单细胞高通量测序技术体系,将其创造性地应用于人类发育生物学和生殖生物学的前沿研究,并进一步在深入的基础研究基础上推广到临床应用上,使我国胚胎植入前遗传诊断技术处于世界领先水平。
北京大学 2021-02-22
5-醛基胞嘧啶的标记方法及其在单碱基分辨率测序中的应用
本项目采用化学生物学手段,筛选出特异性成环标记5-醛基胞嘧啶(5fC)的化合物——叠氮茚二酮和丙二腈,并且标记产物在随后的PCR扩增过程实现胞嘧啶(C)到胸腺嘧啶(T)的转变,可实现全基因组5-醛基胞嘧啶的单碱基分辨率检测。用叠氮茚二酮标记作为标记化合物,可实现对含有5-醛基胞嘧啶DNA片段的先富集再测序,将测序成本大大降低。用生物相容性很好的丙二腈作为标记化合物,可实现单细胞水平的5-醛基胞嘧啶单碱基分辨率检测。血液中细胞外游离DNA上的核酸修饰可以作为人类癌症的生物标记物,本项目涉及的核酸修饰检测技术,不会造成DNA降解,适应于临床小量珍贵样品,在癌症的液态活检上具有重大潜力。
北京大学 2021-02-01
基于新一代测序的生物信息云平台及其在科研和医疗健康领域的应用
1 项目简介本项目建立的生物云平台,以基于 Web 的方式提供服务,用户可以轻松快速获取服务,国内外普遍缺乏成熟的技术,标准和平台。我们首次把独具特色的机器学习模型预测算法与最新的高通量测序方法( non-polyA RNA-seq) 相结合。我们的研究对象为长链非编码 RNA( non-PolyA),目前国际上还很少有人通过高通量测序技术对疾病的 lncRNA 进行全面预测分析和功能分类。随着测序速度不断提高,测序成本不断降低,本项目将来可以发展为面向人民大众的个性化医疗服务的平台。 图 1 生物医学信息云平台的产业化方向 http://www.incrna.org图 2 生物医学信息云平台的应用程序一览 http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn/serve 本项目使用的核心技术“基于整合性生物信息云计算和新一代测序技术( incRNA) 的非编码基因组疾病(如癌症)检测技术平台”已经通过软件查新认证( 20121022044750914)。正在准备申请国家版权局软件著作权登记证书。2 效益分析( 1)随着新一代高通量测序技术的发展,生物信息数据爆炸式增长,数据解读成为生物医学研究和临床应用的巨大问题,我们团队依托清华大学生命学院鲁志实验室在生物信息学,尤其是在 lncRNA 领域的技术专长开发的云计算平台将为广大科研工作和和临床用户提供可靠的数据分析云服务,提高他们的科研效率,为科学的发展做出贡献。 ( 2)我们团队通过与中国人民解放军总医院,上海肝胆医院等十多家临床单位的合作,将为鉴定癌症的早期诊断和药物治疗提供新的靶点,这不仅会增强中国基础临床科学的发展,通过临床应用还会为病患者带来癌症早期诊断、健康管理等个性化医疗服务,这将具有广泛的社会效益。 ( 3)通过我们打造高通量测序数据分析云计算平台和开展以癌症早期检测为主要内容的个性化医疗服务,将为中国培养一批高水平的生物信息数据分析人才,这将增强中国在生物信息学方面的实力。
清华大学 2021-04-13
5-醛基胞嘧啶的标记方法及其在单碱基分辨率测序中的应用
本项目采用化学生物学手段,筛选出特异性成环标记5-醛基胞嘧啶(5fC)的化合物——叠氮茚二酮和丙二腈,并且标记产物在随后的PCR扩增过程实现胞嘧啶(C)到胸腺嘧啶(T)的转变,可实现全基因组5-醛基胞嘧啶的单碱基分辨率检测。用叠氮茚二酮标记作为标记化合物,可实现对含有5-醛基胞嘧啶DNA片段的先富集再测序,将测序成本大大降低。用生物相容性很好的丙二腈作为标记化合物,可实现单细胞水平的5-醛基胞嘧啶单碱基分辨率检测。血液中细胞外游离DNA上的核酸修饰可以作为人类癌症的生物标记物,本项目涉及的核酸修饰检测技术,不会造成DNA降解,适应于临床小量珍贵样品,在癌症的液态活检上具有重大潜力。
北京大学 2021-01-12
运动系统模型
1、参照典型人体标本及国内外经典权威教材及图谱制作,如人卫出版社丁文龙主编的《系统解剖学》、人卫出版社南京医学院主编的《人体解剖学图谱》、江苏科学技术出版社姜同喻编著的《连续层次解剖图谱》、山东科学技术出版社丁自海主译《格式解剖学》、广东科技出版社胡耀民主编的《人体解剖学标本彩色图谱》等,造型自然准确、颜色自然,满足教学需要;
张家港市华亿科教设备有限公司 2024-12-23
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