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非编码RNA的染色质结合机制研究
哺乳动物基因组的广泛转录产生了大量的非编码RNA,相比于细胞质定位的蛋白编码mRNA,这些非编码RNA如长链非编码RNA(lncRNA)、启动子和增强子关联的不稳定转录本(uaRNA、eRNA)等更倾向于结合染色质参与调控染色质结构、转录和RNA加工等过程。尽管零星报导少数RNA核滞留的现象,但为何大部分lncRNA会滞留于染色质上行使调控功能,仍是个不解之谜。上世纪80年代初,Joan Steitz通过系统性红斑狼疮患者血液抗体分离提取 U1,U2, U4, U5和U6小核糖核蛋白粒子(又称为 snRNP),揭示了它们参与RNA剪接的经典功能。近年来施一公团队系统报导了真核生物剪切体的原子结构和生化功能。然而,一直让人困惑的是,细胞内U1 snRNP的数量为什么比其它剪接相关snRNP高 2-5倍。虽然Gideon Dreyfuss和Phil Sharp等团队曾揭示U1 snRNP调控转录终止和方向的非经典功能,U1 snRNP在细胞中的丰富存在仍然是一个让人困惑的问题。为了探究lncRNA的染色质结合机制,研究者首先建立和运用一套新颖的mutREL-seq方法来高精度筛选调控RNA定位的关键序列,意外发现了U1 snRNP识别位点参与调控候选RNA的染色质滞留。相比于蛋白编码基因,lncRNA转录本含有更多的U1识别位点(同时也是潜在的5’剪接供体位点),而其基因组区域具有更少的3’剪接受体位点。并且U1 snRNP更高水平地结合在lncRNA上。随后,研究者分别使用antisense morpholino oligos(AMO)和auxin-induced degron(AID)诱导蛋白降解系统,来抑制U1 snRNA和核心蛋白组分SNRNP70的功能。研究者发现小鼠胚胎干细胞中近一半的lncRNA受U1 snRNP调控。另外,与转录调控元件关联的不稳定非编码转录本如uaRNA、eRNA等,它们的染色质结合在U1 snRNP抑制后也显著下降。研究者进一步证明了U1 snRNP直接调控成熟lncRNA与染色质的结合,而不是通过影响RNA合成、加工或降解过程的动态变化所产生的间接影响。机制上,研究者鉴定了U1 snRNP在染色质上的互作蛋白,发现U1 snRNP结合特定磷酸化状态的RNA转录聚合酶II(Pol II)。转录抑制明显降低了U1 snRNP及其所调控的非编码RNA与染色质的结合,表明U1 snRNP通过与磷酸化的Pol II互作来介导其互作RNA与染色质的结合。最后,研究者通过以lncRNA Malat1为例,进一步验证了U1 snRNP对其染色质结合的调控作用。去除SNRNP70后,绝大部分Malat1 “核斑”定位信号消失,并弥散在核质及细胞质中。同时,Malat1在活跃表达基因染色质区域的结合信号显著下降,表明U1 snRNP不仅可以将Malat1滞留在染色质上,同时也参与调控后者在染色质上的移动及其与靶基因的结合。综上,研究者提出如下模型(图1):5’和3’剪接位点在lncRNA上的不对称分布,致使U1 snRNP持续结合在lncRNA转录本上,而不能通过RNA剪接过程释放,从而介导了lncRNA的染色质滞留。磷酸化Pol II进一步介导了lncRNA-U1 snRNP复合体在染色质上的移动(mobilization)。对于大多数低丰度、不稳定的lncRNA,它们只能靶向结合邻近的染色质区域(顺式cis作用);而对于少数稳定和高丰度的lncRNA,如Malat1,U1 snRNP促进了其迁移和结合更多的靶基因区域(反式trans作用)。图1. U1 snRNP介导非编码RNA染色质结合的模式图。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2105-3
清华大学 2021-04-10
天津“云脑”中心在抗疫方向的应用
天津大学医学工程与转化医学研究院与中国电子信息产业集团中电云脑(天津)科技有限公司合作,充分发挥国家健康医疗大数据试点工程天津“云脑”中心自身的大数据平台及计算技术优势,连日来针对疫情发现、分析和预警技术,以及远程诊疗方案取得多项重要成果。据悉,作为健康医疗大数据国家研究院、智能医学工程教育部工程研究中心的依托建设单位,天津大学与中国电子信息产业集团于2017年联手组建国家健康医疗大数据试点工程天津“云脑”中心,中心现已搭建起医疗大数据服务云脑平台,开展医疗数据的远程收集、处理工作,并研发了面向医疗大数据的优化处理和利用技术。在疫情预测预警方面,基于国家相关部门发布的经济行为、人口分布及迁徙等统计数据,集合当前的疫情病例数据,应用人工智能和科学计算技术,“云脑”重点实现了:城市人口流动输入性疫情预警:以日为周期监测城市流入人口的数量、来源分布以及来源城市疫情状况,对各市的输入性疫情进行预测和预警;城市疫情预警:融合经济数据、疫情状况、人口流动分布以及病毒感染特点对未来一周的疫情进行预警;疫情状况与经济行为指数相关度追踪:基于政府部门发布的经济相关数据,分析经济行为与疫情的相关程度,为政府相关部门开展疫情防控工作提供科学参考数据。天津“云脑”在面向新冠肺炎的远程诊疗方面已准备就绪,即将进入临床测试阶段。“云上诊室”基于物联网、远程通信、大数据等技术手段,实时将来自医疗科室、影像科的新冠肺炎患者的诊疗数据经由高速网络同步传输到会诊中心,并可向医疗系统共享疫情医疗数据,集合呼吸科、感染科、内科、重症医学科、反射科等专家进行网络会诊,进而实现专家与病患、专家与医务人员之间异地“面对面”的互动,减少院内聚集性感染,缓解疫情下紧张的医疗资源,为疑似病患提供就诊空间,为确诊患者争取救治时间。“云上诊室”相关成果将用于:远程影像诊断:构建实用高效、稳定可靠的远程医疗影像服务平台,存储区域内的影像资料索引信息,并能够直接调用新冠肺炎的患者信息与CT等影像诊断报告;远程重症监护:实时在线监护新冠肺炎病患信息、影像、视频资料,并通过线上会诊室,对病患出具诊断治疗指导意见;新冠肺炎智能辅助诊断:实时采集病患的生理数据,构建针对新冠肺炎的数据病例库,利用机器学习等技术,辅助临床诊断;提供第三方对接标准接口:为多媒体设备、应用、网络平台等提供第三方的对接标准接口,实现可扩展、模块化。
天津大学 2021-04-10
N端RNA结合域的晶体结构研究
2020年3月8日,中山大学第五医院在bioRxiv上上传了一篇题为Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA binding domain reveal spotential unique drug targeting sites的研究,确定了SARS-CoV-2核糖蛋白N-端RNA结合域的晶体结构。虽然整体结构与其他冠状病毒核N端RNA结合域相似,但它们之间的表面静电电位特征却不同。与轻度病毒类型HCoV-OC43 等效域的进一步比较显示,β-螺旋核心旁边具有独特的潜在RNA 结合槽。结合体外数据,结果提供了SARS-CoV-2N端RNA结合域的几种原子分辨率特征,指导了针对SARS-CoV-2的新型抗病毒剂的设计。
中山大学 2021-04-10
沐舒坦或可治疗新冠肺炎的研究
该研究通过生物学分析发现武汉新型冠状病毒的刺突(S)蛋白与SARS冠状病毒的S蛋白结构相似,也可通过S蛋白与宿主细胞表面的 血管紧张素转化酶(ACE)2蛋白分子相互作用,从而感染宿主的上皮细胞。因此, ACE2分子是武汉新型冠状病毒感染的关键分子,通过结合ACE2分子有可能影响武汉新型冠状病毒感染人体细胞的过程。ACE2是肾素-血管紧张素-醛固酮系统(RAS)的关键分子,也是包括肺泡上皮细胞在内的多种人体细胞表面表达的重要分子之一。2003年,ACE2被鉴定为SARS冠状病毒的功能性受体。2020年1月25日, 北京大学基础医学院的 王月丹和初明团队,采用自主研发的人工智能药靶筛选系统,重点针对2674种已上市的药物以及1500种中药提取物进行了药物筛选, 发现了多种潜在的ACE2结合剂,有望用于武汉新型冠状病毒感染的治疗,其中包含了氨溴索(CAS号:18683-91-5)等。氨溴索,又称沐舒坦,是一种呼吸道润滑祛痰药,能促使呼吸道表面活性物质的形成,调节浆液性与黏液性物质的分泌,促进代谢,还可改善纤毛运动,增强呼吸道分泌物的消除作用。
北京大学 2021-04-10
新冠肺炎的疫情评估与预测报告
面对国家在疫情防控决策方面的重大战略需求,北京航空航天大学计算机学院王静远副教授,联合经济管理学院吴俊杰教授、部慧副教授,计算机学院软件开发环境国家重点实验室孙磊磊老师等,快速反应,在1月22日开始陆续组织了一支包括20余名师生在内、跨学科、跨专业的疫情应急研究团队,开展基于大数据的疫情预测与大数据分析科研攻关工作。 团队经过连续不眠不休的集中攻关,于1月25日完成了第一个针对新冠肺炎疫情预测的模型,并最早具备了对外提供疫情预测服务的能力。该模型具备优秀的预测精度和疫情解释能力,为上级部门的疫情防控决策提供了重要的支撑。尤其是在疫情拐点尚未出现、全国发病走势尚不明朗的疫情早期阶段,为防疫决策提供精准的数据参考。预测模型基于王静远老师在2014年深圳H7N9流感爆发和季节性流感流行期间使用市民活动大数据与Meta-Population动力学模型相结合的方式设计的面向城市的呼吸道类疾病传播分析与预测模型,曾应用于深圳流感防控。
北京航空航天大学 2021-04-10
COVID-19患者存在疑似心肌损伤的研
研究组着眼于心脏的状况,力求提供证明心肌炎和心肌损伤是否由COVID-19引起的第一手证据。研究组回顾性收集了112名COVID-19确诊患者与心脏有关的临床数据。这112名患者的中位年龄为65.0岁,其中57名(50.9%)为男性。超声心动图显示心脏功能和腔室大小均在正常范围内。重症患者的心肌肌钙蛋白I峰值较高,死亡风险相对较高。14例(12.5%)患者在住院期间死亡,且死前7天内心脏肌钙蛋白I达到峰值。 总之,从临床观点和武汉市的一线数据分析来看,不足以支持新冠病毒直接引发心肌损伤。心脏标记物的升高因继发性和全身性后果而引起,可被视为患者近期不良临床结局的警告信号。
武汉大学 2021-04-10
发现可能用于治疗新冠肺炎的药物
华中科技大学同济药学院李华教授、沈阳药科大学无涯学院陈丽霞教授、军事医学研究院国家应急防控药物工程技术研究中心李行舟研究员等组成联合攻关小组,就新型冠状病毒肺炎疫情,开展了抗新冠病毒潜在药物的筛选研究工作。利用药物重定位策略,在已有药物中寻找对抗新冠病毒的治疗药物是对抗疫情的有效手段和当务之急。研究表明,冠状病毒nsp3编码的木瓜样蛋白酶(papain-like protease,PLP)在病毒基因组复制及逃避宿主抗病毒天然免疫中发挥重要作用,是药物开发的良好靶点。PLP不仅具有蛋白水解酶活性,同样具有去泛素化酶(DUB)活性,PLP利用其蛋白水解酶活性及DUB活性通过一系列的分子机制逃避宿主抗病毒免疫反应,抑制干扰素表达;它是除了冠状病毒3CL水解酶之外,另一个冠状病毒感染人类所必需的重要蛋白。攻关小组目前正在寻找更多可能抑制新冠病毒的药物靶点,也将继续进行深入的抗新冠病毒活性测试,为后续抗新冠病毒肺炎药物的基础和临床研究提供更多指导信息。
华中科技大学 2021-04-10
基于剪式铰单元的快速可展拱桥
本发明公开了一种基于剪式铰单元的快速可展拱桥,包括主体拱结构和设置在所述主体拱结构上侧的倒V形折叠桥面板;所述主体拱结构包括M榀平行设置的可展拱单元,其中M不小于2;所述可展拱单元包括N组沿着桥梁的跨度方向依次相连的剪式铰单元、连接首尾两个剪式铰单元的拉索。本发明快速可展拱桥通过桥面板受弯、主体拱受压、下部拉索受拉的组合作用,形成稳定的自平衡体系。本发明为单自由度快速可展结构体系,可由铝合金等金属材料、钢绞线等制作而成,构造和传力合理,驱动方式简单,造型美观,便于快速折叠、展开或转移,能重复使用,特别适用于临时、半永久性或功能性桥梁。
东南大学 2021-04-11
一种用于香粉定型的铺粉装置
本发明公开了一种用于香粉定型的铺粉装置,包括:底板;模具,固定在底板上,设有定型香粉的粉槽,粉槽的开口设置在模具的顶面;筛板,可绕回转中心轴转动,周向上设有第一传动齿轮,所述筛板的一侧面为与所述模具顶面贴合且覆盖粉槽的第一回转面,所述筛板上设有与部分粉槽重合的过粉孔;粉盒,可绕回转中心轴转动,周向上设有第二传动齿轮,底面为与所述筛板的另一侧面贴合的第二回转面,底面的部分区域为出粉口;联动齿轮,固定在底板上且位于模具外周,包括同轴固定连接且沿轴向分布的第三传动齿轮和第四传动齿轮;本发明将容器与模具结合,结构简单、使用方便,制香时不会造成香粉浪费,可以制作质地均匀的高品质香块。
浙江大学 2021-04-11
基于图像序列的超分辨率成像技术
基于真实成像模型,图像序列/视频数据的通用超分辨率重建方法;对弱纹理目标的高清重建,对超精细纹理的精确预测与重建。
东南大学 2021-04-11
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