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非编码RNA的染色质结合机制研究
哺乳动物基因组的广泛转录产生了大量的非编码RNA,相比于细胞质定位的蛋白编码mRNA,这些非编码RNA如长链非编码RNA(lncRNA)、启动子和增强子关联的不稳定转录本(uaRNA、eRNA)等更倾向于结合染色质参与调控染色质结构、转录和RNA加工等过程。尽管零星报导少数RNA核滞留的现象,但为何大部分lncRNA会滞留于染色质上行使调控功能,仍是个不解之谜。上世纪80年代初,Joan Steitz通过系统性红斑狼疮患者血液抗体分离提取 U1,U2, U4, U5和U6小核糖核蛋白粒子(又称为 snRNP),揭示了它们参与RNA剪接的经典功能。近年来施一公团队系统报导了真核生物剪切体的原子结构和生化功能。然而,一直让人困惑的是,细胞内U1 snRNP的数量为什么比其它剪接相关snRNP高 2-5倍。虽然Gideon Dreyfuss和Phil Sharp等团队曾揭示U1 snRNP调控转录终止和方向的非经典功能,U1 snRNP在细胞中的丰富存在仍然是一个让人困惑的问题。为了探究lncRNA的染色质结合机制,研究者首先建立和运用一套新颖的mutREL-seq方法来高精度筛选调控RNA定位的关键序列,意外发现了U1 snRNP识别位点参与调控候选RNA的染色质滞留。相比于蛋白编码基因,lncRNA转录本含有更多的U1识别位点(同时也是潜在的5’剪接供体位点),而其基因组区域具有更少的3’剪接受体位点。并且U1 snRNP更高水平地结合在lncRNA上。随后,研究者分别使用antisense morpholino oligos(AMO)和auxin-induced degron(AID)诱导蛋白降解系统,来抑制U1 snRNA和核心蛋白组分SNRNP70的功能。研究者发现小鼠胚胎干细胞中近一半的lncRNA受U1 snRNP调控。另外,与转录调控元件关联的不稳定非编码转录本如uaRNA、eRNA等,它们的染色质结合在U1 snRNP抑制后也显著下降。研究者进一步证明了U1 snRNP直接调控成熟lncRNA与染色质的结合,而不是通过影响RNA合成、加工或降解过程的动态变化所产生的间接影响。机制上,研究者鉴定了U1 snRNP在染色质上的互作蛋白,发现U1 snRNP结合特定磷酸化状态的RNA转录聚合酶II(Pol II)。转录抑制明显降低了U1 snRNP及其所调控的非编码RNA与染色质的结合,表明U1 snRNP通过与磷酸化的Pol II互作来介导其互作RNA与染色质的结合。最后,研究者通过以lncRNA Malat1为例,进一步验证了U1 snRNP对其染色质结合的调控作用。去除SNRNP70后,绝大部分Malat1 “核斑”定位信号消失,并弥散在核质及细胞质中。同时,Malat1在活跃表达基因染色质区域的结合信号显著下降,表明U1 snRNP不仅可以将Malat1滞留在染色质上,同时也参与调控后者在染色质上的移动及其与靶基因的结合。综上,研究者提出如下模型(图1):5’和3’剪接位点在lncRNA上的不对称分布,致使U1 snRNP持续结合在lncRNA转录本上,而不能通过RNA剪接过程释放,从而介导了lncRNA的染色质滞留。磷酸化Pol II进一步介导了lncRNA-U1 snRNP复合体在染色质上的移动(mobilization)。对于大多数低丰度、不稳定的lncRNA,它们只能靶向结合邻近的染色质区域(顺式cis作用);而对于少数稳定和高丰度的lncRNA,如Malat1,U1 snRNP促进了其迁移和结合更多的靶基因区域(反式trans作用)。图1. U1 snRNP介导非编码RNA染色质结合的模式图。论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2105-3
清华大学 2021-04-10
N端RNA结合域的晶体结构研究
2020年3月8日,中山大学第五医院在bioRxiv上上传了一篇题为Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA binding domain reveal spotential unique drug targeting sites的研究,确定了SARS-CoV-2核糖蛋白N-端RNA结合域的晶体结构。虽然整体结构与其他冠状病毒核N端RNA结合域相似,但它们之间的表面静电电位特征却不同。与轻度病毒类型HCoV-OC43 等效域的进一步比较显示,β-螺旋核心旁边具有独特的潜在RNA 结合槽。结合体外数据,结果提供了SARS-CoV-2N端RNA结合域的几种原子分辨率特征,指导了针对SARS-CoV-2的新型抗病毒剂的设计。
中山大学 2021-04-10
揭示环状RNA新功能—circRNA调控蛋白翻译过程
环状RNA(circular RNA, circRNA)circMYBL2通过招募RNA结合蛋白PTBP1调控癌基因FLT3 mRNA的翻译效率,从而促进了FLT3-ITD突变型白血的发生发展。该项研究成果首次报道新型非编码RNA circRNA以RNA-蛋白复合体形式发挥对翻译进程的正调控作用,揭示了环状RNA的新功能。  FLT3-ITD是在FLT3基因中间的一段串联重复序列突变,该突变可导致Y591等位点的自磷酸化,进而激发下游通路的过度激活,促进疾病进程。目前普遍认为FLT3-ITD突变型白血病预后极差且容易复发,因此,寻找新的 FLT3-ITD 白血病的药物靶点具有重要意义。该团队以FLT3-ITD突变型白血病为研究模型,深入研究circRNA潜在作用机制及其对该类白血病疾病进程的调控作用。研究发现,环状RNA circMYBL2在FLT3-ITD阳性白血病中高表达并特异性影响FLT3-ITD阳性白血病细胞的增殖、凋亡等一系列细胞功能,却对FLT3-ITD阴性白血病细胞无显著影响。 进一步研究显示,circMYBL2调控该疾病关键癌基因FLT3的蛋白翻译过程;揭示了circMYBL2与RNA结合蛋白PTBP1形成复合体促进了FLT3蛋白的翻译效率(如上图)。该工作报道了circRNA调控翻译的新功能。
中山大学 2021-04-13
无机-有机杂化体系递送小干扰RNA研究
总结了过去20年来siRNA药物在癌症治疗领域中的发展进程、企业和市场分布状况;分析和总结了功能性无机-有机杂体系在siRNA递送进展中的优势;总结了杂化纳米材料构建的基本策略,以优化siRNA递送。同时,他们还分析探讨了该领域的发展趋势。相关研究成果以“Engineering functional inorganic–organic hybrid systems: advances in siRNA therapeutics”为题发表在Chem. Soc. Rev.上(Chem. Soc. Rev., 2018, 47, 1969-1995),并入选该期的封面(Chem. Soc. Rev., 2018, 47, 1903-1903)。综述第一作者沈建良博士于2014年毕业于我校化学学院,目前受聘于中科院温州生物材料与工程研究所及温州医科大学眼视光学和视觉科学国家重点实验室担任课题组长,课题组主要从事智能多功能化纳米制剂在肿瘤中的诊疗应用。
中山大学 2021-04-13
新型冠状病毒等病毒的核酸检测方法
2020年1月15日,复旦大学姜世勃等人在Journal of Medical Virology 在线发表题为“Recent advances in the detection of respiratory virus infection in humans”的综述研究,该综述总结了用于检测常见呼吸道病毒【例如流感病毒,人呼吸道合胞病毒(RSV),冠状病毒,人腺病毒(hAdV)和人鼻病毒(hRV)】的当前可用和新颖的诊断方法。 
复旦大学 2021-04-10
抗病毒合剂
抗病毒合剂型是由柴胡、连翘等十味中药经加工制成的纯中药内部制剂,经流通蒸汽灭菌而成的棕褐色液体。该制剂具有清热解毒、疏解外邪等功能。临床主要用于温毒初起,发热、咽喉肿痛等上呼吸道感染疾患及各种病毒、细菌性感染等疾病。在西安交大第二院临床应用十几年,疗效确切、效果显著、见效快、无毒副反应,有效率达95%以上。
西安交通大学 2021-01-12
用相关病毒模型筛选抗2019新冠病毒老药
病毒的同源性包括基因组核苷酸序列的同源,也包括蛋白质氨基酸序列的同源。在序列比对方面,穿山甲冠状病毒与新冠病毒在氨基酸序列同源性方面超过90%的相似度。对于药物筛选来说,蛋白质氨基酸序列的同源性越高,意味着病毒生命活动的方式越相近,可以形象地理解为,两个病毒的“行为方式”非常一致。这种“行为方式”与新冠病毒极为相似的病毒,能不能替代新冠病毒用于药物筛选呢?童贻刚敏锐地意识到:如果可以,那么“筛药”工作将在针对新冠病毒的同时,也保障了实验的安全性,筛药工作将走出高安全等级实验室,走进普通P2实验室。
北京化工大学 2021-04-10
从病毒学视角对新型冠状病毒的研究
南开大学学者:从病毒学基础研究的角度讨论此次新型冠状病毒的一些特征 首先,冠状病毒对人类来说并不陌生,早在1937年,科学家们就从病鸡的组织样本中分离得到了第一株冠状病毒。在目前已鉴定的7种可感染人的冠状病毒中,有3种会导致较为严重的人类疾病,其余4种引起普通感冒等轻微症状。从病毒分类上看,冠状病毒隶属于单节段正链RNA病毒,这个名字听起来比较拗口,让我们来做几个名词拆解吧:“RNA病毒”:说明冠状病毒的遗传信息由RNA(Ribonucleic acid,核糖核酸)来承载。以RNA为遗传物质的病毒,在复制子代病毒时发生突变的概率要显著高于以DNA(Deoxyribonucleic acid,脱氧核糖核酸)为遗传物质的生命体;“单节段”,指的是冠状病毒的基因组只由一条RNA链组成,在这条链上编码了十余种功能各异的病毒蛋白所需的遗传信息;而所谓的“正链”,意味着冠状病毒在进入宿主细胞之后,无需经过基因组的转录过程,就可以直接利用宿主的核糖体来生产病毒复制所需的蛋白质。当科学家第一次从电子显微镜下看到这类病毒的形状时,发现它的直径大约为120纳米左右,在病毒的表面呈现出一种类似于中世纪欧洲帝王皇冠的突起结构,于是根据形态给它起了个名字叫做冠状病毒(coronavirus)。新型冠状病毒可能的传播循环途径
南开大学 2021-04-10
RNA修饰m6A单基因单碱基检测新技术
( i )能够阻碍 DNA 聚合酶在反转录过程的单碱基延伸;( ii )能够降低缺口连接酶的连接效率。 SELECT 方法采用荧光定量 PCR 的方法进行定量。结合方法优化,发展了 SELECT 方法的 3 个应用实例:( i )在生物学样本总 RNA 或总 mRNA 中检测 mRNA 或 lncRNA 上单位点是否含有 m6A 修饰;( ii )检测生物学样本中特定 m6A 位点的修饰比例;( iii )鉴定 m6A 甲基转移酶或去甲基酶的生理作用靶点。 SELECT 方法不仅简化了生物学样品中 m6A 修饰的检测过程,实现低丰度 RNA 中 m6A 单碱基分辨率的检测,还能够应用于其他 RNA 化学修饰的检测中,例如 N1- 甲基腺嘌呤( N1-methyladenosine , m1A )和 2’-O- 甲基化修饰( 2’-O-methylation , Nm) 等。
北京大学 2021-04-11
新冠病毒口服疫苗
2020年2月25日,天津大学生命科学学院黄金海教授团队成功研发出新型冠状病毒口服疫苗,该疫苗以食品级安全酿酒酵母为载体,以新型冠状病毒S蛋白为靶点产生抗体。黄金海教授本人已经4倍量口服新冠疫苗样品,无任何副反应。目前科研团队正在寻求合作方,希望能推动疫苗早日走向临床,为疫情防控发挥作用。新型冠状病毒S蛋白(Spike protein,刺突蛋白)可与宿主细胞的病毒受体结合,是决定病毒入侵易感细胞的关键蛋白,也是开发预防或治疗用新型冠状病毒疫苗与药物的关键靶点。疫情爆发后,黄金海团队日夜奋战迅速设计制定了稳定表达COVID-19病毒S蛋白保护性抗原RBD-FP域疫苗菌株的研发方案。该疫苗,应用食品级安全酵母作为宿主研制生物防治制剂,通过口服途径免疫,具有激发局部黏膜免疫、调节机体免疫稳态,使用方便,安全性好、产能迅速等优势。目前,团队已完成了重组菌株构建、筛选,蛋白表达、发酵动力学等核心技术开发内容,并制备了少量胶囊、奶片、颗粒剂口服防治制剂样品。据黄教授介绍,该疫苗,除表达的病毒外源基因外,表达元件全部为酿酒酵母自身基因片段,不含外源抗性基因。新型冠状病毒疫苗制剂通过高表达新冠病毒保护性抗原,一方面可作为病毒感染的竞争性治疗制剂,也可通过激活黏膜免疫的疫苗机制,发挥预防性抗感染功能。其安全性、免疫方式、成本节约等优势突出,特别适用于应急性、无常规疫苗的烈性病防控。
天津大学 2021-04-10
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