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西安交大科研人员开发微卫星不稳定性检测新方法,助力肿瘤精准检测
微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, 简称MSI)是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型,多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。微卫星不稳定性与肿瘤的发生、发展,治疗方案制定及治疗效果预测相关,更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前,临床上使用的两种微卫星不稳定性检测的金标准方法:MSI-PCR和MSI-IHC,都需要专业技术人员通过实验操作来完成,均费时费力且成本较高。近年来,随着高通量测序(Next Generation Sequencing)的发展,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方法开始显露头角,在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下,极大的缩减了检测时间并减少了检测成本,大幅提高了推广微卫星不稳定性检测的可行性。2014年,西安交大叶凯教授团队率先开发了基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方案——MSIsensor。2017年该检测方案作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的微卫星不稳定性计算方法,通过了美国食品药品监督管理局的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心测试表明,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测与金标准的一致性可达99.4%。然而,微卫星不稳定性检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面,这一份正常对照样本限制了微卫星不稳定性的应用场景,尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况;另一方面,额外的对照样本增加了微卫星不稳定性的检测成本。基于上述原因,在叶凯指导下,叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索,从微卫星不稳定性发生机理出发,通过数学模型抽象,从单个肿瘤样本中提取特征,开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的微卫星不稳定性检测,只需50个微卫星位点的测序数据即可实现微卫星不稳定性的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了微卫星不稳定性的应用范围,减低了微卫星不稳定性检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。 该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(影响因子6.597)上。叶凯的博士生贾鹏为该论文的第一作者,叶凯为通讯作者,西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。论文链接为:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
西安交通大学 2021-04-10
【新闻动态】重庆大学四项成果获2019高校科研优秀成果奖(科学技术)
重庆大学共有4项获奖项目。其中牵头3项,包含科技进步一等奖1项,自然科学二等奖1项,科技进步二等奖1项。同时我校作为参研单位获科技进步二等奖1项。
重庆大学 2019-12-25
怀进鹏:推动高校和企业“双向奔赴”,促进高校科研成果高水平创造、高效率转化
必须深入实施科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略,统筹推进教育科技人才体制机制一体改革,健全新型举国体制,提升国家创新体系整体效能。”为了深入学习领会党的二十届三中全会精神,人民日报记者采访了教育部党组书记、部长怀进鹏。
人民日报 2024-08-08
我国科学家在围着床期动物胚胎细胞谱系分离调控研究方面取得新进展
围产期胚胎的发育调控一直是发育生物学的“黑匣子”问题,近日,华中农业大学科研团队在《Autophagy》杂志上发表题为“ATG7-mediatedautophagyfacilitatesembryonicstemcellexitfromnaivepluripotencyandmarkscommitmenttodifferentiation”的研究论文,阐述了围着床期胚胎谱系分离中选择性自噬与细胞命运决定的调控机制。
科技部生物中心 2022-04-04
我国学者与海外合作者在中国旱区生态系统阈值研究方面取得进展
在国家自然科学基金项目(批准号:41991235)等资助下,北京师范大学地理科学学部傅伯杰院士团队与国外合作者在中国旱区生态系统阈值研究方面取得进展。研究成果以“干旱和放牧共同作用下的中国旱区生态系统阈值(Climate-driven ecological thresholds in China’s drylands modulated by grazing)”为题,于2023年7月31日在线发表于《自然·可持续性》(Nature Sustainability)期刊上,论文链接:https://www.nature.com/articles/s41893-023-01187-5。
地球科学部 2023-08-16
化学与药学院裴志超教授团队在循环肿瘤细胞检测领域取得新进展
近日,化学与药学院裴志超教授团队在循环肿瘤细胞检测领域取得新进展,研究成果以“AGLUTs/GSHcascadetargeting-responsivebioprobeforthedetectionofcirculatingtumorcells”为题,发表于国际著名化学期刊ChemicalCommunications上。博士研究生王毅为论文的第一作者,裴玉新教授为通讯作者。
西北农林科技大学 2022-07-11
中国科学技术大学在巢湖淡水噬藻体组学研究中取得新进展
中国科学技术大学生命科学与医学部周丛照教授课题组,从巢湖成功分离五株侵染伪鱼腥藻Chao1806的噬藻体Pam1~Pam5。
中国科学技术大学 2022-09-02
中国科学技术大学气溶胶辅助生物合成高性能复合材料取得新进展
近年来,随着纳米技术的不断发展,聚合物基纳米复合材料由于其优异的力学性能和功能性在材料领域发挥着越来越重要的作用。然而,如何实现聚合物基纳米复合材料的高效、大规模、绿色环保、可持续且高度可控的制备仍然是一个世界难题。然而,对微生物辅助复合材料制备过程的探索有望为该问题提供一种全新的解决方案。
中国科学技术大学 2022-07-11
华中师范大学刘双乾教授在偏微分方程领域取得新进展
近日,数学与统计学学院刘双乾教授与香港城市大学杨彤教授、香港中文大学段仁军教授合作的论文The Boltzmann equation for plane Couette flow(DOI:10.48550/arXiv.2107.02458)被知名数学期刊Journal of the European Mathematical Society接受发表,刘双乾教授为该论文的通讯作者,这也是我校首次在此期刊接受发表论文。
华中师范大学 2022-10-11
中国科大在受热考古材料释光测年技术研究中取得最新进展
在规范采样及针对性测试条件下,释光测年技术应用在埋藏陶器、烧土类考古受热材料的年代学研究中具有高准确度的优势,并有望确定最后一次考古受热事件(如祭祀、焚烧、烹煮等)的高精度年代。
中国科学技术大学 2022-06-02
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