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西安交大科研人员开发微卫星不稳定性检测新方法,助力肿瘤精准检测
微卫星不稳定性(Microsatellite Instability, 简称MSI)是目前肿瘤临床检测中一种非常重要的分子表型,多发生于结直肠癌、胃癌、和子宫内膜癌。微卫星不稳定性与肿瘤的发生、发展,治疗方案制定及治疗效果预测相关,更是肿瘤免疫治疗疗效预测的重要分子标记物。当前,临床上使用的两种微卫星不稳定性检测的金标准方法:MSI-PCR和MSI-IHC,都需要专业技术人员通过实验操作来完成,均费时费力且成本较高。近年来,随着高通量测序(Next Generation Sequencing)的发展,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方法开始显露头角,在检测结果与两种临床金标准保持高度一致的情况下,极大的缩减了检测时间并减少了检测成本,大幅提高了推广微卫星不稳定性检测的可行性。2014年,西安交大叶凯教授团队率先开发了基于高通量测序的微卫星不稳定性检测方案——MSIsensor。2017年该检测方案作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的微卫星不稳定性计算方法,通过了美国食品药品监督管理局的严格测试并获得批准。美国纪念斯隆凯特琳癌症中心测试表明,基于高通量测序的微卫星不稳定性检测与金标准的一致性可达99.4%。然而,微卫星不稳定性检测方案大都要求提供病人的癌症组织样本及一份取自血液或者癌症组织附近的正常样本。一方面,这一份正常对照样本限制了微卫星不稳定性的应用场景,尤其难以应用于血癌样本、福尔马林包埋样本、PDX/PDO等不易获得正常对照样本的情况;另一方面,额外的对照样本增加了微卫星不稳定性的检测成本。基于上述原因,在叶凯指导下,叶凯青年科学家工作室科研人员经过两年的探索,从微卫星不稳定性发生机理出发,通过数学模型抽象,从单个肿瘤样本中提取特征,开发了MSIsensor-pro。MSIsensor-pro实现不依赖正常对照样本的微卫星不稳定性检测,只需50个微卫星位点的测序数据即可实现微卫星不稳定性的精准检测。MSIsensor-pro的开发扩大了微卫星不稳定性的应用范围,减低了微卫星不稳定性检测的成本。同时MSIsensor-pro在低肿瘤纯度和低测序深度这类低信噪比数据中也显示出来很大的潜力。 该研究成果近期发表在国际组学和生物信息学领域权威期刊《基因组蛋白质组与生物信息学报》(影响因子6.597)上。叶凯的博士生贾鹏为该论文的第一作者,叶凯为通讯作者,西安交通大学为本文唯一通讯作者单位。这是叶凯教授课题组在基因组暗物质解析方面的又一重要突破。论文链接为:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022920300218
西安交通大学 2021-04-10
兰州大学科研团队在祁连山未来气候变化预估研究方面取得新进展
兰州大学资源环境学院,西部教育部重点实验室勾晓华教授团队利用“协调区域气候降尺度试验”CORDEX-CORE框架中使用的德国区域气候模式REMO在三个不同CMIP5全球气候模式驱动下生成的25km分辨率的模拟数据集,基于观测资料对区域气候模式在历史时期1971—2000年的模拟性能进行评估的基础上,预估了祁连山地区2011—2100年在RCP2.6和RCP8.5情景下年平均和季节气温和降水的变化。
兰州大学 2022-06-15
【新闻动态】重庆大学四项成果获2019高校科研优秀成果奖(科学技术)
重庆大学共有4项获奖项目。其中牵头3项,包含科技进步一等奖1项,自然科学二等奖1项,科技进步二等奖1项。同时我校作为参研单位获科技进步二等奖1项。
重庆大学 2019-12-25
怀进鹏:推动高校和企业“双向奔赴”,促进高校科研成果高水平创造、高效率转化
必须深入实施科教兴国战略、人才强国战略、创新驱动发展战略,统筹推进教育科技人才体制机制一体改革,健全新型举国体制,提升国家创新体系整体效能。”为了深入学习领会党的二十届三中全会精神,人民日报记者采访了教育部党组书记、部长怀进鹏。
人民日报 2024-08-08
科技部公开通报又一批高校医学科研诚信案件调查处理结果
5月24日,科技部公开通报“部分高校医学科研诚信案件调查处理结果情况汇总”。其中,包含终身取消科技计划项目申报资格、取消评审专家等资格9年、取消职称晋升资格2年等措施。
科技部 2022-05-25
厦门大学医学院眼科研究所团队发现睡眠不足会影响角膜上皮干细胞
睡眠不足的人基本都有眼部不适的体验,刘祖国教授、李炜教授团队近5年来关注睡眠不足引起的眼部病变,发现睡眠不足导致眼表和泪液系统功能障碍,产生干眼,并阐明了其中的分子机制,同时在睡眠相关性眼表病变的治疗方面进行了有益探索。
厦门大学 2022-06-15
西湖大学科研团队揭示核孔复合物胞质环的高分辨率冷冻电镜结构
核孔复合物(nuclearporecomplex,NPC)是真核细胞的核膜上负责物质双向运输的唯一通道,同时也是真核细胞中最庞大、最复杂的分子机器之一。其功能异常与包括癌症在内的多种疾病的发生相关。
西湖大学 2022-07-07
西安交通大学科研人员在强场量子电动力学物理领域取得重要进展
近年来,超强激光技术的迅速发展,尤其是10-100PW超强激光时代的到来,为量子电动力学(QED)的理论验证提供了前所未有的极端实验条件。
西安交通大学 2022-05-09
2022年度国家社科基金重大项目立项名单公布
经专家评审、社会公示并报全国哲学社会科学工作领导小组批准,现将2022年度国家社科基金重大项目立项名单予以公布。今年公示的拟立项课题为340项,有2项暂缓立项,现公布立项课题为338项。
全国哲学社会科学工作办公室 2022-12-12
2022年度河南省科学技术奖授奖建议项目公示
2022年度河南省科学技术奖评审工作已经结束,共评出省自然科学奖、省技术发明奖、省科学技术进步奖授奖建议项目310项。
河南省科技厅 2022-10-09
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