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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题 癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一,基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性,对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义,而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析,还面临很多挑战。 肿瘤样本具有其独有的特点,在样本制备和单细胞分离过程中,其细胞应激反应大、坏死细胞多,为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战; 肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题,比如复杂的微环境和高度的异质性,而如何充分考虑这些难点,并从信息学的视角进行深入研究,有待建立全面、自动的分析框架; 肿瘤单细胞数据的分析,对科研人员的编程能力和分析经验要求很高,亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛,提高研究的效率。 2.解决方案 本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括: 1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题,提出了全面、精细的数据质量控制方案; 2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程(数据标准化、降维、聚类、差异表达分析); 3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法; 4)从重要表型(细胞周期、干性)、基因集(已知的和潜在的)两方面深度解析了肿瘤内部的异质性; 5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法; 6)构建了自动化、智能化分析的软件平台,能够自动生成全面、直观的分析报告。 基于本项成果产生的产品、服务或解决方案: 1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer; 2)针对软件使用和分析结果解读的服务; 3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。 3、合作需求 团队要求:合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验,能为本项目的应用与落地提供条件; 资金需求:合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学 2022-08-30
乙型肝炎病毒特异性T细胞检测试剂盒
利用已经进行功能验证的、被各种HLA-I类分子提呈的100余种HBV抗原肽,对乙型肝炎患者进行HBV特异性T细胞免疫功能状态的检测,为监测疾病进展、判断预后转归、评价药物疗效、预测复发以及评价疫苗效果等提供全新的实验室指标。目前HBV的诊断和疗效观察主要是乙肝两对半和HBV DNA定量检测。这些指标可以监测病毒复制增殖和体液免疫反应,但不能反映患者在抗病毒感染中起更重要作用的特异性T细胞免疫功能状态。本试剂盒目前在国内外市场上没有同类竞争者。
东南大学 2021-04-13
技术需求:用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别
一、用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别 1.本公司研发一款试剂是用于检测人类白细胞表面抗原(HLA)基因型别的。2.该试剂可检测HLA的A/B/C/DR/DQ位点的,采用PCR-SSP法,检测一人份共计需扩增112孔。引物是预先包埋在96孔板上。3.生产试剂后需要对112孔进行质检,确保每个孔的引物配制无误且能完成有效扩增。所以,质检时需要有已知型别的DNA样本进行试剂验证。4.现在产品质检存在以下问题:1.没有充足的DNA样本来源(仅为小体积血样提取的DNA,一次质检后就用完);2.没有大体积血样或细胞提取高浓度DNA的方法;3.罕见型别DNA样本很难筛选到。 二、研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方 支气管肺泡灌洗液样本中有大量黏液,影响镜检检验。针对此点,拟研制具有消化黏液、保留有形成分形态及灭活功能的预处理液试剂配方。同时,将该试剂与一次性无菌标本收集器组合于一体,实现不用打开标本收集器盖子就完成预处理步骤,简化检验流程,降低生物安全风险。 三、研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色体 研制针对肺孢子菌、隐球菌、曲霉、寄生虫等病原微生物的组合型染色液。该试剂盒拟申报体外诊断试剂二类注册证,产品开发需要整合微生物、医学检验、材料、化学、机械、软件等多学科的专业科研团队,形成相关关键技术来搭建病原微生物形态学检测平台。
江西业力医疗器械有限公司 2021-11-01
27位点单泛素分子降低树突状细胞免疫功能的方法
27位点单泛素分子降低树突状细胞免疫功能的方法,涉及基因工程技术领域。27位点单泛素分子是只保留27位赖氨酸的泛素分子,从小鼠骨髓中分离得到树突状细胞,用27位点单泛素分子预处理骨髓来源树突状细胞,再进行体外过继免疫,最后进行酶联免疫斑点实验和流式细胞术实验。实验证明,处理后的树突状细胞抗原提呈能力明显降低,其抗原特异性CTL诱生能力也降低;27位点单泛素分子可降低树突状细胞转输受体内淋巴细胞产生IFN‑γ、穿孔素、颗粒酶B的能力。27位点单泛素分子抑制转输受体脾细胞产生穿孔素和颗粒酶B由溶酶体途径实现。
厦门大学 2021-01-12
SCIENTZ08-IIIC非接触式超声波细胞粉碎机
产品说明 非接触式超声波粉碎机也叫杯式超声破碎仪,可在密闭容器、无菌、可超微量条件下进行破碎。相比传统的探头超声波细胞粉碎机,该仪器具有一次可同时检测多个样品、实验效率高、无需频繁操作探头、避免样本交叉污染等优势。仪器标配低温恒温装置(可根据客户需要选择不同型号),便于样品在4-10℃环境内工作,使能量分布均匀,超声作用 完全。逐渐成为ChIP(染色质免疫共沉淀)和DNA剪切研究平台不可缺少的标准化工具。
宁波新芝生物科技股份有限公司 2021-12-08
一个新的上皮性肿瘤干细胞特异表达的唾液酸化IgG作为上皮性肿瘤细胞共有靶点在肿瘤免疫治疗中的应用
目前,随着肿瘤免疫治疗的快速发展,恶性肿瘤的治疗已经逐渐由传统外科手术、化疗、放疗等破坏性治疗转向微创介入及无创性免疫治疗时代。肿瘤免疫治疗的模式旨在不伤害正常组织细胞,对肿瘤细胞实现精准杀伤,其中包括利用治疗性抗体及免疫细胞(如CART及TCRT细胞)靶向肿瘤特异性抗原,实现特异性杀伤,即过继免疫疗法;以及利用肿瘤疫苗激活体内免疫细胞的杀伤效应或阻断肿瘤患者免疫细胞上特有的免疫抑制信号转导(如PD-1/PD-L1),以解除肿瘤患者免疫细胞的免疫无能状态,即主动免疫疗法。可见无论是过继免疫还是主动免疫治疗都严格依赖特异性的肿瘤靶点分子及特异性免疫调控分子。然而,目前肿瘤免疫治疗领域的最大挑战之一是缺乏新的肿瘤靶点及免疫调控分子。 北京大学基础医学院免疫学邱晓彦课题组,从30年前的偶然发现开始,追踪至今,已经证明原本作为重要免疫分子的免疫球蛋白(Immunoglobulin, Ig)在多种恶性肿瘤细胞中大量表达,促进肿瘤的发生及转移。近期的研究发现上皮谱系来源的肿瘤(90%肿瘤属于上皮性肿瘤)普遍表达一种异常唾液酸化IgG, 其唾液酸修饰发生在IgG Fab上一个新的N-糖基化位点, 而在正常组织细胞及B细胞来源的IgG很少或没有这种修饰。重要的是,异常唾液酸化IgG主要表达在上皮来源的肿瘤干/祖细胞上,其表达水平直接涉及肿瘤发生、转移、肿瘤的化疗耐药及不良预后。用特异性识别该唾液酸相关表位的中和抗体,可明显抑制肿瘤生长(包括PDX模型)。提示异常唾液酸化IgG是上皮性肿瘤细胞潜在的共同靶点,尤其是其高表达在肿瘤干/祖细胞上,可能是更理想的肿瘤治疗靶点。目前,该靶点已经获得国家知识产权专利保护(201510776518.9),国际专利正在审批中。
北京大学 2021-02-01
家蚕国重徐汉福教授课题组揭示单细胞分辨率下家蚕丝腺全细胞异质性和基因转录动态图谱
丝蛋白是大自然赋予人类的一种天然可再生蛋白资源,具有优异的力学性能、生物相容性以及生物可降解性等特点,开发利用价值巨大。地球上已知能够产丝的生物超过十万种,其中包括人们熟知的蚕类、蜘蛛、蚂蚁等。
西南大学 2022-07-11
一个新的上皮性肿瘤干细胞特异表达的唾液酸化IgG作为上皮性肿瘤细胞共有靶点在肿瘤免疫治疗中的应用
项目简介目前,随着肿瘤免疫治疗的快速发展,恶性肿瘤的治疗已经逐渐由传统外科手术、化疗、放疗等破坏性治疗转向微创介入及无创性免疫治疗时代。肿瘤免疫治疗的模式旨在不伤害正常组织细胞,对肿瘤细胞实现精准杀伤,其中包括利用治疗性抗体及免疫细胞(如CART及TCRT细胞)靶向肿瘤特异性抗原,实现特异性杀伤,即过继免疫疗法;以及利用肿瘤疫苗激活体内免疫细胞的杀伤效应或阻断肿瘤患者免疫细胞上特有的免疫抑制信号转导(如PD-1/PD-L1),以解除肿瘤患者免疫细胞的免疫无能状态,即主动免疫疗法。可见无论是过继免疫还是主动免疫治疗都严格依赖特异性的肿瘤靶点分子及特异性免疫调控分子。然而,目前肿瘤免疫治疗领域的最大挑战之一是缺乏新的肿瘤靶点及免疫调控分子。北京大学基础医学院免疫学邱晓彦课题组,从30年前的偶然发现开始,追踪至今,已经证明原本作为重要免疫分子的免疫球蛋白(Immunoglobulin,Ig)在多种恶性肿瘤细胞中大量表达,促进肿瘤的发生及转移。近期的研究发现上皮谱系来源的肿瘤(90%肿瘤属于上皮性肿瘤)普遍表达一种异常唾液酸化IgG, 其唾液酸修饰发生在IgG Fab上一个新的N-糖基化位点, 而在正常组织细胞及B细胞来源的IgG很少或没有这种修饰。重要的是,异常唾液酸化IgG主要表达在上皮来源的肿瘤干/祖细胞上,其表达水平直接涉及肿瘤发生、转移、肿瘤的化疗耐药及不良预后。用特异性识别该唾液酸相关表位的中和抗体,可明显抑制肿瘤生长(包括PDX模型)。提示异常唾液酸化IgG是上皮性肿瘤细胞潜在的共同靶点,尤其是其高表达在肿瘤干/祖细胞上,可能是更理想的肿瘤治疗靶点。目前,该靶点已经获得国家知识产权专利保护(201510776518.9),国际专利正在审批中。
北京大学 2021-04-13
压缩机全生命周期管理系统
本项目提供压缩机全生命周期管理系统,建立模块化、集成化数据环境,面向于往复压缩机、隔膜压缩机,服务于石油化工、加氢站、储气库、船舶动力等行业主要包括: 设计规划阶段——压缩机整体方案设计,压缩机结构形式设计,核心部件材料遴选分析,启/停流程设计,安全控制策略设计等; 运行工作阶段——压缩机运行数据实时采集、远程动态展示,核心部件状态监测与故障诊断,监测诊断一体式/分体式硬件与软件系统开发; 检修维护阶段——零部件维修预警、寿命预测,可视化维修方案、维修模型、维修视频,压缩机及其辅助系统、零备件信息数字化管理平台。 关键技术一:压缩机性能计算技术与选型设计技术 基于 Windows 平台,遵循结构化、模块化原则,采用 QT 框架、C++语言编制交互设计软件,可实现往复压缩机物性计算、热力计算、动力计算、设计校核复算、平衡计算、产品系列化自动匹配、多工况计算七项功能于一体,可实现往复压缩机机组设计计算、选型、零部件管理一体化功能。现阶段已授权发明专利 1 项,软件著作权 1 项。 关键技术二:压缩机状态监测与故障诊断技术及设备 针对压缩机核心零部件构建相应状态监测方案与故障诊断方法,包括:①集成气缸内热力过程特征和阀片声发射信号的诊断方法,基于气阀声发射信号获得气阀故障的特征参数和反映故障程度的量化指标,诊断不同类型气阀故障;②基于活塞杆应变重构 pV 图方法的往复压缩机气阀无损故障诊断方法,基于活塞杆应变重构压力-容积图(p-V图)的无损监测方法,为传统侵入式方法破坏气缸完整性带来安全隐患的问题提供解决方案;③十字头销磨损、活塞杆松动的故障诊断方法,对不同程度十字头销磨损、活塞杆松动故障进行模拟试验,对比时频域分析研究十字头销磨损、活塞杆松动的故障机理、声发射信号和振动信号特征,提取故障特征识别故障程度;④基于压缩机内油-气压力“伴随”关系,国内外首次提出了集成声发射与油-气压无损监测的隔膜压缩机状态监测新方法,进一步根据油-气压力“伴随”关系的失调追溯故障根源;⑤基于增量式编码器的往复压缩机轴系扭振测试方法,基于增量式编码器构建了往复式压缩机扭振测试系统,为传统方法在现场实际应用时难于实施提出解决方案;⑥压缩机气流脉动和振动模态分析技术,隔振结构设计、管路结构设计,提供机组振动测试、诊断以及改进方案。 本项关键技术现阶段已授权国内发明专利 4 项,申请国际专利 2 项、国内发明专利10 项;应用于中海油海洋平台天然气压缩机;开发压缩机故障诊断仪,已在某加氢站压缩机调试中成功检测出气阀泄漏、膜片运动失效、活塞环磨损、溢油阀阀芯磨损等严重故障。 关键技术三:压缩机数据共享与健康管理云平台 构建压缩机及其辅助系统、零备件信息数字化管理平台;构建压缩机热力-动力-应力-寿命分析模块,集成监测数据评价机组运行状态;基于故障诊断技术,建立机组现场监测数据与健康/故障状态信息实时共享平台,打破机组现场与远程管理者之间的技术壁垒;实现压缩机核心部件维修预警、寿命预测,交互 GUI 界面集成可视化压缩机维修维保手册、指导视频、三维模型;压缩机全生命周期管理,显著提高运维效率和管理水平。
西安交通大学 2025-02-08
基因新发突变类精神疾病诊疗系统
        我国精神疾病发病率高且增长趋势明显,是我国推进国民大健康战略所面临的巨大挑战。然而当前精神疾病临床诊断缺乏发病机制的依据,主要以临床表型为指标。多数精神疾病的发病原因与人体基因新发突变相关,这种不在父代而仅在子代发生的基因变异对精神疾病的临床诊疗极具重要性。         研发团队建立了从患者新发突变基因组学到转录组、蛋白组学的完整生物组学发病机制临床辅助诊断系统,填补了精神疾病临床诊断的组学机制评价空白,系统自动生成辅助诊断报告和用药风险分析,具有显著的临床应用价值,符合领域发展的国际行业趋势,具有巨大的市场推广潜力。         意向开展成果转化的前提条件:中试放大及产业化工艺开发资金支持
东北师范大学 2025-05-16
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