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一种肿瘤单细胞转录组数据处理方法与软件
1.痛点问题 癌症是目前严重威胁人类生命健康的疾病之一,基于单细胞测序技术研究肿瘤的微环境和异质性,对于理解肿瘤的机制、优化肿瘤的用药方案具有重要意义,而如何对肿瘤单细胞数据进行全面深入的分析,还面临很多挑战。 肿瘤样本具有其独有的特点,在样本制备和单细胞分离过程中,其细胞应激反应大、坏死细胞多,为肿瘤单细胞数据的质量控制带来了挑战; 肿瘤单细胞数据分析有其独有的核心问题,比如复杂的微环境和高度的异质性,而如何充分考虑这些难点,并从信息学的视角进行深入研究,有待建立全面、自动的分析框架; 肿瘤单细胞数据的分析,对科研人员的编程能力和分析经验要求很高,亟需自动化、智能化的软件平台来降低数据分析的门槛,提高研究的效率。 2.解决方案 本项目围绕肿瘤单细胞转录组数据成果的技术核心点包括: 1)针对肿瘤单细胞实验过程中应激反应大、坏死细胞多的问题,提出了全面、精细的数据质量控制方案; 2)涵盖了常规的单细胞数据分析流程(数据标准化、降维、聚类、差异表达分析); 3)创新了肿瘤微环境细胞类型辨识和细胞恶性估计等方面的研究方法; 4)从重要表型(细胞周期、干性)、基因集(已知的和潜在的)两方面深度解析了肿瘤内部的异质性; 5)提出了考虑肿瘤间异质性的批次效应校正方法; 6)构建了自动化、智能化分析的软件平台,能够自动生成全面、直观的分析报告。 基于本项成果产生的产品、服务或解决方案: 1)自动化、集成式的肿瘤单细胞转录组数据分析软件scCancer; 2)针对软件使用和分析结果解读的服务; 3)针对更个性化数据分析需求的咨询与服务。 3、合作需求 团队要求:合作方和团队需要对肿瘤单细胞测序方面有较多的实践经验,能为本项目的应用与落地提供条件; 资金需求:合作方可为团队提供资金支持项目的维护与更新。
清华大学 2022-08-30
β-咔啉类生物碱及其在制备抗肿瘤药物中的应用
细胞周期蛋白依赖性激酶(CDKs)是一类丝氨酸(Ser)/苏氨酸(Thr) 激酶,其分子量约为 35-40kD,最早发现于裂殖酵母菌和栗酒酵母菌, 其中基因序列的同源性超过 40%并被命名为 Cdc28 和 Cdc2。在哺乳 动物中,已发现 10 个成员,Cdc2(CDK1),CDK2-10。CDKs 在细胞 周期调控网络中处于中心地位。普遍认为 CDKs 中的 CDK2、CDK4 和 CDK6 与肿瘤发生密切相关,在肿瘤细胞中常
兰州大学 2021-04-14
一种抑制 ras 原癌基因过表达的抗肿瘤药物
生脉散是中医千古名方,首载于金代医家张元素所著《医学启 源·卷下》―麦门冬‖条内;内外伤辨惑论及医方考中也有记载。由 人 参、麦冬、五味子组成,意在取―人参之甘补气,麦门(即麦冬) 苦寒 泻热补水之源,五味子之酸清肃燥金‖。 生脉散最早用于治疗暑热汗多,气阴两伤之证,表现为汗多、身 疲、体倦、气短、咽干、脉虚等症状。古代医家也用于金叶耗伤,脉 微欲绝等症状,又用作气阴两虚病人的补益剂。此方经过几百年的长
兰州大学 2021-04-14
西安交大科研人员在肿瘤药物研究方面取得新进展
肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)是最常见的原发性肝脏恶性肿瘤,其发病率高且极易转移复发,严重影响人类健康。传统药物治疗存在毒副作用大、多药耐药等问题,因此亟需寻找新的作用靶点和药物。研究发现,多形性腺瘤基因样蛋白2(pleomorphic adenoma gene like-2,PLAGL2)与肿瘤侵袭转移、耐药以及不良预后等密切相关。
西安交通大学 2021-09-23
靶向鞘氨醇转运受体(SPNS2)的抗肿瘤药物开发
磷酸鞘氨醇转运蛋白(Spns2)是磷酸鞘氨醇转运过程中的关键蛋白,多项研究表明,Spns2 在肿瘤转移过程中发挥着重要作用,是抗肿瘤转移药物开发的新型靶点,国内外尚未有以该靶点开发的药物上市。具有较大的市场机遇。 本项目组前期研究中筛选出了一系列 Spns2 抑制剂,发现候选药物 S1P-A1 对肿瘤转移具有很好的抑制作用。体外研究结果显示其对乳腺癌,结肠癌等肿瘤细胞的转移具有很好的抑制作用,对部分细胞的 IC50 小于 1µM,体内实验结果显示其对黑色素瘤、乳腺癌、肝癌的肺转移抑制率可达 90%以上,显著延长模型小鼠的生存期,有望开发为抗肿瘤转移的 1 类化药新药。 目前该药的成药性评价工作已经基本完成,该药成药性良好。药学研究工作包括药物的结构确证、质量研究、加速稳定性及长期稳定性研究工作已经完成;药代动力学研究已经完成,初步获得了药物的药-时曲线,达峰时间及达峰浓度;药物制剂研究工作基本完成,药物可以制备成口服片剂、胶囊剂、散剂、注射剂等;药物的安全性评价预实验已经完成,该药对成年大鼠无明显毒性。该项目后期将进一步对候选药物 S1P-A1 进行临床前研究,按照 CFDA 的要求,完成正式的药效学实验及药学研究,药代研究和安全性评价试验,最终申报临床试验批件。 预期产生的经济效益: 临床肿瘤病人的死亡 90%是由于肿瘤转移引起的,肿瘤的术后转移亦是临床常见现象。目前抗肿瘤转移药物疗效并不理想,而且毒副作用较大。抗肿瘤转移药物的市场潜力巨大,该药若能开发成功将可以填补抗肿瘤转移药物缺乏的市场空白。 合作方式及条件: 希望进行专利转让,或者与投资者共同开发,申报临床试验批件,并进行临床研究。
南开大学 2021-04-13
JACS |林爱俊/姚和权团队发表不对称连续氢胺化研究最新成果
6月10日,著名期刊《JournaloftheAmericanChemicalSociety》(IF:15.419)在线发表了我校药学院林爱俊/姚和权团队题为“Palladium-CatalyzedAsymmetricSequentialHydroaminationof1,3-Enynes:EnantioselectiveSynthesesofChiralImidazolidinones”最新科研成果。
中国药科大学 2022-07-11
人工智能教学实验平台---边缘智联网(eAIOT)综合实验平台
边缘智联网(edge+AI+IOT=eAIOT)综合实验平台是一款集成物联网、嵌入式、移动互联技术、人工智能于一体的高端教学科研实验平台。 整个教学平台包括物联网、嵌入式Linux和人工智能(AI),三个部分互相支撑、互为补充。平台采用多核高性能 AI 处理器,预装 Ubuntu Linux 操作系统与OpenCV计算机视觉库,支持TensorFlow Lite、NCNN、MNN、Paddle-Lite、MACE等深度学习端侧推理框架。 实验平台支持图像处理、语音处理、无线通信、传感器原理、RFID等技术的主流算法及应用。提供完整的配套教学教材,实训案例的源码、开发手册等,满足AI和IOT教学实训、应用开发等需求。 本项目实验平台搭载瑞芯微RK3399处理器,不少于9个无线传感器节点,配备11.6寸高清触摸屏、高清相机模块、7麦麦克风阵列和ODB接口。 硬件系统采用DC12V电源适配器安全统一供电,结构为上下两层一体化设计,上层紧固式安装实验所需硬件(非磁吸式安装),实验所需硬件均平铺安装在一整块底板上,下层收纳放置配套线材、配件等设备。 实验平台支持ZigBee、BLE、lorawan、nbiot、RFID等无线网络通信,支持无线传感器网络、物联网人工智能、嵌入式系统开发、RFID射频识别技术等课程实验。同时配备可私有云和公有云部署的“物联网云平台”,配合多种传感器模块,可完成基于物联网云平台的嵌入式无线传感器综合实验。本平台提供嵌入式深度学习框架Tengine,可完成人工智能实验,包含基于深度学习的目标检测实验、基于深度学习的人脸识别实验,可完成声纹识别门禁实验、AI语音智能家居实验、知识图谱和聊天机器人实验等人工智能实验。
江苏学蠡信息科技有限公司 2023-06-21
自主飞行器平台
机器人研究中心自主研制的自主飞行器平台,用于控制旋翼飞机,实现旋翼飞机的自我控制。目前,市场上现存的自主飞行器平台存在功能单一、移植性差、自我控制不稳定等问题。自主飞行器借助先进的控制理论技术,实现自主飞行器自主起降、悬停、避障等多种功能,在自主飞行器平台市场具有广阔的市场发展前景。 国内外对采用以遥控直升机为基础进行旋翼飞行器的全自主高机动飞行控制的研究必将继续推进,研究成果也会被更广泛应用。我们设计了一套完整的四旋翼自动控制系统。该系统不仅包括控制算法的设计,还包括传感器、控制板等相关硬件平台的实现。
电子科技大学 2021-04-10
智慧水利大数据平台
技术优势 智慧水利大数据平台项目成果包括- -套软件产品“水文与水库大坝安全监测大数据平台”和两类算法,即“水库入库流量预测算法”和“智能水库防洪调度算法”。 1)水文与水库大坝安全监测大数据平台:该平台基于传感器网络采集水库水文信息和大坝的各个核心区域的压力、位移、沉降等信息,基于大数据分析技术和可视化方法,设计实现了一种面向水库大坝安全监测的可视分析软件平台。 2)水库入库流量预测算法:水库入库流量预测是精细化水库调度的基础,现有的基于水文模型的库流量预测方法对流域的适应能力较弱,预测精度难以满足精细化调度的应用需求。该项目基于历史水文数据,采用深度学习技术,对水库的入库流量进行滚动预测。结合智能化的时间序列决策方法,能够实现对水库的智能化管理调度。 3)智能水库防洪调度算法:汛期的水库防洪调度是水库管理中面临的重要问题。该项目针对水库防洪调度中的上下游安全问题建立多目标优化模型,采用计算智能方法对模型求解获得精细化的水库防洪调度方案。与现有工程实践中基于规则的水库防洪调度不同,该方法不依赖于水利专家的经验,能够提供更加精细化的水库防洪调度方案。 智慧水利大数据平台——功能模块图 大坝安全检测指挥中心数据大屏——水库大坝一张图 系统主要功能模块
西安电子科技大学 2021-05-12
抗体药物设计平台算法
简介: 抗体药物是生物制药中复合增长率最高的,2019年全球研究抗体市场规模为34亿美元,预计在预测期内复合年增长率为6.2%。原研药二次改造获得成药性更好的药物分子(bio-better)是抗体和细胞因子药物研发的突破口。人工智能技术广泛应用在靶点筛选、分子进化、临床各阶段研究、产品上市后的活动中。 我们开发的智能抗体设计平台,包括 抗体序列注释分析、抗体翻译后修饰位点的预测、抗原线性表位预测、抗体结构的预测与优化、 抗体-抗原相互作用的预测、抗体分子的设计与改造。高效的完成抗体亲和力成熟、稳定性优化和人源化改造等。  优势: 1、研发成本节约3-5倍,时间节省5倍,筛选成功率提升6倍 2、可以帮助指导、设计实验,减少消耗,加快速度,提高准确率 3、计算方法已经得到了实验从正、反两方面的验证。 图1:深度学习算法预测蛋白质相互作用时界面氨基酸配对:成功率72.1% 图2:计算相互作用得到了实验从正、反两方面的验证
中国人民大学 2021-05-15
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