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基于新一代测序的生物信息云平台及其在科研和医疗健康领域的应用
1 项目简介本项目建立的生物云平台,以基于 Web 的方式提供服务,用户可以轻松快速获取服务,国内外普遍缺乏成熟的技术,标准和平台。我们首次把独具特色的机器学习模型预测算法与最新的高通量测序方法( non-polyA RNA-seq) 相结合。我们的研究对象为长链非编码 RNA( non-PolyA),目前国际上还很少有人通过高通量测序技术对疾病的 lncRNA 进行全面预测分析和功能分类。随着测序速度不断提高,测序成本不断降低,本项目将来可以发展为面向人民大众的个性化医疗服务的平台。 图 1 生物医学信息云平台的产业化方向 http://www.incrna.org图 2 生物医学信息云平台的应用程序一览 http://bioinfo.life.tsinghua.edu.cn/serve 本项目使用的核心技术“基于整合性生物信息云计算和新一代测序技术( incRNA) 的非编码基因组疾病(如癌症)检测技术平台”已经通过软件查新认证( 20121022044750914)。正在准备申请国家版权局软件著作权登记证书。2 效益分析( 1)随着新一代高通量测序技术的发展,生物信息数据爆炸式增长,数据解读成为生物医学研究和临床应用的巨大问题,我们团队依托清华大学生命学院鲁志实验室在生物信息学,尤其是在 lncRNA 领域的技术专长开发的云计算平台将为广大科研工作和和临床用户提供可靠的数据分析云服务,提高他们的科研效率,为科学的发展做出贡献。 ( 2)我们团队通过与中国人民解放军总医院,上海肝胆医院等十多家临床单位的合作,将为鉴定癌症的早期诊断和药物治疗提供新的靶点,这不仅会增强中国基础临床科学的发展,通过临床应用还会为病患者带来癌症早期诊断、健康管理等个性化医疗服务,这将具有广泛的社会效益。 ( 3)通过我们打造高通量测序数据分析云计算平台和开展以癌症早期检测为主要内容的个性化医疗服务,将为中国培养一批高水平的生物信息数据分析人才,这将增强中国在生物信息学方面的实力。
清华大学 2021-04-13
靶向肿瘤相关巨噬细胞CCL18及其受体PITPNM3治疗性小分子化合物和单克隆抗体的转化应用研究
课题组既往的研究以及本课题前期的实验结果提示肿瘤相关巨噬细胞大量分泌CC L 1 8,并鉴定了P ITPNM3是CCL18的功能性受体,其与乳腺肿瘤的恶性程度正相关,因此,CCL18及其受体P ITPNM3是导致乳腺癌转移的关键基因,也是进一步开展临床转化研究的关键靶点。研发能够靶向CCL18及其受体 PITPNM3的小分子化合物和单克隆抗体对于将来研发乳腺癌治疗的前体药物,改善乳腺癌的转归有重大意义。
中山大学 2021-04-11
南京大学化院燕红课题组在硼氢化反应快速构建聚集诱导发光分子库方面的研究工作取得新进展
聚集诱导发光(Aggregation-induced-emission, AIE)现象指的是分子在聚集态下光致发光远高于分散态下的光致发光现象,已经被广泛应用于各类发光材料的构筑中。
南京大学 2022-06-14
西北农林科技大学植物保护学院植物免疫研究团队揭示条锈菌富含甘氨酸/丝氨酸效应子抑制植物免疫反应的分子机理
该研究鉴定到一个新的小麦条锈菌富含甘氨酸/丝氨酸效应子PstGSRE4,揭示其通过靶向小麦抗病相关蛋白铜锌超氧化物歧化酶TaCZSOD2抑制植物免疫的分子机理。
西北农林科技大学 2022-10-13
西北农林科技大学植保学院作物病虫害监测与治理团队在小麦白粉病抗性的分子机制方面取得新进展
通过蛋白组测序揭示了小麦响应条锈菌和白粉菌侵染的异同,进一步解析了谷胱甘肽硫转移酶TaGSTU6通过与含胱硫醚β合酶(CBS)结构域的蛋白TaCBSX3互作正向调控小麦对白粉病的抗性,但对条锈病没有作用的分子机制。
西北农林科技大学 2022-10-13
厦门大学化学化工学院朱志教授等在微流控技术赋能识别分子的高效筛选研究取得新进展
近日,化学化工学院朱志教授和苏州大学丁鸿铭教授合作在识别分子筛选领域取得重要突破,相关成果以“Synergetic Collision and Space Separation in Microfluidic Chip for Efficient Affinity-Discriminated Molecular Selection”为题,发表于《美国国家科学院院刊》(Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,DOI:10.1073/pnas.2211538119)。
厦门大学 2022-10-12
关于召开应用型大学建设与区域经济社会发展论坛的通知
为加快推进应用型大学建设,推动产教深度融合,提升应用型人才培养质量,更好服务区域经济社会发展,经研究,中国高等教育学会决定举办“应用型大学建设与区域经济社会发展”论坛。该论坛是2021年5月21-23日在青岛举办的第56届中国高等教育博览会的组成部分。
中国高等教育学会 2021-04-19
关于召开应用型大学建设与区域经济社会发展论坛的通知
为加快推进应用型大学建设,推动产教深度融合,提升应用型人才培养质量,更好服务区域经济社会发展,经研究,中国高等教育学会决定举办“应用型大学建设与区域经济社会发展”论坛。该论坛是2021年5月21-23日在青岛举办的第56届中国高等教育博览会的组成部分。
中国高等教育学会 2021-04-19
一种季铵盐改性有机硅聚氨酯型海洋防污涂料及其制备方法和应用
本发明公开的季铵盐改性有机硅聚氨酯型海洋防污涂料,结构如式(1),式中为含有季铵盐侧链的有机硅软段,为异氰酸酯硬段。制备步骤包括:制备2,4,6-三(3-氯丙基)-2,4,6-三甲基-环三硅氧烷;制备1,3-双[3-(2,3-环氧丙氧基)丙基]-四甲基二硅氧烷;制备1,3-双[3-(1-甲氧基-2-羟基丙氧基)丙基]-四甲基二硅氧烷;制备双羟基封端氯丙基聚硅氧烷;制备含有季铵盐与羟基的聚硅氧烷化合物;将该化合物和异氰酸酯混合,再加入γ-氨丙基三乙氧基硅烷进行扩链得到预聚体,预聚体在空气中交联缩合。本发明结合了低表面能与毒杀的双重效果,不仅可以抑制海洋生物的吸附,还能通过季铵盐杀死吸附在船体表面的细菌式(1)。
浙江大学 2021-04-11
自主版权三维CAD和ERP软件在离散型中小企业的应用研究
研究领域(1)CAD/CAM及RPM相关技术:包括功能性梯度材料/生物医学材料计算机辅助设计以及快速原型和制造(RPM)相关技术及应用;(2)面向功能构件数字化制造的设计,网络制造技术,功能构件的拓扑优化设计理论与方法;(3)功能构件的多尺度建模、仿真分析与优化;(4)高速精密加工工艺及装备的动态精度设计:包括高速精密加工工艺系统动力学建模与仿真等。科研成果及简介科研成果:(1)国家自然科学基金项目(59505005),“数控加工自适应刀具轨迹规划及动力学行为的研究”.1996年1月~1998年12月。完成人:张大卫、黄田、倪雁冰、周立华、冯志勇、徐安平、阎兵。1998年12月结题,国际先进。(2)河北省科技攻关计划项目,“基于网络的新产品快速开发系统”. 完成人:檀润华、徐安平、段国林、梁艳红、张瑞红、刘力松、孙立新、苑彩云、曲云霞。2001年6月鉴定,国际先进。2002年获河北省科技进步三等奖。(3)河北省自然科学基金项目,基于汽车减振器新型数学模型的汽车乘座动力学系统参数设计.完成人:檀润华、吕维瑛、张瑞红、苑彩云、段国林、徐安平。2001年6月鉴定,国际先进。(4)河北省博士基金项目,汽车非线性乘座动力学专用仿真软件开发.完成人:檀润华、陈鹰、吕维瑛、张瑞红、苑彩云、段国林、徐安平。2001年6月鉴定,国际先进。(5)天津市自然科学基金项目,汽车非线性乘座动力学关键技术研究.完成人:檀润华、陈鹰、吕维瑛、张瑞红、苑彩云、段国林、徐安平。2001年6月鉴定,国际先进。(6)河北省自然基金项目(500050,5万),三维布局问题建模及其求解方法的研究.完成人:段国林、张健楠、蔡瑾、王彩红、何树田、徐安平、张满囤。2003年3月通过河北省科技厅鉴定,国际先进。(7)河北省教育厅计划项目(2000209,2万),二维不规则形状自动布局系统的研究开发.完成人:段国林、王彩红、徐安平、张健楠、张满囤、孟宪春。2003年3月通过河北省教育厅鉴定,国际先进)(8)国家教育部高等学校骨干教师资助项目,快速原型件网上订货系统研究.完成人:檀润华、梁艳红、段国林、苑彩云、张瑞红、徐安平、孙立新、刘力松、王永山。2000年1月——2001年12月。已结题。(9)天津市科委计划项目,“基于MDT环境的内嵌式RP数据处理软件的研制”.课题组成员:徐安平、檀润华、刘玉山、曲云霞、刘力松、陈青果、金艳丽。2001.1 ~ 2003.12.(1.5万),2003年6月18日天津市科委组织专家组对项目进行了总体验收。(10)天津市科委计划项目,“RP技术在新产品开发过程中的应用”.课题组成员:段国林、徐安平、刘力松。2001.1 ~ 2003.12.(5万),2003年6月18日天津市科委组织专家组对项目进行了总体验收。(11)河北省自然科学基金项目(500046),“数控环境下动态铣削过程物理仿真系统的研究与开发”.课题组成员:徐安平、曲云霞、阎兵、段国林、孙明达、李为民、刘玉山、金艳丽、陈青果。2000.3 ~ 2003.3. (3.5万),2003年7月20日河北省科技厅组织专家对项目进行了技术鉴定,国际先进水平。(12)河北省教育厅博士基金项目,“数控环境下动态铣削过程仿真系统的研究与开发”.课题组成员:徐安平、曲云霞、阎兵、段国林、孙明达、李为民、刘玉山、金艳丽、陈青果。2000.1 ~ 2003.3.(3.5万),2003年7月20日河北省科技厅组织专家对项目进行了技术鉴定,国际先进水平。(13)国家自然科学基金项目(50175025),“进化过程驱动的产品概念设计模型研究”.课题组成员:檀润华、段国林、徐安平、马建红、张瑞红、苑彩云、王永山、姜屏。2001~2003,(7万),2003年3月结题。(14)天津市自然科学基金项目(023603411),“组合夹具CAD中关键技术的研究”.课题组成员:段国林、丁银周、蔡瑾、徐安平、张满囤、李向东、李战委。2002.6 ~ 2004.6(6万),2005年7月3日天津市科委组织专家对项目进行了验收,国际先进。(15)河北省自然科学基金项目(502047),“组合夹具计算机辅助构形设计中基于案例的推理方法的研究”.课题组成员:段国林、丁银周、蔡瑾、徐安平、张满囤、李向东、李战委。2002.1 ~ 2005.1.(6万),2005年7月16日河北省科技厅组织专家对项目进行了技术鉴定,国际先进。(16)天津市自然科学基金项目(023605411),“MDT环境下RP数据处理及设备驱动程序的研究与开发”.课题组成员:徐安平、曲云霞、刘玉山、陈青果、侯红叶。2002.6 ~ 2005.6(6万),2005年8月6日天津市科委组织专家对项目进行了验收,国际先进。(17)河北省优秀专家留学基金项目,“选择性金属粉末直接烧结快速成形工艺关键技术及设备研究”.项目负责人:徐安平。2002.1 ~ 2004.12(8万),已完成。(18)河北工业大学“十五211”工程项目,“功能梯度实体快速制作机”.项目负责人:徐安平。2005.1 ~ 2005.12(20万),已通过验收。(19)河北省教育厅计划项目, “基于RP的新产品快速开发系统”.课题组成员:段国林、徐安平、李翠玉、刘玉山、陈青果、侯红叶。2001~2003(20万),已完成。(20)国家863计划项目(2002AA415300),“自主版权三维CAD和ERP软件在离散型中小企业的应用研究”.课题组成员:檀润华、李向东,徐安平等。(50万),2005年11月通过科技部验收。(21)美国国家科学基金(NSF)项目(DMI-0218169),“Dental Restorations via Multi-Material Solid Freeform Fabrication”.课题组成员:Leon L. Shaw, Anping Xu, Jiwen Wang, Xiaoxue Li et al.(22)美国国家科学基金(NSF)项目(CBET-0930365),“Functionally Graded Orthopedic Implants via the Slurry Mixing and Dispensing Process.课题组成员:Leon L. Shaw, Anping Xu, et al.(23)天津市自然科学基金资助项目(043603111),“多坐标高速铣削集成仿真系统研究”.完成人:阎兵,徐安平等。(6万),2007年11月通过天津市科委验收。(24)河北省自然科学基金资助项目(E2004000052),“CAD模型直接驱动的桌面立体打印设备驱动原理及实现方法研究”.完成人:徐安平,牛亚松,付建华,曲云霞等。(7万),2008年1月31日通过河北省科技厅组织的专家鉴定,国际先进水平。(25)河北省自然科学基金资助项目(E2006000039),“场信息驱动的复杂功能梯度实体建模理论及数字化制造关键技术研究”.完成人:徐安平,朱东彬,曲云霞等。(5万),2010年5月结题。获奖与专利 专利:(1)徐安平,朱东彬,曲云霞,郭艳华.一种非均质功能构件的制造方法与装置[P].国家发明专利,专利号:ZL 2008 1 0053855.5,授权公告号:CN 101328067 B, 2010年10月27日(申请日:2008年7月16日)(2)徐安平,朱东彬,曲云霞,郭艳华.打印头与激光头构成的组合头[P].国家实用新型专利,专利号:ZL 200820075355.7,授权公告号:CN 201211731Y,2009年3月25日(申请日:2008年7月16日).(3)徐安平,汪建明,朱东彬,曲云霞.一种组织工程用三维多孔支架的制备方法及设备.国家发明专利,申请号:201010210618.2,申请日:2010年6月28日.(4)徐安平,朱东彬,郭彬,曲云霞.一种三维条形码标签及其制作方法.国家发明专利,申请号:201010250088.4,申请日:2010年8月11日.(5)徐安平,蔡晓刚,朱东彬,刘志华.一种非均质实体的制造方法及设备.国家发明专利,申请号:201110269706.4,申请日:2011年9月13日.(6)徐安平,蔡晓刚,朱东彬,刘志华.一种非均质实体的制造设备.国家实用新型专利,申请号:201120341665.0,申请日:2011年9月13日.软件著作权:(1)现代集成快速原型系统(CIRPS V1.0)(软件著作权登记,登记号:2005SR07148).著作权人:徐安平、刘玉山、陈青果、侯红叶、高艳平、曲云霞.中华人民共和国国家版权局,2005年7月。(2)现代集成快速原型系统(CIRPS V2.0)(软件著作权登记,登记号:2007SR06739).著作权人:徐安平、牛亚松、刘玉山、陈青果、侯红叶、宋丽、曲云霞.中华人民共和国国家版权局,2007年5月。(3)非均质实体造型系统(HO-CAD V1.0)(软件著作权登记,登记号:2008SR04932).著作权人:徐安平、纪振鹏、曲云霞、赵竞雄、刘志华.中华人民共和国国家版权局,2008年3月。(4)铣削过程物理仿真系统(MPSS V1.0)(软件著作权登记,登记号:2008SR07563).著作权人:徐安平、曲云霞、孙明达.中华人民共和国国家版权局,2008年4月。(5)STL模型缺陷检测与修复系统(STL Master V1.0)(软件著作权登记,登记号:2010SR041794).著作权人:徐安平、张蕊、曲云霞、朱东彬.中华人民共和国国家版权局,2010年8月16日。(6)铣削过程物理仿真系统(MPSS V2.0)(软件著作权登记,登记号:2010SR061831).著作权人:徐安平、张大卫、张学中、靳红伟、韩喜峰、常宁、曲云霞.中华人民共和国国家版权局,2010年11月18日。(7)基于Web的博硕士学位论文管理系统(DMMIS V1.0)(软件著作权登记,登记号:2011SR036294).著作权人:张满囤、徐安平、韩冬冬、张金镯、王智琦、王丽、边彬彬.中华人民共和国国家版权局,2011年6月10日。(8)基于Web的图书馆学科联络馆员信息服务管理系统(IDISMIS V1.0)(软件著作权登记,登记号:2011SR042556).著作权人:徐安平、王智琦.中华人民共和国国家版权局,2011年7月2日。可转让项目(1)一种非均质功能构件的制造方法与装置[P].国家发明专利,专利号:ZL 2008 1 0053855.5,授权公告号:CN 101328067 B, 2010年10月27日(申请日:2008年7月16日)(2)打印头与激光头构成的组合头[P].国家实用新型专利,专利号:ZL 200820075355.7,授权公告号:CN 201211731Y,2009年3月25日(申请日:2008年7月16日).(3)一种组织工程用三维多孔支架的制备方法及设备.国家发明专利,申请号:201010210618.2,申请日:2010年6月28日.(4)一种三维条形码标签及其制作方法.国家发明专利,申请号:201010250088.4,申请日:2010年8月11日.(5)一种非均质实体的制造方法及设备.国家发明专利,申请号:201110269706.4,申请日:2011年9月13日.(6)一种非均质实体的制造设备.国家实用新型专利,申请号:201120341665.0,申请日:2011年9月13日.(7)现代集成快速原型系统(CIRPS V1.0)(软件著作权登记,登记号:2005SR07148).中华人民共和国国家版权局,2005年7月。(8)现代集成快速原型系统(CIRPS V2.0)(软件著作权登记,登记号:2007SR06739).中华人民共和国国家版权局,2007年5月。(9)非均质实体造型系统(HO-CAD V1.0)(软件著作权登记,登记号:2008SR04932).中华人民共和国国家版权局,2008年3月。(10)铣削过程物理仿真系统(MPSS V1.0)(软件著作权登记,登记号:2008SR07563).中华人民共和国国家版权局,2008年4月。(11)STL模型缺陷检测与修复系统(STL Master V1.0)(软件著作权登记,登记号:2010SR041794).中华人民共和国国家版权局,2010年8月16日。(12)铣削过程物理仿真系统(MPSS V2.0)(软件著作权登记,登记号:2010SR061831).中华人民共和国国家版权局,2010年11月18日。(13)基于Web的博硕士学位论文管理系统(DMMIS V1.0)(软件著作权登记,登记号:2011SR036294).中华人民共和国国家版权局,2011年6月10日。(14)基于Web的图书馆学科联络馆员信息服务管理系统(IDISMIS V1.0)(软件著作权登记,登记号:2011SR042556).中华人民共和国国家版权局,2011年7月2日。可承担(合作开发)科研项目与技术合作(1)CAD/CAM软件开发,RPM相关技术开发:包括功能性梯度材料/生物医学材料计算机辅助设计以及快速原型和制造(RPM)相关技术及应用;(2)功能材料或构件的数字化设计与制造技术开发,网络制造技术开发;(3)功能构件的多尺度建模、仿真分析与优化技术;(4)高速精密加工工艺及装备的动态精度设计。
河北工业大学 2021-04-11
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