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中华绒螯蟹和三疣梭子蟹的高质量基因组图谱
虾蟹类基因组是公认的高复杂基因组,要获得高质量的基因组有着很多困难。近日,由盐城师范学院江苏省盐土生物资源研究重点实验室教授唐伯平课题组牵头的中外合作团队,第一次获得了我国重要淡水和海水经济蟹类中华绒螯蟹和三疣梭子蟹的高质量基因组图谱,并分别在线发表于GigaScience和《遗传学前沿》。 三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)是我国沿海大型的海洋经济蟹类,我国每年捕捞量在55万吨左右。唐伯平团队获得的三疣梭子蟹基因组大小为1.00Gb,片段重叠群N50的长度为 4.12Mb,被注释到16796个蛋白编码基因,其基因组的完整性为94.7%,整个基因组的重复序列是54.52%。科研人员鉴定出三疣梭子蟹染色体为50对,装配率为97.80%,Hi-C的N50为21.79Mb。这是一个高质量、相当完整的染色体水平基因组,也是蟹类研究中第一次通过分子生物学的方法精确地对蟹类染色体数目进行鉴定。 中华绒螯蟹(Eriocheir japonica sinensis)俗称河蟹,是世界上最重要的淡水经济蟹类,目前我国每年河蟹产量为80万吨左右。研究人员获得的中华绒螯蟹基因组大小为1.27Gb,Contig序列N50为3.19Mb,且其GC含量为43%,高于其他节肢动物。BUSCO评估其完整性为94.00%,重复序列在基因组中占61.42%,被功能注释蛋白编码基因22619个。 唐伯平团队对甲壳动物中华绒螯蟹、三疣梭子蟹、凡纳滨对虾,昆虫埃及伊蚊、黑腹果蝇、偏瞳蔽眼蝶、蜘蛛等7种节肢动物基因家系展开进一步研究发现,它们共有15503个基因家系,其中8832个基因家系为共有家系,328个和544个基因家系分别唯一存在于三疣梭子蟹和中华绒螯蟹中。 在这7种节肢动物中,虾蟹相对进化速率最小,其中对虾进化速度最慢,其次是绒螯蟹和梭子蟹。“相对于昆虫,虾蟹类进化较慢,可能是它们生活的环境相对于昆虫更加稳定。”唐伯平说。 另一个有趣的发现是,虾蟹与昆虫的分化以及螃蟹和对虾的分化几乎是同时发生在4.3亿年左右的志留纪。同属于短尾类的中华绒螯蟹和三疣梭子蟹的分化时间则相对较晚,大约是在1.8亿年前的侏罗纪。 我国同时获得1种海洋和1种淡水重要经济蟹类高质量的基因组图谱,将为蟹类和甲壳动物的研究提供重要的理论基础和数据支撑,同时也为经济蟹类育种、养殖和疾病防控工作提供重要的基础平台。
盐城师范学院 2021-04-11
牛传染性鼻气管炎ΔTK/ΔgE基因缺失标志活疫苗及制备技术
牛传染性鼻气管炎俗称红鼻子病,是由牛疱疹病毒1型(BHV-1)引起的一种牛的急性、热性、接触性传染病,主要引起呼吸道和生殖道疾病。该病的发生极大地降低了奶牛的产奶量、公牛的繁殖力及役用牛的使役力,并产生呼吸道感染还容易继发牛的细菌性肺炎,疫苗是防制该病的关键。 该项目所用的材料是牛疱疹病毒1型BHV-1临床分离株,具有全部的毒力因子和其他免疫原性很好的抗原。因此,以该病毒为基础构建的牛传染性鼻气管炎ΔTK/ΔgE基因缺失标志菌株所制备的基因工程疫苗对牛免疫具有很强的针对性,具有广阔的市场应用前景。 α疱疹病毒成员的主要毒力基因TK基因和牛疱疹病毒1型的十个囊膜糖蛋白之一gE基因的缺失疫苗相较只缺失TK或gE基因的缺失的疫苗更安全可靠,更方便实际操作。 目前国内尚无商品化的IBR疫苗和试剂盒上市。该项目通过开展诊断方法研究与疫苗免疫效果评价,制定相对应的综合防控技术措施,其实用性和可操作性强,有望获得具有自主知识产权的基因缺失标记疫苗和快速诊断试剂盒,可以保障肉牛业和奶牛业的健康发展,增加农民收入,保障畜禽产业链的运行,稳定牛肉牛奶供应,产生较大的社会经济发展作用,具有在全国推广应用的价值,推广前景看好。 转化条件:具有GMP车间,实现规模化生产。 成果完成时间:2016年
华中农业大学 2021-01-12
缺失gG和TK基因的重组牛传染性鼻气管炎病毒和应用
1、 主要解决的技术问题 该研究通过定向基因缺失技术将牛传染性鼻气管炎病毒的毒力基因TK和必需基因gG缺失,得到了牛传染性鼻气管炎的gG和TK双基因缺失突变株。疫苗免疫是防制牛传染性鼻气管炎的根本措施,灭活疫苗不能区分野毒感染和疫苗免疫牛,弱毒疫苗有残余毒力和返强风险,本研究获得的牛传染性鼻气管炎的gG和TK双基因缺失突变株,可区分野毒感染牛和疫苗免疫牛,是血清学“标志”疫苗,为我国牛传染性鼻气管炎根除计划提供了技术支撑。 2、先进性及主要技术指标 (1)先进性该研究是由我国自主研发,具有完全知识产权的牛传染性鼻气管炎的gG和TK双基因缺失突变株。 (2)主要技术指标gG基因缺失,TK基因缺失,接种MDBK细胞24-48小时可产生细胞病变,4×105PFU/头份接种试验牛即可产生良好的免疫反应。 1、市场前景:目前我国尚无自主研发的、获批的牛传染性鼻气管炎基因标记疫苗用于牛传染性鼻气管炎的预防,牛传染性鼻气管炎每年给我国的养牛产业造成巨大的经济损失,市场上急需可以有效防控牛传染性鼻气管炎并区分野毒感染牛和疫苗免疫牛的的疫苗产品,牛鼻气管炎病毒gG和TK双基因缺失疫苗的市场前景广阔。 2、预期经济效益:销售成本:18/头份 销售价格:30元/头份 年产值:3000万元 年利税:600万元。 转化条件: 按年产100万头份计算,投资总额:1000万,所需厂房:800-1000平方米,所需人员:15人,主要设备:GMP车间、悬浮培养生产线、脉动真空高压灭菌锅、洗烘联动机、分装扎盖机、贴签机等。 成果完成时间:2012年7月
华中农业大学 2021-01-12
关于“靶向3-羟基-3-甲基-戊二酰辅酶A还原酶的降解小分子”的研究成果
4月22日,清华大学药学院饶燏课题组与武汉大学宋保亮课题组合作在《药物化学杂志》(Journal of Medicinal Chemistry)发表题为“降解对比抑制:开发靶向3-羟基-3-甲基-戊二酰辅酶A还原酶的降解小分子”(Degradation Versus Inhibition: Development of Proteolysis-Targeting Chimeras for Overcoming Statin-Induced Compensatory Upregulation of 3-Hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme A Reductase)的研究论文。HMGCR(3-Hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme A Reductase)是胆固醇(cholesterol)合成途径中的限速酶,并且是经典的治疗血脂异常的药物靶点。它的抑制剂(statin,他汀类化合物)如阿伐他汀(atorvastatin,立普妥®,辉瑞)在临床被用于预防和治疗心血管疾病,并取得了极大的成功。但是有相当一部分人对他汀类药物不耐受,比如会发生骨骼肌损伤等较为严重的副作用,这有可能与服用他汀类药物后体内通过负反馈调节导致HMGCR补偿性表达升高有关。因而在该工作中,研究人员利用蛋白靶向降解嵌合体(Proteolysis-Targeting Chimera, PROTAC)的技术,对HMGCR在进行降解而起到抑制胆固醇合成作用的同时可以避免HMGCR的高表达,从而有望降低副作用。 图1.抑制剂与PROTAC对HMGCR的影响 在该工作中,研究人员首先筛选出SRD15细胞系作为细胞测试的基础,然后基于HMGCR的配体阿伐他汀和E3链接酶CRBN的配体泊马渡胺进行了一系列的构效关系研究,发现化合物P22A作为PROTAC具有较好地降解活性(DC50~100 nM)。相比之下,抑制剂阿伐他汀对HMGCR引起了明显的上调作用(图1)。 图2.抑制剂和PROTAC对LDLR和胆固醇的影响 接下来,研究人员通过一系列的生化和细胞生物学实验证实了PROTAC通过泛素-蛋白酶体系统发挥作用的机制;通过蛋白组学的研究发现抑制剂和PROTAC引起的组学应答也有很大不同。抑制剂和PROTAC对胆固醇合成抑制和通过SREBP通路引起的低密度脂蛋白受体(LDLR)表达水平上调的能力相当(图2)。 HMGCR是位于内质网上的八次跨膜蛋白, PROTAC对此类蛋白的降解能力往往有限,该工作首次证明利用PROTAC技术对内质网蛋白进行降解的可行性。另外,靶蛋白上调的现象还出现在很多其它的抑制剂中,该工作展示了面对此种情况时是PROTAC一个很好的应用场景。 宋保亮课题组博士生李美欣和饶燏组博士后杨毅庆为本工作共同第一作者,饶燏和宋保亮课题组罗婕为共同通讯作者。本研究得到了国家自然科学基金、清华-北大生命联合中心以及中国博士后基金的大力支持。 原文链接: https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.0c00339
清华大学 2021-04-11
三维虚拟拆装训练系统(3DVSATS)
根据复杂设备维护训练的需求,西安科技大学自 2011 年开始研发桌面式三维虚拟拆装训练技术,目前此技术已经成熟并在部队大型武器装备维护拆装训练中推广应用。该成果申请软件著作权 1 项。 3DVSATS 软件系统基于 OSG 三维渲染引擎开发,可根据客户需求定制拆装训练设备,支持 3DMax 、 Maya 等主流建模软件建立的三维模型,可对设备各部分零件进行直观的三维展示;设备维护人员通过鼠标、键盘等进行交互操作,可以完成定制设备的拆解和装配训练,并可记录操作过程,最终统计出每次操作的错误步骤并打分。
西安科技大学 2021-04-11
功能性3D打印耗材的研发
3D打印的种类目前有熔融沉积成型、立体光固化印刷、选区激光烧结以及选择性粉体粘结等。其中,熔融沉积成型的设备已逐渐由桌面级发展为工业级,打印耗材(线材)的市场巨大,当前线材市场呈现价格而非性能的竞争态势。Market Research Reports.biz报告称,到2023年3D打印材料市场的容量将超过3D打印机市场,到2025年全球3D打印机市场销售将到83亿美元。BCC研究公司认为,热塑性塑料将成为发展最快的3D耗材,年增率将达20%。该公司预测,全球高级3D打印耗材市场到2019年的市值将达6.5亿美元,复合年增长率将达17.9%。熔融沉积成型所使用耗材优点是材料利用率高、可选材料种类丰富、工艺相对简单,而其缺点是材料缺乏功能性。 该课题组研发了一系列功能化3D打印耗材,进行了3D打印生物可吸收颅骨材料开发与制作。
北京化工大学 2021-02-01
五轴3+2控制系统开发
从目前世界上数控技术及其装备发展的趋势来看,其主要研究热点有以下几个方面: (1) 高速、高精加工技术及装备的新趋势。 (2) 多轴联动加工和复合加工机床快速发展。 (3) 智能化、开放式、网络化(采用TCP/IP通讯协议)成为当代数控系统发展的主要趋势。 (4) 重视新技术标准、规范的建立。 (5) 向大型化和微小化两极发展。 五轴数控机床在国内外的实际应用表明,其加工效率相当于两台三轴机床,甚至可以完全 省去某些大型自动化生产流水线的投资,大大节约了占地空间和工件在不同制造单元之间的周 转运输的时间和花费。 项目机器特点简介: (1) 本机控制系统功能强大,操作简单易学、适应范围广、高效稳定、性价比高; (2) 成熟、高性能控制系统软件,基于Windows XP/Windows2000平台安装使用性能好,时 尚实用,可以直接手动编写G代码来完成加工要求,还可完成从图形设计直接生成G代码,图 形设计软件可以通过MasterCAM、UG、CAXA等后处理软件生成G代码;三维立体刀路模拟仿 真数控实验; (3) 五轴采用伺服电机及驱动器配合精密的滚珠丝杆,电机与丝杆通过联轴器联接; (4) 体积小,单独的电气控制箱、易拆装,且可手/自动切换操作,满足各种操作需求; (5) 安全以及超高的可操控性,精美的外形设计; (6) 该小型焊机能够实现五轴联动控制、可手/自动切换操作运行,安全可靠;具有直线插 补、圆弧插补、点动、模拟运行、求教运行、自动运行、加工轨迹动态显示、程序动态显示 等基本功能,采用ISO规定的数控加工G代码编程同时支持M代码及S代码,可以完成从复杂造 型、自动生成G代码、模拟仿真到实验。
华东理工大学 2021-04-11
基于OpenGL的汽车姿态3D还原系统
采用MEMS加速度传感器模块、电子罗盘及单片机等,通过RS232串口将数据传入电脑, 并用VC++编程进行汽车姿态的3D模型还原,可以清楚的观察到汽车在各个视图中的倾斜角 度,并可实时观察数据在图表上的变化,同时记录各个角的数据。 目前在已有的车辆姿态测量系统中,车辆姿态测量仅仅以路面作为参考系,通过悬挂高度 来确定车姿,不能反应车身实际的姿态,对提升驾驶舒适性的帮助有限。随着传感器技术及其 制造工艺的不断发展和提升,在现有对这方面的研究中,更精确的汽车姿态的测量一般通过三 轴加速度传感器以及三轴陀螺仪表示。但是陀螺仪由于存在测量过程中机械转子容易漂移,系 统累积误差难以消除的缺点,需要通过其他传感器不断作数值修正。另外还有采用六个或九个 单轴线加速度传感器捷联解算出姿态角的,同样存在系统复杂、实时性差、成本高等缺点,其 应用也受到了限制。可见汽车姿态的测量不单关键,更是技术的难点所在。 因此,针对这一领域的市场需求,提出了一种基于MEMS加速度传感器、电子罗盘的汽车 姿态即时还原系统的软、硬件开发方案。
华东理工大学 2021-04-11
妇产领域的智慧3D打印服务
国内首次提出利用图像重构技术结合3D打印技术进行结合的构想。依靠自 主研发超声影像图像分割与三维重构技术、数字化测量技术、3D打印等技术, 进而丰富医疗服务内容。本项目最突出的特点不仅是一项新技术在市场的尝试, 更是将科技元素包裹在文化艺术当中,让科学体现出亲情的温度,将人文化的情 感关怀融入其中。
重庆大学 2021-04-11
3D打印多孔骨支架的优化设计
根据骨组织工程模型,设计和优化骨支架结构,提高骨在支架内的长入效果,加快骨支架的结合速度;根据数学模型优化骨支架结构,减少骨支架对骨内力学环境干扰,提高骨和支架的结合寿命,解决或延迟骨支架松动问题。
东南大学 2021-04-11
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