本发明涉及一种海杂回交扇贝耐低温品系的选育方法,其特征是首先选择海湾扇贝与紫扇贝杂交一代家系或群体中生长速度快、耐低温能力强的个体,作为种贝;再利用上述杂交一代中耐低温能力强的个体与海湾扇贝精子回交建立回交家系或群体;然后通过至少三次耐低温育种核心群的选育,即可培育出耐低温品系。由于本发明采用生长速度快,杂交优势显著的海紫杂交一代为母本,再通过与海湾扇贝(父本)回交将海湾扇贝的抗冷基因聚合到海杂回