本发明提出一种与苹果抗炭疽菌叶枯病基因位点紧密连锁的分子标记及其应用,分子标记包括6个SNP标记以及5个InDel标记,分别为SNP3955,SNP4236,SNP4257,SNP4299,SNP4336,SNP4432,InDel4199,InDel4227,InDel4254,InDel4305及InDel4334。此外,本发明还提出筛选该标记的方法,以及上述标记的应用。本发明利用全基因组重测